基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集及其应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物学及植物分子育种技术领域，具体涉及基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集及其应用，为开发一种快速、准确、有效的不结球白菜种质和品种鉴定评价方法，本发明专利技术基于KASP技术开发了不结球白菜的核心SNP分子标记集，该SNP分子标记集能够快速、准确、有效地鉴定评价种质资源材料或者育成品种，可以解决因大量种质积累而带来的资源冗余、保存管理不便以及知识产权纠纷等问题，为遗传图谱构建、基因定位、分子辅助育种等提供分子标记。供分子标记。供分子标记。

【技术实现步骤摘要】
基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学及植物分子育种
，具体涉及基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集及其应用。

技术介绍

[0002]不结球白菜(Brassica rapa ssp.chinensis Makino)为十字花科芸薹属芸薹种白菜亚种，包括小白菜、菜薹、薹菜、乌塌菜、分蘖菜等多个变种。不结球白菜原产中国，具有生长周期短、营养丰富、适应性强等特点，在全世界范围内栽培广泛，是一种具有重要经济价值的叶菜类蔬菜。
[0003]分子标记(RAPD、SSR、Indel、SNP等)被广泛地应用于不结球白菜种质资源遗传多样性评价、遗传图谱构建与基因定位、分子标记辅助育种等方面。其中，RAPD技术较易受到各种因素的影响。无论是模板的质量和浓度，短的引物序列，PCR的循环次数，基因组DNA的复杂性，技术设备等，都有可能导致RAPD结果的不稳定和难重复。SSR标记因具有多态性高、操作简单等优点，在我国蔬菜作物遗传育种中曾经被普遍应用。但是其无法满足大规模、高通量、自动化的检测需求。SNP标记作为第三代分子标记，具有以下优势：一是在基因组中密度高分布更均匀；二是高通量，检测位点可以达到几百万个；三是容易实现数据统计的自动化和数据整合比较。目前，SNP已经被应用到蔬菜作物如辣椒、甜瓜、西瓜、黄瓜的品种鉴定以及种子纯度检测等方面。随着高通量基因型分型技术的发展，具有较高SNP使用效率和分析通量的竞争性等位基因特异性PCR(Competitive allele
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specific PCR，KASP)技术问世。KASP是一种基于荧光检测的基因分型技术，即基于引物末端碱基的特异匹配对SNP进行分型，并通过两个位点特异探针以及2个荧光探针来检测多个SNP位点，从而对目标SNP进行精准的双等位基因分型，具有高度稳定性与准确性。该技术目前主要被应用于SNP或Indel基因的分型研究中，并正逐渐成为遗传图谱构建、基因定位、分子辅助育种技种质资源鉴评的主要技术手段。
[0004]传统对不结球白菜种质和品种的鉴定评价主要依靠表型。随着我国不结球白菜种质资源收集保护工作的不断推进，以及育种杂交品种数量的逐年增多，传统的表型鉴定方法，因耗时耗力、周期长且准确性不高，成为种质资源高效利用的瓶颈。
[0005]因此，有必要开发一种快速、准确、有效的不结球白菜种质和品种鉴定评价方法。

技术实现思路

[0006]为了克服上述现有技术的不足，本专利技术提出了基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集，基于上述SNP分子标记集可以实现对不结球白菜种质和品种的鉴定评价。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：
[0008]本专利技术提供了基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集，所述不结球
白菜核心SNP分子标记集包括42个SNP标记，所述42个SNP标记的编号为SNP1～42(SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40、SNP41、SNP42)；
[0009]所述SNP1标记为碱基C/T，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第21612761位；
[0010]所述SNP2标记为碱基C/T，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第21624075位；
[0011]所述SNP3标记为碱基G/A，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第27291001位；
[0012]所述SNP4标记为碱基C/T，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第29042081位；
[0013]所述SNP5标记为碱基C/T，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第12579271位；
[0014]所述SNP6标记为碱基T/A，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第14670199位；
[0015]所述SNP7标记为碱基T/C，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第6287090位；
[0016]所述SNP8标记为碱基G/C，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第17101169位；
[0017]所述SNP9标记为碱基C/A，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第7872365位；
[0018]所述SNP10标记为碱基T/G，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第27336042位；
[0019]所述SNP11标记为碱基T/C，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第10862382位；
[0020]所述SNP12标记为碱基T/A，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第10870310位；
[0021]所述SNP13标记为碱基C/T，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第11407563位；
[0022]所述SNP14标记为碱基T/C，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第14544571位；
[0023]所述SNP15标记为碱基C/T，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第10563214位；
[0024]所述SNP16标记为碱基C/G，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第19380396位；
[0025]所述SNP17标记为碱基C/T，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第11760387位；
[0026]所述SNP18标记为碱基C/G，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第21624754位；
[0027]所述SNP19标记为碱基G/C，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第1066885位；
[0028]所述SNP20标记为碱基G/T，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第17807854位；
[0029]所述SNP21标记为碱基C/A，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第1889510位；
[0030]所述SNP22标记为碱基C/T，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第1581本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于KASP技术开发的不结球白菜核心SNP分子标记集，其特征在于，所述不结球白菜核心SNP分子标记集包括42个SNP标记，所述42个SNP标记的编号为SNP1～42；所述SNP1标记为碱基C/T，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第21612761位；所述SNP2标记为碱基C/T，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第21624075位；所述SNP3标记为碱基G/A，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第27291001位；所述SNP4标记为碱基C/T，位于不结球白菜1号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第29042081位；所述SNP5标记为碱基C/T，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第12579271位；所述SNP6标记为碱基T/A，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第14670199位；所述SNP7标记为碱基T/C，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第6287090位；所述SNP8标记为碱基G/C，位于不结球白菜2号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第17101169位；所述SNP9标记为碱基C/A，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第7872365位；所述SNP10标记为碱基T/G，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第27336042位；所述SNP11标记为碱基T/C，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第10862382位；所述SNP12标记为碱基T/A，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第10870310位；所述SNP13标记为碱基C/T，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第11407563位；所述SNP14标记为碱基T/C，位于不结球白菜3号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第14544571位；所述SNP15标记为碱基C/T，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第10563214位；所述SNP16标记为碱基C/G，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第19380396位；所述SNP17标记为碱基C/T，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第11760387位；所述SNP18标记为碱基C/G，位于不结球白菜4号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第21624754位；所述SNP19标记为碱基G/C，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组
序列的第1066885位；所述SNP20标记为碱基G/T，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第17807854位；所述SNP21标记为碱基C/A，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第1889510位；所述SNP22标记为碱基C/T，位于不结球白菜5号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第1581635位；所述SNP23标记为碱基G/A，位于不结球白菜6号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第23758128位；所述SNP24标记为碱基G/C，位于不结球白菜6号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第25457983位；所述SNP25标记为碱基T/C，位于不结球白菜6号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第18142570位；所述SNP26标记为碱基G/C，位于不结球白菜6号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第19301511位；所述SNP27标记为碱基G/C，位于不结球白菜7号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第15969630位；所述SNP28标记为碱基T/C，位于不结球白菜7号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第14610710位；所述SNP29标记为碱基G/T，位于不结球白菜7号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第15631302位；所述SNP30标记为碱基A/G，位于不结球白菜7号染色体上，位置为不结球白菜全基因组序列的第1750463位；所述SNP31标记为碱基G/C，位于不结球白菜8号染色体上，位...

【专利技术属性】
技术研发人员：张艳，陈汉才，黎庭耀，沈卓，杨易，周轩，吴增祥，
申请(专利权)人：广东省农业科学院蔬菜研究所，
类型：发明
国别省市：