【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本公开内容涉及分子生物学领域,并且更具体地涉及用于在固体表面上捕获和扩增靶多核苷酸的方法。背景新一代测序已经使全基因组测序和全基因组分析成为可能。新一代测序方法典型地依赖于基因组片段的通用扩增,所述通用扩增首先配备通用扩增区域,并且然后通过在固体表面上的通用捕获引物无差别地捕获。该通用捕获引物介导多核苷酸捕获和桥式扩增二者,是新一代测序方法中的关键元件(参见,例如,WO 2011/025477A1、US 2011/0172119A1)。虽然当前的方法能有效地支持全基因组测序,但其不允许靶向捕获特定多核苷酸,并且因此不支持,例如,部分基因组的靶向测序。但是,对于促进例如生物体的外显子组或转录组的特定部分的靶向测序的方法存在增长的需要。该需要部分被成本但也被数据处理考虑驱动。因此,对使部分基因组的靶向的新一代测序成为可能的新方法存在需要。本公开内容通过提供用于修饰表面上固定的捕获引物的方法解决该需要。也提供相关的优势。概述本公开内容提供修饰固定的捕获引物的方法。在一方面,本公开内容提供修饰固定的捕获引物的方法,所述方法包括:a)提供具有固定的应用特异性捕获引物的固体支持 ...
【技术保护点】
一种修饰固定的捕获引物的方法,所述方法包括:a.提供具有固定的应用特异性捕获引物的固体支持物,所述应用特异性捕获引物包括:i.包括应用特异性捕获区域的3’部分,和ii.包括通用捕获区域的5’部分;b.将应用特异性多核苷酸与所述应用特异性捕获引物在对于杂交足够的条件下接触以产生固定的应用特异性多核苷酸,和c.移除未与应用特异性多核苷酸杂交的应用特异性捕获引物的应用特异性捕获区域以将未杂交的应用特异性捕获引物转化为通用捕获引物。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.01.16 US 61/928,3821.一种修饰固定的捕获引物的方法,所述方法包括:a.提供具有固定的应用特异性捕获引物的固体支持物,所述应用特异性捕获引物包括:i.包括应用特异性捕获区域的3’部分,和ii.包括通用捕获区域的5’部分;b.将应用特异性多核苷酸与所述应用特异性捕获引物在对于杂交足够的条件下接触以产生固定的应用特异性多核苷酸,和c.移除未与应用特异性多核苷酸杂交的应用特异性捕获引物的应用特异性捕获区域以将未杂交的应用特异性捕获引物转化为通用捕获引物。2.根据权利要求1所述的方法,其中所述应用特异性捕获引物包括多个不同的固定的应用特异性捕获引物。3.根据权利要求1所述的方法,其中所述应用特异性多核苷酸包括多个不同的应用特异性多核苷酸。4.根据权利要求1所述的方法,其中所述应用特异性捕获区域的一部分被移除。5.根据权利要求1所述的方法,其中所述应用特异性捕获区域包括靶特异性捕获区域并且其中所述应用特异性多核苷酸包括靶多核苷酸。6.根据权利要求1所述的方法,其中所述应用特异性捕获区域包括转座子末端(TE)区域并且其中所述应用特异性多核苷酸包括TE寡核苷酸。7.根据权利要求1所述的方法,其中所述通用捕获区域包括已知的序列。8.根据权利要求1所述的方法,所述方法还包括在执行步骤c)之前,在对于寡核苷酸与应用特异性捕获引物的通用捕获区域杂交足够的条件下施加寡核苷酸,以产生双链DNA区域。9.根据权利要求1所述的方法,所述方法还包括在执行步骤c)之前,在对于寡核苷酸与应用特异性捕获引物的应用特异性捕获区域杂交足够的条件下施加寡核苷酸,以产生双链DNA区域。10.根据权利要求1所述的方法,所述方法还包括将所述应用特异性捕获引物与核酸酶接触,其中未与应用特异性多核苷酸杂交的应用特异性捕获引物的应用特异性捕获区域被核酸酶除去。11.如权利要求10所述的方法,其中所述核酸酶是外切核酸酶。12.如权利要求11所述的方法,其中所述外切核酸酶是外切核酸酶I。13.根据权利要求12所述的方法,其中所述外切核酸酶是外切核酸酶III。14.根据权利要求10所述的方法,其中所述核酸酶是内切核酸酶。15.根据权利要求5所述的方法,所述方法还包括延伸与靶多核苷酸杂交的应用特异性捕获引物的靶特异性捕获区域,以产生与所述靶多核苷酸互补的固定的延伸产物。16.根据权利要求15所述的方法,所述方法还包括将所述通用捕获引物与所述固定的延伸产物退火。17.根据权利要求16所述的方法,所述方法还包括通过PCR扩增所述固定的延伸产物以产生多个固定的扩增子。18.根据权利要求17所述的方法,所述方法还包括对所述多个固定的扩增子测序。19.根据权利要求18所述的方法,其中测序包括桥式扩增步骤。20.根据权利要求1所述的方法,其中提供固体支持物包括将所述应用特异性捕获引物固定到所述固体支持物上。21.根据权利要求20所述的方法,其中所述应用特异性捕获引物被直接固定到所述固体支持物上。22.根据权利要求21所述的方法,其中所述应用特异性捕获引物的固定包括将通用捕获引物固定到所述固体支持物上。23.根据权利要求22所述的方法,所述方法还包括将固定的通用捕获引物转化成应用特异性捕获引物。24.根据权利要求23所述的方法,所述方法还包括将夹板寡核苷酸与所述通用捕获引物退火,其中所述夹板寡核苷酸包括与应用特异性捕获引物的通用区域互补的通用区域和与在应用特异性核苷酸中的应用特异性区域互补的应用特异性区域。25.根据权利要求24所述的方法,所述方法还包括延伸所述通用捕获引物以产生应用特异性捕获引物。26.根据权利要求6所述的方法,所述方法还包括在执行步骤b)之后和执行步骤c)之前,将转座...
【专利技术属性】
技术研发人员:罗伯托·里加蒂,尼尔·葛姆雷,艾伦·E·埃克哈特,乔纳森·马克·鲍特尔,
申请(专利权)人:伊鲁米纳剑桥有限公司,
类型:发明
国别省市:英国;GB
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