一种甲状腺癌致病基因融合基因变异检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括161条RNA探针，所述的RNA探针序列如Seq ID No 1～Seq ID No 161。本发明专利技术提供的一种甲状腺癌致病基因融合检测试剂盒，可同时检测5个疾病相关的致病基因，可以为甲状腺癌患病个体精准诊断和治疗创造了条件，并可为甲状腺结节患者进行癌症风险评估。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因变异检测领域，尤其涉及一种甲状腺癌致病相关基因融合变异检测试剂盒。
技术介绍
甲状腺癌是内分泌系统中发病率最高的恶性疾病，其发病率在近三十年内上升了三倍。根据2012年中国国家癌症中心登记处统计，我国甲状腺癌的发病率约为十万分之8.76，每年大约有11.8万人被检测出甲状腺癌。从细胞起源和临床病理上甲状腺癌可分为以下几种亚型：起源于甲状腺滤泡上皮细胞的高分化的乳头状癌和滤泡状癌，低分化癌，未分化癌；以及起源于甲状腺滤泡旁细胞的甲状腺髓样癌。其中乳头状癌占了所有甲状腺癌85％的病例。目前的研究表明基因融合是甲状腺癌发病的决定性因素之一，癌症基因组计划(TheCancerGenomeAtlas)绘制的甲状腺癌的遗传图谱提示，基因融合占据了甲状腺癌驱动突变的20％左右。因此鉴定出甲状腺癌组织中的基因融合对于甲状腺癌的精准诊断和治疗是必要的。目前基因融合的检测，主要依赖于实时荧光定量PCR(RealTimePCR,RT-PCR)、荧光原位杂交技术(Fluorescenceinsituhybridization,FISH)和免疫组化(Immunohistochemistry,IHC)等。FISH和IHC均采用探针杂交原理对已知的基因融合进行检测，一般一次仅检测一种类型的基因融合；RT-PCR具有相对较高的检测通量，例如针对白血病常见30个已知基因融合，可在8个PCR反应管中实现同时检测。但以上方法无一例外只能对已知的基因融合检测，并且受限于检测通量的限制，无法对致癌的所有基因融合实现一次性的全检测。而据众多研究报道，甲状腺癌的致病性基因融合已经超过40种，并且有大量的新的基因融合被陆续报道。因此，开发一种检测多基因的、已知及未知基因融合的方法，对于癌症的临床研究和诊断具有重要的意义。随着高通量测序技术的成熟，利用对癌组织的全转录组进行测序，可以实现对多基因的、已知及未知基因融合进行有效检测。但是在人类的全转录组中，存在2万多个基因，为测得所有的潜在的基因融合，需要至少得到8Gb的转录组测序数据；假如基因融合在全转录组中的表达丰度较低，甚至需要更多的转录组测序数据。因此，在实际临床诊断中，面临着全转录组测序成本高昂的问题。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种甲状腺癌致病相关的基因融合变异检测试剂盒，可同时检测与甲状腺癌致病相关的基因，可以为甲状腺癌患病个体进行分子遗传学诊断。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：本专利技术提供了一种甲状腺癌致病相关的基因融合变异检测试剂盒，包括以下部分：RNA探针组，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC漂洗液，0.1倍浓度的SSC漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括161条RNA探针，所述的RNA探针序列如SeqIDNo1～SeqIDNo161。优选的，所述的RNA探针组能特异性捕获甲状腺癌致病相关的基因；所述的甲状腺癌致病相关的基因包括：RET，NTRK1，NTRK3，PPARγ和RAF1。优选的，所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物序列为SeqIDNo162，所述反向引物序列为SeqIDNo163。优选的，所述的RNA探针为生物素标记的RNA探针。优选的，所述的封闭缓冲液的成分包括人cot-1DNA、鲑鱼精DNA和特异性封闭引物。优选的，所述特异性封闭引物的序列为SeqIDNo164～SeqIDNo169。优选的，所述的杂交缓冲液的成分包括SSPE溶液、Denhardt溶液、EDTA和SDS。优选的，所述的结合缓冲液的成分包括NaCl，Tris-HCl和EDTA。优选的，所述RNA酶封闭液为RNA酶抑制剂。优选的，所述的1倍浓度的SSC漂洗液包括1倍浓度的SSC溶液和0.1％SDS；优选的，所述的0.1倍浓度的SSC漂洗液包括0.1倍浓度的SSC溶液和0.1％SDS。本专利技术的有益效果：本专利技术提供的一种甲状腺癌致病相关基因融合检测试剂盒，可同时检测5个疾病相关的致病基因，可以为甲状腺癌患病个体精准诊断和治疗创造了条件，并可为甲状腺结节患者进行癌症风险评估。同时，本专利技术提供的甲状腺癌致病相关基因融合检测试剂盒，原料广泛易得，解决了检测成分本高昂的问题。具体实施方式本专利技术提供了一种甲状腺癌致病基因融合基因变异检测试剂盒，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC漂洗液，0.1倍浓度的SSC漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括161条RNA探针，所述的RNA探针序列如SeqIDNo1～SeqIDNo161。本专利技术提供的试剂盒，可同时检测5个与甲状腺癌致病相关的基因，可以为甲状腺癌患病个体进行分子遗传学诊断，为精准诊断和治疗创造了条件，并可为甲状腺结节患者进行癌症风险评估。本专利技术提供的试剂盒包括RNA探针组。所述RNA探针组的浓度优选为100ng/μl。所述RNA探针组的体积优选为200μl。本专利技术中，所述甲状腺癌致病相关基因的获取方法优选通过调研医学文献检索服务系统PUBMED上截止目前所有有关甲状腺癌的遗传学研究的论文，确定了甲状腺癌致病相关的5个。本专利技术中，所述的甲状腺癌致病相关基因优选包括RET，NTRK1，NTRK3，PPARγ，RAF1。本专利技术中，所述RET，NTRK1，NTRK3，PPARγ，RAF1基因与探针组对应关系如表1所示。表1甲状腺癌的致病相关基因与RNA探针组的对应关系本专利技术还提供了所述RNA探针组中探针的设计标准，优选包括以下内容：探针序列长度为55bp～120bp，且与目标区域序列一致；探针序列和目标区域序列的Tm值与探针序列和非目标区域序列Tm值的差值大于等于5℃，更优选与目标区域序列Tm与非目标区域序列Tm≥10℃；优选Tm的值基于SantaLucia2007热力学参数表的最邻近法计算；所述的探针自身形成发卡结构的Tm值≤45℃，更优选为Tm值≤37℃，优选Tm的值基于SantaLucia2007热力学参数表的最邻近法计算；所述各个探针的拷贝数根据目标区域的GC含量调整，目标区域序列的GC含量为10～30％或70～90％的探针拷贝数是目标区域序列为40％～60％探针拷贝数的3～4倍，目标区域序列的GC含量为10～30％或70～90％的探针拷贝数是目标区域序列为40％～60％探针拷贝数的2.2～2.8倍。本专利技术还提供了所述RNA探针组中探针的制备方法，优选包括以下步骤：1)针对基因的编码序列，由5’往3’方向，按照序列反向互补的原则，从第一个碱基开始设计长度为110～130bp的探针序列，并且每两个相邻的探针序列之间存在50～70bp的重叠；2)在每个探针序列的5’端和3’端，分别添加序列为SeqIDNo170的引物和序列为SeqIDNo171的引物，形成两端带有同样序列的探针组序列列表；3)采用寡核苷酸原位合成技术，在芯片上进行寡核苷酸的大规模合成上述探针组序列列表中的序列；4)将芯片上的寡核苷酸洗脱下来，形成寡核苷酸混合物；5)以寡核苷酸混合物为模板，以序列为SeqIDNo170的引物和与序列为SeqIDNo172的反向互补的序列为引物，利用Taq聚合酶进行聚合酶链式本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种甲状腺癌致病基因融合检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括161条RNA探针，所述的RNA探针序列如Seq ID No1～Seq ID No161。
【技术特征摘要】
1.一种甲状腺癌致病基因融合检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括161条RNA探针，所述的RNA探针序列如SeqIDNo1～SeqIDNo161。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述的RNA探针组能特异性捕获甲状腺癌的致病相关的基因；所述的甲状腺癌相关的致病基因包括：RET，NTRK1，NTRK3，PPARγ和RAF1。3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物序列为SeqIDNo162，所述反向引物序列为SeqIDNo163。4.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述的RNA探针为生物素...
【专利技术属性】
技术研发人员：梁加龙，滕花景，李津臣，孙中生，
申请(专利权)人：中国科学院动物研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11
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