试剂盒及其在检测唇腭裂相关基因中的用途制造技术

本发明专利技术提供了一种试剂盒，其包含探针，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少一个表所示的区域。本发明专利技术还公开该试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途、检测唇腭裂相关基因的方法和装置。利用本发明专利技术的试剂盒能够高效、快捷、经济的同时检测多个唇腭裂相关基因的变异情况。

【技术实现步骤摘要】


本专利技术涉及生物检测领域，具体的，本专利技术涉及一种试剂盒、试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途以及一种检测唇腭裂相关基因的方法和装置。

技术介绍

唇腭裂(OFC)是人类最常见的先天性颅面缺陷[Marazita,M.L.Theevolutionofhumangeneticstudiesofcleftlipandcleftpalate.Annu.Rev.Genomics.Hum.Genet.2012(13),263–283.]，包括唇裂(CL)、唇裂合并腭裂(CLP)以及单纯腭裂(CP)。在全世界活产婴儿中，唇腭裂的总体发病率估计为1/700，不同群体或民族的唇腭裂发病率差异很大。根据中国出生缺陷防治报告，我国2011年先天性唇裂发生率为11.43/万，位居出生缺陷第3位[《中国出生缺陷防治报告(2012)》.北京：中国卫生部.2012.]。
可根据是否合并其它结构发育异常，唇腭裂又分为综合征性唇腭裂(SCLP)和非综合征性唇腭裂(NSCLP)。欧洲先天异常监测系统公布数据显示，1980年-2000年欧洲部分地区的唇腭裂发生率为0.9‰，其中70.8％为单纯型；国际围产期典型口面畸形数据库统计，2000-2005年间30个国家和地区的唇腭裂发生率为0.99‰，其中76.8％为单纯型[IPDTOCWorkingGroup.Prevalenceatbirthofcleftlipwithorwithoutcleftpalate:datafromtheInternationalPerinatalDatabaseofTypicalOralClefts(IPDTOC).CleftPalateCranio.J.2011(48),66–81.]。根据这些文献，综合征性唇腭裂占唇腭裂的25-30％左右，非综合征性唇腭裂占唇腭裂的70-75％左右[Tanaka,S.A.,Mahabir,R.C.,Jupiter,D.C.,Menezes,J.M.Updatingtheepidemiologyofisolatedcleftpalate.Plast.Reconstr.2013(131):650e–652e.]，目前综合征型的唇腭裂分子和遗传基础研究的较综合征型唇腭裂清楚[Maarse,W.,Rozendaal,A.M.,Pajkrt,E.,Vermeij-Keers,C.,MinkvanderMolen,A.B.,vandenBoogaard,M.J.Asystematicreviewofassociatedstructuralandchromosomaldefectsinoralclefts:whenisprenatalgeneticanalysisindicatedJ.Med.Genet.2012(49):490–498.]。由于唇腭裂是多种综合征的共同的表型之一，目前没有一套可用于唇腭裂基因检测的有效手段。

技术实现思路

本专利技术旨在解决上述问题至少之一或者至少提供一种商业选择。
依据本专利技术的一方面，本专利技术提供一种试剂盒，其包含多条探针，所述探针固定于固相基质上或者游离于溶液中，固定于固相基质即形成常说的固相芯片，游离于溶液中形成常说的液相芯片，所述探针能够特异性识别表1～23中的一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个、十五个、十六个、十七个、十八个、十九个、二十个、二十一个、二十二个或者全部二十三个表所示的区域。任选的，该试剂盒还包括能够特异性识别chrY：2654999～2655674所示的区域的探针。上述各个表中的区域包括该表中的每个起始位置到终止位置形成的子区域的总和。chrY上的编号2654999到编号2655674，以及各表中的起始位置和终止位置都按照人参考基因组HG19上的位置编号来显示，为清楚界定各个目标区域或者子区域的大小及序列，以其它参考序列上位置编号为准或者以其它方式来界定出相同的区域也是可以的，本专利技术对区域的表示方式不作限定。表1～23分别包括chr1～23(第1至22号常染色体以及X染色体)上的唇腭裂相关基因的外显子区域，表1～23还分别包括chr1～23上与唇腭裂相关基因外显子区域上下游相邻的30bp的内含子区域。所说的唇腭裂相关基因包括表24中所列的286个基因的全部或者至少一部分。
探针的设计获取可以采用各种方法，本专利技术对此不作限定。例如，要设计获取能够特异性识别表1所示区域的探针，可以先获取该区域的参考序列，表中的每个子区域在参考序列上都有对应的参考子序列，从一个参考子序列的一端的首个碱基开始，沿另一端方向拷贝该参考子序列的K个碱基，获得一条探针，接着从所述一端的第M个碱基开始，沿所述另一端方向拷贝该参考子序列的K个碱基，再获得一条探针，依此获得多条探针直至获得的总的探针能够完全覆盖所述参考子序列至少一次，其中，K为探针长度，200≥K≥50，M为自然数，K≥M≥1。合成设计得的探针，获得探针序列，这些探针序列可以在同一反应体系下特异性捕获表中的区域。
在本专利技术的一些实施例中，所述探针能够特异性识别表24所列的286个基因中的至少20个、50个、70个、100个、120个、150个、170个、200个、220个、250个或者全部286个基因的外显子区域。
在本专利技术的一些实施例中，所述探针还能够特异性识别其能特异性识别的各个基因的外显子区域的上下游各30bp的内含子区域。这样有利于提高探针识别目标区域的特异性或探针捕获时的特异性和效率。
这些基因或区域是专利技术人经过收集、多次筛选和组合试验获得的，能够全面展现或代表唇腭裂相关基因。本专利技术的试剂盒基于其包含的能够特异性识别以上部分或全部唇腭裂相关基因区域的探针，能够用以一次性获得多个唇腭裂相关基因区域甚至是全部286个唇腭裂相关基因的外显子区域及相关的内含子区域，这286个基因的突变包括涉及309种唇腭裂单基因病，利用本专利技术的这一方面的试剂盒，能够一次性准确获得多个唇腭裂相关基因区域，进而能够同时检测多个区域的变异，还能进一步根据已报道的信息检测出可能致唇腭裂的变异，用以辅助临床诊断筛查。而且，随着新的唇腭裂相关基因的发现，此探针/芯片可以不断地升级，设计整合进新的基因，从而不断提升检测探针/芯片对唇腭裂相关区域的检出率。
依据本专利技术的另一方面，本专利技术提供上述任一试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途。上述试剂盒可用于多个唇腭裂相关基因序列的的一次性获取，基于获得的基因序列信息能够同时检测多个唇腭裂相关基因区域中的一种或多种变异，还能够再进一步的提取、注释分析变异结果，以辅助临床唇腭裂诊断筛查。
表1
表2
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表7
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表11
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表15
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表19
表20
表21
表22
表23
表24
依据本专利技术的再一方面，本专利技术提供了一种检测唇腭裂相关基因的方法，所述方法包括：(1)获取受检者的核酸，所述核酸为断裂的基因组核酸和/或游离核酸片段；(2)利用上述本专利技术或者任一具体实施方式的试剂盒捕获所述核酸，获得唇腭裂相关基因区域；(3)本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种试剂盒，其包含多条探针，所述探针固定于固相基质上或者游离于溶液中，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少一个表所示的区域；任选的，所述探针能够特异性识别chrY：2654999～2655674所示的区域；任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少5个表所示的区域；任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少10个表所示的区域；任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少15个表所示的区域；任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少20个表所示的区域；任选的，所述探针能够特异性识别表1～23所示的区域。

【技术特征摘要】
1.一种试剂盒，其包含多条探针，所述探针固定于固相基质上或者游离于溶液中，所
述探针能够特异性识别表1～23中的至少一个表所示的区域；
任选的，所述探针能够特异性识别chrY：2654999～2655674所示的区域；
任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少5个表所示的区域；
任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少10个表所示的区域；
任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少15个表所示的区域；
任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少20个表所示的区域；
任选的，所述探针能够特异性识别表1～23所示的区域。
2.权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述探针能够特异性识别以下286个基因中的
至少50个基因的外显子区域：ABCA4,ACTB,AKT3,ALPL,ALX1,ALX3,AMER1,
ARHGAP31,ARID1B,ARNT,ARX,ASXL1,ATR,ATRX,B3GALT6,B3GALTL,B3GAT3,
BCOR,BMP2,BMP4,BMPER,BRAF,BRIP1,BUB1B,CANT1,CASK,CC2D2A,CDC6,
CDH1,CDKN1C,CDON,CHD7,CHRNA1,CHRND,CHRNG,CHST14,CHSY1,COL11A1,
COL11A2,COL2A1,COLEC11,CRLF1,CTCF,CUL4B,CYP26C1,DDX59,DHCR24,
DHCR7,DHODH,DIS3L2,DISP1,DNMT3B,DOK7,DUSP6,DYNC2H1,EARS2,EDN1,
EFNB1,EFTUD2,EIF4A3,EMX2,EPG5,ERCC5,ESCO2,EVC,EVC2,EYA1,FAF1,
FAM111A,FAM20C,FGD1,FGF17,FGF8,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FLNA,FLNB,FLRT3,
FLVCR2,FOXC2,FOXE1,FOXP2,FRAS1,FREM2,FTO,G6PC3,GABRB3,GAD1,GAS1,
GATA3,GDF6,GJA1,GJB2,GLI2,GLI3,GMPPB,GNAI3,GNRH1,GNRHR,GPC3,GRHL3,
GRIP1,GUSB,H19,HDAC8,HOXA2,HPGD,HRAS,HS6ST1,HYAL1,HYLS1,ICK,IFT140,
IFT172,IFT80,IL17RD,IL1B,IL1RN,IMPAD1,IRF6,KAL1,KANSL1,KAT6B,KCNJ13,
KCNJ2,KCNQ1OT1,KIAA0196,KIAA1279,KIF22,KIF7,KISS1,KISS1R,KLHL41,
KMT2D,KRAS,L1CAM,LHX8,LMNA,LMX1B,LRP4,MASP1,MBTPS2,MED12,
MEGF10,MEOX1,MID1,MKS1,MSX1,MSX2,MTHFR,MTR,NBN,NEB,NEBL,NEK1,
NIPBL,NSD1,NSDHL,NSMF,OFCC1,OFD1,ORC1,OSR2,OTX2,PAX3,PAX8,PDGFC,
PDGFRA,PEX5,PEX7,PGAP2,PGAP3,PGM1,PHF8,PIGL,PIGV,PIK3CA,PIK3R2,PITX1,
PLCB4,POLR1C,POLR1D,POMT1,POMT2,PORCN,PQBP1,PROK2,PROKR2,PRRX1,
PTCH1,PTDSS1,PTEN,PTPN11,PVRL1,RAD21,RAI1,RAPSN,RARB,RB1,RBM10,
RBM8A,RECQL4,RIPK4,ROR2,RPGRIP1L,RPL11,RPL26,RPL5,RPS17,RPS19,RPS26,
RPS7,RUNX2,SATB2,S...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙隽，阿叁，乔鹏鹏，魏秀秀，杨玲，易鑫，
申请(专利权)人：天津华大基因科技有限公司，深圳华大基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12