用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒制造技术

本发明专利技术提供一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，该试剂盒包括用于基因捕获的探针，所述用于捕获的探针包括针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。根据本发明专利技术，在肿瘤FFPE样本中基因变异的检测方法中，能够同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。

【技术实现步骤摘要】
用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒
本专利技术属于分子体外诊断领域，具体涉及特别适用于肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒。
技术介绍
肿瘤组织多采用FFPE(formalin-fixedparaffin-embedded，福尔马林固定石蜡包埋)样品的形式进行保存。数量巨大的归档FFPE样本为回顾性研究，阐明疾病机制，发现治疗靶标和指示预后提供宝贵的资源。但FFPE样本研究极具挑战，首先石蜡包埋的医疗样本十分珍贵，每个样本总量都很有限且不可替代。其次FFPE样本在制造的过程中，福尔马林的固定会使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间的交联，石蜡高温深入过程进一步加速核酸的降解，保存的时间及环境对样品中的核酸也有巨大影响。因此如何从有限的且容易发生核酸降解的FFPE样本中成功检测核酸的变异情况，是用于分子水平回顾性研究的关键。有研究显示，肿瘤的产生通常伴随着核酸的变异。常见的变异类型有SNV(singlenucleotidevariant，单核苷酸变异)、CNV(CopyNumberVariation，拷贝数变异)及FUSION(融合)等。随着新一代测序技术(nextgenerationsequencing，NGS)的迅猛发展，大大的提高了测序速度，同时测序成本显著降低。基于新一代测序技术平台，临床上应用最广的方法为在同一个PCR反应体系中加入多对引物，能够同时扩增多个DNA片段的多重PCR测序技术。目前，很多公司推出了多重PCR方法富集肿瘤相关基因区域的试剂盒，如Qiagen公司的GeneReadDNAseqColorectalCancerPanel、Illumina公司的TruSightTumor15、Illumina公司的TruSeqAmpliconCancerPanel等，但是这些试剂盒只能检测SNV，对于CNV和FUSION，该类产品均不能准确检出，因此，多重PCR方法的适用性受到较大的限制。
技术实现思路
鉴于上述现有技术中存在的不足，本专利技术的目的在于提供一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，使用该试剂盒进行基因检测，并通过高通量测序平台进行测序，能够同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。本专利技术的专利技术人为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：在肿瘤FFPE样本基因变异的检测方法中，通过使用基因捕获的探针，即针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，，公共引物如SEQIDNO:1所示，标签引物如SEQIDNO:2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列。可以同时稳定的检出基因SNV、CNV以及FUSION。即本专利技术包括：1.一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示，以及标签引物如SEQIDNO:2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列。2.根据项1所述的试剂盒，其中，所述肿瘤为胃癌、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、肝癌及卵巢癌中的一种或两种以上。3.根据项1所述的试剂盒，其中，所述基因捕获的探针是生物素化的。4.根据项1～3中任一项所述的试剂盒，其中，所述基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。5.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。6.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液。7.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒用于在肿瘤相关基因的基因捕获测序中进行基因捕获；优选地，所述基因捕获测序用于检测肿瘤相关基因的SNV、CNV、以及FUSION。8.一种肿瘤FFPE样本中基因变异的检测方法，其中，使用项1～7中任一项所述试剂盒进行基因检测。9.一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的二代测序DNA文库的构建方法，其中，包括对构建的文库进行基因捕获的步骤，其中所述基因捕获使用项1～7中任一项所述的试剂盒进行。10.一种捕获探针，其中，所述基因捕获的探针包括针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、和/或针对FUSION区域设计的探针。有益效果：相对于现有方法，本专利技术的试剂盒能够同时检测更多的区域，同时检测出基因SNV、CNV及FUSION。附图说明图1为实施例1中样本1的CNV检测结果的示意图。专利技术的具体实施方式本说明书中提及的科技术语具有与本领域技术人员通常理解的含义相同的含义，如有冲突以本说明书中的定义为准。一方面，本专利技术提供一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示核苷酸序列引物(如下表)，以及标签引物如SEQIDNO：2～SEQIDNO3所示核苷酸序列引物(如下表)。在这里所述肿瘤为胃癌、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、肝癌及卵巢癌等中一种或两种以上。优选地，所述用于捕获探针是生物素化的。这样，可以使用链霉亲和素标记的固相载体将捕获了目标基因后的探针分离出来，所述固相载体优选为磁珠。优选地，本专利技术的基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。优选地，本专利技术的试剂盒还包括用于杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。优选地，本专利技术的试剂盒还包括用于洗脱屋里吸附或非特异性杂交的清洗液，它们用于提高基因捕获的特异性。优选地，本专利技术的试剂盒还包括用于对于捕获到的目标基因进行扩增的引物。优选地，本专利技术的试剂盒用于在肿瘤FFPE样本中基因变异检测中进行基因捕获，更优选地，所述基因捕获测序用于检测肿瘤FFPE样本中相关基因的SNV、CNV、以及FUSION。本专利技术的试剂盒中的各个组分优选独立地包装于容器中，但在不影响使用的前提下，也可以将其中的一些组分合并包装。在本说明书中，SNV(singlenucleotidevariant，单核苷酸变异)是一种体细胞单核苷酸突变；CNV(CopyNumberVariation，拷贝数变异)是指由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1kb以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少；FUSION(融合)是指两个或多个基因的编码区或非编码区断裂，重新首尾相连，置于同一套调控序列。在本说明书中，肿瘤相关基因是指可辅助用作诊断肿瘤，指导肿瘤用药和/或预测肿瘤预后的基因。通常认为，罹患肿瘤的患者中，基因具有特定的变异结果，例如，该基因的变异可以为SNV、CNV和FUSION中的一种或两种或三种。在本说明书中，所述基因捕获的探针还可以包括针对目标疾病相关的其他基因的探针。与疾病相关的其他基因是指：在目标疾病中可能发生各种类型突变的基因，其可用作诊断目标疾病、指导目标疾病用药和/或预测预后的基因，但在罹患目标疾病的患者细胞的基因组中，该基因的特定的结构变异不常见或不具备临床意义。本专利技术的基因变异的试剂盒可用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的二代测序DNA文库的构建(本专利技术的建库方法)，构建的二代测序DNA文库可用于肿瘤FFPE样本中基因变异的检测。因此，在另一方面，本专利技术提供一种肿瘤FFPE样本中基因变异本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。

【技术特征摘要】
2016.12.27 CN 20161122542241.一种用于检测肿瘤FFPE样本中基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对FUSION区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQIDNO:2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列引物。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述肿瘤为胃癌、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、肝癌及卵巢癌中的一种或两种以上。3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述基因捕获的探针是生物素化的。4.根据权利要求1～3任一项所述的试剂盒，其特征在于，所述基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。5.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒...

【专利技术属性】
技术研发人员：王旺，荆瑞琳，董永芳，玄兆伶，李大为，梁峻彬，陈重建，
申请(专利权)人：安诺优达基因科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11