微肽及其用于调节基因表达的用途制造技术

用于检测和鉴定由包含在微小RNA的初级转录物序列中的核苷酸序列所编码的微肽(miPEP)的方法，以及其用于调节基因表达的用途。以及其用于调节基因表达的用途。以及其用于调节基因表达的用途。

【技术实现步骤摘要】
微肽及其用于调节基因表达的用途
[0001]本申请是2014年10月31日提交的同名专利技术专利申请201480070078.9的分案申请。
[0002]本专利技术涉及微肽(由微小RNA所编码的肽，或“miPEP”)，以及其用于调节基因表达的用途。
[0003]微小RNA(miR)是在成熟后具有大约21个核苷酸的非编码小RNA，其在转录后水平上通过降解靶mRNA或通过抑制其翻译来控制靶基因的表达。miR存在于植物和动物中。
[0004]靶基因常常是发育过程的关键基因。它们编码例如转录因子或者蛋白酶体的蛋白质。
[0005]miR的表达的调控是知之甚少的，但是尤其知道其，像大多数编码基因一样，牵涉RNA聚合物II：该酶产生初级转录物(称为“pri
‑
miR”)，其然后通过包含尤其是Dicer类型的酶的蛋白复合体而成熟。该成熟首先导致形成miR前体(称为“pre
‑
miR”)，其具有以包含miR和其互补序列miR*的茎
‑
环形式的二级结构。然后，所述前体成熟，这导致形成包含miR和miR*的更短的双链RNA。然后，miR由RISC复合体来负责，所述RISC复合体切割靶基因的mRNA或者抑制其翻译。
[0006]此外，已显示，在微小RNA的初级转录物中内含子的存在增加成熟的微小RNA的表达(Schwab等人，EMBO Rep.，14(7)：615
‑
21，2013)。然而，由于实验的困难，微小RNA的初级转录物或pri
‑
miR很少被研究。
[0007]大约50％的真核基因在其5
’
UTR区域(5
’
非翻译区)内在编码序列的上游具有小的开放阅读框。这些小的开放阅读框(或者“上游ORF”，“uORF”)可以发挥翻译调节子的作用，这主要通过调节在mRNA上核糖体的结合和速率以顺式(cis)方式来进行，但是也按照依然未知的机制借助于由所述uORF所编码的肽以反式(trans)方式来进行(Combier等人，Gene Dev，22：1549
‑
1559，2008)。从定义本身来说，uORF存在于编码基因的上游。
[0008]最近，还发现了在长的基因间非编码RNA(lincRNA)中的小ORF，其推定的功能(如果它存在)还不知晓(Ingolia等人，Cell，147(4)：789
‑
802，2011；Guttman&Rinn，Nature，482(7385)：339
‑
46，2012)。
[0009]然而，关于在非编码微小RNA内编码肽的ORF的存在，还没有报道任何实例。迄今为止，微小RNA，和扩展说来，其初级转录物，总是由于其特殊的作用方式而被认为是不产生任何肽的非编码性调控RNA。
[0010]本专利技术的一个方面为提供能够调节微小RNA的表达的肽。
[0011]本专利技术的另一个方面为提供使得能够调节微小RNA的一个或多个靶基因的表达的工具。
[0012]本专利技术具有这样的优点：允许借助于除了微小RNA以外的工具，更容易和更有效地通过微小RNA来控制靶基因的表达。
[0013]因此，本专利技术涉及用于检测和鉴定由包含在微小RNA的初级转录物序列中的核苷酸序列所编码的微肽(miPEP)的方法，所述方法包括：
[0014]a)检测包含在所述微小RNA的初级转录物序列中的具有12至303个核苷酸的开放阅读框的步骤，然后
[0015]b)在下列之间进行比较的步骤：
[0016]·
在由相对于所述开放阅读框的核苷酸序列而言相同或简并的核苷酸序列所编码的肽存在下，所述微小RNA在表达所述微小RNA的指定真核细胞中的积累，其中所述肽不依赖于所述微小RNA的初级转录物的转录而存在于所述细胞中，和
[0017]·
在所述肽不存在下，所述微小RNA在与上述表达所述微小RNA的指定真核细胞相同类型的真核细胞中的积累，
[0018]其中，相对于所述微小RNA在所述肽不存在下的积累而言所述微小RNA在所述肽存在下的积累的调节表明了由所述开放阅读框所编码的微肽的存在。
[0019]特别地，本专利技术涉及用于检测和鉴定由包含在微小RNA的初级转录物序列中的核苷酸序列所编码的微肽(miPEP)的方法，所述方法包括：
[0020]a)检测包含在所述微小RNA的初级转录物序列中的具有15至303个核苷酸的开放阅读框的步骤，然后
[0021]b)在下列之间进行比较的步骤：
[0022]·
在由相对于所述开放阅读框的核苷酸序列而言相同或简并的核苷酸序列所编码的肽存在下，所述微小RNA在表达所述微小RNA的指定真核细胞中的积累，其中所述肽不依赖于所述微小RNA的初级转录物的转录而存在于所述细胞中，和
[0023]·
在所述肽不存在下，所述微小RNA在与上述表达所述微小RNA的指定真核细胞相同类型的真核细胞中的积累，
[0024]其中，相对于所述微小RNA在所述肽不存在下的积累而言所述微小RNA在所述肽存在下的积累的调节表明了由所述开放阅读框所编码的微肽的存在。
[0025]特别地，本专利技术涉及用于检测和鉴定由包含在微小RNA的初级转录物序列中的核苷酸序列所编码的微肽(miPEP)的方法，所述方法包括：
[0026]a)检测包含在所述微小RNA的初级转录物序列中的具有15至303个核苷酸或12个核苷酸的开放阅读框的步骤，然后
[0027]b)在下列之间进行比较的步骤：
[0028]·
在由相对于所述开放阅读框的核苷酸序列而言相同或简并的核苷酸序列所编码的肽存在下，所述微小RNA在表达所述微小RNA的指定真核细胞中的积累，其中所述肽不依赖于所述微小RNA的初级转录物的转录而存在于所述细胞中，和
[0029]·
在所述肽不存在下，所述微小RNA在与上述表达所述微小RNA的指定真核细胞相同类型的真核细胞中的积累，
[0030]其中，相对于所述微小RNA在所述肽不存在下的积累而言所述微小RNA在所述肽存在下的积累的调节表明了由所述开放阅读框所编码的微肽的存在。
[0031]特别地，本专利技术涉及用于检测和鉴定由包含在微小RNA的初级转录物序列中的核苷酸序列所编码的微肽(miPEP)的方法，所述方法包括：
[0032]a)检测包含在所述微小RNA的初级转录物序列中的具有12个核苷酸的开放阅读框的步骤，然后
[0033]b)在下列之间进行比较的步骤：
[0034]·
在由相对于所述开放阅读框的核苷酸序列而言相同或简并的核苷酸序列所编码的肽存在下，所述微小RNA在表达所述微小RNA的指定真核细胞中的积累，其中所述肽不
依赖于所述微小RNA的初级转录物的转录而存在于所述细胞中，和
[0035]·
在所述肽不存在下，所述微小RNA在与上述表达所述微小本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测、鉴定和使用由包含在微小RNA的初级转录物序列中的核苷酸序列所编码的微肽miPEP的方法，其中所述检测和鉴定如下实施：(a)检测包含在所述微小RNA的初级转录物序列中的具有12～303个核苷酸的开放阅读框，然后(b)在下列之间进行比较：
·
在由相对于所述开放阅读框的核苷酸序列而言相同或简并的核苷酸序列所编码的肽存在下，所述微小RNA在表达所述微小RNA的指定真核细胞中的积累，其中所述肽不依赖于所述微小RNA的初级转录物的转录而存在于所述细胞中，和
·
在所述肽不存在下，所述微小RNA在与上述表达所述微小RNA的指定真核细胞相同类型的真核细胞中的积累，其中，相对于所述微小RNA在所述肽不存在下的积累而言所述微小RNA在所述肽存在下的积累的调节表明了由所述开放阅读框所编码的微肽的存在，且其中所述使用是：(c)通过将所述miPEP或编码所述miPEP的多核苷酸引入到真核细胞来使用所述miPEP调节能够表达所述微小RNA的所述真核细胞中所述微小RNA的积累。2.根据权利要求1的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中所述微小RNA的积累的调节为所述微小RNA的积累的减少或增加。3.根据权利要求2的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中所述微小RNA的积累的调节为所述微小RNA的积累的增加。4.根据权利要求1～3之任一项的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中步骤(a)的所述开放阅读框被包含在所述微小RNA的所述初级转录物的5
’
或3
’
部分中。5.根据权利要求5的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中步骤(a)的所述开放阅读框被包含在所述微小RNA的所述初级转录物的5
’
部分中。6.根据权利要求1～3之任一项的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中所述微小RNA存在于野生型植物细胞中或存在于野生型动物细胞中，并且其中在步骤(b)中所使用的所述真核细胞为植物细胞，或者为动物细胞。7.根据权利要求7的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中在步骤(b)中所使用的所述真核细胞为十字花科植物、豆科植物或茄科植物的植物细胞。8.根据权利要求7的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中在步骤(b)中所使用的所述真核细胞为从由人细胞或果蝇细胞组成的组中选择的动物细胞。9.根据权利要求1～3之任一项的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中在步骤(b)中所使用的所述真核细胞之中，所述微小RNA是内源来源的。10.根据权利要求1～3之任一项的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中在步骤(b)中所使用的所述真核细胞之中，所述微小RNA是外源来源的，所述真核细胞包含允许所述微小RNA表达的载体。11.根据权利要求1～3之任一项的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中所述微小RNA的积累通过使用定量RT
‑
PCR、Northern印迹、DNA芯片或RNA芯片来进行测定。
12.根据权利要求1～3之任一项的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中在步骤(c)中使用之前，将所述miPEP或编码所述miPEP的多核苷酸与赋形剂、稀释剂或溶剂混合。13.根据权利要求12的用于检测、鉴定和使用miPEP的方法，其中所述赋形剂、稀释剂或溶剂包含选自下列的组分：乙腈，乙酸，乙腈和乙酸的混合物，水和乙腈的混合物，水和乙酸的混合物，及水、乙腈...

【专利技术属性】
技术研发人员：JP，
申请(专利权)人：国家科研中心，
类型：发明
国别省市：