针对GTP酶KRas蛋白质(KRas)的SRM/MRM测定制造技术

本发明专利技术提供了来自GTP酶KRas蛋白质(KRas)的具体的肽和这些肽的衍生电离特性，其特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱或也可称作多反应监测(MRM)质谱的方法直接定量已经在福尔马林中固定的生物样品中的KRas蛋白质。这类生物样品是经化学保藏和固定的，该生物样品选自使用含有试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自那些块的细胞，以及经福尔马林固定和或石蜡包埋的组织培养细胞。使用Liquid Tissue试剂和方案从该生物样品中制备蛋白质样品并通过在蛋白质样品中定量至少一种或多种所描述的肽来使用SRM/MRM质谱的方法在Liquid Tissue样品中定量KRas蛋白质。这些肽在其以修饰的或未修饰的形式存在时可被定量。KRas肽的修饰的形式的一个示例是肽序列内酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸和/或其他氨基酸残基的磷酸化。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本申请要求2014年7月11日提交的临时申请62/023,683的优先权，其内容通过引用全文纳入本文。引言提供了来源于GTP酶KRas蛋白质(其也称作K-Ras-2、Ki-Ras和c-K-Ras，并在本文中称作“KRas”)的亚序列的特定肽。各种肽的肽序列和碎片/过渡离子可具体用于基于质谱的选择性反应监测(SRM)测定中，其也称为多反应监测(MRM)测定，且在本文中称作SRM/MRM。描述了用于KRas蛋白质的SRM/MRM定量分析的肽的用途。可使用该SRM/MRM测定来测量来自KRas蛋白质的一种或多种特异性肽的相对或绝对定量水平，并由此提供通过质谱测量在从生物样品中获得的给定蛋白质制备物中KRas蛋白质的总量的方法。更具体地，该SRM/MRM测定可直接测量由从诸如福尔马林固定的癌症患者组织的患者组织样品取得的细胞制备的复杂蛋白质裂解物样品中的那些肽。由福尔马林固定的组织制备蛋白质样品的方法描述在美国专利第7,473,532号中，其内容通过引用全文纳入本文。该专利描述的方法可使用获自表达病理学公司(ExpressionPathologyInc.)(马里兰州罗克维尔)的LiquidTi本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种测量生物样品中GTP酶KRas蛋白质(KRas)水平的方法，包括使用质谱检测和/或定量来自所述生物样品的蛋白质消化物中一种或多种修饰的或未修饰的KRas片段肽的含量；和计算所述样品中修饰的或未修饰的KRas蛋白质的水平；且其中所述水平是相对水平或绝对水平。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.07.11 US 62/023,6831.一种测量生物样品中GTP酶KRas蛋白质(KRas)水平的方法，包括使用质谱检测和/或定量来自所述生物样品的蛋白质消化物中一种或多种修饰的或未修饰的KRas片段肽的含量；和计算所述样品中修饰的或未修饰的KRas蛋白质的水平；且其中所述水平是相对水平或绝对水平。2.权利要求1所述的方法，其进一步包括在检测和/或定量一种或多种修饰的或未修饰的KRas片段肽之前对所述蛋白质消化物进行分级的步骤。3.权利要求2所述的方法，其中所述分级的步骤选自凝胶电泳、液相色谱、毛细管电泳、纳米反相液相色谱、高效液相色谱或反相高效液相色谱。4.权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述生物样品的所述蛋白质消化物通过LiquidTissue方案制备。5.权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述蛋白质消化物包括蛋白酶消化物。6.权利要求5所述的方法，其中所述蛋白质消化物包括胰蛋白酶消化物。7.权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述质谱包括串联质谱、离子阱质谱、三重四极质谱、MALDI-TOF质谱、MALDI质谱和/或飞行时间质谱。8.权利要求7所述的方法，其中使用的质谱模式是选择反应监测(SRM)、多反应监测(MRM)和/或多选择反应监测(mSRM)。9.权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述KRas片段肽包括如SEQIDNO：1、SEQIDNO：2、SEQIDNO：3、SEQIDNO：4、SEQIDNO：5、SEQIDNO：6和SEQIDNO：7所示的氨基酸序列。10.权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述生物样品是血液样品、尿样品、血清样品、腹水样品、疲液样品、淋巴液、唾液样品、细胞或实体组织。11.权利要求10所述的方法，其中所述组织是福尔马林固定的组织。12.权利要求10或11所述的方法，其中所述组织是石蜡包埋的组织。13.权利要求10所述的方法，其中所述组织获自肿瘤。14.权利要求13所述的方法，其中所述肿瘤是原发性肿瘤。15.权利要求13所述的方法，其中所述肿瘤是继发性肿瘤。16.权利要求1-15中任一项所述的方法，其进一步包括定量修饰的或未修饰的KRas片段肽。17.权利要求16所述的方法，其中定量所述KRas片段肽包括比较一种生物样品中如SEQIDNO：1、SEQIDNO：2、SEQIDNO：3、SEQIDNO：4、SEQIDNO：5、SEQIDNO：6和SEQ...

【专利技术属性】
技术研发人员：大卫·B·克里茨曼，托德·哈姆布拉夫，史诺·塞帕洛姆比尔，辽卫礼，
申请(专利权)人：爱科谱迅病理研究公司，
类型：发明
国别省市：美国;US