本发明专利技术公开了一种检测２型糖尿病易感基因１８个位点突变的基因芯片。该芯片以固定在固相载体上的ＳＥＱＩＤＮｏ．１～３６所示的探针作为检测系统，并进一步包括阳性对照、阴性对照和平行对照组成质控系统包。本发明专利技术还同开了该基因芯片检测的配套引物，这些引物可在同一退火温度进行ＰＣＲ反应，扩增同时完成Ｃｙ３标记，经过１次杂交反应，即可检测１８个基因位点。检测结果准确、快速、效率高，能够系统地筛选目前国内外报导的２型糖尿病易感基因１８个位点突变，适用于大样本低成本２型糖尿病易感基因关联分析。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因芯片检测领域，具体涉及一种快速检测2型糖尿病易感基因多个位点突变的基因芯片，位点涵盖目前明确与2型糖尿病相关易感基因。
技术介绍
糖尿病是一种由胰岛素分泌缺陷和/或胰岛素作用障碍所致的复杂代谢性疾病， 发病率逐年上升，我国的糖尿病发病人数位居世界第二，其中90%为2型糖尿病，且发病年 龄趋向年轻化。持续高血糖所引发的慢性并发症已成为肾功能衰竭、失明和心脑血管疾病 的主要原因，给个人、社会和国家医疗保健带来了沉重的负担，成为全球性的社会卫生和经 济问题。由于T2DM具有家族性特征，且不同种族间发病率存在明显差异，另外同卵双生和 异卵双生个体发病率和病情也不同，因此遗传成分在该病的发病中起重要作用。因此，通过 连锁或关联分析确定糖尿病的易感或致病基因，对于从基因角度阐释糖尿病发病机制有重 要意义。基因芯片是近年来兴起的一项重要生物技术，越来越多地应用于基因多态性分 析和诊断[1][2]。随着基因芯片技术的发展，到2007年[3]用全基因组SNP基因芯片进行 糖尿病易感基因筛查的研究迅速增多，Diabetes Gene DiscoveryGroup[4]，Finland-US Investigation of NIDDM Genetics (FUSION)[5]，deC0DEGenetics[6]，DiaGenm 等研究使 用 Illumina 100K 或 Illumina 300KSNP 基因芯片，Diabetes Genetics Initiative , Wellcome Trust Case Control Consortium ,Pima[10], Starr County, Texas[11], Old Order Amish[12],Framingham Health Study[13]等研究使用 Affymetrix 100K 或 Affymetrix 500K 芯片，Japanese multi-disease collaborativegenome scan[14]使用 JSNP Genome Scan IOOK SNP 芯片，BioBank Japan[15]使用定制的 268K SNP 芯片。这些研究中发现了许多新的易感基因位点与2型糖尿病有关，总结目前已发现的 与2型糖尿病有关的易感基因位点(risk variants)主要有以下几类(1)通过候选基因关联分析(candidate-gene associations)确定的易感基 因位点Prol2Ala位于过氧化物酶体增殖活化受体gamma基因(PPARG，peroxisome proliferator-activated receptor gamma)，该石马 thiazolidinedione @月夷岛素ii1 敏剂的靶点。Glu23Lys位于内向整流型钾离子通道亚家族J基因(KCNJll，the potassium inwardly rectifying channel, subfamily J, member 11)该基因编码磺脲类降糖药的革巴 点ο(2)通过基于微卫星多态性关联分析确定的易感基因位点rs7903146位于 TCF7L2基因内含子区，该基因编码Wnt信号通路中一种重要的转录因子。该位点在目前所 有已知2型糖尿病相关的易感基因中效应最强。(3)通过大规模候选通路研究确立的易感基因位点rsl0010131位于 WFSl (Wolfram syndrome 1)基因内含子外显子交界，该基因可能参与调解beta细胞功能。 rs757210位于HNFlB (肝细胞核因子1B)基因内含子区，该基因与胰岛发育和功能有关。(4)通过全基因关联分析确定的易感基因位点rs8050136位于FTO基因内含子 区；rslll875 位于 HHEX/IDE(hematopoietically expressed homeobox[HHEX]/insulin degrading enzyme) SESTffif 7. 7kb^h ；rs7754840^TCDKALl (CDK5 regulatory subunit associated protein 1-like 1)基因内含子区；rs4402960 位于 IGF2BP2 (insulin-like growth factor 2 mRNA binding protein 2)基因内含子区；rsl0811661 位于 CDKN2A/ B (cyclin-dependent kinase inhibitors 2a and 2b)基因上訪,125kb 处；rsl3266634 编 码 SLC30A8 (solute carrier family 30, member 8)基因 R325W 突变。(5)通过对全基 因组关联分析进行meta分析确定的易感基因位点rsl0923931 位于N0TCH2 (Notch homologue 2，Drosophila)基因内含子区，该基因参与胰腺发育； rs4607103 ^ T ADAMTS9(ADAM metallopeptidase withthrombospondin type 1 motif 9)基因上游 38kb 处；rsl2779790 临近 CAMKlD(calcium/calmodulin—d印endent protein kinase ID)基因；rs864745 位于 JAZFl (juxtaposed with another zinc finger gene 1)基因内含子区；rs7961581 位于 TSPAN8/LGR5 (tetraspanin 8 (TSPAN8)/leucine-rich repeat-containing G-proteincoupled(LGR5)) ■ @ 内 ^·〒 IK ；rs7578597 IS 码 THADA (thyroid adenomaassociated) ·@Τ1187Α，$。如何高通量简便快速的对这些已知易感基因位点进行分型，对于验证不同人群这 些位点相关性差异，或重复关联分析结果，即(implication studies)有重要意义。并且 对大样本人群进行这些位点分型，可判断通过这些位点从基因角度预测2型糖尿病的效能 (Meigs, J. B. , Prediction of type 2 diabetes :the dawn ofpolygenetic testing for complex disease. Diabetologia, 2009. 52 (42) :p. 568-570.)。例如 Valeriya Lyssenko 等(Narayan, K. Μ. V. and Μ. B. Weber, Clinical Risk Factors, DNA Variants, and the Development of Type 2 Diabetes. New England Journal ofMedicine,2009. 360(13) p. 1360-1360.)对 16，061 名瑞典人和 2770 芬兰人分析 16 本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种检测２型糖尿病１８基因位点突变的基因芯片，其包括固定在固相载体上的用于检测２型糖尿病易感基因的特异性寡核苷酸探针，其核苷酸序列如ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．１～３６所示。
【技术特征摘要】
一种检测2型糖尿病18基因位点突变的基因芯片，其包括固定在固相载体上的用于检测2型糖尿病易感基因的特异性寡核苷酸探针，其核苷酸序列如SEQ ID No.1~36所示。2.根据权利要求1所述的基因芯片，其特征在于，所述固相载体为醛基玻片。3.根据权利要求2所述的基因芯片，其特征在于，所述探针5’端有15个多聚T，5’端 经修饰氨基基团后固定在醛基玻片上。4.根据权利要求1-3所述基因芯片，其特征在于，该基因芯片点阵布控玻璃芯片为 117个样点组成的10行X 12列的矩阵，包括质控系统和检测系统，质控系统为(1)芯片阳 性对照，为SEQ ID No.广36探针的等量混合的溶液，作为阳性对照点，设计布控于左下角， 共3个阳性对照样点；(2)芯片平行对照，采用25uM的探针溶液点样，每种探针设置平行 点3个点，即每3个点检测一个等位基因型；左右共6个点，共同构成一个基因位点检测区； (3)芯片阴性对照，为点样溶液以及双蒸水，各三个点，共6个阴性对照样点，位于右下角。5.权利要求广4任一项所述基因芯片的制备方法，其包括如下步骤合成SEQID No.广36所示的探针，探针在合成时...
【专利技术属性】
技术研发人员：邓冠华，谢焱，刘松梅，周新，马海波，郑璇，袁媛，丁峰，王春芳，梁纯子，
申请(专利权)人：广州阳普医疗科技股份有限公司，武汉大学，
类型：发明
国别省市：81[中国|广州]
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