本发明专利技术涉及基因芯片，具体地说，是一种唇腭裂易感基因检测芯片及检测方法。所述芯片包括基片和位于基片上的核酸探针，核酸探针包括核酸序列为SEQ?ID?NO.1-34的核苷酸序列，所述探针的3’端进行氨基修饰。本发明专利技术的唇腭裂易感基因的基因芯片用以检测各基因与唇腭裂之间的关系。该基因芯片将所有基因中可能与唇腭裂发生相关的位点探针集成到一张芯片上，利用碱基互补杂交方法，实现了高通量，快速，准确的检测。通过唇腭裂易感基因检测芯片可快速简便的对易感人群进行基因筛查，可在孕早期或孕前预测出高危人群，从而通过减少接触危险因素，改善条件等手段，预防和降低唇腭裂的发生。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因芯片，具体的说是。
技术介绍
非综合征性唇裂伴或不伴腭裂(nonsyndromiccleft with or without cleftpalate, NSCL/P)是一种不属于任何综合征的不伴发其它系统器官畸形的比较常见的先天颜面部缺陷，是人类最常见的先天性畸形之一。非综合征唇腭裂的治疗需要外科、营养、牙科、语言、内科和行为等各学科的介入，给社会和家庭带来重大的经济负担。世界不同地区不同种族唇腭裂的发病率有较大不同，平均为1/700，我国的发病率较高，为1/500。虽然对唇腭裂的确切病因尚无定论，但遗传和环境两大因素是目前公认的主要病因，国外报道唇腭裂的遗传率为60% -78%。 唇腭裂是多基因遗传性疾病，它具有以下特点参与发病的基因不止一个，每个基因的作用程度不同，起主要作用的基因为主效基因，起次要作用的基因为次要基因，不同基因之间存在交互作用，各个致病基因作用于发育的不同环节。因此，研究唇腭裂的易感基因，探索易感基因与唇腭裂之间的相互联系，检测易感人群的基因对提高我国人口素质，降低唇腭裂的发生率有重要意义。目前唇腭裂的研究表明下列几种基因可能与唇腭裂的发生有关(I)转化生长因子A (transforming growth factor a，TGFA)是一种生长因子,其受体是表皮生长因子受体，能刺激上皮细胞的增生并诱导其分化，对许多正常细胞的生长具有调节作用。Ardinger在1989年最早发现TGFA的Taq-I酶切位点与唇腭裂可能相关，随后国内的学者也发现中国人群病例组TGFA的Taq-I位点C2等位基因频率高于对照组，有统计学差异。(2)转化生长因子B3 (transforming growth factor2 0 3, TGFB3)在腭板正常融合过程所需要的腭板中缝上皮细胞中特异性表达，对腭板中缝上皮细胞融合及腭板中线消失起作用。Kim在韩国人群中发现TGFB3的一个SNP位点，第五内含子的第104个碱基有异常突变，即IVS5+104A —G，这种突变在病例组中出现频率显著高于对照组。(3)干扰素调节因子6 (interferon regulatory factor 6, IRF6)属于 IRFs 家族，即干扰素调节因子家族。IFR6等位基因缺陷将导致唇腭裂及缺牙，说明IFR6直接参与唇、腭、牙的发育。Zuccheix)对来自亚洲、欧洲、南美洲的8003位患者的IFR6等位基因进行单体型和连锁分析，并经过病例对照分析得出NSCL/P发生的风险性与IFR6等位基因的基因变异有关。研究人员还发现如果一个家庭已经出生一名IRF6的第274个氨基酸位点valine变异的NSCL/P患儿，那么这个家庭再出生NSCL /P患儿的风险是正常家庭的3倍。(4)同源异型盒基因I (musclesegment homebox I, MSX1),该基因有核转录因子活性,可编码具有生化特性的蛋白。它出现异常时，临床上有下列表型NSCL/P、伴口面裂畸形的牙发育不全、常染色体显性遗传的牙发育不全等。MSXl基因敲除后小鼠腭裂的发生率为100%，MSXl表达于包括腭板在内的正在发育的颌面结构中。在人4p染色体病综合征中就有MSXl的缺失，且常有唇腭裂的发生。(5)亚甲基四氢叶酸还原酶(methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)是叶酸代谢的关键酶，编码此酶的C677T的突变会导致酶不耐热并且活性降低。Gaspar分析了双亲的遗传后认为母亲C677T位点的T或C的纯合子基因型是CLP发生的一个重要易感因素。Martinelli发现同正常对照组相比NSCLP患者的母亲的亚甲基四氢叶酸还原酶有更高的突变频率。(6)脊髓灰质炎病毒受体相关基因I (poliovirus receptor2 related I,PVRLI)编码结合素(nectin21)，结合素是a疱疹病毒间接进入人体的主要受体。最近的研究表明nectin21的主要功能应是细胞间黏附，在面部和腭部的角化细胞上优先表达。(7)SUMO — I基因作为一个修饰因子编码小类泛素修饰蛋白，主要作用是翻译后的调控，对基因表达及基因组的稳定性具有意义，几个和类泛素化有关的蛋白也直接和唇腭裂相关联，如MSX1、SATB2和TBX22编码的蛋白。国内学者研究表明SUM0-1基因与唇腭裂发生相关。(8)B细胞淋巴因子3 (B cellleukemia / lymphoma 一 3, BCL3)是一个原癌基因。研究表明它的功能性突变会导致中部边缘上皮过度生长，而引起面部始基融合紊乱。它的显性突变会导致间充质发育中的重要基因表达受抑制，使细胞生长失常而引起CLP。基于上述这些基因可能与唇腭裂的发生相关，而国内外尚未涉及使用基因芯片方法来检测唇腭裂易感人群的研究。
技术实现思路
本专利技术目的在于提供。为实现上述目的，本专利技术采用的技术方案为一种唇腭裂易感基因检测芯片，所述芯片包括基片和位于基片上的核酸探针，核酸探针包括核酸序列为SEQ NO. 1-38的核苷酸序列，所述探针的3’端进行氨基修饰。所述基片为经过表面活化处理的载玻片。所述芯片还包括阳性对照、阳性探针和阴性对照。所述芯片中的探针点样矩阵以6*6陈列排布。唇腭裂易感基因检测方法提取待检验的DNA，使用引物对进行PCR扩增；扩增产物再经延伸，延伸时加入混有CY3-dCTP的dNTP底物，延伸产物与所述唇腭裂易感基因检测芯片杂交；通过检测芯片上CY3的信号值来检测芯片杂交的结果。所述PCR扩增所采用的引物为SEQ NO. 76-101中的核苷酸序列和延伸引物核酸序列为SEQ NO. 39-75的核苷酸序列所示。所述唇腭裂易感基因检测芯片在检测唇腭裂易感基因中的应用。本专利技术所具有的优点本专利技术的唇腭裂易感基因的基因芯片用以检测各基因与唇腭裂之间的关系。该基因芯片将所有基因中可能与唇腭裂发生相关的位点探针集成到一张芯片上，利用碱基互补杂交方法，实现了高通量，快速，准确的检测。通过唇腭裂易感基因检测芯片可快速简便的对易感人群进行基因筛查，可在孕早期或孕前预测出高危人群，从而通过减少接触危险因素，改善条件等手段，预防和降低唇腭裂的发生。附图说明图I为本专利技术实施例所提供的工艺流程图。图2为本专利技术实施例提供的TGFA TaqI位点OR值图表。图3为本专利技术实施例提供的唇腭裂基因芯片延伸引物设计原理图。图4为本专利技术实施例提供的探针点样及阳性阴性对照点样矩阵图。图5为本专利技术实施例提供的芯片检验效果图。图6为本专利技术实施例提供的PCR扩增样品流程图。 图7为本专利技术实施例提供的样品纯化流程图。具体实施例方式实施例II.样品提取DNA :取200ul样品用血液DNA提取试剂盒(天根生化科技)提取样品的DNA，待用。2.易感基因位点的选择、引物及探针序列设计I)根据现有唇腭裂相关易感基因，通过meta分析方法，对每个易感基因进行分类统计，计算OR值，统计出与中国人群唇腭裂发生相关的易感基因位点。以TGFA的Taq I基 因位点为例，统计所有研究中国人群唇腭裂TGFATaq I位点文献中的病例与对照的数据，用review manager 4. 2软件进行计算,结果如下图I,该位点OR值为2. 59本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种唇腭裂易感基因检测芯片，所述芯片包括基片和位于基片上的核酸探针，其特征在于：核酸探针包括核酸序列为SEQ？N0.1？38的核苷酸序列，所述探针的3’端进行氨基修饰。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：韩维田，卢永平，刘强，胥威，李增建，李建新，
申请(专利权)人：辽宁省计划生育科学研究院，
类型：发明
国别省市：
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