检测性发育相关基因变异的方法和试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种试剂盒，其包括探针，所述探针固定在固相基质上或者游离于液相中，所述探针能够特异性识别X染色体上的特定的29个基因的外显子区和X染色体上的至少一个其它区域，所有的探针能够特异性识别的X染色体上的区域中的任两个相邻区域在X参考染色体上的距离不大于10M，所述探针能够特异性识别Y染色体上SRY基因的外显子区和Y染色体上的至少一个其它区域，所有的探针能够特异性识别的Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在Y参考染色体上的距离不大于10M。同时，本发明专利技术还公开了试剂盒在检测性发育相关基因中的用途、一种检测SRY基因变异的方法、一种检测SRY基因变异的装置和一种检测性发育相关基因变异的方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物医学领域，具体的，本专利技术涉及检测性发育相关基因变异的方法和试剂盒，更具体的，本专利技术涉及一种试剂盒、试剂盒在检测性发育相关基因中的用途、一种检测SRY基因变异的方法、一种检测SRY基因变异的装置和一种检测性发育相关基因变异的方法。
技术介绍
性发育疾病(Disordersofsexdevelopment，DSD)是性决定和性分化异常的一组异质性遗传病,是由于染色体畸变或单基因突变导致的性发育遗传和内分泌途径的改变[MacLaughlin,D.T.andP.K.Donahoe,Sexdeterminationanddifferentiation.NEnglJMed,2004.350(4):p.367-78.]。性发育疾病的发病率约为1-3‰，其中新生儿约为1/4500。分为性染色体异常、46,XYDSD和46,XXDSD三大类。基因的各种类型的变异的发生或遗传，如点突变、插入缺失、拷贝数变异、染色体非整倍性等或者多类变异的组合，可能会使人体异常。性发育的遗传因素异质性高，涉及的基因众多、变异类型多样[Ono,M.andV.R.Harley,Disordersofsexdevelopment:newgenes,newconcepts.NatRevEndocrinol,2013.9(2):p.79-91.]。性发育疾病在遗传因素层面，首先是通过传统的细胞遗传学方法，进行染色体核型检测分析，排除性染色体异常类型，并且r>确定是属于46,XYDSD还是46,XXDSD。在基因层面，目前主要集中在少数几个最常见的基因及其热点变异。对于比较常见的如SRY基因，46,XX睾丸性DSD中SRY基因阳性变异约占80％，具有非常重要的地位，46,XX睾丸性DSD中SRY基因阳性变异是由于Y染色体上的蛋白激酶PRKY与X染色体上的蛋白激酶PRKX高度同源，发生了部分区域或全部区域重组而发生的。临床上常用核型加上FISH或者PCR的方法进行检测。除了点突变、插入缺失等变异类型，不同大小的拷贝数变异(CopyNumberVariant，CNV)，从单个外显子水平到几Mbp的染色体微缺失也在该疾病中占有重要地位，如46XY性反转4型/染色体9p24.3缺失综合征，46XX性反转2型/染色体17q24重复综合征，46XX性反转3型/染色体Xq26重复综合征。对于这类变异，目前主要采用FISH、MLPA、ArrayCGH等方法进行检测。尽管如此，新生儿DSD的检出率仍然只有20％左右，仍然面临着很大的挑战。
技术实现思路
本专利技术旨在提供至少一种商业选择或者至少一定程度解决上述问题之一。依据本专利技术的一方面，提供一种试剂盒，其包括探针，所述探针固定在固相基质上或者游离于液相中，所述探针能够特异性识别X染色体上的29个基因的外显子区：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色体上的其它至少一个区域，所有所述探针能够特异性识别的X染色体上的区域中的任两个相邻区域在X参考染色体上的距离不大于10M，所述探针能够特异性识别Y染色体上SRY基因的外显子区，和Y染色体上的其它至少一个区域，所有所述探针能够特异性识别的Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在Y参考染色体上的距离不大于10M。所述探针能够特异性识别的性染色体上的区域，包括X染色体上的特定的29个基因和Y染色体上的SRY基因的外显子区域，是经过全面收集、多次组合筛选出的集合，能够基于很小的区域信息而全面代表或者反映性染色体上的性发育相关基因。本专利技术这一方面的试剂盒包含的探针能够用以捕获性发育相关基因区域获得区域信息，进一步的能够用于基于获得的捕获区域的信息，检测性发育相关基因变异。加上X/Y染色体上的其它至少一个区域使所有的探针能够特异性识别的X/Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在X/Y参考染色体上的距离不大于10M，即探针能特异性识别的区域在X/Y染色体上的一定间距中有分布，且特异性识别的各个区域在X/Y染色体上呈现相对均匀分布，这样，各个区域的总的信息能够用以代表或准确反映整条染色体的信息，获得整条染色体的信息，而获得整体的信息反过来能够用作基准检验或校正以获取准确的性发育相关基因信息，还能够用以辅助判定特定变异的存在，比如用以辅助检测46,XX中的SRY基因阳性变异，有利于准确检测性发育相关基因的多种变异。需要说明的是，所说的区域不包括参考基因组上序列未知的区域，比如着丝粒附近的区域、Yq12等，即在衡量两个相邻区域在参考基因组上的的距离时跳过这些序列未知的区域。所说的两个区域的在参考染色体上的距离，可以是两个区域各自的中心点在参考染色体上的距离，也可以是前一区域的最后端和后一区域的最前端在参考染色体上的距离，在本专利技术的一个实施例中，所说的区域在参考染色体上的距离是指区域的中心点之间的距离，当所说的区域包含2n+1个碱基时，区域的中心点在第n+1个碱基处，当区域包含2n个碱基时，该区域的中心点为第n或第n+1个碱基处。需要说明的是，由于本专利技术中涉及的具体数值大多具有统计意义，例如前述的距离“10M”，如无特殊说明，任意以精确方式表达的数值均代表一个范围，即包含该数值正负10％的区间，以下不再重复说明。在本专利技术的一个实施例中，进一步选择的性染色上的其它区域使所有的所述探针能够特异性识别的X/Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在X/Y参考染色体上的距离不小于5M，以使利用更少的目标区域来准确代表反映整条染色体。在本专利技术的一个实施例中，所述探针能够特异性识别每5-10M所述X参考染色体区域中的至少一部分和每5-10M所述Y参考染色体区域中的至少一部分，这里对所说的5-10M区域中的至少一部分中的“部分”的大小没有特别限制，可以是整个5-10M区域，也可以是区域中的一部分，较佳的，所说的部分的大小不小于探针的长度，探针长度一般为50～300nt。所说的X/Y染色体上的至少一个其它区域，可以是上述探针能够特异性识别的基因中的其它非外显子区域，也可以是染色体上的与上述探针能够特异性识别的基因不相关的其它基因区域，只要最后能够使得所有的探针能够特异性识别的X/Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在X/Y参考染色体上的距离不大于10M就行。在本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种试剂盒，其包括探针，所述探针固定在固相基质上或者游离于液相中，所述探针能够特异性识别X染色体上的以下29个基因的外显子区：CUL4B、OCRL、OFD1、OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色体上的至少一个其它区域，以及任选的，所述探针能够特异性识别与每个所述29个基因的外显子区相邻的30bp内含子区，所有的所述探针能够特异性识别的X染色体上的区域中的任两个相邻区域在X参考染色体上的距离不大于10M，所述探针能够特异性识别Y染色体上SRY基因的外显子区，和Y染色体上的至少一个其它区域，以及任选的，所述探针能够特异性识别与SRY基因的外显子区相邻的30bp内含子区，所有的所述探针能够特异性识别的Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在Y参考染色体上的距离不大于10M。

【技术特征摘要】
1.一种试剂盒，其包括探针，所述探针固定在固相基质上或者游离于液相中，所述探
针能够特异性识别X染色体上的以下29个基因的外显子区：CUL4B、OCRL、OFD1、
OPHN1、SMS、GK、SOX3、AR、ARX、HCCS、MAMLD1、PHF6、ATRX、HDAC8、
POF1B、MBTPS2、MECP2、MED12、MID1、BMP15、NAA10、BRWD3、FGD1、IGSF1、
FLNA、NR0B1、KAL1、KDM5C和NSDHL，和X染色体上的至少一个其它区域，以及
任选的，所述探针能够特异性识别与每个所述29个基因的外显子区相邻的30bp内含子区，
所有的所述探针能够特异性识别的X染色体上的区域中的任两个相邻区域在X参考染色体
上的距离不大于10M，
所述探针能够特异性识别Y染色体上SRY基因的外显子区，和Y染色体上的至少一
个其它区域，以及任选的，所述探针能够特异性识别与SRY基因的外显子区相邻的30bp
内含子区，所有的所述探针能够特异性识别的Y染色体上的区域中的任两个相邻区域在Y
参考染色体上的距离不大于10M。
2.权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述探针能够特异性识别每5-10M所述X参
考染色体区域中的至少一部分，和/或
所述探针能够特异性识别每5-10M所述Y参考染色体区域中的至少一部分。
3.权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述X染色体上的至少一个其它区域包括以
下X染色体上的15个基因的外显子区：GATA1、KLHL4、DGKK、DIAPH2、EBP、MTCP1、
HPRT1、MTM1、BRCC3、USP26、BCOR、ZXDA、RAB40AL、CHRDL1和FMR1，任
选的，包括与每个所述15个基因的外显子区相邻的30bp内含子区，和/或
所述Y染色体上的至少一个其它区域包括以下Y染色体上的5个基因的外显子区：
KDM5D、PCDH11Y、DDX3Y、EIF1AY和USP9Y，任选的，包括与每个所述5个基因的
外显子区相邻的30bp内含子区。
4.权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述探针能够特异性识别至少一个常染色体基
因的至少一部分；
任选的，至少一个常染色体基因的至少一部分包括以下常染色体基因的外显子区：
AGPAT2、GADD45G、SLC39A4、AIP、CUL7、KIAA1267、SMARCA2、AIRE、CYB5A、
GATA3、KIF7、AKAP2、CYB5R3、GATA4、KISS1、ORC1、SNAP29、AKR1C2、CYP11A1、
GDF9、KISS1R、OTX2、SNRPN、AKR1C4、CYP11B1、GHR、PAPSS2、SOS1、ALMS1、
CYP11B2、KRAS、PAX2、SOX10、ALX4、CYP17A1、GLI3、LEP、SOX2、AMH、CYP19A1、
GNAS、LEPR、PCSK1、AMHR2、CYP21A2、GNRH1、LHB、PEX1、SOX8、CYP3A7、

\tGNRHR、LHCGR、PEX12、SOX9、ARID1B、DAZ1、GPC6、LHX1、PEX14、SPATA17、
ARID5B、DBH、GSTM1、LHX3、PEX2、SPATA4、ARL6、DCAF17、GSTT1、LHX4、
PEX26、SRD5A1、H19、LHX9、PEX3、SRD5A2、ATF3、H6PD、LMNA、PEX5、ATPAF2、
DHCR7、HARS2、LZTFL1、PEX6、STAR、ATR、DHH、STK11、MAP2K1、PITX2、STRA6、
BBS1、DIS3L2、HESX1、MAP31、PMM2、SULT2A1、BBS10、DMRT1、HFE、MAP3K4、
TAC3、BBS12、DMRT2、HHIP、MAPK1、POLG、TACR3、BBS2、DMRT3、HNF1B、
MAPK14、POLR3A、TBCE、BBS4、DOCK8、HOXA10、POR、TBX1、BBS5、DPAGT1、
HOXA11、POU1F1、TBX3、BBS7、EBF2、HOXA13、PPARG、TGFB1、BBS9、HOXA4、
PPP1R3A、TGFBR3、BLM、HOXA9、MKKS、PRKAR1A、TMEM67、EIF2B1、HOXB6、
MKS1、PROK2、TNXB、BMP2、EIF2B2、HOXC13、MLL2、PROKR2、TP63、BMP4、
EIF2B3、HOXD13、PROP1、TRIM32、BMP7、EIF2B4、PSMC3IP、TSHR、BMPR1B、
EIF2B5、HS6ST1、MTMR1、PTCH1、TSPYL1、BRAF、EMX2、HSD11B1、PTGDS、TTC8、
ERCC8、HSD17B3、NBN、PTPN11、UBR1、ESR1、HSD17B4、NDN、RAB23、UPK3A、
BSCL2、ESR2、HSD3B1、NELF、RAB3GAP2、BUB1B、EVC、HSD3B2、NIN、RAB40AL、
CBL、EVC2、ICK、NKAIN2、RAF1、WDPCP、CBX2、IGF1R、NLGN4X、RECQL4、
WDR11、CCDC28B、FGF8、NOBOX、RET、WHSC1、CD96、FGF9、INHA、NOS1、
RIPK4、WNT3、CDKN1C、FGFR1、INHBA、NOTCH2、ROR2、WNT4、CEP290、FGFR2、
INHBB、NPR1、RSPO1、WNT5A、CFTR、FIGLA、INPP5E、NPR2、RXFP2、WNT7A、
CGA、INSL3、SDCCAG8、WT1、CHD7、INSR、NR1I2、SEMA3A、WWOX、CHRM3、
FOXL2、INSRR、NR1I3、SEMA3E、ZBTB16、CLTCL1、FRAS1、IRF6、NR3C1、SF3B4、
...

【专利技术属性】
技术研发人员：易玉婷，曹飞，周丽颖，易鑫，
申请(专利权)人：天津华大基因科技有限公司，深圳华大基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：天津;12