与中国儿童肥胖相关的单核苷酸多态性位点及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种与中国儿童肥胖相关的单核苷酸多态性位点及其应用。本发明专利技术公开了一种与中国儿童肥胖相关的生物标志物，所述生物标志物包括以下中国儿童肥胖易感性SNP位点中的一种或两种：易感SNP位点(1)：rs1059491具体为chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位点(2)：rs768847893具体为chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。本发明专利技术发现了两个易感SNP位点并研究了其在儿童肥胖辅助检测的应用前景，本发明专利技术提供的肥胖相关的基因位点可能是肥胖的早期生物标志物，为进一步研究肥胖的遗传分子机制，探索肥胖早期防治的药物靶点提供了新的方向。

【技术实现步骤摘要】
与中国儿童肥胖相关的单核苷酸多态性位点及其应用
本专利技术涉及生物医学
，具体涉及与中国儿童肥胖相关的单核苷酸多态性位点及其应用。
技术介绍
肥胖是一种常见的营养代谢性疾病。2002年WHO将肥胖列为造成人类疾病负担的全球一级风险因素之一，预防肥胖症的流行也是21世纪前50年世界各国面临的最大公共卫生挑战之一。家系分析和双生子研究表明遗传因素在肥胖发生中起着非常重要的作用。与人体体脂相关的40％以上的基因变异可以产生遗传差异。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP仅涉及到单个碱基的变异，有转换、颠换、插入和缺失等不同形式。SNP为第三代遗传标志，人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等都可能与SNP有关。全基因组关联研究(GWAS)正是以SNP为遗传标记的研究复杂性疾病遗传易感性的有效策略。到目前为止，应用GWAS策略已成功地发现了大量肥胖的易感基因位点。例如，FTO基因位于第16号染色体(16q12.2)，含有9个外显子，基因长度为410.50kb，广泛表达于人体组织的各发育阶段，且在下丘脑、骨骼肌及脂肪等组织中高表达。它是GWAS发现与普通人群肥胖关联的第一个基因。2007年，FraylingTM等最初进行FTO与2型糖尿病的关联研究时，在控制BMI后，FTO与2型糖尿病之间的联系消失，从而意外地发现FTO基因与肥胖相关。此后，FTO基因变异与BMI及肥胖的关联陆续在不同种族人群中得到重复，其中位于第1内含子的rs9939609是重复性最好的多态性位点。FTO基因多态性陆续被证实与肥胖或2型糖尿病的遗传易感性有关。尽管对与肥胖和肥胖相关的性状关联的基因和基因位点的认识逐渐增加，但临床上还没有发现有用的遗传变异可作为针对肥胖的个体尤其儿童进行早期筛查和干预的有效产品。最近的研究甚至得出结论，在一组肥胖相关的候选基因中的普通SNP在调控由某些膳食诱导的体重改变中，即使发挥作用的话，也仅发挥较小的作用。鉴于目前还没有与肥胖相关早期生物标志物和早期诊断试剂盒，如能发现相应的标记物和研制相应的诊断试剂盒，将为探索肥胖早期防治的药物靶点提供新的方向，并为其药物筛选、药效评价及靶向治疗开辟新的途径。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对上述技术问题，首先利用高通量外显子测序技术发现一种与中国儿童肥胖相关的生物标志物。本专利技术的第二个目的是提供所述生物标记物在预测儿童肥胖诊断试剂中的应用。本专利技术的第三个目的是提供儿童肥胖易感性辅助诊断试剂盒。本专利技术的目的是通过下列技术方案实现的：本专利技术通过两阶段病例-对照研究中国儿童肥胖的功能性编码变异。首先，选择一组具有肥胖家族史的严重肥胖儿童和一组消瘦儿童进行全基因组外显子测序。在测序数据中提取已知肥胖相关基因和新发现基因外显子区域的非同义单核苷酸变异(single-nucleotidevariants,SNVs)(包括错义变异、无义变异、终止密码变异和剪接变异)进行关联分析，筛选出83个可能与肥胖相关(P<0.05)的变异。然后，将筛选出的83个变异位点在2480例肥胖儿童和3854例对照儿童中进行基因分型，分析验证这些变异与儿童肥胖的关联。本专利技术最后确认两个基因位点与中国儿童肥胖及相关评价指标关联的基因位点。其中，SULT1A2(磺基转移酶家族，胞浆1A成员2，sulfotransferasefamily,cytosolic,1A,phenol-preferring,member2)基因与肥胖研究热点区域16p11.2很接近。SULT1A2基因编码一个具有耐热酶活性二苯酚硫酸基转移酶，是硫酸代谢的关键酶，催化多种激素，包括蛋白质磺酸盐激素、雌激素、雌激素烷基酚和17β-雌二醇等分泌型激素。位于SULT1A2基因的非同义编码变异rs1059491(chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T)与儿童BMI、FMP和一般性肥胖在全基因组水平具有正向关联，且男女一致。rs1059491是第235个密码子改变的多态性，可以导致氨基酸改变，由天冬酰胺突变为苏氨酸，为错义变异。该位点rs1059491(c.704A/C，p.N235T)在不同人群中的突变频率差异较大，通过不同软件预测均表明，rs1059491:p.Asn235Thr(c.704A/C)与基因功能相关(“deleterious”SIFT和“probablydamaging”PolyPhen-2)。MXRA5(基质重塑关联5，matrix-remodellingassociated5)基因位于Xp22.33，含7个外显子。MXRA5基因编码基质重塑关联蛋白5，该蛋白包含7个富含亮氨酸重复序列和12个免疫球蛋白样C2型结构域，是一个具有血管内皮生长因子受体的蛋白多糖，在细胞粘附和基质重建中起到关键作用。位于该基因上的突变位点rs768847893(chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C)是一个新的非同义变异，该位点与女性儿童腰围和腹型肥胖罹患风险在全基因组水平具有显著关联，经多重检验校正后仍具有统计学意义。通过SIFT、PolyPhen-2软件预测进一步表明该变异属于功能性变异，具有致病性。基于此，本专利技术首先提供了一种与中国儿童肥胖相关的生物标志物，所述生物标志物包括以下中国儿童肥胖易感性SNP位点中的一种或两种：易感SNP位点(1)：rs1059491具体为chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位点(2)：rs768847893具体为chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。优选的，所述肥胖包括一般性肥胖、体脂肥胖和腹型肥胖。更优选的，所述一般性肥胖和体脂肥胖的评价指标为BMI和FMP，腹型肥胖的评价指标为WC和WHtR。其中，BMI指体质指数，FMP指体脂百分比，WC指腰围，WHtR指腰围身高比。进一步地，本专利技术提供了所述生物标记物在预测中国儿童肥胖早期诊断试剂中的应用。更进一步地，本专利技术提供了一种儿童一般性肥胖早期辅助检测试剂盒，其包括检测样本中易感SNP位点(1)rs1059491的基因型的试剂。优选的，所述试剂盒评价儿童肥胖的评价指标为BMI和FMP。为了更精确和更全面的检测儿童肥胖症，所述试剂盒还包括检测样本中易感SNP位点(2)rs768847893的基因型的试剂。再进一步地，本专利技术提供了一种女性儿童腹型肥胖早期辅助检测试剂盒，其包括检测样本中易感SNP位点(2)rs768847893的基因型的试剂。优选的，所述试剂盒评价女性儿童腹型肥胖的评价指标为BMI、WC和WHtR。优选的，所述试剂盒可以为采用本领域已知的任何技术检测SNP的试剂，只要其能够检出样本中易感SNP位点(1)和/或易感SNP位点(2)是否存在等位基因突变。其包括但不限于下面列举的各实施方式。在第一实施方式中，该试剂盒包括利用测序法检测样本中易感SNP位点(1)rs1059491位点C等位基因存在，和/或易感SN本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与中国儿童肥胖相关的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物包括以下中国儿童肥胖易感性SNP位点中的一种或两种：易感SNP位点(1)：rs1059491具体为chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位点(2)：rs768847893具体为chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。

【技术特征摘要】
1.一种与中国儿童肥胖相关的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物包括以下中国儿童肥胖易感性SNP位点中的一种或两种：易感SNP位点(1)：rs1059491具体为chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位点(2)：rs768847893具体为chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。2.如权利要求1所述的生物标志物，其特征在于，所述肥胖包括一般性肥胖、体脂肥胖和腹型肥胖，所述一般性肥胖和体脂肥胖的评价指标为BMI和FMP，所述腹型肥胖的评价指标为WC和WHtR；所述易感SNP位点(1)主要与一般性肥胖、体脂肥胖相关，所述易感SNP位点(2)主要与腹型肥胖相关。3.权利要求1或2所述生物标记物在预测中国儿童肥胖早期诊断试剂中的应用。4.一种儿童一般性肥胖早期辅助检测试剂盒，其特征在于，其包括检测样本中易感SNP位点(1)rs1059491的基因型的试剂。5.如权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：米杰，张美仙，吴建新，赵小元，吴丽君，程红，侯冬青，
申请(专利权)人：首都儿科研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11