试剂盒及其在检测矮小相关基因中的用途制造技术

技术编号:15053131 阅读:245 留言:0更新日期:2017-04-05 23:44
本发明专利技术提供了一种试剂盒、试剂盒在检测矮小症基因中的用途,一种检测矮小相关基因的方法以及一种检测矮小相关基因的装置。利用本发明专利技术试剂盒、方法和/或装置,能够一次性的全面的捕获矮小相关基因区域,检测矮小相关基因的变异情况。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因检测领域,特别地,涉及试剂盒及其在检测矮小相关基因中的用途,更特别地,本专利技术涉及一种试剂盒,试剂盒在检测矮小相关基因中的用途,检测矮小相关基因的方法以及一种检测矮小相关基因的装置。
技术介绍
身材矮小(矮小)是指在相似生活环境下,身高较同种族、同性别、同年龄健康儿童身高均值低2个标准差(-2SD)以上或处于第3百分位数以下。矮小是儿科常见的临床主诉表征之一,人群中总体发生率为3%左右,其导致因素包括生理性原因和病理性原因。其中,病理性矮小症(矮小症)约占矮小总体的30%-40%,其病因包括慢性疾病、染色体异常、综合征、骨骼发育不良、生长激素缺乏和受体不敏感等等[KantSG,WitJM,BreuningMH.Geneticanalysisofshortstature.HormRes.2003;60(4):157-65]。遗传缺陷(包括单基因突变)是引起矮小症的一个重要的因素。传统的矮小症基因检测方法依靠精确的临床诊断以及Sanger验证的方法[SeaverLH1,IronsM;AmericanCollegeofMedicalGenetics(ACMG)ProfessionalPracticeandGuidelinesCommittee.GenetMed.2009Jun;11(6):465-70],由于矮小症具有高度的临床和遗传异质性,多种综合征的临床表征重叠,传统的矮小症基因检测方法需要消耗大量的时间与成本。因此,开发高效、快捷、经济、可同时对多个已知矮小致病基因进行突变检测的方法对矮小症的研究发展和临床诊断非常重要。
技术实现思路
依据本专利技术的一方面,提供一种试剂盒,其包括芯片,所述芯片由探针固定在固相基质上构成,所述探针能够特异性识别以下25个基因的外显子区域:FMR1,BRCC3,WDR81,SATB2,VRK2,LSM14A,HOXD3,LHX1,RIMS1,MBP,HMX2,GJA8,MBD5,ELN,CHRM3,RPS7P5,FMN2,USP9Y,SRY,UTY,CHL1,LBR,RAI1,FGFR3和RUNX2。这25个基因可作为染色体微缺失微重复的标识来标记17种由染色体的微缺失微重复导致的矮小症。任选地,试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下53个基因的外显子区域:PHEX,ENPP1,FGF23,CLCN5,SLC34A3,VDR,CYP2R1,CYP27B1,SLC37A4,AGL,PFKM,PHKA1,PHKB,PHKA2,ALDOA,PGAM2,G6PC,GALNS,IDUA,IDS,ARSB,HYAL1,GUSB,GLB1,GNPTG,GNPTAB,MAN2B1,MGAT2,SLC35C1,TMEM165,GPD1,GBA,SMPD1,MLYCD,CTSA,UROC1,FUCA1,PIGO,AGA,GK,CTNS,PHGDH,HGD,ATP7A,SLC17A5,MPO,MVK,ADA,PCCB,PLOD3,SLC6A19,ACADS和SUMF1。这53个基因的单核苷酸变异可导致53种与矮小症相关的代谢系统疾病。任选地,试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下44个基因的外显子区域:SOX3,GHSR,GHRHR,GHR,BTK,GH1;SHH,SLC29A3,NDN,CEP57,ALMS1,SNRPN,NKX2-5,TSHB,THRA,PAX8,TSHR,IYD,TPO,TG,DUOXA2,DUOX2,SLC26A4,SLC5A5,GCM2,SECISBP2,THRB,TRHR,TRH,PROP1,OTX2,POU1F1,HESX1,LHX4,LHX3,PCNT,RNU4ATAC,IGF1R,GNAS,HSD11B2,B3GALTL,INSR,CYP11B1和CASR。这44个基因变异可导致47种与矮小症相关的内分泌系统疾病。任选地,试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下113个基因的外显子区域:TRIP11,COL2A1,ARSE,PTH1R,IMPAD1,EBP,GNPAT,PEX7,AGPS,BMPR1B,RMRP,EXT1,PDE4D,PRKAR1A,GDF5,NPR2,ROR2,NOG,PTHLH,HOXD13,IHH,BMPR1B,HDAC4,SOX9,NEK1,WDR35,DYNC2H1,PIK3R2,AKT3,COL9A3,COL9A2,COL9A1,COMP,MATN3,SLC26A2,MMP13,COL10A1,MMP9,SERPINH1,CRTAP,BMP1,FKBP10,LEPRE1,IFITM5,SERPINF1,PPIB,COL1A1,SP7,MMP13,PAPSS2,MATN3,TRAPPC2,KIF22,ACP5,DDR2,ACAN,COL2A1,CHST3,HES7,DLL3,MCPH1,ASPM,MYH3,TPM2,TNNT3,IFT43,SOST,COL11A1,SEC23A,MMP2,ESCO2,RIN2,LMX1B,GHR,SLC35D1,EFNB1,DYM,LIFR,GORAB,SH3BP2,FGFR1,TBX15,CANT1,TFAP2A,TMCO1,CHRNA1,CTSK,FLNB,EVC,FBN1,B3GAT3,EFTUD2,EIF2AK3,EVC2,CHRNG,CHRND,SMAD4,POC1A,TBX3,WNT7A,ERCC6,ERCC2,FBN1,ADAMTSL2,EXT2,TRPV4,SF3B4,CA2,WDR19,GDF6,FAM123B,TNFRSF11B和TNNI2。这113个基因变异以及前述的微缺失微重复会致矮小症的FGFR3和RUNX2基因,可导致124种与矮小症相关的骨骼系统疾病。任选地,试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下5个基因的外显子区域:ATP8B1,ABCB11,BUB1B,CASP8和CCBE1。这5个基因可导致5种与矮小症相关的消化系统疾病。任选地,试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下17个基因的外显子区域:ATP6V0A2,LTBP4,PYCR1,ALDH18A1,DKC1,TERT,TINF2,ERCC3,GTF2H5,EXT1,TRPS1,PLEC1,PORCN,SLC39A4,C16orf57,IKBKG和ZMPSTE24。这17个基因任一单核苷酸变异可导致与矮小症相关的皮肤疾病。任选地,试剂盒包含的芯片或者芯片上的探针还能够特异性识别以下36个基因的外显子区域:SLC9A6,SMS,HCFC1,NSUN2,RAB40AL,CASK本文档来自技高网
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【技术保护点】
一种试剂盒,其包括芯片,所述芯片由探针固定在固相基质上构成,所述探针能够特异性识别以下25个基因的外显子区域:FMR1,BRCC3,WDR81,SATB2,VRK2,LSM14A,HOXD3,LHX1,RIMS1,MBP,HMX2,GJA8,MBD5,ELN,CHRM3,RPS7P5,FMN2,USP9Y,SRY,UTY,CHL1,LBR,RAI1,FGFR3和RUNX2;任选地,所述探针能够特异性识别以下53个基因的外显子区域:PHEX,ENPP1,FGF23,CLCN5,SLC34A3,VDR,CYP2R1,CYP27B1,SLC37A4,AGL,PFKM,PHKA1,PHKB,PHKA2,ALDOA,PGAM2,G6PC,GALNS,IDUA,IDS,ARSB,HYAL1,GUSB,GLB1,GNPTG,GNPTAB,MAN2B1,MGAT2,SLC35C1,TMEM165,GPD1,GBA,SMPD1,MLYCD,CTSA,UROC1,FUCA1,PIGO,AGA,GK,CTNS,PHGDH,HGD,ATP7A,SLC17A5,MPO,MVK,ADA,PCCB,PLOD3,SLC6A19,ACADS和SUMF1;任选地,所述探针能够特异性识别以下44个基因的外显子区域:SOX3,GHSR,GHRHR,GHR,BTK,GH1;SHH,SLC29A3,NDN,CEP57,ALMS1,SNRPN,NKX2‑5,TSHB,THRA,PAX8,TSHR,IYD,TPO,TG,DUOXA2,DUOX2,SLC26A4,SLC5A5,GCM2,SECISBP2,THRB,TRHR,TRH,PROP1,OTX2,POU1F1,HESX1,LHX4,LHX3,PCNT,RNU4ATAC,IGF1R,GNAS,HSD11B2,B3GALTL,INSR,CYP11B1和CASR;任选地,所述探针能够特异性识别以下113个基因的外显子区域:TRIP11,COL2A1,ARSE,PTH1R,IMPAD1,EBP,GNPAT,PEX7,AGPS,BMPR1B,RMRP,EXT1,PDE4D,PRKAR1A,GDF5,NPR2,ROR2,NOG,PTHLH,HOXD13,IHH,BMPR1B,HDAC4,SOX9,NEK1,WDR35,DYNC2H1,PIK3R2,AKT3,COL9A3,COL9A2,COL9A1,COMP,MATN3,SLC26A2,MMP13,COL10A1,MMP9,SERPINH1,CRTAP,BMP1,FKBP10,LEPRE1,IFITM5,SERPINF1,PPIB,COL1A1,SP7,MMP13,PAPSS2,MATN3,TRAPPC2,KIF22,ACP5,DDR2,ACAN,COL2A1,CHST3,HES7,DLL3,MCPH1,ASPM,MYH3,TPM2,TNNT3,IFT43,SOST,COL11A1,SEC23A,MMP2,ESCO2,RIN2,LMX1B,GHR,SLC35D1,EFNB1,DYM,LIFR,GORAB,SH3BP2,FGFR1,TBX15,CANT1,TFAP2A,TMCO1,CHRNA1,CTSK,FLNB,EVC,FBN1,B3GAT3,EFTUD2,EIF2AK3,EVC2,CHRNG,CHRND,SMAD4,POC1A,TBX3,WNT7A,ERCC6,ERCC2,FBN1,ADAMTSL2,EXT2,TRPV4,SF3B4,CA2,WDR19,GDF6,FAM123B,TNFRSF11B和TNNI2;任选地,所述探针能够特异性识别以下5个基因的外显子区域:ATP8B1,ABCB11,BUB1B,CASP8和CCBE1;任选地,所述探针能够特异性识别以下17个基因的外显子区域:ATP6V0A2,LTBP4,PYCR1,ALDH18A1,DKC1,TERT,TINF2,ERCC3,GTF2H5,EXT1,TRPS1,PLEC1,PORCN,SLC39A4,C16orf57,IKBKG和ZMPSTE24;任选地,所述探针能够特异性识别以下36个基因的外显子区域:SLC9A6,SMS,HCFC1,NSUN2,RAB40AL,CASK,KDM5C,RPS6KA3,CUL4B,CHMP1A,EXOSC3,AP4S1,AP4E1,AP4B1,GRM1,ZNF592,SEPN1,LARGE,SEPT9,RAPSN,COL6A2,RTTN,SOX3,NAA10,NF1,LRP5,ATM,SHROOM4,SIL1,SLC6A8,IGBP1,SHH,NDE1,IKBKAP,KIF1A和VLDLR;任选地,所述探针能够特异性识别以下11个基因的外显子区域:BCOR,STRA6,OTX2,SMO...

【技术特征摘要】
1.一种试剂盒,其包括芯片,所述芯片由探针固定在固相基质上构成,所述探针能够特
异性识别以下25个基因的外显子区域:FMR1,BRCC3,WDR81,SATB2,VRK2,LSM14A,
HOXD3,LHX1,RIMS1,MBP,HMX2,GJA8,MBD5,ELN,CHRM3,RPS7P5,FMN2,USP9Y,
SRY,UTY,CHL1,LBR,RAI1,FGFR3和RUNX2;
任选地,所述探针能够特异性识别以下53个基因的外显子区域:PHEX,ENPP1,FGF23,
CLCN5,SLC34A3,VDR,CYP2R1,CYP27B1,SLC37A4,AGL,PFKM,PHKA1,PHKB,PHKA2,
ALDOA,PGAM2,G6PC,GALNS,IDUA,IDS,ARSB,HYAL1,GUSB,GLB1,GNPTG,
GNPTAB,MAN2B1,MGAT2,SLC35C1,TMEM165,GPD1,GBA,SMPD1,MLYCD,CTSA,
UROC1,FUCA1,PIGO,AGA,GK,CTNS,PHGDH,HGD,ATP7A,SLC17A5,MPO,MVK,ADA,
PCCB,PLOD3,SLC6A19,ACADS和SUMF1;
任选地,所述探针能够特异性识别以下44个基因的外显子区域:SOX3,GHSR,GHRHR,
GHR,BTK,GH1;SHH,SLC29A3,NDN,CEP57,ALMS1,SNRPN,NKX2-5,TSHB,THRA,
PAX8,TSHR,IYD,TPO,TG,DUOXA2,DUOX2,SLC26A4,SLC5A5,GCM2,SECISBP2,
THRB,TRHR,TRH,PROP1,OTX2,POU1F1,HESX1,LHX4,LHX3,PCNT,RNU4ATAC,
IGF1R,GNAS,HSD11B2,B3GALTL,INSR,CYP11B1和CASR;
任选地,所述探针能够特异性识别以下113个基因的外显子区域:TRIP11,COL2A1,ARSE,
PTH1R,IMPAD1,EBP,GNPAT,PEX7,AGPS,BMPR1B,RMRP,EXT1,PDE4D,PRKAR1A,
GDF5,NPR2,ROR2,NOG,PTHLH,HOXD13,IHH,BMPR1B,HDAC4,SOX9,NEK1,WDR35,
DYNC2H1,PIK3R2,AKT3,COL9A3,COL9A2,COL9A1,COMP,MATN3,SLC26A2,MMP13,
COL10A1,MMP9,SERPINH1,CRTAP,BMP1,FKBP10,LEPRE1,IFITM5,SERPINF1,PPIB,
COL1A1,SP7,MMP13,PAPSS2,MATN3,TRAPPC2,KIF22,ACP5,DDR2,ACAN,COL2A1,
CHST3,HES7,DLL3,MCPH1,ASPM,MYH3,TPM2,TNNT3,IFT43,SOST,COL11A1,
SEC23A,MMP2,ESCO2,RIN2,LMX1B,GHR,SLC35D1,EFNB1,DYM,LIFR,GORAB,
SH3BP2,FGFR1,TBX15,CANT1,TFAP2A,TMCO1,CHRNA1,CTSK,FLNB,EVC,FBN1,
B3GAT3,EFTUD2,EIF2AK3,EVC2,CHRNG,CHRND,SMAD4,POC1A,TBX3,WNT7A,
ERCC6,ERCC2,FBN1,ADAMTSL2,EXT2,TRPV4,SF3B4,CA2,WDR19,GDF6,FAM123B,
TNFRSF11B和TNNI2;
任选地,所述探针能够特异性识别以下5个基因的外显子区域:ATP8B1,ABCB11,BUB1B,
CASP8和CCBE1;
任选地,所述探针能够特异性识别以下17个基因的外显子区域:ATP6V0A2,LTBP4,

\tPYCR1,ALDH18A1,DKC1,TERT,TINF2,ERCC3,GTF2H5,EXT1,TRPS1,PLEC1,PORCN,
SLC39A4,C16orf57,IKBKG和ZMPSTE24;
任选地,所述探针能够特异性识别以下36个基因的外显子区域:SLC9A6,SMS,HCFC1,
NSUN2,RAB40AL,CASK,KDM5C,RPS6KA3,CUL4B,CHMP1A,EXOSC3,AP4S1,AP4E1,
AP4B1,GRM1,ZNF592,SEPN1,LARGE,SEPT9,RAPSN,COL6A2,RTTN,SOX3,NAA10,
NF1,LRP5,ATM,SHROOM4,SIL1,SLC6A8,IGBP1,SHH,NDE1,IKBKAP,KIF1A和VLDLR;
任选地,所述探针能够特异性识别以下11个基因的外显子区域:BCOR,STRA6,OTX2,
SMOC1,HCCS,SOX2,FOXI1,KCNJ10,SLC26A4,LTBP3和CLCN5;
任选地,所述探针能够特异性识别以下18个基因的外显子区域:FANCE,FANCC,FANCA,
FANCG,FANCF,RAD51C,FANCD2,SLX4,HBB,HBA1,SLC19A2,RPS19,KLF1,GATA1,
RARA,ATRX,RBM8A和UROS;
任选地,所述探针能够特异性识别以下6个基因的外显子区域:LAMTOR2,LRBA,BTK,
WISP3,ITCH和SMARCAL1;
任选地,所述探针能够特异性识别以下145个基因的外显子区域:CUL7,CCDC8,KCNJ1,
SLC12A2,ERCC8,ERCC6,SMC1A,NIPBL,SMC3,HDAC8,RAD21,ADAMTS2,SLC39A13,
COL1A2,B4GALT7,COL3A1,COL1A1,COL5A2,COL5A1,MYCN,MIR17HG,ORC6,ORC1,
CDT1,CDC6,ORC4,KRAS,RAF1,BRAF,SOS1,PTPN11,OFD1,TCTN3,WNT5A,ROR3,
CREBBP,EP300,LIFR,HSPG2,ATR,RBBP8,CEP152,NIN,CEP63,CENPJ,ADAMTS17,
FBN1,LTBP2,ADAMTS10,RAB3GAP1,RAB3GAP2,RAB18,FOXG1,MECP2,LRP2,
NKX2-1,FGD1,KCNJ2,SBDS,L1CAM,AAAS,TWIST1,NBAS,SEMA3E,PQBP1,SPG20,
G6PC3,HYLS1,NBN,IGF2,UBR1,OCRL,CHD7,GLA,CD96,LMNA,PHF6,HRAS,IFT140,
SRCAP,CTC1,OTX2,ASXL1,FTO,ANKRD11,HSD17B4,MED12,KIF7,DHCR7,CTDP1,
MYH8,DDX11,POR,KAT6B,ALDH3A2,TP63,SDHA,ALPL,MLL,WRN,MAP2K1,NSDHL,
FAM20C,NSD1,H19,RECQL4,TRIM37,ZEB2,FOXE1,KANSL1,BANF1,BLM,VPS13B,
RAB23,TBX1,HPRT1,SLC16A2,SMARCA2,COX4I2,MAP2K2,NOTCH2,CRLF1,WFS1,
ZBTB16,ARX,DLX5,MGP,FGFR2,TAZ,PITX2,ACTB,PLOD2,SLC34A1,MBTPS2,
TMEM237,TBCE,MKS1,GPC6,RIPK4,FLNA,GJB6,ERCC3,MPV17,ATPAF2和
AQP2。
2.权利要求1的试剂盒,其特征在于,所述探针能够特异性识别以下438个基因的外显
子区域:AAAS、ABCB11、ACADS、ACAN、ACP5、ACTB、ADA、ADAMTS10、ADAMTS17、
ADAMTS2、ADAMTSL2、AGA、AGL、AGPS、AKT3、ALDH18A1、ALDH3A2、ALDOA、
ALMS1、ALPL、FAM123B、ANKRD11、AP4B1、AP4E1、AP4S1、AQP2、ARSB、ARSE、

\tARX、ASPM、A...

【专利技术属性】
技术研发人员:张洁阿叁祝亚萍曹飞朱惠娟潘惠杨玲易鑫
申请(专利权)人:天津华大基因科技有限公司深圳华大基因科技有限公司
类型:发明
国别省市:天津;12

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