VPS13B基因突变体及其应用制造技术

本发明专利技术公开了VPS13B基因突变体及其应用，具体涉及分离的编码VPS13B突变体的核酸，分离的多肽，筛选易患科恩综合症的生物样品的方法，筛选易患科恩综合症的生物样品的系统，以及用于筛选易患科恩综合症的生物样品的试剂盒。其中，该分离的编码VPS13B突变体的核酸，与野生型VPS13B基因相比，具有c.11327_11327delA突变。通过检测该新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患科恩综合症。

【技术实现步骤摘要】
VPS13B基因突变体及其应用
本专利技术涉及VPS13B基因突变体及其应用。具体地，本专利技术涉及分离编码VPS13B突变体的核酸、分离的多肽、筛选易患科恩综合症的生物样品的系统、用于筛选易患科恩综合症的生物样品的试剂盒、构建体、重组细胞以及构建药物筛选模型的方法。
技术介绍
科恩综合症(Cohensyndrome)是一种遗传病，在阿米甚人的发生率约为1/15000，而其它地方未确定；其遗传方式为常染色体隐性遗传。科恩综合症的首次有文献记载的描述是在1973年，其特点为婴幼儿时期生长迟滞与低肌张力、发展迟缓、小头畸形，青少年后中广型肥胖，合并进行性视网膜脉络膜失养症(retinochoroidaldystrophy)及近视、中性球低下以及反复感染。部分患者会出现嘴部溃疡(aphthousulcers)、患者性格开朗、关节松弛并有特别的脸部特征等。通常对该综合征的临床诊断主要参考八个临床表征，包括：1)高度近视伴随视网膜失养症；2)小头症；3)发展迟缓；4)高延展的关节表现；5)典型的脸部特征：浓密的头发和眉毛、长睫毛、异常眼形(呈现向下倾斜和波浪型眼睑缝隙)、蒜头鼻，上唇与鼻子之间距离较一般人短且平滑，上排牙齿突出，因此呈现嘴开的外观；6)躯干肥胖但四肢纤细(中广型肥胖)；7)过度友好的社交行为(个性开朗)；8)中性白血球低下。如果有超过六项或更多项符合，大致上可被确认为科恩综合症，若只有五项或更少项符合，则只能归类为类科恩综合症。目前该综合症的已知基因只有VPS13B(COH1)，该基因位于8号染色体的长臂2区2带(8q22)，有61个外显子，编码一种跨膜蛋白，主要的功能可能与调控细胞内液泡分类与蛋白质的运输有关，在发育及眼部功能形成，中枢神经系统中起重要作用。虽然已经发现了很多该基因的突变会导致科恩综合症，但是仍有许多患者病因未明，该基因上的新突变或者其他基因的突变可能也是导致该综合征的病因。因而，目前对科恩综合症尤其是其致病基因的研究仍有待深入。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的在于提出一种能够有效筛选易患科恩综合症的生物样品的手段。本专利技术是基于专利技术人的下列工作完成的：专利技术人发现，目前的致病基因和致病突变挖掘的研究中，多使用全外显子组测序法。全外显子组测序是利用特制的DNA序列探针将全基因组中的外显子区域捕获下来，然后针对每个外显子进行深度测序的技术。利用外显子组测序找出孟德尔遗传病致病基因的案例很多，比如Sarah等人在2009年利用外显子组测序找到米勒综合症的一个致病突变，这也是外显子组测序的首次成功应用；对于科恩综合症，AndréMégarbané等人利用目标区域测序找到了VPS13B的一个剪接位点突变导致了该病。随着外显子组测序技术的广泛应用和日渐成熟，一批新的致病基因(突变)被相继发现，极大地推动了相关疾病诊断及治疗的研究进展。因而，专利技术人针对自行收集的一个黎巴嫩近亲结婚的科恩综合症患者家系，通过外显子组测序、连锁分析联合Sanger测序验证的方法进行致病突变挖掘和验证，最终确定了科恩综合症的一个新的致病突变——VPS13B基因的c.11327_11327delA突变。进而，根据本专利技术的第一方面，本专利技术提出了一种分离的编码VPS13B突变体的核酸。根据本专利技术的实施例，所述核酸与野生型VPS13B基因相比，具有c.11327_11327delA突变，即相对于野生型VPS13B基因，本专利技术的VPS13B基因突变体的cDNA缺失第11327位碱基A。其中，需要说明的是，基于野生型VPS13B基因cDNA的第11326位和第11327位碱基均为A，因而，c.11327_11327delA突变也可以看作是缺失第11326位碱基A，即“c.11327_11327delA突变”表示：相对于野生型VPS13B基因，本专利技术的VPS13B基因突变体的cDNA缺失第11326位或11327位的碱基A。根据本专利技术的实施例，专利技术人确定了VPS13B基因的突变体，该突变体与科恩综合症的发病密切相关，从而通过检测该突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易患科恩综合症。具体地，当生物样品或生物体中仅存在本专利技术的VPS13B基因突变体，而不存在野生型VPS13B基因时，则可以有效预测该生物样品或生物体易患科恩综合症。根据本专利技术的第二方面，本专利技术提出了一种分离的多肽。根据本专利技术的实施例，与野生型VPS13B相比，所述分离的多肽具有p.Asn3776Thrfs*102突变，即该突变是由于c.11327_11327delA突变而引起的，具体地，相对于野生型VPS13B，本专利技术的分离的多肽(即VPS13B突变体)氨基酸序列第3776位的天冬酰胺突变为苏氨酸，之后还有100个氨基酸(数目和顺序与野生型不同)。通过检测生物样品中是否表达该多肽，可以有效地检测生物样品是否易患科恩综合症。具体地，当生物样品或生物体中仅存在本专利技术的VPS13B突变体，而不存在野生型VPS13B时，则可以有效预测该生物样品或生物体易患科恩综合症。根据本专利技术的第三方面，本专利技术提出了一种筛选易患科恩综合症的生物样品的系统。根据本专利技术的实施例，该系统包括：核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本；核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；判断装置，所述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列或其互补序列，与野生型VPS13B基因相比，是否具有c.11327_11327delA纯合突变，判断所述生物样品是否易患科恩综合症。利用该系统，能够有效地筛选易患科恩综合症的生物样品。具体地，当生物样品或生物体中仅存在本专利技术的VPS13B基因突变体，而不存在野生型VPS13B基因时，则可以有效预测该生物样品或生物体易患科恩综合症。根据本专利技术的第四方面，本专利技术提出了一种用于筛选易患科恩综合症的生物样品的试剂盒。根据本专利技术的实施例，该试剂盒含有：适于检测VPS13B基因突变体的试剂，其中与野生型VPS13B基因相比，该VPS13B基因突变体具有c.11327_11327delA突变。利用根据本专利技术的实施例的试剂盒，通过筛选仅包含上述VPS13B基因突变体而不包含野生型VPS13B基因的生物样品，即能够有效地筛选易患科恩综合症的生物样品。具体地，当生物样品或生物体中仅存在本专利技术的VPS13B基因突变体，而不存在野生型VPS13B基因时，则可以有效预测该生物样品或生物体易患科恩综合症。根据本专利技术的第五方面，本专利技术还提出了一种构建体。根据本专利技术的实施例，该构建体包含前面所述的分离的编码VPS13B突变体的核酸。由此，利用本专利技术的构建体转化受体细胞获得的重组细胞，能够有效地用于筛选治疗科恩综合症的药物。根据本专利技术的第六方面，本专利技术还提出了一种重组细胞。根据本专利技术的实施例，该重组细胞是通过前面所述的构建体转化受体细胞而获得的。根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的重组细胞，能够有效地筛选治疗科恩综合症的药物。根据本专利技术的第七方面，本专利技术还提出了一种构建药物筛选模型的方法。根据本专利技术的实施例，该方本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种分离的编码VPS13B突变体的核酸，其特征在于，所述核酸与野生型VPS13B基因相比，具有c.11327_11327delA突变，任选地，所述核酸为DNA。

【技术特征摘要】
1.一种分离的编码VPS13B突变体的核酸，其特征在于，所述核酸与人的野生型VPS13B基因相比，具有c.11327_11327delA突变，即相对于人的野生型VPS13B基因，所述VPS13B突变体的cDNA缺失第11326位或11327位的碱基A。2.一种分离的多肽，其特征在于，与人的野生型VPS13B相比，所述分离的多肽具有p.Asn3776Thrfs*102突变，即相对于人的野生型VPS13B，所述分离的多肽氨基酸序列第3776位的天冬酰胺突变为苏氨酸，之后还有100个氨基酸，所述100个氨基酸如SEQIDNO:3所示。3.根据权利要求2所述的多肽，其特征在于，所述多肽是由权利要求1所述的核酸编码的。4.一种用于筛选易患科恩...

【专利技术属性】
技术研发人员：何思捷，张建国，刘轩竹，李建康，徐讯，
申请(专利权)人：深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44