一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物、探针及方法技术

本发明专利技术涉及人基因组DNA突变检测技术领域，具体涉及一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物、探针及方法，该PCR引物包括用于扩增PCDHB3基因多态位点的1对共2条引物；该探针包括用于检测PCDHB3基因多态位点的2条探针，每一条探针包含13‑25个碱基的序列，其5’端具有荧光基团标记，3’端具有MGB基团标记。本发明专利技术的PCR引物特异性好；本发明专利技术的探针特异性好，检测灵敏精确；本发明专利技术的荧光定量PCR检测方法可以检测III类错合畸形PCDHB3基因多态性，准确性好，灵敏度高，步骤简单，操作控制方便，检测效率高。

【技术实现步骤摘要】
一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物、探针及方法
本专利技术涉及人基因组DNA突变检测
，具体涉及一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物、探针及方法。
技术介绍
Ⅲ类错合畸形指下颌及下牙弓处于近中位置，磨牙为近中关系，可分为骨性三类和牙性三类错合，是临床上较常见的一种发育性畸形，表现为多种形式的颅颌面的发育异常及牙列的形态异常，包括：前牙对咬合、反合、开合，上颌骨后缩或过小，下颌骨前突或肥大。Ⅲ类错合畸形在中国人群中的患病率很高，北京医科大学于2000年调查结果显示,乳牙期、替牙期和恒牙期安氏Ⅲ类错牙合的患病率分别为14.94%,9.65%和14.98%。Ⅲ类错合畸形对口腔功能、语言功能、颜面美观和心理健康都有较严重的影响。首先，影响口腔功能，造成咀嚼功能障碍，吞咽异常，严重者导致消化不良；其次，影响语言功能，反覆盖越明显，反覆合越小，语音功能异常越明显；再次，影响容貌，表现为颜面中1/3的凹陷和下颌前突畸形，随着错合牙畸形的严重，颜面呈现新月状面型；更严重的是，它还导致患者精神上的自卑感和孤僻，甚至造成严重的心理、精神障碍。因此，Ⅲ类错牙合的矫治原则是：尽可能及早地发现病情，早期矫治，以阻断畸形的进一步发展，争取相对理想的矫治效果。III类错合畸形是遗传和外部因素共同作用的多因子复杂疾病。国内外多个研究团队的结果表明，遗传因素在III类错合畸形的发病中起着重要的作用。本研究团队发现，某III类错合畸形家系中患者PCDHB3基因（NM_018937）编码区的1244位置是G，而该家系中不患病的以及其它正常人群中该位点是C。综合其它一些生物信息学分析与文献分析，该位点的突变可能是III类错合畸形的致病因素之一。
技术实现思路
为了克服现有技术中存在的缺点和不足，本专利技术的目的在于提供一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物、探针及方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物，包括用于扩增PCDHB3基因多态位点的1对共2条引物，2条引物的序列分别为：PCDHB3F：5'-AGGCGCGCTGGACAGA-3'PCDHB3R：5'-GTCGGAGACCAGCACGGTTAT-3'。一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的探针，包括用于检测PCDHB3基因多态位点的2条探针，每一条探针包含13-25个碱基的序列，其5’端具有荧光基团标记，3’端具有MGB基团标记。优选的，所述2条探针的序列分别为：PCDHB3C：5'-CY5-ACCAGATCCGAGTACA-MGB-3'PCDHB3G：5'-JOE-ACCAGATGCGAGTACA-MGB-3'。一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的试剂盒，包括上述所述的PCR引物和上述所述的探针。一种用于非治疗目的检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的荧光定量PCR检测方法，包括如下步骤：（1）提取模板DNA：从病人的血液中提取模板DNA；（2）配制PCR反应液：设计引物和探针，配制25μL/人份的PCR反应液；（3）PCR扩增：将上述PCR反应液进行PCR扩增。优选的，所述步骤（2）中，每人份的PCR反应液中各成份及浓度分别为：2条引物浓度分别为0.1μmol/L、2条探针浓度分别为0.2μmol/L、Taq酶浓度为0.1U/μL、1×PCRBuffer、MgCl2浓度为1.5mmol/L、dNTP浓度分别为0.2mmol/Leach、模板DNA浓度为1-10ng/μL。优选的，所述步骤（3）中，PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5分钟；94℃变性30秒，60℃复性30秒，72℃延伸30秒，循环35次；72℃再延伸5分钟。本专利技术的有益效果在于：本专利技术的PCR引物特异性好；本专利技术的探针特异性好，检测灵敏精确；本专利技术的试剂盒可以检测III类错合畸形PCDHB3基因多态性，准确性好，灵敏度高。本专利技术的荧光定量PCR检测方法可以检测III类错合畸形PCDHB3基因多态性，准确性好，灵敏度高，步骤简单，操作控制方便，检测效率高。附图说明图1是本专利技术检测III类错合畸形PCDHB3基因多态性样本结果示例，其基因型为：PCDHB3CC纯合子；图2是本专利技术检测III类错合畸形PCDHB3基因多态性样本结果示例，其基因型为：PCDHB3GG纯合子；图3是本专利技术检测III类错合畸形PCDHB3基因多态性样本结果示例，其基因型为：PCDHB3GC杂合子。具体实施方式为了便于本领域技术人员的理解，下面结合实施例及附图1-3对本专利技术作进一步的说明，实施方式提及的内容并非对本专利技术的限定。一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物，包括用于扩增PCDHB3基因多态位点的1对共2条引物，2条引物的序列分别为：PCDHB3F：5'-AGGCGCGCTGGACAGA-3'PCDHB3R：5'-GTCGGAGACCAGCACGGTTAT-3'。一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的探针，包括用于检测PCDHB3基因多态位点的2条探针，每一条探针包含13-25个碱基的序列，其5’端具有荧光基团标记，3’端具有MGB基团标记。所述2条探针的序列分别为：PCDHB3C：5'-CY5-ACCAGATCCGAGTACA-MGB-3'PCDHB3G：5'-JOE-ACCAGATGCGAGTACA-MGB-3'。一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的试剂盒，包括上述所述的PCR引物和上述所述的探针。一种用于非治疗目的检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的荧光定量PCR检测方法，包括如下步骤：（1）提取模板DNA：从病人的血液中提取模板DNA；（2）配制PCR反应液：设计引物和探针，配制25μL/人份的PCR反应液，每人份的PCR反应液中各成份及浓度分别为：2条引物浓度分别为0.1μmol/L、2条探针浓度分别为0.2μmol/L、Taq酶浓度为0.1U/μL、1×PCRBuffer、MgCl2浓度为1.5mmol/L、dNTP浓度分别为0.2mmol/Leach、模板DNA浓度为1-10ng/μL；（3）PCR扩增：将上述PCR反应液进行PCR扩增，PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5分钟；94℃变性30秒，60℃复性30秒，72℃延伸30秒，循环35次；72℃再延伸5分钟。如图1-3所示，若结果中只能看到某一条扩增曲线，则表明该样本为该条探针所代表的纯合子；若结果中有两条扩增曲线，则表明该样本为这两条探针所代表的杂合子。上述实施例为本专利技术较佳的实现方案，除此之外，本专利技术还可以其它方式实现，在不脱离本专利技术构思的前提下任何显而易见的替换均在本专利技术的保护范围之内。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物，其特征在于：包括用于扩增PCDHB3基因多态位点的1对共2条引物，2条引物的序列分别为：PCDHB3F：5'‑AGGCGCGCTGGACAGA‑3'PCDHB3R：5'‑GTCGGAGACCAGCACGGTTAT‑3'。

【技术特征摘要】
1.一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的PCR引物，其特征在于：包括用于扩增PCDHB3基因多态位点的1对共2条引物，2条引物的序列分别为：PCDHB3F：5'-AGGCGCGCTGGACAGA-3'PCDHB3R：5'-GTCGGAGACCAGCACGGTTAT-3'。2.一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的探针，其特征在于：包括用于检测PCDHB3基因多态位点的2条探针，每一条探针包含13-25个碱基的序列，其5’端具有荧光基团标记，3’端具有MGB基团标记。3.根据权利要求2所述的一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的探针其特征在于：所述2条探针的序列分别为：PCDHB3C：5'-CY5-ACCAGATCCGAGTACA-MGB-3'PCDHB3G：5'-JOE-ACCAGATGCGAGTACA-MGB-3'。4.一种检测III类错合畸形PCDHB3基因突变的试剂盒，其特征在于：包括权利要求1所述的PCR引物和权利要求2或3所述的探针。5.一种用于非治疗目的检测...

【专利技术属性】
技术研发人员：饶春宝，陆小梅，
申请(专利权)人：东莞市儿童医院，东莞市儿科研究所，
类型：发明
国别省市：广东,44