CTNNB1第三外显子突变检测引物探针及其试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及一种CTNNB1第三外显子突变检测引物探针包括检测引物探针组A、检测引物探针组B和检测引物探针组C；检测引物探针组A包括检测32密码子GAC>CAC突变、33密码子TCT>TGT突变、33密码子TCT>GCT突变的上游引物和探针，以及通用下游引物；检测引物探针组B包括检测34密码子GGA>GAA突变、34密码子GGA>GTA突变、35密码子ATC>AGC突变的上游引物和探针，以及通用下游引物；检测引物探针组C包括检测37密码子TCT>TAT突变、37密码子TCT>TTT突变、45密码子TCT>CCT突变的上游引物和探针，以及通用下游引物；本发明专利技术还涉及一种采用上述引物探针的试剂盒。本发明专利技术的CTNNB1第三外显子突变检测引物探针及其试剂盒使用便捷，灵敏度高，准确率高。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种基因突变的检测产品以及该产品所用到的检测引物和检测体系，属于生物

技术介绍
β-Catenin是介导细胞黏附和信号传导双重活性的细胞质内可溶性蛋白，基因CTNNB1位于3p22，全长23.2kb，CTNNB1基因(β连环蛋白的编码基因)在WNT信号传导通路的重要的角色。CTNNB1基因编码序列由三个转录本，CTNNB1基因第三外显子发生突变，与细胞核内的TCF/LEF蛋白结合形成蛋白复合物，这种蛋白复合物能够与DNA结合，启动其他与肿瘤相关的基因(如c-myc、cyclin D1)的转录，导致一系列的连锁反应，最终导致细胞分裂加速。CTNNB1基因调控上皮细胞的生成和维持，W在肿瘤的进展中起重要作用，高表达与OS的降低密切相关。研究发现CTNNB1基因的突变是子宫内膜癌、肝癌、髓母细胞瘤(MDB)、等肿瘤的原因。美国MD Anderson癌症中心的研究人员发现，对于患有典型的低级别早期子宫内膜癌女性患者，CTNNB1基因外显子3突变的预后较差，(J Natl Cancer Inst.2014，106：dju245)。临床上早已发现，部分子宫内膜癌患者在初次手术治疗后容易复发并因此死亡。过去临床上辨识这些患者，现在就可以通过检测CTNNB1基因突变来筛选这些预后较差的患者。一旦低级别、早期子宫内膜癌患者被检测出具有CTNNB1基因突变，妇瘤科医生可采取除传统子宫切除外更激进的治疗策略。肝细胞癌(HCC)是男性五分之四最常见的癌症和癌症相关死亡世界第二最常见的原因，一些研究表明β连环蛋白突变的肝癌具有关键作用，CTNNB1突变可以与增加谷氨酰胺合成的水平，与肿瘤的增大存在相关性，并且在肝癌患的不同肿瘤区域发现不同突变状态CTNNB1。Cieply.B发现肝癌患者CTNNB1突变主要发生在该基因的第三外显子内，第三外显子编码的蛋白一般是磷酸化的氨基酸序列，发生CTNNB1基因的第三外显子突变患者的β连环蛋白的表达水平表达较高。(B.Cieply,Hepatology,49(2009),pp.821–831)髓母细胞瘤是恶性小儿脑肿瘤的最常见的类型，Wnt信号通路在这个类型的肿瘤被激活，Silva Rd对髓母细胞瘤病例进行了分析β连环蛋白基因(CTNNB1)的突变分析，结果发现六分之一的患者CTNNB1基因第三外显子发生了突变，这些突变改变糖原合酶激酶3β磷酸化位点，随后在细胞核积累，促纤维增生和结节神经管细胞瘤的变体(Clinics(Sao Paulo).2013；68(2):167-72)。目前CTNNB1基因突变检测主要是测序法，对于临床工作者来说耗时、易污染、程序繁琐。
技术实现思路
本专利技术公开了一种检测快速方便，灵敏度高，准确率高的CTNNB1第三外显子突变检测试剂盒，以及其检测引物探针。本专利技术为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种CTNNB1第三外显子突变检测引物探针，包括检测引物探针组A、检测引物探针组B和检测引物探针组C；所述检测引物探针组A包括用于检测CTNNB1基因第三外显子32密码子GAC>CAC突变的上游引物a和探针a，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>TGT突变的上游引物b和探针b，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>GCT突变的上游引物c和探针c，以及通用下游引物；所述检测引物探针组B包括用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GAA突变的上游引物d和探针d，用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GTA突变的上游引物e和探针e，用于检测CTNNB1基因第三外显子35密码子ATC>AGC突变的上游引物f和探针f，以及通用下游引物；所述检测引物探针组C包括用于检测CTNNB1基因第三外显子37密码子TCT>TAT突变的上游引物g和探针g，用于检测CTNNB1基因第三外显子37密码子TCT>TTT突变的上游引物h和探针h，用于检测CTNNB1基因第三外显子45密码子TCT>CCT突变的上游引物i和探针i，以及通用下游引物；所述上游引物a的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述探针a的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示；所述上游引物b的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，所述探针b的核苷酸序列如SEQ ID No.16所示；所述上游引物c的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，所述探针c的核苷酸序列如SEQ ID No.17所示；所述上游引物d的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示，所述探针d的核苷酸序列如SEQ ID No.18所示；所述上游引物e的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，所述探针e的核苷酸序列如SEQ ID No.19所示；所述上游引物f的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示，所述探针f的核苷酸序列如SEQ ID No.20所示；所述上游引物g的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示，所述探针g的核苷酸序列如SEQ ID No.21所示；所述上游引物h的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示，所述探针h的核苷酸序列如SEQ ID No.22所示；所述上游引物i的核苷酸序列如SEQ ID No.9所示，所述探针i的核苷酸序列如SEQ ID No.23所示；所述通用下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.10所示。所述探针a、探针b和探针c的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述所述探针d、探针e和探针f的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述探针g、探针h和探针i的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述探针a、探针b、探针c、探针d、探针e、探针f、探针g、探针h和探针i的3’端设有淬灭荧光基团。各上游引物在PCR反应中的终浓度是0.19μM/l，各探针在PCR反应中的终浓度是0.16μM/l，所述通用下游引物在PCR反应中的终浓度是0.27μM/l。上述相互区别的报告荧光基团有三种，第一种是FAM，第二种是HEX、VIC、TET或Cy3，第三种是Cy5或ROX；所述淬灭荧光基团是BHQ1或MGB。本专利技术为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种采用上述的引物探针的CTNNB1第三外显子突变检测产品。本专利技术为解决上述技术问题提出的一种技术方案是：一种CTNNB1第三外显子突变检测试剂盒，包括突变检测液A、突变检测液B和突变检测液C；所述突变检测液A中包括检测引物探针组A，所述突变检测液B中包括检测引物探针组B，所述突变检测液C中包括检测引物探针组C；所述检测引物探针组A包括用于检测CTNNB1基因第三外显子32密码子GAC>CAC突变的上游引物a和探针a，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>TGT突变的上游引物b和探针b，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>GCT突变的上游引物c和探针c，以及通用下游引物；所述检测引物探针组B包括用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GAA突变的上游引物d和探针d，用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GTA突变的上游引物e和探针e，用于检测CTNNB1基因第三外本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种CTNNB1第三外显子突变检测引物探针，其特征在于：包括检测引物探针组A、检测引物探针组B和检测引物探针组C；所述检测引物探针组A包括用于检测CTNNB1基因第三外显子32密码子GAC>CAC突变的上游引物a和探针a，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>TGT突变的上游引物b和探针b，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>GCT突变的上游引物c和探针c，以及通用下游引物；所述检测引物探针组B包括用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GAA突变的上游引物d和探针d，用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GTA突变的上游引物e和探针e，用于检测CTNNB1基因第三外显子35密码子ATC>AGC突变的上游引物f和探针f，以及通用下游引物；所述检测引物探针组C包括用于检测CTNNB1基因第三外显子37密码子TCT>TAT突变的上游引物g和探针g，用于检测CTNNB1基因第三外显子37密码子TCT>TTT突变的上游引物h和探针h，用于检测CTNNB1基因第三外显子45密码子TCT>CCT突变的上游引物i和探针i，以及通用下游引物；所述上游引物a的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述探针a的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示；所述上游引物b的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，所述探针b的核苷酸序列如SEQ ID No.16所示；所述上游引物c的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，所述探针c的核苷酸序列如SEQ ID No.17所示；所述上游引物d的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示，所述探针d的核苷酸序列如SEQ ID No.18所示；所述上游引物e的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，所述探针e的核苷酸序列如SEQ ID No.19所示；所述上游引物f的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示，所述探针f的核苷酸序列如SEQ ID No.20所示；所述上游引物g的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示，所述探针g的核苷酸序列如SEQ ID No.21所示；所述上游引物h的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示，所述探针h的核苷酸序列如SEQ ID No.22所示；所述上游引物i的核苷酸序列如SEQ ID No.9所示，所述探针i的核苷酸序列如SEQ ID No.23所示；所述通用下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.10所示；所述探针a、探针b和探针c的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述所述探针d、探针e和探针f的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述探针g、探针h和探针i的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述探针a、探针b、探针c、探针d、探针e、探针f、探针g、探针h和探针i的3’端设有淬灭荧光基团。...

【技术特征摘要】
1.一种CTNNB1第三外显子突变检测引物探针，其特征在于：包括检测引物探针组A、检测引物探针组B和检测引物探针组C；所述检测引物探针组A包括用于检测CTNNB1基因第三外显子32密码子GAC>CAC突变的上游引物a和探针a，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>TGT突变的上游引物b和探针b，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>GCT突变的上游引物c和探针c，以及通用下游引物；所述检测引物探针组B包括用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GAA突变的上游引物d和探针d，用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GTA突变的上游引物e和探针e，用于检测CTNNB1基因第三外显子35密码子ATC>AGC突变的上游引物f和探针f，以及通用下游引物；所述检测引物探针组C包括用于检测CTNNB1基因第三外显子37密码子TCT>TAT突变的上游引物g和探针g，用于检测CTNNB1基因第三外显子37密码子TCT>TTT突变的上游引物h和探针h，用于检测CTNNB1基因第三外显子45密码子TCT>CCT突变的上游引物i和探针i，以及通用下游引物；所述上游引物a的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述探针a的核苷酸序列如SEQ ID No.15所示；所述上游引物b的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，所述探针b的核苷酸序列如SEQ ID No.16所示；所述上游引物c的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示，所述探针c的核苷酸序列如SEQ ID No.17所示；所述上游引物d的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示，所述探针d的核苷酸序列如SEQ ID No.18所示；所述上游引物e的核苷酸序列如SEQ ID No.5所示，所述探针e的核苷酸序列如SEQ ID No.19所示；所述上游引物f的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示，所述探针f的核苷酸序列如SEQ ID No.20所示；所述上游引物g的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示，所述探针g的核苷酸序列如SEQ ID No.21所示；所述上游引物h的核苷酸序列如SEQ ID No.8所示，所述探针h的核苷酸序列如SEQ ID No.22所示；所述上游引物i的核苷酸序列如SEQ ID No.9所示，所述探针i的核苷酸序列如SEQ ID No.23所示；所述通用下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.10所示；所述探针a、探针b和探针c的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述所述探针d、探针e和探针f的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述探针g、探针h和探针i的5’端设有相互区别的报告荧光基团；所述探针a、探针b、探针c、探针d、探针e、探针f、探针g、探针h和探针i的3’端设有淬灭荧光基团。2.根据权利要求1所述的CTNNB1第三外显子突变检测引物探针，其特征在于：各上游引物在PCR反应中的终浓度是0.19μM/l，各探针在PCR反应中的终浓度是0.16μM/l，所述通用下游引物在PCR反应中的终浓度是0.27μM/l。3.根据权利要求1所述的CTNNB1第三外显子突变检测引物探针，其特征在于：所述相互区别的报告荧光基团有三种，第一种是FAM，第二种是HEX 、VIC、TET或Cy3，第三种是Cy5或ROX；所述淬灭荧光基团是BHQ1或MGB。4.一种采用如权利要求1所述的引物探针的CTNNB1第三外显子突变检测产品。5.一种CTNNB1第三外显子突变检测试剂盒，其特征在于：包括突变检测液A、突变检测液B和突变检测液C；所述突变检测液A中包括检测引物探针组A，所述突变检测液B中包括检测引物探针组B，所述突变检测液C中包括检测引物探针组C；所述检测引物探针组A包括用于检测CTNNB1基因第三外显子32密码子GAC>CAC突变的上游引物a和探针a，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>TGT突变的上游引物b和探针b，用于检测CTNNB1基因第三外显子33密码子TCT>GCT突变的上游引物c和探针c，以及通用下游引物；所述检测引物探针组B包括用于检测CTNNB1基因第三外显子34密码子GGA>GAA突变的上游引物d和探针d，用于检测CTNNB1基因第三外显...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵新泰，王明，
申请(专利权)人：上海赛安生物医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31