芯片及其在检测耳聋相关基因中的用途制造技术

本发明专利技术提供了一种芯片，一种包含所述芯片的试剂盒、所述试剂盒在检测遗传性耳聋基因中的用途，一种检测耳聋相关基因的方法以及一种检测耳聋相关基因的装置。利用本发明专利技术的芯片、试剂盒、方法和/或装置，能够一次性的全面的捕获耳聋相关基因区域，检测耳聋相关基因的变异情况。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物医学领域，具体地，涉及一种芯片及其在检测耳聋相关基因中的用途，更具体地，涉及一种芯片，一种包含所述芯片的试剂盒、所述试剂盒在检测遗传性耳聋基因中的用途，一种检测耳聋相关基因的方法以及一种检测耳聋相关基因的装置。
技术介绍
耳聋是一种临床上常见的疾病，发生率为1‰～3‰，遗传性因素引起的耳聋约占占先天性耳聋总人数的60％左右(Schimmenti,L.A.,etal.,Evaluationofnewbornscreeningbloodspot-basedgenetictestingassecondtierscreenforbedsidenewbornhearingscreening.GeneticsinMedicine,2011.13(12):p.1006-1010)。2006年第二次残疾人抽样调查显示，我国残疾人总数为8000万，其中听力残疾者为2670万，1-7岁听障儿童约有80万。遗传性耳聋可通过常染色体隐性遗传、常染色体显性遗传或线粒体遗传等方式传给下一代，无论父母的单方或者双方是耳聋患者还是健康携带者，耳聋基因都会通过父母向子女遗传，子代都有一定的可能会罹患耳聋疾病。目前已知的非综合征型耳聋相关基因有70多个，与耳聋相关的遗传性综合征疾病有400多种。国内外耳聋基因的筛查诊断主要集中在少数几个最常见的致聋基因及其热点突变，包括导致DFNB1的GJB2基因、导致大前庭水管综合征的SLC26A4基因以及药物性耳聋相关的线粒体基因的1555位点等。主要采用的方法包括基因测序、变性高效液相色谱分析、高分辨率熔解曲线分析、基因突变检测芯片和限制性酶切等方法。基因测序技术是目前应用最多的遗传性耳聋检测方法，也是迄今为止分子诊断学中基因突变检测的金标准。目前国内大多数采用的是以Sanger法为基础的第一代测序技术，这种传统的测序技术有着费用高、通量低、检测范围小、难以实现自动化等多方面的不足。基因芯片检测是另外一种在国外使用较多的突变检测技术，其原理是以人类基因组DNA为模板，对某些已知的基因位点进行特异性扩增和荧光标记，然后与带有特异性核苷酸序列的芯片进行杂交，通过对荧光进行检测以获得某些特定基因位点的突变情况。但是，这种技术检测位点单一，只能对一些特定基因的特定位点进行突变检测。
技术实现思路
依据本专利技术的一方面，提供一种芯片，该芯片包含探针，探针固定于固相基质上，所述探针能够特异性识别以下342个基因中的至少100个基因的外显子区域：ABR、CLRN1、FABP4、IGF1、MYH14、PHEX、SNAI2、ACAN、COCH、FAS、ILDR1、MYH2、PLDN、SOBP、ACTG1、COL11A1、FBXO2、ITGA8、MYH3、PMP22、SOD1、AIFM1、COL11A2、FGF20、JAG1、MYH4、PNOC、SORBS1、AKAP12、COL2A1、FGF3、JAG2、MYH8、POU1F1、SOX10、ALDH1A2、COL4A3、FGFR1、KCNE1、MYH9、POU3F4、SOX2、ALMS1、COL4A4、FGFR2、KCNJ10、MYO15A、POU4F3、SOX9、AP3D1、COL4A5、FGFR3、KCNMA1、MYO1A、PROP1、SPRY2、APAF1、COL9A1、FIGN、KCNQ1、MYO3A、PRPS1、ST3GAL5、APOA1、COL9A2、FOXG1、KCNQ4、MYO6、PRRX1、STRC、AQP4、CPLX1、FOXI1、KIT、MYO7A、PRRX2、TAF10、ATF2、CRYM、FXN、KITLG、NAV2、PTK7、TBX1、ATOH1、DBH、FZD3、LAMA2、NAV3、PTPRQ、TBX10、ATP2B2、DDR1、FZD6、LARGE、NDP、RARA、TCOF1、ATP8B1、DFNA5、GAS7、LFNG、NDRG1、RARB、TECTA、AXIN1、DFNB31、GATA3、LHFPL5、NEFL、RARG、TGFA、BARHL1、DFNB59、GBX2、LMO4、NEU1、RASA1、TGFB2、BBS1、DIABLO、GFI1、LMX1A、NEURL、RDX、THRA、BBS4、DIAPH1、GIPC3、LOXHD1、NEUROD1、S1PR2、THRB、BCR、DIAPH3、GJA1、LRIG3、NEUROG1、SCARB2、TIMM8A、BDNF、DIO2、GJB1、LRP2、NF1、SCO1、TJP2、BMP4、DIO3、GJB2、LRTOMT、NOTCH1、SCRIB、TMC1、BSN、DLX2、GJB3、MAFB、NOX3、SEMA3E、TMEM126A、BSND、DLX5、GJB6、MAP1A、NOXO1、SERAC1、TMEM220、C17orf48、DMD、GLI3、MARVELD2、NR4A3、SERPINB6、TMIE、C1orf125、DNAH7、GOT1L1、MCOLN3、NTF3、SFTPC、TMPRSS13、CACNA1D、DNAH9、GPR98、MGAT4B、NTN1、SIX1、TMPRSS3、CACNB2、DPYS、GPSM2、MIR182、NTRK2、SIX5、TNC、CACNG2、DSPP、GPX1、MIR183、NTRK3、SLC12A2、TNFRSF11B、CASP3、DVL1、GRHL2、MIR96、OC90、SLC12A6、TPRN、CCDC50、DVL2、GRID1、MITF、OPA1、SLC12A7、TRIOBP、CD36、DVL3、GRXCR1、MKKS、OR2T4、SLC17A8、TRPV4、CDH23、EDN3、GUSB、MON2、OTOA、SLC19A2、TSHR、CDKN1B、EDNRB、HAL、MOS、OTOF、SLC1A3、TUB、CDKN2D、EGFLAM、HES1、MPV17、OTOG、SLC26A4、TYRP1、CEACAM16、EPHB1、HES5、MPZ、OTOP1、SLC26A5、UCN、CELSR1、EPHB2、HGF、MSRB3、OTX1、SLC30A4、USH1C、CHD7、EPHB3、HMX2、MSX2、OTX2、SLC4A11、USH1G、CHRNA9、ERBB4、HMX3、MTAP、PAX2、SLC4A7、USH2A、CKB、ESPN、HOXA1、MUC4、PAX3、SLC9A1、USP15、CLDN11、ESR2、HOXA2、MUC6、PCDH15、SLCO2B1、VANGL2、CLDN14、ESRRB、HOXB1、MUTED、PDE8B、SMAD4、WFS1、CLD本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种芯片，其包含探针，所述探针固定于固相基质上，所述探针能够特异性识别以下342个基因中的至少100个基因的外显子区域：ABR、CLRN1、FABP4、IGF1、MYH14、PHEX、SNAI2、ACAN、COCH、FAS、ILDR1、MYH2、PLDN、SOBP、ACTG1、COL11A1、FBXO2、ITGA8、MYH3、PMP22、SOD1、AIFM1、COL11A2、FGF20、JAG1、MYH4、PNOC、SORBS1、AKAP12、COL2A1、FGF3、JAG2、MYH8、POU1F1、SOX10、ALDH1A2、COL4A3、FGFR1、KCNE1、MYH9、POU3F4、SOX2、ALMS1、COL4A4、FGFR2、KCNJ10、MYO15A、POU4F3、SOX9、AP3D1、COL4A5、FGFR3、KCNMA1、MYO1A、PROP1、SPRY2、APAF1、COL9A1、FIGN、KCNQ1、MYO3A、PRPS1、ST3GAL5、APOA1、COL9A2、FOXG1、KCNQ4、MYO6、PRRX1、STRC、AQP4、CPLX1、FOXI1、KIT、MYO7A、PRRX2、TAF10、ATF2、CRYM、FXN、KITLG、NAV2、PTK7、TBX1、ATOH1、DBH、FZD3、LAMA2、NAV3、PTPRQ、TBX10、ATP2B2、DDR1、FZD6、LARGE、NDP、RARA、TCOF1、ATP8B1、DFNA5、GAS7、LFNG、NDRG1、RARB、TECTA、AXIN1、DFNB31、GATA3、LHFPL5、NEFL、RARG、TGFA、BARHL1、DFNB59、GBX2、LMO4、NEU1、RASA1、TGFB2、BBS1、DIABLO、GFI1、LMX1A、NEURL、RDX、THRA、BBS4、DIAPH1、GIPC3、LOXHD1、NEUROD1、S1PR2、THRB、BCR、DIAPH3、GJA1、LRIG3、NEUROG1、SCARB2、TIMM8A、BDNF、DIO2、GJB1、LRP2、NF1、SCO1、TJP2、BMP4、DIO3、GJB2、LRTOMT、NOTCH1、SCRIB、TMC1、BSN、DLX2、GJB3、MAFB、NOX3、SEMA3E、TMEM126A、BSND、DLX5、GJB6、MAP1A、NOXO1、SERAC1、TMEM220、C17orf48、DMD、GLI3、MARVELD2、NR4A3、SERPINB6、TMIE、C1orf125、DNAH7、GOT1L1、MCOLN3、NTF3、SFTPC、TMPRSS13、CACNA1D、DNAH9、GPR98、MGAT4B、NTN1、SIX1、TMPRSS3、CACNB2、DPYS、GPSM2、MIR182、NTRK2、SIX5、TNC、CACNG2、DSPP、GPX1、MIR183、NTRK3、SLC12A2、TNFRSF11B、CASP3、DVL1、GRHL2、MIR96、OC90、SLC12A6、TPRN、CCDC50、DVL2、GRID1、MITF、OPA1、SLC12A7、TRIOBP、CD36、DVL3、GRXCR1、MKKS、OR2T4、SLC17A8、TRPV4、CDH23、EDN3、GUSB、MON2、OTOA、SLC19A2、TSHR、CDKN1B、EDNRB、HAL、MOS、OTOF、SLC1A3、TUB、CDKN2D、EGFLAM、HES1、MPV17、OTOG、SLC26A4、TYRP1、CEACAM16、EPHB1、HES5、MPZ、OTOP1、SLC26A5、UCN、CELSR1、EPHB2、HGF、MSRB3、OTX1、SLC30A4、USH1C、CHD7、EPHB3、HMX2、MSX2、OTX2、SLC4A11、USH1G、CHRNA9、ERBB4、HMX3、MTAP、PAX2、SLC4A7、USH2A、CKB、ESPN、HOXA1、MUC4、PAX3、SLC9A1、USP15、CLDN11、ESR2、HOXA2、MUC6、PCDH15、SLCO2B1、VANGL2、CLDN14、ESRRB、HOXB1、MUTED、PDE8B、SMAD4、WFS1、CLDN9、EYA1、HS6ST2、MYH1、PDSS1、SMPX、YME1L1、CLIC5、EYA4、IFT88、MYH13、PDZD7、SALL1、ORC4、P2RX2、DNMT1、TFAP2A、ORC6、NLRP3、CLPP、GDF6、CDT1、MASP1、CIB2、ORC1、CDC6、LARS2、CDKN1C、POMT1、TSHZ1、KIAA1199、CABP2、WNT7A、TSPEAR、KARS...

【技术特征摘要】
1.一种芯片，其包含探针，所述探针固定于固相基质上，所述探针能够特异性识别以下
342个基因中的至少100个基因的外显子区域：ABR、CLRN1、FABP4、IGF1、MYH14、PHEX、
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【专利技术属性】
技术研发人员：王秋菊，易玉婷，宋立洁，高长欣，阿叁，刘涛，易鑫，
申请(专利权)人：天津华大基因科技有限公司，深圳华大基因科技有限公司，中国人民解放军总医院，
类型：发明
国别省市：天津;12