预测胃癌转移的基因检测试剂盒及其使用方法技术

本发明专利技术涉及一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒，试剂盒中包含DNA建库试剂盒，DNA建库试剂盒包含高危基因探针和低危基因探针；‑高危基因包括：CDH1、CDH2、SNAIL、SLUG、MUC4、MUC6、PRSS3、USP6、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、TGFBR2、MMP2、MMP9、BRCA1、BRCA2、PALB2、ATM、ATR、MUTYH、EMSY、ERCC4、RAD51、PARP1和XRCC1；‑低危基因包括：ATRX、BRIP1、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FANCO、FANCP、MDM2、MDM4、MLH1、NPM1、PP2R1A、PRKDC、RAD50、STAG2、XRCC5和XRCC6。本发明专利技术还公开了上述试剂盒的使用方法，包括以下步骤：提取血液样本中的cfDNA；采用DNA建库试剂盒对cfDNA进行建库，然后对DNA进行测序，获得基因全长序列；对基因全长序列进行基因突变分析。

Gene detection kit for predicting metastasis of gastric cancer and method of using the same

The invention relates to a method for predicting the metastasis of gastric cancer gene detection kit, kit contains DNA construction kit, DNA construction kit contains high-risk and low-risk gene probe gene probe; risk genes include: CDH1, CDH2, SNAIL, SLUG, MUC4, MUC6, PRSS3, USP6, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, TGFBR2, MMP2, MMP9, BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, ATR, MUTYH, EMSY, ERCC4, RAD51, PARP1 and XRCC1; low risk genes including ATRX, BRIP1, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FANCO, FANCP, MDM2, MDM4, MLH1, NPM1, PP2R1A, PRKDC, RAD50, STAG2, XRCC5 and XRCC6. The present invention also discloses the application of the kit, which comprises the following steps: extracting blood samples in cfDNA; building a database using DNA kit database on cfDNA, then sequenced the DNA gene sequence obtained; gene mutation analysis of the gene sequence.

【技术实现步骤摘要】
预测胃癌转移的基因检测试剂盒及其使用方法
本专利技术涉及基因诊断试剂盒领域，尤其涉及一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒及其使用方法。
技术介绍
癌症死亡是目前威胁人类生命健康的一大因素，90％以上的癌症患者死于肿瘤转移，发生转移的癌症患者生存期一般不超过五年。在我国，胃癌的发病率居恶性肿瘤的第二位，死亡率第四位。我国胃癌住院病例中90％以上为进展期胃癌，即使施行根治，其五年生存率仍徘徊在30％左右，影响胃癌预后的主要原因是转移。胃癌转移多发生在患者中晚期，仅有少部分发生在胃癌的早期，给患者带来了极大的痛苦，因此肿瘤转移的早期检测显得尤为关键。胃癌常见转移部位有肺转移、肝转移、骨转移及脑转移等，其转移途径主要有：1、直接播散：浸润型胃癌可沿粘膜或浆膜直接向胃壁内、食管或十二指肠发展。癌肿一旦侵及浆膜，即容易向周围邻近器官或组织如肝、胰、脾、横结肠、空肠、膈肌、大网膜及腹壁等浸润。癌细胞脱落时也可种植于腹腔、盆腔、卵巢与直肠膀胱陷窝等处。2、淋巴结转移：占胃癌转移的70％，胃下部癌肿常转移至幽门下、胃下及腹腔动脉旁等淋巴结，而上部癌肿常转移至胰旁、贲门旁、胃上等淋巴结。晚期癌可能转移至主动脉周围及膈上淋巴结。由于腹腔淋巴结与胸导管直接交通，故可转移至左锁骨上淋巴结。3、血行转移：部分患者外周血中可发现癌细胞，可通过门静脉转移至肝脏，并可达肺、骨、肾、脑、脑膜、脾、皮肤等处。目前主要采用医学影像学进行胃癌转移的诊断，以骨转移和肝转移为例，目前的诊断方法主要如下：一、胃癌骨转移诊断方法：1)放射性核素骨扫描(ECT)检查：对胃癌骨转移的诊断率较高，能在X线平片及CT发现骨转移之前数月检出转移灶，对于多发性胃癌骨转移诊断假阳性极少，但对于单发性胃癌骨转移诊断有一定假阳性；2)X线检查：可作为胃癌骨转移诊断的基本检查手段，有助于检测溶骨性骨转移部位骨髓质和骨皮质破坏的程度，也可用于证实其他影像学的发现，但对于没有骨破坏的转移灶灵敏度低；3)计算机断层扫描(CT)检查：CT对胃癌骨转移的诊断比X线灵敏。能发现早期骨质破坏，一般无假阳性，但难以发现跳跃性椎体转移灶；4)核磁共振成像(MRI)检查：MRI对胃癌骨转移的诊断高度敏感。胃癌疑有骨转移者应常规行骨显像检查，对多发性且明显放射性浓聚者判断为骨转移，而对于单发浓聚者采用X线平片或CT进一步证实，而多发性浓聚不太明显者采用MRI检查。二、胃癌的肝转移：1)腹部彩色超声：为临床诊断胃癌发生肝转移及治疗后随诊的首选方法。一般1～2cm以上肝转移癌灶均可能显像，总的临床诊断准确率可达90％。2)腹部计算机断层扫描(CT)：目前已成为诊断胃癌肝转移的常规检查方法。可检出1～2cm或更小的转移性癌灶，其敏感度可超过90％。3)核磁共振成像(MRI)：胃癌肝转移表现为边界清楚，信号强度均匀或强弱不等的多发或单发病灶，可呈现“靶征”或“亮环征”，其敏感性与CT相近。4)选择性腹腔动脉或肝动脉造影：常可显示出1cm或更小的肝转移癌灶。对肝内占位性质难以确定、病灶较大、边界欠清、怀疑肝内有卫星转移癌灶者，可考虑行选择性动脉造影。5)正电子发射计算机断层显像(PET)：PET获得的断层图像主要反映组织/细胞的代谢信息，可以直接对人体进行生理、生化的代谢研究，在肿瘤发生早期，即在其病理变化之前就可能发现肿瘤存在。但因其价格昂贵，目前尚不能普遍应用，只能作为一种特殊的检查方法。目前，临床上主要采用医学影像学对胃癌转移进行临床诊断，但是这些方法也存在着一些明显的不足，主要体现在：指标不够客观，对于微小转移灶和临界状况无法提供明确的判定；能够明显识别的转移灶，对于患者已经是中晚期了，错过最佳的治疗时机，不利于患者的治疗。随着二代测序技术和精准医学的发展，液体活检技术被越来越多的人所接受应用到肿瘤的早期诊断和检测领域中，主要包括cfDNA(细胞游离DNA)、ctDNA(循环肿瘤DNA)和CTC(循环肿瘤细胞)等。
技术实现思路
为解决上述技术问题，本专利技术的目的是提供一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒及其使用方法，使用本专利技术的试剂盒能够预测胃癌患者发生肿瘤转移的概率风险，通过基因检测技术进行肿瘤转移的超早期筛查，提前预防，赢得诊治的最佳治疗时间，使患者获益。在一方面，本专利技术提供了一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒，试剂盒中包含DNA建库试剂盒，DNA建库试剂盒包含高危基因探针和低危基因探针；-高危基因包括：CDH1、CDH2、SNAIL、SLUG、MUC4、MUC6、PRSS3、USP6、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、TGFBR2、MMP2、MMP9、BRCA1、BRCA2、PALB2、ATM、ATR、MUTYH、EMSY、ERCC4、RAD51、PARP1和XRCC1；-低危基因包括：ATRX、BRIP1、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FANCO、FANCP、MDM2、MDM4、MLH1、NPM1、PP2R1A、PRKDC、RAD50、STAG2、XRCC5和XRCC6。进一步地，DNA建库试剂盒为二代测序快速DNA建库试剂盒。进一步地，DNA建库试剂盒中还包括T4DNA连接酶、DNA末端修复酶、高保真DNA合成酶和酶反应缓冲液。其中，酶反应缓冲液为现有技术中DNA建库试剂盒中常用缓冲液，可通过商业途径获取。进一步地，试剂盒中还包括真空采血管。进一步地，试剂盒中还包括血液DNA抽提试剂盒。进一步地，血液DNA抽提试剂盒中包括异丙醇、RNA酶、蛋白酶K和酶反应缓冲液。其中，酶反应缓冲液为现有技术中血液DNA抽提试剂盒中常用缓冲液，可通过商业途径获取。在另一方面，本专利技术还提供了一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒的使用方法，包括以下步骤：(1)提取血液样本中的cfDNA，cfDNA中含有胃癌肿瘤细胞释放的DNA，携带有肿瘤细胞特异性的基因突变；(2)采用DNA建库试剂盒对cfDNA进行建库，然后对DNA进行测序，获得基因全长序列；(3)对步骤(2)的基因全长序列进行基因突变分析。进一步地，在步骤(1)之前还包括使用真空采血管采集血液样本的步骤，并在样本采集72h内进行cfDNA的提取。进一步地，在步骤(2)中，采用Illumina二代测序平台，对DNA进行测序。进一步地，在步骤(3)中，基因突变导致胃癌转移的概率依次降低的失活突变、致病性突变、非致病性非同义突变和同义突变，根据概率对突变按表1设定分值。表1基因突变评分表失活突变致病性突变非致病性非同义突变同义突变高危基因201820.25低危基因10910.25优选地，失活突变为提前终止、终止子缺失、移码突变和第一位甲硫氨酸突变中的一种或几种；致病性突变为点突变、扩增、插入或者缺失中的一种或几种；非致病性非同义突变为改变氨基酸的变异；同义突变为未改变氨基酸的变异。进一步地，在步骤(3)中，高危基因与低危基因的失活突变、致病性突变、非致病性非同义突变的得分比为2:1。进一步地，在步骤(3)中，高危基因与低危基因的同义突变的得分比为1:1。进一步地，在步骤(3)中，根据DNA中基因突变的种类和数量得到分数，将该分数与总分数对比来判断胃癌转移的概率。进一步本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包含DNA建库试剂盒，所述DNA建库试剂盒包含高危基因探针和低危基因探针；‑所述高危基因包括：CDH1、CDH2、SNAIL、SLUG、MUC4、MUC6、PRSS3、USP6、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、TGFBR2、MMP2、MMP9、BRCA1、BRCA2、PALB2、ATM、ATR、MUTYH、EMSY、ERCC4、RAD51、PARP1和XRCC1；‑所述低危基因包括：ATRX、BRIP1、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FANCO、FANCP、MDM2、MDM4、MLH1、NPM1、PP2R1A、PRKDC、RAD50、STAG2、XRCC5和XRCC6。

【技术特征摘要】
1.一种预测胃癌转移的基因检测试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包含DNA建库试剂盒，所述DNA建库试剂盒包含高危基因探针和低危基因探针；-所述高危基因包括：CDH1、CDH2、SNAIL、SLUG、MUC4、MUC6、PRSS3、USP6、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2、TGFBR2、MMP2、MMP9、BRCA1、BRCA2、PALB2、ATM、ATR、MUTYH、EMSY、ERCC4、RAD51、PARP1和XRCC1；-所述低危基因包括：ATRX、BRIP1、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FANCO、FANCP、MDM2、MDM4、MLH1、NPM1、PP2R1A、PRKDC、RAD50、STAG2、XRCC5和XRCC6。2.根据权利要求1所述的预测胃癌转移的基因检测试剂盒，其特征在于：所述DNA建库试剂盒中还包括T4DNA连接酶、DNA末端修复酶、高保真DNA合成酶和酶反应缓冲液。3.根据权利要求1所述的预测胃癌转移的基因检测试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中还包括真空采血管。...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨海平，徐健，唐元华，
申请(专利权)人：苏州首度基因科技有限责任公司，首度生物科技苏州有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32