用于预测志贺氏菌属物种对抗微生物剂的抗性的基因测试制造技术

本申请涉及确定患者感染可能对抗微生物药物治疗具有抗性的志贺氏菌属物种的方法，选择感染了具有抗生素抗性的志贺氏菌的患者的治疗的方法，和确定志贺氏菌属物种细菌微生物的抗生素抗性谱的方法，以及用于这些方法的计算机程序产品。在示例性的方法中，样品1用于分子测试2，然后进行采集分子指纹3。随后将结果与参考文库4进行比较，并报告结果5。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于预测志贺氏菌属物种对抗微生物剂的抗性的基因测试本专利技术涉及确定患者感染可能对抗微生物药物治疗具有抗性的志贺氏菌属物种的方法，选择感染了可能具有抗性的志贺氏菌属菌株的患者的治疗的方法，和确定志贺氏菌属物种细菌微生物的抗微生物药物如抗生素的抗性谱的方法，以及用于这些方法的计算机程序产品。抗生素抗性是药物抗性的一种形式，从而使微生物亚群如细菌物种的一种菌株，尽管暴露于抗生素类药物，但也可存活并增殖。对于个体患者以及主要公共卫生问题而言，这是严重的健康问题。细菌感染的及时治疗需要分析获得自患者的临床分离株的抗生素抗性，以选择有效的疗法。通常，出于此目的，将鉴定的抗性与某一微生物关联(即ID)是必需的。抗菌药物抗性(ADR)代表了主要的健康负担。根据正在监督的世界卫生组织的抗微生物抗性全球报告，ADR在欧洲每年导致25,000例死亡，在美国每年导致23,000例死亡。在欧洲，额外的250万住院日导致15亿欧元的社会成本。在美国，2百万的直接疾病成本导致200亿美元的直接成本。总成本估计高得多，将国内生产总值(GDP)降低达1.6％。志贺氏菌属物种是属于肠杆菌科的革兰氏阴性兼性厌氧棒状菌。该本文档来自技高网...

【技术保护点】
确定患者感染可能对抗微生物药物如抗生素的治疗具有抗性的志贺氏菌属物种的诊断方法，其包括下述步骤：a)获得或者提供来自所述患者的包含或疑似包含至少一种志贺氏菌属物种的样品；b)确定来自下述基因的至少两种基因中至少一个突变的存在：SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12070、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_06660、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_24480、SSON53_08770、SSON53_0...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.06.02 EP PCT/EP2015/0622021.确定患者感染可能对抗微生物药物如抗生素的治疗具有抗性的志贺氏菌属物种的诊断方法，其包括下述步骤：a)获得或者提供来自所述患者的包含或疑似包含至少一种志贺氏菌属物种的样品；b)确定来自下述基因的至少两种基因中至少一个突变的存在：SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12070、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_06660、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_24480、SSON53_08770、SSON53_04795、SSON53_07430、SSON53_14085、SSON53_07440、SSON53_08950、SSON53_25555、SSON53_09145、SSON53_25565、SSON53_24780、SSON53_04400、SSON53_15280、rimO、SSON53_04930、SSON53_23390、rhaB、SSON53_17960、thiH、SSON53_03725、SSON53_09500、SSON53_25405、SSON53_13530、astD、SSON53_07945、SSON53_10080、SSON53_10655、SSON53_13400、SSON53_13555、SSON53_14945、SSON53_15285、fucI、SSON53_02755、SSON53_06415、SSON53_04615、SSON53_17330以及pdxA；或者SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_08770、SSON53_04795、SSON53_07430、SSON53_14085、SSON53_07440、SSON53_08950、SSON53_25555、SSON53_09145、SSON53_25565、SSON53_24780、SSON53_04400、SSON53_15280、SSON53_04930、SSON53_23390、rhaB、SSON53_17960、thiH、SSON53_03725、SSON53_09500、SSON53_25405、SSON53_13530、astD、SSON53_07945、SSON53_10080、SSON53_10655、SSON53_13400、SSON53_13555、SSON53_14945、SSON53_15285、fucI、SSON53_02755、SSON53_06415、SSON53_04615、SSON53_17330、pdxA、SSON53_04690、SSON53_04945、SSON53_06005以及SSON53_06085，其中存在所述至少两个突变表明所述患者感染具有抗微生物药物抗性如抗生素抗性的志贺氏菌属菌株。2.选择感染了可能具有抗性的志贺氏菌属菌株的患者的治疗的方法，其包括下述步骤：a)获得或提供来自所述患者的包含或疑似包含至少一种志贺氏菌属菌株的样品；b)确定来自下述基因的至少两种基因中至少一个突变的存在：SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12070、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_06660、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_24480、SSON53_08770、SSON53_04795、SSON53_07430、SSON53_14085、SSON53_07440、SSON53_08950、SSON53_25555、SSON53_09145、SSON53_25565、SSON53_24780、SSON53_04400、SSON53_15280、rimO、SSON53_04930、SSON53_23390、rhaB、SSON53_17960、thiH、SSON53_03725、SSON53_09500、SSON53_25405、SSON53_13530、astD、SSON53_07945、SSON53_10080、SSON53_10655、SSON53_13400、SSON53_13555、SSON53_14945、SSON53_15285、fucI、SSON53_02755、SSON53_06415、SSON53_04615、SSON53_17330以及pdxA；或者SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_08770、SSON53_04795、SSON53_07430、SSON53_14085、SSON53_07440、SSON53_08950、SSON53_25555、SSON53_09145、SSON53_25565、SSON53_24780、SSON53_04400、SSON53_15280、SSON53_04930、SSON53_23390、rhaB、SSON53_17960、thiH、SSON53_03725、SSON53_09500、SSON53_25405、SSON53_13530、astD、SSON53_07945、SSON53_10080、SSON53_10655、SSON53_13400、SSON53_13555、SSON53_14945、SSON53_15285、fucI、SSON53_02755、SSON53_06415、SSON53_04615、SSON53_17330、pdxA、SSON53_04690、SSON53_04945、SSON53_06005以及SSON53_06085，其中存在所述至少两个突变表明对一种或多种抗微生物药物如抗生素类药物的抗性；c)鉴定所述至少一种或多种抗微生物药物，例如抗生素类药物；以及d)选择不同于步骤c)中所鉴定的药物并且适用于志贺氏菌属感染的治疗的一种或多种抗微生物药物，例如抗生素类药物。3.如前述权利要求中的一项或多项所述的方法，其中所述方法包括确定志贺氏菌属对一种或多种抗微生物药物，例如抗生素类药物的抗性。4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述抗微生物药物，例如抗生素类药物选自内酰胺类抗生素，以及确定下述基因中突变的存在：SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12070、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_06660、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_24480、SSON53_08770、SSON53_04795、SSON53_07430、SSON53_14085、SSON53_07440、SSON53_08950、SSON53_25555、SSON53_09145、SSON53_25565、SSON53_24780、SSON53_04400、SSON53_15280、rimO、SSON53_04930、SSON53_23390、rhaB、SSON53_17960、thiH、SSON53_03725、SSON53_09500、SSON53_25405、SSON53_13530、astD、SSON53_07945、SSON53_10080、SSON53_10655、SSON53_13400、SSON53_13555、SSON53_14945、SSON53_15285、fucI、SSON53_02755、SSON53_06415、SSON53_04615、SSON53_17330和/或pdxA；或者SSON53_12105、SSON53_12455、SSON53_12475、metH、SSON53_00425、SSON53_23830、SSON53_13575、flgE、SSON53_12500、SSON53_24790、SSON53_16770、SSON53_08770、SSON53_04795、SSON53_07430、SSON53_14085、SSON53_07440、SSON53_08950、SSON53_25555、SSON53_09145、SSON53_25565、SSON53_24780、SSON53_04400、SSON53_15280、SSON53_04930、SSON53_23390、rhaB、SSON53_17960、thiH、SSON53_03725、SSON53_09500、SSON53_25405、SSON53_13530、astD、SSON53_07945、SSON53_10080、SSON53_10655、SSON53_13400、SSON53_13555、SSON53_14945、SSON53_15285、fucI、SSON53_02755、SSON53_06415、SSON53_04615、SSON53_17330、pdxA、SSON53_04690、SSON53_04945、SSON53_06005和/或SSON53_06085。5.如权利要求1至3中任一项所述方法，其中所述抗微生物药物，例如抗生素类药物选自聚酮类抗生素，优选四环素类抗生素，以及确定下述基因中突变的存在：metH、SSON53_24790、SSON53_08770、SSON53_24780、SSON53_15280、SSON53_10655、SSON53_13555和/或SSON53_06415；或者metH、SSON53_24790、SSON53_08770、SSO...

【专利技术属性】
技术研发人员：安德烈亚斯·凯勒，苏珊娜·施默尔克，科德·弗里德里希·施塔勒，克里斯蒂娜·贝克斯，
申请(专利权)人：阿瑞斯遗传股份有限公司，
类型：发明
国别省市：奥地利,AT