本发明专利技术涉及植物基因工程领域，旨在提供一种用于烟草ＩＭＰ分子标记的引物。该引物具有ＳＥＱ?ＩＤ?ＮＯ：１至ＳＥＱ?ＩＤ?ＮＯ：１０所示的核苷酸序列。本发明专利技术是一种烟草新生物分子标记技术，提供的这些引物可用于烟草ＩＭＰ分子标记。而这些标记可以利用的领域主要包括：（１）烟草分子标记辅助选择育种。也就是用于烟草品种的选育；（２）烟草遗传图谱的构建；（３）烟草重要功能基因的定位和发现；（４）烟草特定性状早期诊断、早期筛选；（５）烟草亲缘关系判断（如烟草品种混杂、烟草与及其野生种的分析等）。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属生物技术和基因工程领域，涉及一种基于微型反向重复转座元件 (Miniatureinverted-repeat transposable element)的分子标记技术。具体为用于烟草 IMP分子标记的引物。
技术介绍
普通烟草(Nicotiana tabacum)属于茄科(Solanaceae)烟草属(Nicotiana)植 物，是一种重要的经济作物。尽管烟草在生物技术和基因工程领域作为转基因模式植物发 挥重要作用，但其自身的遗传研究相对落后，至今还未建成一张高密度、覆盖整个基因组的 遗传图谱，严重限制了对烟草重要农艺性状的遗传基础和遗传规律的研究。针对烟草染色 体多、基因组大，加之遗传背景狭窄的事实，常规分子标记手段如SSR，RAPD不能高效稳定 检测栽培烟草不同品种间遗传多态性。迫切需要利用一种高效、可靠的分子标记技术，开发 稳定性高、均勻分布基因组的分子标记。IMP(Inter-MITE Polymorphism)即微型反向重复转座元件间多态性，是一种 基于聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction，PCR)，扩增相邻两MITEs间序列 长度多态性的分子标记技术。微型反向重复转座元件(miniature inverted-repeat transposableelements, MITEs)是一类广泛分布于动植物基因组中的DNA转座元件，其特 征是(1)序列长度不超过600个核苷酸碱基；(2)序列5’和3’端具有11个核苷酸碱基的 末端反向重复(Terminal Inverted Repeat,TIR)和多以TAA或TA为靶标位点重复(Target SiteDuplication, TSD)的序列结构；(3)这类DNA转座元件拷贝数较高并偏好插入到基因 编码区。利用末端反向重复和靶标位点重复序列来进行引物选择，已经在豆类和大麦等作 物上得到很好应用(Chang et al. Theo Appl Genet 2001,102:773-781)。但在烟草上还 未见应用的报道。同时，在烟草全基因组查找MITE并利用其进行分子标记的开发还未见报道。
技术实现思路
本专利技术要解决的技术问题是，提供一种用于烟草IMP分子标记的引物。本专利技术解决其技术问题的手段是通过利用美国烟草基因组测序计划释放的基因 组序列，采用生物信息学手段，获得一批烟草MITE序列。然后根据IMP标记策略，进行烟草 IMP标记开发和应用研究，得到一批用于烟草IMP分子标记的引物。本专利技术中，所述用于烟草IMP分子标记的引物分别具有SEQ ID NO :1至SEQ ID NO 10所示的序列。本专利技术的有益效果是本专利技术是一种烟草新生物分子标记技术，提供的这些引物可用于烟草IMP分子标 记。而这些标记可以利用的领域主要包括(1)烟草分子标记辅助选择育种。也就是用于烟草品种的选育；(2)烟草遗传图谱的构建；(3)烟草重要功能基因的定位和发现；(4)烟 草特定性状早期诊断、早期筛选；(5)烟草亲缘关系判断(如烟草品种混杂、烟草与及其野 生种的分析等)。具体实施例方式本专利技术中，有关烟草IMP分子标记引物的完成步骤如下第一步烟草基因组数据获得对美国烟草基因组测序计划释放的原始序列进行去冗余、拼接整理，获得查找 MITE的原始数据；第二步烟草候选MITE查找根据MITE的结构特征末端反向重复(TIR)和靶标位点重复(TSD)，利用生物信 息学方法获取烟草候选MITE序列；第三步基于MITE的引物选择依据上一步获得的候选MITE序列，将其具有相同TIR结构MITE序列划为一个子 集，并对这个子集中的序列进行多序列联配，找到MITE结构中保守结构域，以此为核心选 择18 20个核苷酸长度的引物，例如本专利技术核苷酸或氨基酸序列表中的SEQ ID N0:1至 SEQ ID NO 10所示的引物序列。第四步多聚酶链式反应(PCR)将上步选择的引物，在烤烟品种Hicks Broad Leaf上测试，考察各条单引物的最 适PCR反应条件，并对不同引物进行两两组合，优化PCR反应条件；第五步PCR扩增及其遗传多态性统计依照上步成功扩增的IMP单引物及其有效组合引物对，在8个烟草主栽品种红花 大金元、K326、Hicks Broad Leaf、Florida 301、Samsun、Burley 21、TN86 和土耳其巴斯玛 进行PCR扩增，PCR扩增产物经变性PAGE胶分离、银染，统计品种间的多态性条带。最后，还需要注意的是，以上列举的仅是本专利技术的具体实施例子。显然，本专利技术不 限于以上实施例子，还可以有许多变形。本领域的普通技术人员能从本专利技术公开的内容直 接导出或联想到的所有变形，均应认为是本专利技术的保护范围。权利要求一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO1所示的序列。2.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :2所示的 序列。3.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :3所示的 序列。4.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID N0:4所示的 序列。5.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :5所示的 序列。6.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :6所示的 序列。7.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :7所示的 序列。8.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :8所示的 序列。9.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID NO :9所示的 序列。10.一种用于烟草IMP分子标记的引物，其特征在于，该引物具有SEQ ID N0:10所示 的序列。全文摘要本专利技术涉及植物基因工程领域，旨在提供一种用于烟草IMP分子标记的引物。该引物具有SEQ ID NO1至SEQ ID NO10所示的核苷酸序列。本专利技术是一种烟草新生物分子标记技术，提供的这些引物可用于烟草IMP分子标记。而这些标记可以利用的领域主要包括(1)烟草分子标记辅助选择育种。也就是用于烟草品种的选育；(2)烟草遗传图谱的构建；(3)烟草重要功能基因的定位和发现；(4)烟草特定性状早期诊断、早期筛选；(5)烟草亲缘关系判断(如烟草品种混杂、烟草与及其野生种的分析等)。文档编号C12N15/11GK101899436SQ201010136819公开日2010年12月1日 申请日期2010年3月30日 优先权日2010年3月30日专利技术者桂毅杰, 樊龙江, 童治军, 肖炳光 申请人:浙江大学;云南省烟草农业科学研究院本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种用于烟草ＩＭＰ分子标记的引物，其特征在于，该引物具有ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１所示的序列。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：樊龙江，肖炳光，桂毅杰，童治军，
申请(专利权)人：浙江大学，云南省烟草农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：86
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