基于多癌症侵袭相关机制的生物标记制造技术

本发明专利技术涉及构成转移相关成纤维细胞(“MAF”)特征的生物标记和其在诊断多种癌症并进行分期中的应用。这至少部分基于以下发现：鉴定某些基因的差异表达指示有高度特异性的多种癌症的诊断和/或分期。特定地，出现特征表明癌症已变为侵入性。因此，在多个实施方式中，本发明专利技术提供诊断、诊断试剂盒的方法以及包括评价对象生物标记状态的治疗方法。此外，由于某些基因的差异表达能作为获得转移潜力的标记，如表达概况能用于预测某些治疗干预的适宜性，例如新辅助治疗的适宜性。所述概况还可用于筛选能抑制转移潜力获得的治疗。因此，在多个实施方式中，本发明专利技术提供就抗转移特性筛选治疗以及筛选试剂盒的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基于多癌症侵袭相关机制的生物标记相关申请的交叉引用本申请要求2010年5月28日提交的美国临时专利申请第61/349，684号和2010年4月13日提交的美国临时专利申请第61/323，818号的优先权，其通过引用全文纳入本文。1.引言本专利技术涉及以下发现:特定差异性表达基因与癌侵袭相关，如原发性肿瘤的某些细胞在转移的初始阶段中侵入相邻结缔组织。此活性的根本生物机制在癌症发展进程中发生并标志获得与转移癌相关的运动性和侵袭性。因此，鉴定与该机制相关的生物标记如本文公开的特定差异性表达基因，能用于诊断具体癌症并进行分期，用于监控癌症发展/消退，用于开发疗法，和用于预测某些治疗策略的适宜性。2.
技术介绍
据推测癌侵袭与改变的蛋白质水解环境相关(Kessenbrock K, Cell2010; 141:52-67)且可包括活化成纤维细胞的出现。肿瘤的“促纤维形成”间质中存在活化成纤维细胞称为“癌相关成纤维细胞”(CAF)，似乎是癌侵袭的根本生物机制的一部分。如本申请所概括，看来特异性涉及此转移相关纤维成形性反应的特定CAF亚组在本文中称为“转移相关成纤维细胞”(MAF)。因此，与所述MAF相关的对应基因表达特征和生物机制在本文中分别称为“MAF特征”和“MAF机制”。目前对鉴定癌侵袭和随后转移的根本生物机制有极大兴趣，本专利技术即针对此问题。3.
技术实现思路
本专利技术涉及构成转移相关成纤维细胞(“MAF”)特征的生物标记和其在诊断多种癌症并进行分期中的应用。这至少部分基于以下发现:鉴定某些基因的差异表达指示有高度特异性的多种癌症的诊断和/或分期。因此，在多个实施方式中，本专利技术提供诊断、诊断试剂盒的方法以及包括评价对象生物标记状态的治疗方法。本专利技术进一步部分基于以下发现:由于某些基因的差异表达能就侵袭潜力获得起标记作用，这类表达概况可用于筛选能抑制转移潜力获得的治疗。因此，在多个实施方式中，本专利技术提供就抗侵袭和/或抗转移特性筛选治疗以及筛选试剂盒的方法。在某些实施方式中，本专利技术针对诊断对象中侵袭癌的方法，所述方法包括测定对象样品中COLlIAl基因产物相对于正常对象的表达水平，其中COLlIAl基因产物过表达指示所述对象有侵入性癌。在某些实施方式中，本专利技术针对诊断对象中侵入性癌的方法，所述方法包括测定对象样品中以下基因产物相对于正常对象的表达水平:至少一种选自C0L11A1、C0L10A1、C0L5A1、C0L5A2、COLlAl 和 C0L1A2 的基因产物，以及至少一种选自 THBS2、INHBA、VCAN、FAP、MMPl1、POSTN、ADAMl2, LOX、FNl和SNAI2的基因产物，其中所述基因产物的过表达指示所述对象有侵入性癌。在某些实施方式中，表达水平由包含加工样品从而裂解该样品中细胞的方法测定。在某些这类实施方式中， 所述方法包括至少部分纯化细胞基因产物并使所述蛋白暴露于检测剂的额外步骤。在某些这类实施方式中，所述方法包括至少部分纯化细胞核酸并使所述核酸暴露于检测剂的额外步骤。在某些这类实施方式中，所述方法包括测定SNAIl表达水平的额外步骤，其中SNAIl未过表达而其他基因产物过表达的测定结果指示所述对象有侵入性癌。在某些实施方式中，本专利技术针对治疗对象的方法，所述方法包括进行鉴定MAF特征的上述诊断方法，建议患者进行影像学方法。在某些这类实施方式中，鉴定MAF特征后建议患者不进行新辅助治疗。在某些这类实施方式中，鉴定MAF特征后建议患者改变其目前治疗方案。在某些实施方式中，本专利技术针对鉴定抑制对象中癌侵袭的试剂的方法，所述方法包括使测试剂接触表达成纤维细胞特征相关转移的癌细胞，其中如果所述测试剂降低基因在该特征中的过表达，则该测试剂可用作抑制癌侵袭的治疗剂。在某些实施方式中，所述方法使用的转移相关成纤维细胞特征包括至少一种选自以下基因产物的过表达:C0L11A1、COLIOAKC0L5AKC0L5A2,COLIAI 和 C0L1A2 的基因产物，以及至少一种选自 THBS2、INHBA、VCAN、FAP、MMP11、P0STN、ADAM12、L0X、FN1 和 SNAI2 的基因产物。在某些实施方式中，本专利技术涉及试剂盒，所述试剂盒包括:(a)能与转移相关成纤维细胞特征基因产物特异性相互作用的标记报道分子；(b)对照或校准试剂，和(C)描述使用试剂盒方式的说明书。在某些实施方式中，本专利技术涉及试剂盒，所述试剂盒包括:(a)包含与转移相关成纤维细胞特征抗原特异性相互作用的抗体的偶联物，所述抗原结合于能产生可检测信号的信号生成化合物；(b)对照或校准试剂，和(C)描述使用试剂盒方式的说明书。在某些这类实施方式中，本专利技术针对包含以下的试剂盒:转移相关成纤维细胞特征抗原特异性抗体，其中由所述抗体结合的转移相关成纤维细胞特征抗原包括或衍生自一种或多种下列基因编码的蛋白:C0L11A1、C0L10A1、C0L5A1、C0L5A2、COLlAU C0L1A2、THBS2、INHBA、VCAN、FAP、MMPl1、POSTN、ADAM12、LOX、FNl 和 SNAI2。在某些实施方式中，本专利技术试剂盒，所述试剂盒包括:(a)能与转移相关成纤维细胞特征核酸杂交的核酸；(b)对照或校准试剂，和(C)描述使用试剂盒方式的说明书。在某些这类实施方式中，所述试剂盒包括:(a)核酸序列，所述序列包括:(i)与转移相关成纤维细胞特征核酸特异性杂交的靶标特异性序列，和(ii)检测标记；(b)引物核酸序列；(c)指示扩增的核酸指示物；和(d)描述使用试剂盒方式的说明书。在某些这类实施方式中，本专利技术涉及的试剂盒包括与转移相关成纤维细胞特征核酸特异性杂交的核酸，所述核酸包括或衍生自下列基因之一:C0L11A1、C0L10A1、C0L5A1、C0L5A2、COLlAl、C0L1A2、THBS2、INHBA、VCAN, FAP, MMPl K POSTN, ADAMl2, LOX, FNl 和 SNAI2。4.附图简要说明附图说明图1:描述本专利技术具体、非限制性实施方式的一般步骤。图2:使用表型分期阈值IIIc期转化就TCGA卵巢癌数据集中基因C0L11A1评价EVA指标。图3:描述EVA算法的低复杂度说明。图4:实施例所述机械无偏性(仅取决于表型)算法的伪码。5.专利技术详述 5.1MAF特征的鉴定一个关于严重乳头状卵巢癌的研究(Bignotti E, Am J Obstet Gynecol2007; 196:245 el-11)比较了 14个网膜原发性肿瘤样品和17个网膜转移性肿瘤样品的基因表达概况，鉴定156个差异表达的基因。为研究这些基因在独立的丰富数据集中的显著性，仅使用这156个基因对癌症基因组图谱(TCGA)基因表达数据集进行分层聚类，所述数据集由含精确分期信息的377个卵巢癌样品组成。得到的热图显示94个样品中约100个高度过表达基因的显著“红色方块”，来自IIIb和以下分期肿瘤的41个样品中没有一个在所述94个“红色方块”样品内(P=4X 10-6)，与这些基因的协调过表达一致，指示肿瘤发展到至少IIIc期。为测定此反应是否在其他癌症中由基因表现，开发了一种以无偏方式鉴定与具体表型(如转变到特定分期)相关的协调过表达基因的计本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.04.13 US 61/323,818;2010.05.28 US 61/349,6841.种诊断对象中侵入性癌的方法，所述方法包括测定对象样品中C0L11A1基因产物相对于正常对象的表达水平，其中C0L11A1基因产物过表达指示所述对象有侵入性癌。2.种诊断对象中侵入性癌的方法，所述方法包括测定对象样品中至少一种选自COLl IAl、C0L10A1、C0L5A1、C0L5A2、COLlAl 和 C0L1A2 的基因产物，以及至少一种选自THBS2、INHBA、VCAN、FAP、MMP11、P0STN、ADAM12、L0X、FN1 和 SNAI2 的基因产物相对于正常对象的表达水平，其中所述基因产物的过表达指示所述对象有侵入性癌。3.权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述表达水平由包含加工样品从而裂解所述样品中细胞的方法测定。4.权利要求3所述的方法，其特征在于，所述方法包括至少部分纯化细胞基因产物并使所述蛋白暴露于检测剂的额外步骤。5.权利要求3所述的方法，其特征在于，所述方法包括至少部分纯化细胞核酸并使所述核酸暴露于检测剂的额外步骤。6.权利要求1-5中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括测定SNAII表达水平的额外步骤，其中SNAIl未过表达而其他基因产物过表达的测定结果指示所述对象有侵入性癌。7.种开发涉及对象癌症预后的方法，所述方法包括测定对象样品中至少一种选自 COLlIAU C0L10A1、C0L5A1、C0L5A2、COLlAl 和 C0L1A2 的基因产物，以及至少一种选自THBS2、INHBA、VCAN、FAP、MMP11、P0STN、ADAM12、L0X、FN1 和 SNAI2 的基因产物相对于正常对象的表达水平，其中所述基因产物的过表达指示对象中出现的癌有变为转移性的可能。8.权利要求7所述的方法，其特征在于，所述表达水平由包含加工样品从而裂解所述样品中细胞的方法测定。9.权利要求8所述的方法，其特征在于，所述方法包括至少部分纯化细胞基因产物并使所述蛋白暴露于检测剂的额外步骤。10.权利要求8所述的方法，其特征在于，所述方法包括至少部分纯化细胞核酸并使所述核酸暴露于检测剂的额外步骤。11.权利要求7-10中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括测定SNAII表达水平的额外步骤，其中SNAIl未过表达而其他基因产物过表达的测定结果指示所述对象中出现的癌有变为转移性的可能。12.种诊断对象中侵入性癌的方法，所述方法包括测定对象样品中至少两种选自COLlIAl、C0L10A1、C0L5A1、C0L5A2、COLlAl 和 C0L1A2 的基因产物，以及至少一种选自THBS2、INHBA、VCAN、FAP、MMP11、P0STN、ADAM12、L0X、FN1 和 SNAI2 的基因产物相对于正常对象的表达水平，其中所述基因产物的过表达指示所述对象有侵入性癌。13.权利要求12所述的方法，其特征在于，所述表达水平由包含加工样品从而裂解所述样品中细胞的方法测定。14.权利要求12所述的方法，其特征在于，所述方法包括至少部分纯化细胞基因产物并使所述蛋白暴露于检测剂的额外步骤。15.权利要求12所述的方法，其特征在于，所述方法包括至少部分纯化细胞核酸并使所述核酸暴露于检测剂的额外步骤。16.权利要求12-15中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法包括测定SNAIl表达水平的额外步骤，其中SNAIl未过表达而其他基因产物过表达的测定结果指示所述对象有侵入性癌。17.种诊断对象中侵入性癌的方法，所述方法包括测定对象样品中C0L11A1、THBS2和INHBA中一种、两种、或所有三种相对于正常对象的表达水平，其中所述基因产物过表达指示所述对象有侵入性癌。18.权利要求17所述的方法，其特征在于，...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·阿纳斯塔修，J·沃特金森，H·金，
申请(专利权)人：纽约市哥伦比亚大学托管会，
类型：
国别省市：