用于分离结合至任何类型的目的核酸序列的蛋白质的方法技术

技术编号:8687430 阅读:186 留言:0更新日期:2013-05-09 07:12
本发明专利技术提供了用于分离和鉴定结合于任何类型的目标核酸序列(目的序列:SoI),有利地结合于任何类型的目标DNA序列(特别是在活细胞或试管中的染色体DNA或RNA或附加型DNA的情况下)的蛋白质的新型方法。在本发明专利技术的背景下,活细胞包括含有核酸材料(需要分析其所结合的蛋白质)的任何生物,例如病毒、细菌、细胞。本发明专利技术基于位于SoI附近的特定核酸序列标签,有利地能够形成三股螺旋的特定双链DNA(称为形成三螺旋的标签序列(TFT序列))的使用。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】 真核生物DNA在染色体的情况下被许多蛋白质复合物结合和解释(interpreted)。调控特定基因座的全套蛋白质的描述对于理解基因表达和调控是至关重要的。细胞代谢,例如基因组维持、基因表达、程序化细胞增殖等借助于受密切调控的蛋白质(所述蛋白质携带翻译后修饰并且作为蛋白质网络的一部分)的特定组合在染色质中进行归档(索引)。尽管进行了大量的表征努力,但染色体仍然是未得到充分表征的细胞器官(Kornberg和 Lorch, 2007).理解籍以将转录历史编码和存储在染色质中的方式是个巨大的挑战,其目前因缺乏方便的分离染色质的特定片段(在下文中称为目的染色质(CoI))和分析它们的蛋白质含量(作为生长状况、细胞周期、细胞类型等的函数)的方法而受到限制。术语“目的染色质”片段是指,特定核酸序列(即给定的基因)与所有结合的蛋白质之间的复合物。鉴于基因组例如人基因组(3xl09bp)的巨大尺寸,此类特定核蛋白片段的分离是个特别费劲的任务。为了分离与单个人基因(3kb的理论平均尺寸)相关的染色质片段,人们将需要从IO6个片段中分离出I个片段。存在对简化CoI片段的分离的方法的需要。在过去的25年中,本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.07.13 EP 10007204.01.一种用于分离与任何类型的目标核酸序列(目的序列=SoI)结合的蛋白质的方法,其中 -在第一步骤中,将形成三螺旋的标签序列(TFT序列)引入活细胞的所述核酸序列中,并培养所述活细胞; -在第二步骤中,收集步骤I中获得的细胞,并在允许形成核酸三螺旋的条件下将其与特异于引入的TFT序列的分子探针(TFO探针)混合; -在第三步骤中,分离第二步骤中形成的核酸三螺旋,并分析结合的蛋白质。2.权利要求1的任一项的方法,其中所述目标核酸序列为基因组核酸,优选基因组DNA或附加型DNA。3.权利要求1或2的任一项的方法,其中所述形成三螺旋的标签序列(TFT序列)为可用作标签的任何核酸序列。4.权利要求3的方法,其中所述TFT序列为通常不存在于所述SoI所存在的核酸序列中的序列。5.权利要求1至4的任一项的方法,其中所述TFT序列为多聚嘧啶-多聚嘌呤序列。6.权利要求1至5的任一项的方法,其中所述TFT序列为短的形成三螺旋的标签序列(TFT序列),其具有10至50个碱基对,优选15至35个碱基对,非常优选约20个碱基对的长度。7.权利要求1至6的任一项的方法,其中在收获步骤I中获得的细胞时并且在与TFO探针混合之前,在步骤2中 进行细胞碎裂的另外步骤。8.权利要求1至7的任一项的方法,其中在添加TFO探针之前进行纯化或分离细胞的细胞核的另外步骤。9.权利要求1至8的任一项的方法,其中添加结合至核酸的蛋白质的交联步骤。10.权利要求9的方法,其中紧在步骤I之后、在收集步骤之前添加交联步骤。11.权利要求9的方法,其中紧在细胞收集之后、紧在添加TFO探针之前,在步骤2中添加交联步骤。12.权利要求9至11的任一项的方法,其中按照选自下述的任何方法进行交联步骤:UV光交联、甲醛交联技术、六价铬、二甲基己二酸(DMA) ;二琥珀酰亚胺基辛二酸酯(D88);二硫代双[琥珀酰亚胺基丙酸酯](D8P);乙二醇双[琥珀酰亚胺基琥珀酸酯](EG8),优选使用体内甲醛交联技术。13.权利要求1至12的任一项的方法,其中进行细胞裂解的另外步骤。14.权利要求13的方法,其中当按照权利要求1至8的方法不进行交联步骤时,在所述方法的第二步骤中在收集细胞后添加细胞裂解步骤。15.权利要求13的方法,其中当按照权利要求9至12的方法进行交联步骤时,...

【专利技术属性】
技术研发人员:R·富克斯S·福基
申请(专利权)人:国家科研中心
类型:
国别省市:

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