植物基因组改造中常用的在核苷酸序列上修饰植物基因组的方法和工具技术

技术编号:8723293 阅读:257 留言:0更新日期:2013-05-22 17:39
提供了以定向的方式修饰包含嵌合基因的转基因植物的植物基因组的方法和工具,其中所述嵌合基因具有植物分子生物学中常用的DNA元件。提供了重新设计的大范围核酸酶,用于切割此类常用于植物分子生物学中的元件。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及农业领域。更具体而言,本专利技术提供了在转基因植物的基因组中精确定位的核苷酸序列上导入定向修饰的方法和工具,所述修饰包括插入、缺失或取代,其中核苷酸序列包含在植物转基因中常用的元件或DNA片段中,所述元件或DNA片段例如常用的可选择的标志物基因。在识别核苷酸序列处使用源自天然存在的大范围核酸酶、并经过重新设计而识别识别位点并对其进行切割的大范围核酸酶,诱导双链断裂,通过其在第一步触发修饰。
技术介绍
在植物基因组中导入定向修饰的需求(包括控制外来DNA在植物中整合的位置)已变得日益重要,为了满足这一需求,已开发了若干方法(综述参见Kumar和Fladung,2001, Trends in Plant Science, 6,第155-159页)。这些方法大部分依赖于在定向位置初始导入双链DNA断裂。通过切点罕见内切核酸酶(如1-SceI)诱导双链DNA断裂,激活靶基因座和/或修复(repair)或贡献(donor) DNA,表现出增加若干数量级的同源重组频率。(Puchta等人,1996,Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A.,93,第 5055-5060 页;Chilton 和 Que,Plant Physiol.,2003 ;D,Halluin 等人,2008Plant Biotechnol.J.6,93-102)。W096/14408描述了编码酶Ι-Scel的分离的DNA。该DNA序列可以被掺入到克隆和表达载体、转化细胞系和转基因动物中。载体可用于基因定位和基因的定点插入。W000/46386描述了通过1-SceI诱导的双链断裂,在细胞中修饰、修复、削弱和失活基因或其他染色体DNA。还公开了在需要的个体中治疗或预防遗传疾病的方法。还公开了嵌合的限制性内切酶。此外,还描述了允许切点罕见内切核酸酶改变酶的底物或序列特异性的方法,从而允许在目的位置诱导双链断裂,而不依赖于存在任何天然的切点罕见内切核酸酶。简而言之,可以使用在设计识别特定的核苷酸序列的锌指结构域和来自天然的限制性酶(如FokI)的非特异性DNA切割结构域之间的杂合体,制备嵌合的限制性酶。此类方法描述在例如 W003/080809, W094/18313 或 W095/09233 中,和 Isalan 等人,2001,NatureBiotechnology 19,656-660 ;Liu 等人,1997,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA 94,5525-5530 中。另一种通过选择自变体文库生产定制的大范围核酸酶的方法描述在W02004/067736中。还可以通过W02007/047859所述的合理设计,获得具有改变的序列特异性和DNA结合亲和力的定制的大范围核酸酶或重新设计的大范围核酸酶。W02007/049095描述了在2个分开的亚结构域中具有突变的“LADGLIDADG”归巢内切核酸酶变体,每个亚结构域分别结合修饰的DNA靶半位点的不同部分,使得内切核酸酶变体能够切割包含每个亚结构域结合的核苷酸的嵌合DNA靶序列。W02007/049156和W02007/093836描述了具有新的切割特异性的1-CreI归巢内切核酸酶变体,及其用途。W02007/047859描述了合理设计的大范围核酸酶,其具有改变的序列特异性和DNA结合亲和力。W02006/105946描述了用于通过同源重组在植物细胞和植物中精确将靶DNA序列交换为目的DNA序列的方法,从而可以在不遗留痕迹和不依赖于在去除步骤过程中进行体外培养的条件下,之后去除在同源重组阶段过程中使用的可选择的或可筛选的标志物,所述标志物用于临时选择基因取代事件,应用其中描述的方法用于通过小孢子特异性表达的诱导双链断裂的切点罕见内切核酸酶去除选定的DNA。US临时专利申请60/828,042和欧洲专利申请06020370.0和W02008/037436描述了 W02006/105946的方法和工具的变体,其中通过诱导双链断裂的切点罕见内切核酸酶诱导的选定的DNA片段的去除步骤处于种系特异性启动子控制下。方法的其他实施方案依赖于修复DNA —端的非同源末端连接和另一端的同源重组。Gao等人,2009, The Plant Journal,第1_11页描述了使用重新设计的内切核酸酶在玉米中进行可遗传的靶向诱变。由于重新设计的大范围核酸酶源自天然存在的内切核酸酶,因此,可利用的潜在识别位点不完全是随机的,而表现出与重新设计的大范围核酸酶所基于的天然存在的内切核酸酶原始识别的核苷酸序列具有一定程度的相似性。如Gao等人,2009 (见上文)所述,基于结构的、修饰1-CreI的DNA结合特征的蛋白质设计方法是基于对1-Cre1-DNA共结晶结构的目测的,导致预测出大量改变1-CreI在其识别位点的特定位置上的碱基偏爱的氨基酸取代。在实验上评估了单个氨基酸取代,将产生理想的碱基偏爱改变的取代加入到可以被“混合和匹配”而产生识别高度多样化DNA位点的1-CreI衍生物的突变的数据库中。理论上,使用现有的突变数据库可获得的组合多样性足以在随机DNA序列中约每IOOObp定向改造过的内切核酸酶。因此,仍然需要功能上重新设计的大范围核酸酶,所述酶识别之前作为转基因的常用部分而导入到转基因植物中的DNA元件或区域内的识别位点,并且足够有效率的在所述区域诱导双链DNA断裂,从而触发例如通过同源重组或非同源末端连接在双链断裂位点插入外来DNA、缺失或取代所需的事件。鉴别此类成对的识别位点和重新设计的大范围核酸酶,通过在之前导入的转基因位置处诱导的双链DNA断裂附近允许DNA的插入、缺失或取代,而不必依赖于存在曾经导入过切点罕见内切核酸酶,例如1-SceI (不天然存在于植物细胞中)的识别位点,增强了以定向方式修饰植物基因组可利用的工具。上述问题如下文所述在本专利技术的不同的具体实施方案和权利要求中得以解决。专利技术概述在本专利技术的一个实施方案中,提供了向转基因植物细胞的基因组的预定位点导入外来DNA分子的方法,包括步骤:a.在预定位点诱导双链DNA断裂;b.将外来DNA分子导入植物细胞中;c.选择在预定位点导入了外来DNA的植物细胞;和d.任选的再生植物细胞为植物,特征是预定位点是 不同于天然存在的大范围核酸酶识别位点的核苷酸序列,预定位点是通常作为转基因植物的转基因的一部分导入的核苷酸序列,且其中双链DNA断裂的诱导是通过导入非天然存在的单链大范围核酸酶或成对非天然存在的大范围核酸酶,所述大范围核酸酶识别或一致识别预定位点并诱导双链断裂。在另一个实施方案中,本专利技术提供了向植物细胞的基因组的预定位点中导入外来DNA分子的方法,包括步骤:a.在预定位点诱导双链DNA断裂;b.将外来DNA分子导入植物细胞中;c.选择在预定位点导入了外来DNA的植物细胞;和 d.任选的再生植物细胞为植物特征是所述预定位点包含在来自吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)的膦丝菌素乙酰转移酶编码区(bar编码区)内,所述膦丝菌素乙酰转移酶可以具有SEQ IDN0.:3的核苷酸序列,且双链DNA断裂的诱导是通过导入单链大范围核酸酶或成对大范围核酸酶,所述大范围核酸酶识别或一致识别预定本文档来自技高网...

【技术保护点】
向植物细胞的基因组的预定位点导入外来DNA分子的方法,包括步骤:a.在所述预定位点诱导双链DNA断裂;b.将所述外来DNA分子导入所述植物细胞中;和c.选择在所述预定位点导入了所述外来DNA的植物细胞;特征是所述预定位点包含在编码吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)编码的膦丝菌素乙酰转移酶的DNA区域(bar编码区)内,且所述双链DNA断裂的诱导是通过导入单链大范围核酸酶或成对大范围核酸酶,所述大范围核酸酶识别或一致识别所述预定位点并诱导所述双链断裂。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2010.06.09 EP 10005941.9;2010.06.17 US 61/3558491.向植物细胞的基因组的预定位点导入外来DNA分子的方法,包括步骤: a.在所述预定位点诱导双链DNA断裂; b.将所述外来DNA分子导入所述植物细胞中;和 c.选择在所述预定位点导入了所述外来DNA的植物细胞; 特征是所述预定位点包含在编码吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)编码的膦丝菌素乙酰转移酶的DNA区域(bar编码区)内,且所述双链DNA断裂的诱导是通过导入单链大范围核酸酶或成对大范围核酸酶,所述大范围核酸酶识别或一致识别所述预定位点并诱导所述双链断裂。2.根据权利要求1的方法,其中所述预定位点包含SEQID N0.1或SEQ ID N0.2的核苷酸序列。3.根据权利要求1或权利要求2的方法,其中所述bar编码区包含SEQID N0.:3的核苷酸序列。4.向植物细胞的基因组的预定位点导入外来DNA分子的方法,包括步骤: a.在所述预定位点诱导双链DNA断裂; b.将所述外来DNA分子导入所述植物细胞中;和 c.选择在所述预定位点导入了所述外来DNA的植物细胞; 特征是所述预定位点包含SEQ ID N0.1或SEQ ID N0.2的核苷酸序列,且所述双链DNA断裂的诱导是通过导入单链大范围核酸酶或成对大范围核酸酶,所述大范围核酸酶识别或一致识别所述预定位点并诱导所述`双链断裂。5.根据权利要求1至4的任一项的方法,其中所述大范围核酸酶或所述成对大范围核酸酶源自1-Crel,且其中大范围核酸酶单元I中存在下列氨基酸: a.第32位S; b.第33位Y; c.第38位E; d.第40位R; e.第66位K; f.第80位Q; g.第42位T; h.第77位R;68位R; j.第70位R ; k.第44位Q ;24位I ; m.第26位S ; η.第28位S ; ο.第30位R, 且其中大范围核酸酶单元2中存在下列氨基酸: P.第70位R ; q.第44位T ;r.第24位I ; s.第26位S ; t.第28位S ; u.第30位N ; V.第32位S ; w.第33位R ; X.第38位Q ; y.第80位Q ; z.第40位R ; aa.第 66 位 K ; bb.第 42 位 T ;CC.第 77 位 R ;dd.第 68 位 R06.根据权利要求1至5的任一项的方法,其中所述成对大范围核酸酶强制性的形成异二聚体,或其中所述大范围核酸酶是包含通过接头共价连接的、2个1-CreI来源的结构域的单链大范围核酸酶。7.根据权利要求1至6的任一项的方法,其中所述成对大范围核酸酶分别包含SEQIDN0.5和SEQ ID N0.6的氨基酸 序列,或所述单链大范围核酸酶包含SEQ ID N0.18的自第I至167位和自第206至362位的氨基酸序列。8.根据权利要求1至7的任一项的方法,其中所述成对大范围核酸酶是由这样的核酸编码的,所述核酸包含SEQ ID N0.4的第2004位核苷酸至第2525位核苷酸或至第2522位核苷酸的核苷酸序列,和SEQ ID N0.4的第4885位核苷酸至第5405位或第5403位核苷酸的核苷酸序列,或所述单链大范围核酸酶是由这样的核酸分子编码的,所述核酸分子包含SEQ ID N0.17的第1267至1605位和第1795至1956位和第2071至2541位核苷酸的核苷酸序列,或所述单链大范围核酸酶是由这样的核酸分子编码的,所述核酸分子包含SEQ IDN0.17的第1267至1605位和第1795至2541位核苷酸的核苷酸序...

【专利技术属性】
技术研发人员:K·达伦
申请(专利权)人:拜尔作物科学公司
类型:发明
国别省市:比利时;BE

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