本发明专利技术公开了一种通过检测rs2069126来特异性检测肥胖症的试剂盒。该试剂盒包括检测rs2069126号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针对、用于荧光定量PCR检测的常规组件等。本发明专利技术的试剂盒通过同时检测与肥胖症遗传易感性密切相关的rs2069126上的单核苷酸多态性位点基因型来评估个体肥胖症遗传易感性。
Reagent kit for detecting obesity by detecting rs2069126
The invention discloses a kit for detecting obesity by detecting rs2069126. The kit includes a specific primer pair for detecting the rs2069126 number SNP site, a specific fluorescent probe pair, a conventional assembly for fluorescent quantitative PCR detection, and the like. The kit of the present invention is used to simultaneously evaluate the genetic susceptibility of individual obesity by detecting the single nucleotide polymorphism loci of rs2069126, which is closely related to the genetic susceptibility of obesity.
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因工程
中SNP分型检测领域，具体涉及一种通过检测rs2069126来特异性检测肥胖症的试剂盒。
技术介绍
肥胖是一种慢性代谢性疾病，其特征是体内脂肪储存量增加。它是一个严重的公共健康问题，能够显著增加2型糖尿病、高血压、心血管病以及肿瘤的风险。它已成为全球残疾和死亡的主要原因之一。在美国超过2/3的成年人是超重的，超过1/3的成年人是肥胖的。与肥胖相关的年度经济损失超过了2000亿美元。肥胖是当前威胁人类健康的一大杀手，英国国家医疗服务系统(NHS)行政长官指出：成功减掉5％到7％的体重可以降低60％的患上糖尿病的风险。为让本国国民肥胖症状减轻，NHS负责人将运用各种手段途径，像全球定位系统一般搜罗全英所有肥胖症患者，重点搜索40岁以下的超重人群，并要求他们加入“抗糖尿病”计划。同时，作为欧洲第二肥胖大国，英国将在新的一年发动全国性的抗击肥胖运动，以避免这场致命的灾难。据英国《每日邮报》报道，经合组织(OECD)基于相关数据分析得出，欧洲30个国家人口肥胖问题不断恶化，平均16.7％的成年人患有肥胖病。其中挪威、瑞士、意大利等国家肥胖人口低于平均水平，但是匈牙利高达28.5％，排名第一。英国紧随其后。与往年数据相比，这一研究结果超乎人们的想像，英国上升23％，欧洲整体肥胖人口也呈上升趋势。官方数据证明，如果此项指标能够下降到1993年的15％，20年内将可能不会出现五百万例与肥胖相关的疾病患者。不良饮食习惯是导致肥胖的主要因素。与其他国家相比，欧洲人更加偏爱于红肉以及其他高脂肪、高热量的快餐。特别是在感恩节、圣诞节期间，火鸡、布丁、蛋糕等让人们无法抵制它们的诱惑。过去有关候选基因的大量研究已经表明，大多数基因与人类脂肪组织中肥胖的发生相关。与人体身体质量指数(BMI)相关的40％以上的基因变异可以产生性状差异。随着分子遗传学的进展，人们发现肥胖是多基因遗传病，许多国家都在开展肥胖候选基因研究。至今为止至少已通过分子遗传学手段检出了250个人类基因或染色体区域并被报道与肥胖症相关。此外，遗传学和分子流行病学的证据均表明遗传因子涉及决定在特定饮食或用药情况下增加或损失脂肪的易感性，以及在肥胖者中发生其它相关疾病的高危险性。目前候选基因已经很多，但是绝大部分都在检测准确性上有待于进一步的提高。尽管身体质量指数(BMI)通常用来衡量肥胖，它并不是一个理想的指标。这是因为身体质量由多种组分组成，包括脂肪、肌肉、骨以及其它软组织。其中，只有脂肪才是肥胖症关心的指标。脂肪很少用来衡量肥胖的原因在于其在活体内难以精确测量。目前，公认的体内测量方法是测量骨密度用的的双能X射线仪(DXA)。而至于检测方法，目前常规用于肥胖症基因变异的主要检测方法是限制性片段长度多态性法(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)，其原理是当变异影响到某一限制性内切酶的酶切位点时，简单地通过酶切处理患者的PCR产物继而电泳检测是否有变异的方法。但是这种方法存在耗时长，操作繁琐，准确度不高等缺点。也有利用PCR结合DNA测序方法进行基因多态性位点的检测，但是这种方法在大规模人群筛查或检测多个基因多个位点的应用受到一定限制。因此有必要建立一种高通量、高效能、低成本的肥胖易感基因SNP分型方法，以实现临床快速检测或规模化人群筛查。
技术实现思路
本专利技术提供了一种通过检测rs2069126来特异性检测肥胖症的试剂盒。本专利技术的目的之一是提供一种肥胖易感基因SNP分子标记的筛选方法，所述方法为通过分析弗雷明汉心脏病研究(FHS)、Omaha骨质疏松研究(OOS)和堪萨斯城骨质疏松研究样本(KCOS)这三种样本的基因组序列以及通过DXA测量的脂肪含量，发现了分子标记位点rs2069126，位置在19749957，所述突变为A/G与人肥胖直接相关。本专利技术根据NCBI上公开的rs2069126分子标记序列提供一种人染色体上rs2069126分子标记的扩增引物对，所述引物对的上游引物：GCATTCAGATACTCATGTGT；下游引物：CAAAGTGCTGGGATTACAGG；扩增片段大小：260bp。同时提供了一对检测引物对，基因型一荧光探针序列：5’-FAM-ACCCACAGCTaTCAATGTCCT-TAMRA-3’；基因型二荧光探针序列：5’-VIC-ACCCACAGCTgTCAATGTCCT-TAMRA-3’。人染色体上的rs2069126SNP检测芯片可用于单独或并行检测染色体区段A/G的突变。所述检测芯片采用本领域常规的构建方法制备获得。本专利技术提供一种检测肥胖症遗传易感性的试剂盒。该试剂盒包括：检测rs2069126SNP多态性基因型的特异性引物对SEQIDNO：2和3所示；PCR反应组件(包括Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、反应缓冲液、去离子水等)。本专利技术的主要优点本专利技术从人染色体上鉴定获得rs2069126SNP标记可以用于鉴定人肥胖症状，所述鉴定具有准确性好，特异性高的优点。本专利技术的检测方法步骤简单，SNP位点检测可通过一步PCR即可完成，含有SNP位点的目标序列的扩增，避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定因素，因而可大大提高检测准确率，体现了精确的同时定性、定量分析特征。具体实施方式实施例1SNP分子标记的获得样本的选择通过从美国国立卫生研究院申请下载以及与骨质疏松症研究专家邓红文教授课题组合作，分别获得了如下三个具有脂肪含量测量的样本：(1)弗雷明汉心脏病研究(FHS)：FHS是一个纵向前瞻性家系队列研究，共有3代16000余人参与。第一代是居住在美国Massachusetts弗雷明汉小镇的5209名居民。第二代是第一代的成年孩子及其配偶，共5124人。第三代是第一代的孙辈，共4000余人。第一代参与者在第22到24次随访中接受了双能X射线(DXA)骨密度仪的检测。此仪器不仅能够测量骨密度，而且能够精确测量身体组分包括脂肪和肌肉的含量。第二代在第6-7次随访时接受了DXA检测。第三代在第2次随访时接受了DXA检测。(2)Omaha骨质疏松研究样本(OOS)：OOS样本包括了1000名随机参与者的横断面研究。脂肪含量通过DXA扫描来测定。(3)堪萨斯城骨质疏松研究样本(KCOS)：KCOS样本包括了2286名随机参与者的横断面研究。脂肪含量通过DXA扫描来测定。2、表型测量和建模在所有样本中，使用步进回归法筛查性别、年龄、年龄平方、身高、身高平方、以及从基因组数据计算出的前5个主成分(用于衡量种群分层效应)等协变量的显著性。为了校正肌肉含量的影响，肌肉含量也用于协变量校正。原始脂肪含量经过协变量校正后的残差使用正态分布的分位数来正态化。正态化后的残差用于下游关联分析。3、基因分型及质控所有样本使用高通量基因分型芯片分型。质控在样本层面以及SNP层面实现。在样本层面，使用plink软件分析X染色体推断性别，并和问卷调查表中的性别做比较。性别不符的个体从数据中删除。在SNP层面，不符合哈-温平衡的SNP从数据中删除。由于FHS是家系样本，其中不符合孟德尔规律的SNP也被删除。4、基因型补缺使用千人基因组的测序数据(2013年5月版本本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种检测肥胖症的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括能特异性检测与肥胖症相关的SNP位点的探针和引物。
【技术特征摘要】
1.一种检测肥胖症的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括能特异性检测与肥胖症相关的SNP位点的探针和引物。2.如权利要求1所述的试剂盒,所述试剂盒包括能特异性检测rs2069126的探针和引物。3.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包括SEQIDNO：2-5所述的...
【专利技术属性】
技术研发人员：张垒，
申请(专利权)人：张垒，
类型：发明
国别省市：江苏;32
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。