用于检测基因突变的引物对组合、试剂盒以及构建文库的方法技术

本发明专利技术涉及用于检测基因突变的引物对组合、试剂盒以及构建文库的方法。所述试剂盒可与二代测序仪和数据分析一体机配合使用，用于检测人类33个基因的89个热点区域的突变。所述构建文库的方法包括：将本发明专利技术的引物对组合与DNA模板结合后，用高保真DNA聚合酶以脱氧核苷酸为底物，对待检基因特定区域进行体外扩增，并对扩增产物添加特定的核苷酸序列，从而获得DNA文库。

A method of primer pairs for detection of gene mutations, kit, and construction of a library

The invention relates to a combination of primer pairs for detecting gene mutations, a kit, and a method for constructing a library. The kit can be used in conjunction with two generation sequencer and data analysis machine to detect mutations in 89 hot regions of the 33 human genes. The method comprises the following steps of Library Construction: a primer combination of DNA template and combined with high fidelity DNA polymerase to DNA as substrate, detected specific gene region were amplified in vitro, and add a specific nucleotide sequence of the PCR product obtained DNA library.

【技术实现步骤摘要】
用于检测基因突变的引物对组合、试剂盒以及构建文库的方法
本专利技术涉及核酸测序
，特别涉及用于检测基因突变的引物对组合及试剂盒，以及构建二代测序DNA文库的方法。
技术介绍
据世卫组织估计，2005年至2015年期间有8400万人死于癌症，超过70％的癌症死亡发生在低收入和中等收入国家。预计2030年形势将进一步恶化，估计将有1200万人死于癌症，按此趋势，发展中国家的癌症病例将增加81％，每年用于癌症的费用将达到4580亿美元。癌症是全世界首要的死因之一，在中国近年来随着环境污染，癌症发病率近年来呈逐年上升趋势，据全国肿瘤登记中心2011年监测的统计分析，当年新增癌症病例337万，相当于每分钟就有6.4人得癌，因此加强对癌症的防治迫在眉睫。癌症的主要治疗手段还集中在以手术、化疗、放疗为主的传统治疗，以及近来的免疫疗法和靶向治疗。近年来，伴随癌症驱动基因EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA等与多种靶向药物小分子之间的关系被发现后，肿瘤治疗的新药越来越多，尤其是分子靶向药物，催生着肿瘤治疗已经步入基因时代。美国奥巴马总统提出“精准医疗”计划，中国也高度重视并相应地提出计划。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测基因突变的引物对组合，其包括：NRAS_4引物：SEQ ID No：1～2；NRAS_3引物：SEQ ID No：3～4；NRAS_2引物：SEQ ID No：5～6；DDR2_18引物：SEQ ID No：7～8；RET_10引物：SEQ ID No：9～10；RET_11引物：SEQ ID No：11～12；RET_13引物：SEQ ID No：13～14；RET_15引物：SEQ ID No：15～16；RET_16引物：SEQ ID No：17～18；PTEN_1引物：SEQ ID No：19～20；PTEN_5引物：SEQ ID No：21～22；PTEN_6引物：SEQ...

【技术特征摘要】
1.一种用于检测基因突变的引物对组合，其包括：NRAS_4引物：SEQIDNo：1～2；NRAS_3引物：SEQIDNo：3～4；NRAS_2引物：SEQIDNo：5～6；DDR2_18引物：SEQIDNo：7～8；RET_10引物：SEQIDNo：9～10；RET_11引物：SEQIDNo：11～12；RET_13引物：SEQIDNo：13～14；RET_15引物：SEQIDNo：15～16；RET_16引物：SEQIDNo：17～18；PTEN_1引物：SEQIDNo：19～20；PTEN_5引物：SEQIDNo：21～22；PTEN_6引物：SEQIDNo：23～24；PTEN_7引物：SEQIDNo：25～26；FGFR2_12引物：SEQIDNo：27～28；FGFR2_9引物：SEQIDNo：29～30；FGFR2_7引物：SEQIDNo：31～32；HRAS_4引物：SEQIDNo：33～34；HRAS_3引物：SEQIDNo：35～36；HRAS_2引物：SEQIDNo：37～38；KRAS_4引物：SEQIDNo：39～40；KRAS_3引物：SEQIDNo：41～42；KRAS_2引物：SEQIDNo：43～44；AKT1_4引物：SEQIDNo：45～46；MAP2K1_2引物：SEQIDNo：47～48；MAP2K1_3引物：SEQIDNo：49～50；IDH2_4引物：SEQIDNo：51～52；TP53_10引物：SEQIDNo：53～54；TP53_8引物：SEQIDNo：55～56；TP53_7引物：SEQIDNo：57～58；TP53_6引物：SEQIDNo：59～60；TP53_5B引物：SEQIDNo：61～62；TP53_5A引物：SEQIDNo：63～64；TP53_4引物：SEQIDNo：65～66；TP53_2引物：SEQIDNo：67～68；ERBB2_19引物：SEQIDNo：69～70；ERBB2_20引物：SEQIDNo：71～72；ERBB2_21引物：SEQIDNo：73～74；SMAD4_9引物：SEQIDNo：75～76；SMAD4_10引物：SEQIDNo：77～78；STK11_1引物：SEQIDNo：79～80；STK11_4引物：SEQIDNo：81～82；STK11_6引物：SEQIDNo：83～84；STK11_8引物：SEQIDNo：85～86；GNA11_5引物：SEQIDNo：87～88；ALK_25引物：SEQIDNo：89～90；ALK_23引物：SEQIDNo：91～92；ALK_22引物：SEQIDNo：93～94；IDH1_4引物：SEQIDNo：95～96；ERBB4_23引物：SEQIDNo：97～98；ERBB4_15引物：SEQIDNo：99～100；ERBB4_7引物：SEQIDNo：101～102；GNAS_8引物：SEQIDNo：103～104；GNAS_9引物：SEQIDNo：105～106；CTNNB1_3引物：SEQIDNo：107～108；PIK3CA_10引物：SEQIDNo：109～110；PIK3CA_21引物：SEQIDNo：111～112；FGFR3_7引物：SEQIDNo：113～114；FGFR3_9引物：SEQIDNo：115～116；FGFR3_14引物：SEQIDNo：117～118；FGFR3_16引物：SEQIDNo：119～120；PDGFRA_12引物：SEQIDNo：121～122；PDGFRA_14引物：SEQIDNo：123～124；PDGFRA_18引物：SEQIDNo：125～126；KIT_9引物：SEQIDNo：127～128；KIT_11引物：SEQIDNo：129～130；KIT_13引物：SEQIDNo：131～132；KIT_14引物：SEQIDNo：133～134；KIT_17引物：SEQIDNo：135～136；FBXW7_10引物：SEQIDNo：137～138；FBXW7_9引物：SEQIDNo：139～140；EGFR_18引物：SEQIDNo：141～142；EGFR_19引物：SEQIDNo：143～144；EGFR_20引物：SEQIDNo：145～146；EGFR_21引物：SEQIDNo：147～148；MET_14A引物：SFQIDNo：149～150；MET_14B引物：SEQIDNo：151～152；MET_16引物：SEQIDNo：153～154；MET_19引物：SEQIDNo：155～156；BRAF_15引物：SEQIDNo：157～158；BRAF_11引物：SEQIDNo：159～160；FGFR1_12引物：SEQIDNo：161～162；JAK2_14引物：SEQIDNo：163～164；GNAQ_5引物：SEQIDNo：165～166；ABL1_4引物：SEQIDNo：167～168；ABL1_5引物：SEQIDNo：169～170；ABL1_6A引物：SEQIDNo：171～172；ABL1_6B引物：SEQIDNo：173～174；NOTCH1_27引物：SEQIDNo：175～176；和NOTCH1_26引物：SEQIDNo：177～178。2.一种用于检测基因突变的试剂盒，其包括：扩增引物组分、文库制备通用试剂组分、接头和标签引物组分、文库纯化磁珠组分；其中所述扩增引物组分是含权利要求1所述引物对组合、dNTP的溶液；所述文库制备通用试剂组分包含高保真DNA聚合酶、超纯水、LTE缓冲液、连接酶缓冲液、连接酶、文库扩增缓冲液；所述接头和标签引物组分包含接头和标签引物。3.权利要求2的试剂盒，其与IlluminaNextseq二代测序仪配合使用。4.权利要求2的试剂盒，其可以检测人类33个基因的89个热点区域的突变。5.权利要求2或3的试剂盒，其与数据分析一体机配合使用。6.权利要求5的试剂盒，其中所述数据分析一体机的结构分为应用程序层、服务层、基础层；所述应用程序层提供客户操作界面；所述服务层实现任务管理、权限管理、文献管理和数据管理功能；所述基础层分为计算系统和存储系统，其中计算系统实现生物信息分析、临床注释解读、报告出具和数据查询功能；存储系统实现测序数据的自动抓取或者人工操作的数据管理以及数据安全管理。7.权利要求5的试剂盒，其中所述数据分析一体机的核心数据分析流程包括6大模块：第一个为原始数据自动同步模块，实现从测序仪抓取Bam文件；第二个为Bam至Fastq转化模块，将从测序仪抓取的Bam文件提取Fastq文件重新进行基因组比对，用于去除测序仪自带服务器产生的比对错误；第三个为突变鉴定模块，其中进一步分为点突变检测亚模块，插入缺失检测亚模块，热点突变重点检查亚模块三个不同的亚模块进行平行处理，并汇总后给出突变报告；第四个为模型判定模块，该模块基于机器学习原理对鉴定出来的突变进行决策分类，根据产生的可信度评分，过滤前期分子实验带来的假阳性；第五个为临床解读模块，从定期更新的临床知识库中提取突变对应的临床信息；第六个为报告模块。8.一种构建二代测序DNA文库的方法，该方法包括：将权利要求1中的引物对组合与DNA模板结合后，用高保真DNA聚合酶以脱氧核苷酸为底物，对待检基因特定区域进行体外扩增，...

【专利技术属性】
技术研发人员：莫敏俐，陈钊，李晖，丁凤，王淑娟，
申请(专利权)人：北京雅康博生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11