本发明专利技术涉及属于调节ＰＮＡ寡聚物／核酸复合物稳定性的方法、试剂盒和组合物。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】调节PNA寡聚物/核酸复合物的稳定性的组合物、试剂盒与方法相关申请的交叉引用本申请要求2005年6月30日提交的美国临时申请60/695,796和2006年6月 29日提交的申请号尚未给予的美国专利申请的优先权。本文所用的章节标题只是为了说明目的，不应理解成以任何方式限制了所述 主题。1. 领域本专利技术涉及肽核酸领域。2. 引言肽核酸(PNA)是一类合成的核碱基，包括能与核酸及其它多核碱基 (polynucleobase)链发生序列特异性杂交的寡聚物。多核碱基链的核碱基之间的杂交 通常依据已充分确定的氢键规则。对于Watson-Crick碱基配对，腺嘌呤(A)通常 与胸腺嘧啶(T)碱基配对，而胞嘧啶(C)通常与鸟嘌呤(G)碱基配对。核酸领域熟 知各种其它碱基-配对基序。已研究了含有核碱基8-氮杂-7-脱氮杂腺嘌呤(deazaadenine)(8-A-7-DAA)的核 苷，发现其显示通用核苷的特性(Seela等，Nucl. Acids Res.， 28(17): 3224-3232 (2000))。术语"通用核苷"指能与4种经典DNA核碱基(即，腺嘌呤、胸腺嘧 啶、胞嘧啶和鸟嘌呤)形成特异性氢键的核苷。已有人提出了适用于PNA寡聚 物的几种通用核碱基(Challa等，Organic Letters, 1(10): 1639-1641 (1999); Zhang 等，Methods, 23:132-140 (2001))。通用核碱基在理论上能与4种经典DNA核 碱基中的任一种形成特异性氢键。可以连接以产生较长PNA寡聚物的短PNA寡聚物文库是有助于快速制备 大规模基因组分析项目所需探针的感兴趣手段(参见，例如美国专利申请公布 2003-0077608)。然而，(如果)不用费力地将许多短PNA寡聚物连接成许多较长的寡聚物就能获得这种大规模基因组分析项目所需的所有探针，(那么) 这种技术是有用的。此外，即使采用连接来制备PNA寡聚物，如果较短的探 针可用于杂交试验也是有利的。无论如何，制备全长PNA寡聚物文库很困难，因为长度最短的探针一般 是10-聚体，这是由于更短的探针(对于未修饰的PNA)的热解链温度(Tm)通常很 低，从而不能在可靠杂交分析通常采用的条件下发生杂交。假定文库的10-聚 体探针含有4种天然产生的核碱基(A、 C、 G和T)，制备完整文库组所需的探 针总数将是1,048,576 (41())种不同探针。由于完成该文库组所需的探针数量巨 大，简言之，目前制备这种文库在经济上不可行。然而，应用某些技术可能减少形成完整文库组所需的不同探针数量，从而 有助于产生有用的文库。例如， 一些位置可使用通用碱基。这可减少文库的复 杂性，因为各位置无需4种可能的不同碱基，而只需要一种碱基。例如，在IO-聚体中，如果IO个位置中的4个使用通用碱基，则使用总共4096 (46)种不同 探针即可完成文库组。此外，如果可能以不依赖于序列的方式升高该文库组中探针的Tm，甚至只 需更少的探针即可完成文库组。例如，如果可能以基本上不依赖于序列的方式 将某文库组中所有探针的平均解链温度升高约10-15°C，可能使用8-聚体或9-聚体探针组。制备可以基本上不依赖于序列的方式调节(例如，升高)Tm的探针 组是要描述的本专利技术实施方式的一种可能应用。3.附图犮术乂贞应效遣7"述厥房i 產为7说欲游^游。yW凰不;f要以/iW方式A皮煮y 本发敏游纖。附图说明图1A和1B说明了可掺入核酸、PNA寡聚物和PNA嵌合体中的一些核碱基。 图2说明了标出C-末端羰基碳和N-末端氨基的PNA寡聚物通用结构。 图3A说明了 PNA寡聚物的N-末端氨基与含羧酸基团的标记试剂縮合的縮合 反应。图3B说明了用含卤原子的标记试剂单烷化或双烷化N-末端氨基的烷化反应。 图3C说明了通过将PNA寡聚物装配在包含氨基酸的合成支持物上来标记示范性PNA寡聚物C-末端的方法，所述氨基酸包含侧链标记(例如，疏水基团)。图3D说明了 C-末端羰基与含氨基的疏水性标记试剂反应的縮合反应。 图3E说明了将含有C-末端疏水性基团的PNA寡聚物的N-末端氨基共价固定 于固体支持物的縮合反应。图4A是双标记PNA寡聚物的一种实施方式。图4B是各含有N-末端疏水性基团和可检测部分的两种PNA寡聚物的实施方式。图4C是含有两个疏水性基团、 一个能量供体部分和一个能量接受体部分的 PNA寡聚物的实施方式。图4D是含有两个疏水性基团、 一个能量供体部分和一个能量接受体部分的 PNA寡聚物的另一实施方式。图4E是含有两个疏水性基团、 一个能量供体部分和一个能量接受体部分的 PNA寡聚物当然还有另一实施方式。图4F是含有两个疏水性基团、两个荷电氨基酸、 一个能量供体部分和一个能 量接受体部分的PNA寡聚物的实施方式。图5图示含有乙酰基或环己基丁基(cyclohexylbutryl)的两种PNA寡聚物。图6说明了可与PNA寡聚物的N-末端氨基或C-末端羰基碳相连的各种基团 以及它们在1ogP。et量表上的相对疏水性。/iW力,夯^脱本伊淳歹/^游厥有文/#浙賴叙游#樣包存但不銜f 专聘、专W伊谆、文享、齐蘑、杀效界齿特厨资专/7全文謝A本文伊为参考，新无 论这鼓就f瞎/贿層形式。4.定义为^^释本说努齐，菜^以7"定义i 要合适，以卓教使厉游术语说包惠實教 形式，反之#然。效菜7^/iW定乂与遂卓河玄/iW^"&文斧「包薪謝A本文《力 参考游/iY^文/为力游^^^^，突，以7"述定乂为准。a.本文所用的"核碱基"指采用核酸技术或肽核酸技术制备能与核酸及其它 多核碱基链序列特异性结合的多核碱基链的技术人员公知的天然存在和非天然存 在的杂环部分。合适核碱基的非限制性例子包括腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶、5-丙炔基-尿嘧啶、2-硫(thio)-5-丙炔基-尿嘧啶、5-甲基胞嘧 啶、假异胞嘧啶(pseudoisocytosine)、 2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶、2-氨基嘌呤、 N9-(2-氨基-6-氯嘌呤)、N9-(2,6-二氨基嘌呤)、次黄嘌呤、N9-(7-脱氮杂(deaza)-鸟嘌呤)、N9-(7-脱氮杂-8-氮杂-鸟嘌呤)和N8-(8-氮杂-7-脱氮杂腺嘌呤)。合适核 碱基的其它非限制性例子包括图1A和1B (也参见US 6,357,163的图2A和2B) 所示的那些核碱基。b. 本文所用的"核碱基序列"指多核碱基链的任何区段或两个或多个区段的 聚集体(即，相连的聚合物)。合适的多核碱基链的非限制性例子包括寡聚脱氧核苷 酸(例如，DNA)、寡聚核糖核苷酸(例如，RNA)、肽核酸(PNA)、 PNA嵌合体、 核酸类似物和/或核酸模拟物。c. 本文所用的"靶序列"指待测定的多核碱基链的核碱基序列。d. 本文所用的短语"含有核碱基的亚单位"指含有核碱基的多核碱基链的亚 单位。对于寡核苷酸，含有核碱基的亚单位是核苷酸。参考寡核苷酸，本领域技术 人员可以知道其它种类的多核碱基链相关的亚单位形式。e. 本文所用的"多核碱基链"指包含两个或多个含核碱基的亚单位的完整单 链聚合物。f. 本文所用的"核酸"指含有完全由核苷酸形成的骨架的多核碱基链或其类 似物。优选的核酸是D本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种ＰＮＡ寡聚物，其包含Ｎ－末端氨基和Ｃ－末端羰基碳，还包含与Ｎ－末端氨基和／或Ｃ－末端羰基碳直接或间接共价相连的至少一个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基或杂环烃基团，前提是所述基团不是乙酰基或末端连接的天然氨基酸的侧链。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：S迪，EG安德森，
申请(专利权)人：阿普里拉股份有限公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]
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