冠心病相关基因SNP检测芯片及使用方法技术

技术编号:10549613 阅读:312 留言:0更新日期:2014-10-17 10:29
本发明专利技术提供了一种冠心病相关基因SNP检测芯片及其应用,包含该基因芯片的试剂盒和使用该芯片或试剂盒检测冠心病相关基因SNP的方法。冠心病相关基因SNP检测芯片,包括固相支持物和固定在所述固相支持物上的寡核苷酸探针,寡核苷酸探针包含IL-8-251A/T,IL-17A rs8193037G/A,IL-18-607C/A,MMP-1-519A/G,Connexin37C1019T,在内的17-32个连续核苷酸。所制备的冠心病相关基因SNP检测芯片具有良好的信噪比,所设计的探针有良好的特异性,能准确区分各类型的突变位点,并且所述检测方法步骤简单,5个SNP位点可以一步检测完成。全自动化杂交过程更加方便快捷并且避免了人为操作过程中存在的诸多不确定因素。本发明专利技术的基因芯片和应用方法可用于检测冠心病的易感基因,为冠心病的早期预防提供必要信息。

【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术提供了一种冠心病相关基因SNP检测芯片及其应用,包含该基因芯片的试剂盒和使用该芯片或试剂盒检测冠心病相关基因SNP的方法。冠心病相关基因SNP检测芯片,包括固相支持物和固定在所述固相支持物上的寡核苷酸探针,寡核苷酸探针包含IL-8-251A/T,IL-17A?rs8193037G/A,IL-18-607C/A,MMP-1-519A/G,Connexin37C1019T,在内的17-32个连续核苷酸。所制备的冠心病相关基因SNP检测芯片具有良好的信噪比,所设计的探针有良好的特异性,能准确区分各类型的突变位点,并且所述检测方法步骤简单,5个SNP位点可以一步检测完成。全自动化杂交过程更加方便快捷并且避免了人为操作过程中存在的诸多不确定因素。本专利技术的基因芯片和应用方法可用于检测冠心病的易感基因,为冠心病的早期预防提供必要信息。【专利说明】冠心病相关基因SNP检测芯片及使用方法
本专利技术涉及基因分析检测产品,具体的说是基因检测芯片,更具体的说是适用于 与冠心病有关的基因SNP位点检测的基因芯片及其应用。 技术背景 冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary artery disease,CAD,简称冠心病)是遗 传因素和环境因素共同作用所致的一种多基因复杂性疾病,且其发病具有明显的家族聚集 性,是世界范围内死亡和致残的首要原因。根据世界卫生组织预测报告,2030年世界缺血 性心脏病的死亡人数将占总死亡人数的13. 1%。《中国心血管病报告2011》中指出,我国冠 心病死亡率城市为94. 96/10万人,农村为71. 27/10万人,较2006年分别增加了 66. 6% 和111.6%,冠心病的防治形势刻不容缓.近年来国内外研究表明冠心病与多个基因的SNP 位点有关。 Yaling Han等人于2008年就发现MMP-1基因的-519A/G连锁不平衡-340C/T分 析AT单倍型显著增加ACS风险,同时又发现CX37基因的C1019T C(CC/CT)型携带者是北 方汉族人CAD的独立风险因子。随后Fang Pei等人于2009年发现IL-18基因的-607C/A 位点可能为北方汉族人AMI的基因风险因子。Xiaolin Zhang等人于2010年发现IL-17A 基因中rs8193037位点与CAD风险联系显著,G型(GG/GA)能增加AMI病人中的IL-17A基 因表达。次年Xiaolin Zhang等人又发现IL-8基因-251A/T位点为汉族人ACS独立风险 因子对冠心病有显著影响。而这些SNP位点的突变率在中国人群中分布均比较广,所以对 这些易感基因位点进行基因检测对冠心病的早期预防具有很大的意义。但目前测定这些 SNP位点的方法主要采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP),测序,序列 特异性引物PCR,荧光定量PCR等方法,不仅操作繁琐,检测周期长,通量小不能同时检测那 么多SNP位点,波动大,而且影响检测结果的因素多,不易控制,难以满足临床检验的要求, 使临床至今还无法开展有关冠心病易感基因的检测。 基因芯片是近几年在高科技领域内出现的最具时代特征的重大科技进展之一。 它是将能反映样本中大量基因信息的基因探针(寡核苷酸探针、CDNA克隆、PCR产物等) 有序固定在固相支持物(如醛基、氨基、巯基、羧基等活性基团修饰的载玻片或硅片、尼龙 膜、硝酸纤维素膜)上形成阵列,通过与实际样本(或扩增产物)进行杂交反应,只需一次 实验。就可高通量获得所有待检基因的信息。这种平行检测、高信息通量的特点使其在 基因表达、基因多态性检测等方面的应用受到广泛重视。用基因芯片检测IL-8, IL-17A, IL-18, MMP-1,ConneXin37等基因SNP位点,发挥基因芯片检测操作简单,通量大,结果准确 等特点,对于临床筛选冠心病高危人群,进行早期预防具有重要的现实意义。
技术实现思路
本专利技术提供了一种用于检测冠心病相关基因SNP位点的基因检测芯片,还提供了 一种该芯片的使用方法。 本专利技术的冠心病相关基因SNP位点的基因检测芯片,包括固相支持物和固定在 所述固相支持物上的寡核苷酸探针;所述寡核苷酸探针包含以下序列中的IL-8-251A/ T、IL-17A rs8193037G/A、IL-18-607C/A、MMP-1-519A/G 和 Connexin37C1019T 在内的 17-32个连续核苷酸,其中SEQ1和SEQ ID2包含IL-8-251A/T、SEQ3和SEQ4包含IL-17A rs8193037G/A,SEQ5 和 SEQ6 包含 IL-18-607C/A, SEQ7 和 SEQ8 包含 MMP-1-519A/G, SEQ9 和 SEQ10 包含 Connexin37C1019T。 为了增强检测信号的强度,提高检测结果的准确率,所述IL-8-251A/T,IL-17A rs8193037G/A,IL-18-607C/A, MMP-1-519A/G, Connexin37C1019T 位于所述探针的中部。 优选的,各探针的核苷酸序列如SEQ ID No. 1?10,下划线的为SNP位点基因型: SEQ ID No. 1:AAAGCATACATTTGATAATTCACC (IL-8-251T) SEQ ID No. 2:AAAGCATACAATTGATAATTCACC (IL-8-251A) SEQ ID No. 3:CTGCGACACGCCACGTAA (IL-17A rs8193037G) SEQ ID No. 4:ACTGCGACACACCACGTAAG (IL-17A rs8193037A) SEQ ID No. 5:ATCATTAGAATTTTATGTAATAATTTTTACAC (IL-18-607C) SEQ ID No. 6:ATCATTAGAATTTTATTTAATAATTTTTACAC (IL-18-607A) SEQ ID No. 7:CAATAGGGTACCAGGCAGC (MMP-1-519A) SEQ ID No. 8:CAATAGGGTGCCAGGCAG (MMP-1-519G) SEQ ID No. 9:GCCAAAAACCCCCAAGT (Connexin37C1019T) SEQ ID No. 10:GCCAAAAATCCCCAAGTC (Connexin37C1019T) 其中,SEQ ID No. 1 和 SEQ ID No. 2 包含 IL-8-251A/T 位点,SEQ ID No. 3 和 SEQ IDNo·4包含IL-17Ars8193037G/A位点,SEQIDNo·5和SEQIDNo·6包含IL-18-607C/ A 位点,SEQ ID No. 7 和 SEQ ID No. 8 包含 MMP-1-519A/G 位点,SEQ ID No. 9 和 SEQ ID No. 10包含Connexin37C1019T位点。优选的,所述探针还可以在其5'端包含一段氨基修饰 的16?25聚的聚脱氧胸苷酸(聚dT),优选为16本文档来自技高网
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【技术保护点】
一种冠心病相关基因SNP检测芯片,包括固相支持物和固定在所述固相支持物上的寡核苷酸探针,其特征在于,所述寡核苷酸探针为包含以下序列中的IL‑8‑251A/T、IL‑17A rs8193037G/A、IL‑18‑607C/A、MMP‑1‑519A/G和Connexin37C1019T位点在内的含17‑32个连续核苷酸的10个核苷酸序列。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员:韩雅玲张效林闫承慧张佳琦康健黄明方邬泽峰席素雅
申请(专利权)人:中国人民解放军沈阳军区总医院
类型:发明
国别省市:辽宁;21

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