一种KRAS基因超低频突变检测试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了用于检测待测核酸样本目标区域的引物组合物及其应用，其中待检测核酸样本为双链DNA，包括第一链和与第一链互补的第二链，该引物组合物包括：通用引物组，所述通用引物组包括第一通用引物和第二通用引物，所述第一通用引物用于构成测序文库的5’端，所述第二通用引物的靶点位于待检测核酸样本的两条链上目标区域的5’端，用于构成测序文库的3’端；上游引物组，所述上游引物组包括第一上游引物组和第二上游引物组；以及下游引物组，所述下游引物组包括第一下游引物组和第二下游引物组。该引物组合物能够有效地用于检测待测核酸样本目标区域的序列信息，尤其是超低频突变的检测，且检测灵敏度高，结果准确可靠。

【技术实现步骤摘要】
201610389568

【技术保护点】
一种用于检测待测核酸样本目标区域的引物组合物，所述待检测核酸样本为双链DNA，包括第一链和与第一链互补的第二链，其特征在于，包括：通用引物组，所述通用引物组包括第一通用引物和第二通用引物，所述第一通用引物用于构成测序文库的5’端，所述第二通用引物的靶点位于待检测核酸样本的两条链上目标区域的5’端，用于构成测序文库的3’端；上游引物组，所述上游引物组包括第一上游引物组和第二上游引物组；以及下游引物组，所述下游引物组包括第一下游引物组和第二下游引物组；其中，所述第一上游引物组、第二上游引物组、第一下游引物组和第二下游引物组均包含n条目标区域特异性引物，且必须满足下列条件：(1)所述第一上游引物组和所述第二上游引物组的各上游引物均同向延伸，靶点均位于待检测核酸样本的第一链上目标区域的3’端；所述第一下游引物组和所述第二下游引物组的各下游引物均同向延伸，靶点均位于待检测核酸样本的第二链上目标区域的3’端；(2)n＝1‑5的任意整数，以n＝5为例，设所述第一上游引物组的各特异性引物分别为：N1、N2、N3、N4、N5，所述第二上游引物组的各特异性引物分别为：M1、M2、M3、M4、M5，所述第一下游引物组的各特异性引物分别为：B1、B2、B3、B4、B5，所述第二下游引物组的各特异性引物分别为：P1、P2、P3、P4、P5，以特异性引物的靶点与目标区域之间的距离为衡量标准，各特异性引物之间的距离远近关系为：N1>N2>N3>N4>N5；M1>M2>M3>M4>M5；N1>M1；N2>M2；N3>M3；N4>M4；且N5>M5，B1>B2>B3>B4>B5；P1>P2>P3>P4>P5；B1>P1；B2>P2；B3>P3；B4>P4；且B5>P5。...

【技术特征摘要】
1.一种用于检测待测核酸样本目标区域的引物组合物，所述待检测核酸样本为双链DNA，包括第一链和与第一链互补的第二链，其特征在于，包括：通用引物组，所述通用引物组包括第一通用引物和第二通用引物，所述第一通用引物用于构成测序文库的5’端，所述第二通用引物的靶点位于待检测核酸样本的两条链上目标区域的5’端，用于构成测序文库的3’端；上游引物组，所述上游引物组包括第一上游引物组和第二上游引物组；以及下游引物组，所述下游引物组包括第一下游引物组和第二下游引物组；其中，所述第一上游引物组、第二上游引物组、第一下游引物组和第二下游引物组均包含n条目标区域特异性引物，且必须满足下列条件：(1)所述第一上游引物组和所述第二上游引物组的各上游引物均同向延伸，靶点均位于待检测核酸样本的第一链上目标区域的3’端；所述第一下游引物组和所述第二下游引物组的各下游引物均同向延伸，靶点均位于待检测核酸样本的第二链上目标区域的3’端；(2)n＝1-5的任意整数，以n＝5为例，设所述第一上游引物组的各特异性引物分别为：N1、N2、N3、N4、N5，所述第二上游引物组的各特异性引物分别为：M1、M2、M3、M4、M5，所述第一下游引物组的各特异性引物分别为：B1、B2、B3、B4、B5，所述第二下游引物组的各特异性引物分别为：P1、P2、P3、P4、P5，以特异性引物的靶点与目标区域之间的距离为衡量标准，各特异性引物之间的距离远近关系为：N1>N2>N3>N4>N5；M1>M2>M3>M4>M5；N1>M1；N2>M2；N3>M3；N4>M4；且N5>M5，B1>B2>B3>B4>B5；P1>P2>P3>P4>P5；B1>P1；B2>P2；B3>P3；B4>P4；且B5>P5。2.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，针对所述第一上游引物组、第二上游引物组、第一下游引物组和第二下游引物组中每一个，其包含的各特异性引物基于基因组位置上的顺序依次间隔0-50对碱基对，任选地，N1与M1对应的基因组位置有重叠，N2与M2对应的基因组位置有重叠，N3与M3对应的基因组位置有重叠，N4与M4对应的基因组位置有重叠，N5与M5对应的基因组位置有重叠，B1与P1对应的基因组位置有重叠，B2与P2对应的基因组位置有重叠，B3与P3对应的基因组位置有重叠，B4与P4对应的基因组位置有重叠，B5与P5对应的基因组位置有重叠，优选重叠10-15个碱基，任选地，各特异性引物的GC含量均为30％-70％，Tm值为55-68℃，任选地，所述第一上游引物组和所述第一下游引物组的各特异性引物的5'端均有生物素修饰。所述第二上游引物组和所述第二下游引物组的各特异性引物的5’端均含有第一通用引物的靶点。3.根据权利要求1所述的引物组，其特征在于，第一通用引物：AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCGTCGGCAGCGTC(SEQ ID NO：7)；第二通用引物：CAAGCAGAAGACGGCATACGA(SEQ ID NO：8)，任选地，所述目标区域位于KRAS基因2号外显子上，n＝1，所述所述第一上游引物组、第二上游引物组、第一下游引物组和第二下游引物组的各特异性引物分别为：第一上游引物：TGCTGAAAATGACTGAATATAAACTTGTGGT(SEQ ID NO：3)，第二上游引物：AGATGTGTATAAGAGACAGCTGAATATAAACTTGTGGTAGTTGGAGCT(SEQ ID NO：4)，第一下游引物：CCACAAAATGATTCTGAATTAGCTGTATCG(SEQ ID NO：5)，第二下游引物：AGATGTGTATAAGAGACAGGAATTA...

【专利技术属性】
技术研发人员：王晓锋，宋卓，袁梦兮，
申请(专利权)人：人和未来生物科技长沙有限公司，
类型：发明
国别省市：湖南;43