一种易感基因SNP位点检测方法及试剂盒技术

本发明专利技术涉及基因工程领域，提供了一种易感基因SNP位点检测方法及试剂盒。所述方法包括以下步骤：A.利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，将扩增产物可寻址的固定在固相载体上；B.对固定在固相载体上的扩增产物中的易感基因待测SNP位点进行测序，确定其基因型。所述试剂盒包括用于通过非单分子扩增获得含易感基因待测SNP位点的核酸片段的特异性引物对和用于可寻址固定含易感基因待测SNP位点的核酸片段的固相载体。本发明专利技术的方法和试剂盒能够避免不同探针之间的相互干扰，提高了对易感基因SNP位点检测的通量。

【技术实现步骤摘要】
一种易感基因SNP位点检测方法及试剂盒
本专利技术涉及基因工程领域，更具体地说，涉及一种易感基因SNP位点检测方法及试剂盒。
技术介绍
单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphism，SNP）是指基因组内DNA中某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化。目前，国内外已有的易感基因SNP位点检测方法有sanger测序法、基于芯片技术的SNP分型方法、等位基因特异性扩增法（AmplificationRefractoryMutationSystemRealTimePCR，ARMS-RTPCR）和Taqman荧光探针法等。其中，基于芯片技术的SNP分型方法因为能够同时检测多个SNP位点，通量相对较高等优点最为常用，其原理是将大量的探针分子固定在支持物上，然后使这些探针与带标记的样品分子进行杂交，并在除去未结合的分子后，通过检测每个探针分子的杂交信号强度，即每个探针分子所结合的样品分子的标记的信号强度，来判断样品分子的SNP情况。但是这种方法对探针的设计要求高，容易出现高背景值，特别是在同时进行多个易感基因的多个SNP位点检测时，不同探针之间的相互干扰现象非常常见。因此，基于芯片技术的SNP分型方法的探针设计难度高，通量和准确性受限于探针的设计而偏低，且准确性随着通量的增加急剧下降，使得易感基因SNP位点检测的准确性和通量得不到保证。因此，需要一种新的能够高通量的对易感基因SNP位点进行检测方法。
技术实现思路
本专利技术的目的之一在于提供一种能够准确的对易感基因SNP位点进行检测方法，旨在解决现有技术中易感基因SNP位点检测方法通量低的问题。为了实现专利技术目的，本专利技术的易感基因SNP位点检测方法，包括以下步骤：A.利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，将扩增产物可寻址的固定在固相载体上；B.对固定在固相载体上的扩增产物中的易感基因待测SNP位点进行测序，进而确定易感基因待测SNP位点的基因型。其中，所述扩增产物通过微球间接的可寻址固定在固相载体上。其中，所述步骤A包括以下步骤：A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得扩增产物；A2、将扩增产物与接头连接，得连接产物；A3、将连接产物固定在微球上，然后将微球可寻址的固定在固相载体上。其中，所述步骤A包括以下步骤：A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得扩增产物；A2、将扩增产物与固定在微球上的接头连接，得被固定在微球上的连接产物；A3、将固定有连接产物的微球可寻址的固定在固相载体上。其中，所述步骤A包括以下步骤：A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得固定在微球上的扩增产物；所述特异性引物对中仅有一种引物被预先固定在微球上；A2、将固定有扩增产物的微球可寻址的固定在固相载体上。上述任一方案中，所述易感基因待测SNP位点有多个，所述步骤A为：利用多种特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得多种含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物，进而将这些扩增产物分别可寻址的固定在固相载体上。优选的，所述含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物均连有标签序列；所述标签序列用于识别易感基因待测SNP位点的类型。上述任一方案中，所述待测样本有多个；所述步骤A为：利用特异性引物对对多个待测样本进行非单分子扩增，得多种含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物，进而将这些扩增产物分别可寻址的固定在固相载体上；所述各样本的含易感基因待测SNP位点的扩增产物均连有标签序列；所述标签序列用于识别不同的待测样本。上述任一方案中，所述待测样本有多个；所述易感基因待测SNP位点有多个；所述步骤A为：利用多种特异性引物对分别对多个待测样本进行非单分子扩增，得多种不同待测样本来源的含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物，进而将这些扩增产物分别可寻址的固定在固相载体上；所述多种不同待测样本来源的含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物均连有标签序列；所述标签序列用于识别不同的待测样本和易感基因待测SNP位点的类型。其中，所述标签序列来源于特异性引物对或与扩增产物连接的接头。其中，所述特异性引物对中的至少一种引物上含有归一化序列；或所述接头中含有归一化序列。进一步的，所述标签序列与归一化序列同时位于每个特异性引物对中的同一种引物上，或同时位于与扩增产物连接的接头上，且所述标签序列和归一化序列相连。其中，所述步骤B中的测序方法为基于连接测序法或合成测序法。进一步的，所述步骤B进行测序反应时的锚定引物为易感基因待测SNP位点所在位点的3’端的互补序列或易感基因待测SNP位点所在位点的5’端的互补序列。更进一步的，当所述步骤B中的测序方法为连接测序法时，所述锚定引物上用于连接寡核苷酸探针的一端距易感基因待测SNP位点1至9bp之间；所述步骤B中的测序方法为合成测序法时，所述锚定引物的3’端距易感基因待测SNP位点1至9bp之间。为了更好的实现本专利技术的目的，本专利技术还提供了一种易感基因SNP位点检测试剂盒，包括：特异性引物对和固相载体；所述特异性引物对，用于通过非单分子扩增获得含易感基因待测SNP位点的核酸片段；所述固相载体用于可寻址固定含易感基因待测SNP位点的核酸片段。其中，所述易感基因SNP位点检测试剂盒还包括接头，所述接头用于连接含易感基因待测SNP位点的核酸片段，所述接头上含有修饰标记，用于使含易感基因待测SNP位点的核酸片段通过接头间接固定在固相载体上。其中，所述易感基因SNP位点检测试剂盒还包括锚定引物，所述锚定引物为各特异性引物对中的一段序列；或各特异性引物对中的一段序列的互补序列；或易感基因待测SNP位点所在位点的3’端的互补序列；或易感基因待测SNP位点所在位点的5’端的互补序列。进一步的，所述锚定引物的3’端距易感基因待测SNP位点1至9bp之间。进一步的，所述接头为单突出末端接头，且该突出末端为其所在链的3’末端，碱基为T。其中，所述特异性引物对或接头上含有标签序列。其中，所述特异性引物对中的至少一种引物上含有归一化序列；或所述接头中含有归一化序列。进一步的，所述标签序列与归一化序列同时位于每个特异性引物对中的同一种引物上，或同时位于与扩增产物连接的接头上，且所述标签序列和归一化序列相连。由上可知，本专利技术的方法和试剂盒将非单分子扩增获得的产物可寻址的固定在固相载体上，然后通过测序反应测定非单分子扩增获得的产物中的易感基因SNP位点信息，避免了不同探针之间的相互干扰，提高了对易感基因SNP位点检测的通量。附图说明图1是本专利技术一个实施例中接头的结构示意图；图2是本专利技术另一个实施例中接头的结构示意图；图3是本专利技术另一个实施例中接头的结构示意图；图4是本专利技术另一个实施例中接头的结构示意图；图5a是本专利技术一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图5b是本专利技术另一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图5c是本专利技术另一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图5d是本专利技术另一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图5e是本专利技术另一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图5f是本专利技术另一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图5g是本专利技术另一个实施例中锚定引物所处位置的示意图；图6是本专利技术一个具体实施例中接头的结构示意图；图7是本专利技术一个具体实施本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，包括以下步骤：A.利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，将扩增产物可寻址的固定在固相载体上；B.对固定在固相载体上的扩增产物中的易感基因待测SNP位点进行测序，进而确定易感基因待测SNP位点的基因型。

【技术特征摘要】
1.一种易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，包括以下步骤：A.利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，将扩增产物可寻址的固定在固相载体上；B.对固定在固相载体上的扩增产物中的易感基因待测SNP位点进行测序，进而确定易感基因待测SNP位点的基因型；所述测序方法为第二代高通量基因测序技术。2.根据权利要求1所述的易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，所述扩增产物通过微球间接的可寻址固定在固相载体上。3.根据权利要求2所述的易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，所述步骤A包括以下步骤：A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得扩增产物；A2、将扩增产物与接头连接，得连接产物；A3、将连接产物固定在微球上，然后将微球可寻址的固定在固相载体上；所述特异性引物对中，仅用于扩出易感基因待测SNP位点所在链的引物的5’端含有磷酸基团。4.根据权利要求2所述的易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，所述步骤A包括以下步骤：A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得扩增产物；A2、将扩增产物与固定在微球上的接头连接，在连接过程中，使整个连接反应体系周期性震荡，得被固定在微球上的连接产物；A3、将固定有连接产物的微球可寻址的固定在固相载体上。5.根据权利要求2所述的易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，所述步骤A包括以下步骤：A1、利用特异性引物对对待测样本进行非单分子扩增，得固定在微球上的扩增产物；所述特异性引物对中仅有一种引物被预先固定在微球上，在扩增反应过程中，使整个扩增反应体系周期性震荡；A2、将固定有扩增产物的微球可寻址的固定在固相载体上。6.根据权利要求1至5中任一项所述的易感基因SNP位点检测方法，其特征在于，所述待测样本有多个；所述易感基因待测SNP位点有多个；所述步骤A为：利用多种特异性引物对分别对多个待测样本进行非单分子扩增，得多种不同待测样本来源的含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物，进而将这些扩增产物分别可寻址的固定在固相载体上；所述多种不同待测样本来源的含不同易感基因待测SNP位点的扩增产物均连有标签序列；所述标签序列用于识别不同的待测样本和易感基因待测...

【专利技术属性】
技术研发人员：盛司潼，
申请(专利权)人：深圳华因康基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44