在片段化的基因组DNA样品中保留基因组连接信息制造技术

一种对靶核酸聚合物测序的方法，通过(a)修饰靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物；(b)生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，其中所述片段被附着至固体支持物表面上的位置；(c)确定来自所述位置处的所述片段的核苷酸序列；以及(d)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本申请主张2013年12月20日提交的序列号为61/919,529的美国申请和2014年2月4日提交的序列号为61/935,776的美国申请的优先权，二者都在申请期间，通过引用将它们并入本文。
技术介绍
本公开一般涉及对核酸测序，并且更具体地涉及对从核酸获得的序列信息进行定相(phasing)、差错纠正和组装。人类基因组计划的努力为人类遗传密码打开了更广阔的窗口。进一步解开人类基因组的工作正在进行，例如采用高通量测序技术。HapMap(单体型图谱)计划为全球性科学工作，旨在通过比较来自患有以及没有疾病的人的基因组信息发现引起所述疾病的遗传变异。作为特定基因座的DNA序列的变异形式，等位基因可含有一个或更多个不同的遗传变异，对特定染色体上的单体型或者不同位置或基因座处的等位基因组合的识别为该HapMap计划的重点。所识别的在两组人群中有区别的单体型可能与导致所评估的疾病的遗传异常的位置相关。由此，HapMap结果将帮助描述人类遗传变异的共同模式，以及这些变异是否潜在地与疾病相关。从这些工作获得的信息预期将提供有价值的工具来帮助破译很多疾病和病症的病因或疗法。遗憾的是，进行这种大规模测序仍是非常昂贵的，并且提供更多深入信息如单染色体单体型分析、等位基因或靶序列定相的技术是难以获得的。因此，仍亟需其他的工具和技术来从人类基因组解开更多信息。本公开致力于这种需要，同时提供其他的优点。
技术实现思路
本申请阐述的方法可用于确定序列片段相对于产生这些片段的较大的靶核酸的接近度(proximity)。例如，当各个序列读长短于所评估的靶核酸的长度时，这些方法可用于为相对长的靶核酸序列确定相位和识别单体型。本公开提供一种对靶核酸聚合物测序的方法。该方法可包括以下步骤：(a)修饰靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个来自所述靶核酸聚合物的序列区；(b)在具有固体支持物表面的容器中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，每个片段包括所述序列区之一；(c)将所述片段随机捕获在固体支持物表面的区域内的位置处；(d)通过在所述位置处检测所述片段确定所述序列区的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。还提供一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括以下步骤：(a)将插入物添加至靶核酸聚合物中，以形成包括多个内部插入物的被修饰的核酸聚合物；(b)在与固体支持物表面接触的流体中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，从而释放片段，所述片段每个包括所述插入物的至少一部分；(c)将来自所述流体的片段随机捕获在固体支持物表面上的位置处；(d)通过检测所述位置处的片段确定来自所述片段的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。本公开还提供一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括以下步骤：(a)修饰靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个来自所述靶核酸聚合物的序列区域；(b)将所述被修饰的核酸聚合物附着至固体支持物表面上的区域；(c)生成被附着至所述固体支持物表面的所述被修饰的核酸聚合物的片段，其中所述片段被附着至所述固体支持物表面的所述区域处的位置；(d)通过在所述位置处检测所述片段确定来自所述片段的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。还提供一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括以下步骤：(a)将插入物添加至靶核酸聚合物中，以形成包括多个内部插入物的被修饰的核酸聚合物；(b)将所述被修饰的核酸聚合物附着至固体支持物表面；(c)生成被附着至所述固体支持物表面的所述被修饰的核酸聚合物的片段，其中所述片段被附着至所述固体支持物表面上的位置并且其中所述片段每个包括所述插入物的至少一部分；(d)通过检测所述位置处的所述片段确定来自所述片段的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。本公开阐述的方法还可用于为混合的样品确定所获得的序列读长(sequencereads)的源头。例如，当来自多个生物体的靶核酸的混合物作为混合物处理时，这些方法可用于识别源自共同生物体的序列片段。因此，这些方法可用于识别宏基因组样品中的各个生物体。也可使用含有来自不同来源的靶核酸的混合物的其他样品。本公开提供一种为来自不同来源的序列的混合物中的各个序列确定来源的方法。该方法可包括以下步骤：(a)提供来自多个不同来源的靶核酸聚合物的混合物；(b)修饰所述靶核酸聚合物的混合物以生成被修饰的核酸聚合物的混合物，其中所述被修饰的核酸聚合物的混合物包括多个来自所述不同来源的序列区；(c)在具有固体支持物表面的容器中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，每个片段包括来自所述不同来源中的一个的序列区域；(d)在来自共同靶核酸聚合物的片段优先定位在所述固体支持物表面上的临近位置的条件下，将所述片段随机捕获在所述固体支持物表面上的位置处；(e)确定所述位置处的所述片段的核苷酸序列；以及(f)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离识别源自多个不同来源中的共同来源的核苷酸序列。还提供一种为来自不同来源的序列的混合物中的各个序列确定来源的方法，其中该方法包括以下步骤：(a)提供来自多个不同来源的靶核酸聚合物的混合物；(b)将插入物添加至所述混合物中的所述靶核酸聚合物中以形成被修饰的核酸聚合物的混合物，每个聚合物包括多个内部插入物；(c)在与固体支持物表面接触的流体中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，从而释放片段，每个片段包括所述插入物中的每个的至少一部分；(d)将来自所述流体的所述片段随机捕获在固体支持物表面上的位置处；(e)通过检测所述位置处的所述片段确定来自所述片段的核苷酸序列；以及(f)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离识别源自多个不同来源中的共同来源的核苷酸序列。本公开还提供一种为来自不同来源的序列的混合物中的各个序列确定来源的方法，其中该方法包括以下步骤：(a)提供来自多个不同来源的靶核酸聚合物的混合物；(b)修饰所述靶核酸聚合物的混合物以生成被修饰的核酸聚合物的混合物，其中所述被修饰的核酸聚合物的混合物包括多个来自所述不同来源的序列区域；(c)将所述被修饰的核酸聚合物附着至固体支持物表面；(d)生成被附着至所述固体支持物表面的所述被修饰的核酸聚合物的片段，其中来自所述多个来源中的共同来源的片段被附着至所述固体支持物表面上的邻近的位置；(e)确定所述位置处的所述片段的核苷酸序列；以及(f)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离识别源自所述多个不同来源中的共同来源的核苷酸序列。还提供一种为来自不同来源的序列的混合物中的各个序列确定来源的方法，其中该方法包括以下步骤：(a)提供来自多个不同来源的靶核酸聚合物的混合物；(b)将插本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括(a)修饰靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个来自所述靶核酸聚合物的序列区；(b)在包括固体支持物表面的容器中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，每个片段包括所述序列区之一；(c)将所述片段随机捕获在所述固体支持物表面的区域内的位置处；(d)通过检测所述位置处的所述片段确定所述序列区的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.12.20 US 61/919,529;2014.02.04 US 61/935,7761.一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括(a)修饰靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个来自所述靶核酸聚合物的序列区；(b)在包括固体支持物表面的容器中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，每个片段包括所述序列区之一；(c)将所述片段随机捕获在所述固体支持物表面的区域内的位置处；(d)通过检测所述位置处的所述片段确定所述序列区的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述修饰包括将插入物添加至所述靶核酸聚合物中以形成所述被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个内部插入物。3.根据权利要求2所述的方法，其中在(b)中生成的所述片段每个包括在(a)中添加的插入物的至少一部分。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述插入物还包括切割位点。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述在(b)中生成所述片段包括在所述切割位点切割所述插入物。6.根据权利要求2至5中任一项所述的方法，其中所述插入物具有引物位点。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述片段每个包括具有所述引物位点的所述插入物的至少一部分。8.根据权利要求7所述的方法，其中(d)包括通过在所述位置处延伸被杂交至所述引物位点的引物来确定来自所述片段的核苷酸序列。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述引物的所述延伸包括聚合酶催化的至少一个核苷酸的添加。10.根据权利要求8所述的方法，其中所述引物的所述延伸包括连接酶催化的至少一个寡核苷酸的添加。11.根据权利要求2至10中任一项所述的方法，其中所述插入物包括结合至所述固体支持物表面上的受体的配体。12.根据权利要求2至11中任一项所述的方法，其中所述插入物通过转座酶被添加至所述靶核酸聚合物中。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述插入物中的每个包括第一转座子元件以及与所述第一转座子元件邻接的第二转座子元件。14.根据权利要求13所述的方法，其中(a)包括形成转座体，每个转座体包括与所述第一转座子元件和所述第二转座子元件相关联的转座酶。15.根据权利要求13所述的方法，其中所述第一转座子元件的5'端通过接头被连接至所述第二转座子的5'末端。16.根据权利要求15所述的方法，其中所述接头包括核酸。17.根据权利要求15所述的方法，其中所述接头在所述第一转座子元件和所述第二转座子元件之间包括非核酸键合。18.根据权利要求13所述的方法，其中所述第一转座子元件和所述第二转座子元件每个包括叉形衔接物。19.根据权利要求12至18中任一项所述的方法，其中所述转座酶包括配体，并且所述表面包括结合至所述配体的受体，以在所述生成所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述表面。20.根据权利要求12至19中任一项所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面。21.根据权利要求20所述的方法，其中在所述将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面之前将所述转座酶从所述被修饰的核酸聚合物去除。22.根据权利要求20所述的方法，其中在所述将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面之后将所述转座酶从所述被修饰的核酸聚合物去除。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述被修饰的核酸聚合物通过将至少一个转座酶结合至所述表面而被附着至所述固体支持物表面。24.根据权利要求12至23中任一项所述的方法，其中所述插入物通过单侧转座被添加至所述靶核酸聚合物中。25.根据权利要求12至24中任一项所述的方法，其中所述插入物通过被附着至珠的转座酶被添加至所述靶核酸聚合物中。26.根据权利要求25所述的方法，还包括在将所述插入物添加至所述靶核酸聚合物中之后使所述珠与所述固体支持物接触。27.根据权利要求25所述的方法，还包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的所述片段之前使所述珠附着至所述固体支持物。28.根据权利要求1至27中任一项所述的方法，其中(a)、(b)和(c)在与所述固体支持物表面接触的容器中进行。29.根据权利要求1至28中任一项所述的方法，其中所述确定核苷酸序列包括纳米孔测序。30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，其中(a)包括修饰多个不同的靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物的混合物，其中所述被修饰的核酸聚合物中的每个包括来自所述多个不同的靶核酸聚合物中的各个靶核酸聚合物的多个序列区。31.根据权利要求30所述的方法，其中来自所述混合物的所述被修饰的核酸聚合物的片段在(b)中被生成。32.根据权利要求31所述的方法，其中(e)包括基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。33.根据权利要求1至32中任一项所述的方法，其中所述固体支持物表面包括流动池的内表面。34.根据权利要求1至33中任一项所述的方法，其中由所述被修饰的核酸聚合物生成的所述片段被动扩散至所述固体支持物表面上的所述位置。35.根据权利要求1至33中任一项所述的方法，其中由所述被修饰的核酸聚合物生成的所述片段被主动运输至所述固体支持物表面上的所述位置。36.根据权利要求1至35中任一项所述的方法，还包括在所述位置处扩增所述片段以生成被扩增的片段，其中(d)包括通过在所述位置处延伸被杂交至所述被扩增的片段的所述引物位点的引物来确定来自所述片段的核苷酸序列。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述扩增包括延伸被附着至所述位置的至少一个引物种类，以通过所述引物种类生成被附着至所述位置的所述被扩增的片段。38.根据权利要求37所述的方法，其中所述扩增包括以桥式扩增技术延伸至少两个引物种类。39.根据权利要求1至38中任一项所述的方法，还包括为在由所述被修饰的核酸聚合物释放的不同的片段的所述核苷酸序列中出现的多态性确定单体型相位。40.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，还包括将为所述固体支持物表面上的邻近位置确定的互补序列进行比较以识别序列差错。41.根据权利要求1至40中任一项所述的方法，其中所述靶核酸聚合物包括基因组DNA。42.根据权利要求41所述的方法，还包括在(a)中的所述修饰之前片段化所述基因组DNA。43.根据权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述靶核酸包括至少10kb的长度。44.根据权利要求43所述的方法，其中所述片段包括小于1kb的平均长度。45.根据权利要求1至44中任一项所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物沿所述固体支持物表面拉伸。46.根据权利要求1至45中任一项所述的方法，其中对所述靶核酸聚合物的所述核苷酸序列表征包括在由所述被修饰的核酸聚合物生成的至少两个不同的片段的所述核苷酸序列中出现的等位基因的单体型相位。47.一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括(a)修饰靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个来自所述靶核酸聚合物的序列区；(b)将所述被修饰的核酸聚合物附着至固体支持物表面上的区域；(c)生成被附着至所述固体支持物表面的所述被修饰的核酸聚合物的片段，其中所述片段被附着至所述固体支持物表面的所述区域处的位置；(d)通过检测所述位置处的所述片段确定来自所述片段的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。48.根据权利要求47所述的方法，其中所述修饰包括将插入物添加至所述靶核酸聚合物中以形成所述被修饰的核酸聚合物，其中所述被修饰的核酸聚合物包括多个内部插入物。49.根据权利要求48所述的方法，其中在(c)中生成的所述片段每个包括在(a)中添加的插入物的至少一部分。50.根据权利要求49所述的方法，其中所述插入物还包括切割位点。51.根据权利要求50所述的方法，其中所述在(b)中生成所述片段包括在所述切割位点切割所述插入物。52.根据权利要求48至51中任一项所述的方法，其中所述插入物具有引物位点。53.根据权利要求52所述的方法，其中所述片段每个包括具有所述引物位点的所述插入物的至少一部分。54.根据权利要求53所述的方法，其中(d)包括通过在所述位置处延伸被杂交至所述引物位点的引物来确定来自所述片段的核苷酸序列。55.根据权利要求54所述的方法，其中所述引物的所述延伸包括聚合酶催化的至少一个核苷酸的添加。56.根据权利要求54所述的方法，其中所述引物的所述延伸包括连接酶催化的至少一个寡核苷酸的添加。57.根据权利要求48至56中任一项所述的方法，其中所述插入物包括结合至所述固体支持物表面上的受体的配体。58.根据权利要求48至56中任一项所述的方法，其中所述插入物通过转座酶被添加至所述靶核酸聚合物中。59.根据权利要求58所述的方法，其中所述插入物中的每个包括第一转座子元件以及与所述第一转座子元件邻接的第二转座子元件。60.根据权利要求59所述的方法，其中(a)包括形成转座体，每个转座体包括与所述第一转座子元件和所述第二转座子元件相关联的转座酶。61.根据权利要求59所述的方法，其中所述第一转座子元件的5'末端通过接头被连接至所述第二转座子的5'末端。62.根据权利要求61所述的方法，其中所述接头包括核酸。63.根据权利要求61所述的方法，其中所述接头在所述第一转座子元件和所述第二转座子元件之间包括非核酸键合。64.根据权利要求59所述的方法，其中所述第一转座子元件和所述第二转座子元件每个包括叉形衔接物。65.根据权利要求58至64中任一项所述的方法，其中所述转座酶包括配体，并且所述表面包括结合至所述配体的受体，以在所述生成所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述表面。66.根据权利要求58至65中任一项所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面。67.根据权利要求66所述的方法，其中在所述将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面之前将所述转座酶从所述被修饰的核酸聚合物去除。68.根据权利要求66所述的方法，其中在所述将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面之后将所述转座酶从所述被修饰的核酸聚合物去除。69.根据权利要求68所述的方法，其中所述被修饰的核酸聚合物通过将至少一个转座酶结合至所述表面而被附着至所述固体支持物表面。70.根据权利要求58至69中任一项所述的方法，其中所述插入物通过单侧转座被添加至所述靶核酸聚合物中。71.根据权利要求58至69中任一项所述的方法，其中所述插入物通过被附着至珠的转座酶被添加至所述靶核酸聚合物中。72.根据权利要求71所述的方法，还包括在所述将所述插入物添加至所述靶核酸聚合物中之后使所述珠与所述固体支持物接触。73.根据权利要求71所述的方法，还包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的所述片段之前使所述珠附着至所述固体支持物。74.根据权利要求47至73中任一项所述的方法，其中所述确定核苷酸序列包括纳米孔测序。75.根据权利要求47至74中任一项所述的方法，其中(a)包括修饰多个不同的靶核酸聚合物以生成被修饰的核酸聚合物的混合物，其中所述被修饰的核酸聚合物中的每个包括来自所述多个不同的靶核酸聚合物中的各个靶核酸聚合物的多个序列区。76.根据权利要求75所述的方法，其中来自所述混合物的多个被修饰的核酸聚合物在(b)中被附着至固体支持物表面。77.根据权利要求76所述的方法，其中(c)包括生成被附着至所述固体支持物表面的所述被修饰的核酸聚合物的片段，其中所述片段被附着至所述固体支持物表面上的位置。78.根据权利要求77所述的方法，其中(e)包括基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。79.根据权利要求47至78中任一项所述的方法，其中(a)、(b)和(c)在与所述固体支持物表面接触的容器中进行。80.根据权利要求47至79中任一项所述的方法，其中所述固体支持物表面包括流动池的内表面。81.根据权利要求47至80中任一项所述的方法，其中由所述被修饰的核酸聚合物生成的所述片段被动扩散至所述固体支持物表面上的所述位置。82.根据权利要求47至80中任一项所述的方法，其中由所述被修饰的核酸聚合物生成的所述片段被主动运输至所述固体支持物表面上的所述位置。83.根据权利要求47至82中任一项所述的方法，还包括在所述位置处扩增所述片段以生成被扩增的片段，其中(d)包括通过在所述位置处延伸被杂交至所述被扩增的片段的所述引物位点的引物来确定来自所述片段的核苷酸序列。84.根据权利要求83所述的方法，其中所述扩增包括延伸被附着至所述位置的至少一个引物种类，以通过所述引物种类生成被附着至所述位置的所述被扩增的片段。85.根据权利要求84所述的方法，其中所述扩增包括以桥式扩增技术延伸至少两个引物种类。86.根据权利要求47至85中任一项所述的方法，还包括为在由所述被修饰的核酸聚合物释放的不同的片段的所述核苷酸序列中出现的多态性确定单体型相位。87.根据权利要求47至86中任一项所述的方法，还包括将为所述固体支持物表面上的邻近位置确定的互补序列进行比较以识别序列差错。88.根据权利要求47至87中任一项所述的方法，其中所述靶核酸聚合物包括基因组DNA。89.根据权利要求88所述的方法，还包括在(a)中的所述修饰之前片段化所述基因组DNA。90.根据权利要求47至89中任一项所述的方法，其中所述靶核酸包括至少10kb的长度。91.根据权利要求90所述的方法，其中所述片段包括小于1kb的平均长度。92.根据权利要求47至91中任一项所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的片段之前将所述被修饰的核酸聚合物沿所述固体支持物表面拉伸。93.根据权利要求47至92中任一项所述的方法，其中对所述靶核酸聚合物的所述核苷酸序列表征包括在由所述被修饰的核酸聚合物生成的至少两个不同的片段的所述核苷酸序列中出现的等位基因的单体型相位。94.一种对靶核酸聚合物测序的方法，包括(a)将插入物添加至靶核酸聚合物中，以形成包括多个内部插入物的被修饰的核酸聚合物；(b)在与固体支持物表面接触的流体中生成所述被修饰的核酸聚合物的片段，从而释放片段，所述片段每个包括具有引物位点的所述插入物的至少一部分；(c)将来自所述流体的所述片段随机捕获在固体支持物表面上的位置处；(d)通过检测所述位置处的所述片段确定来自所述片段的核苷酸序列；以及(e)基于来自所述片段的所述核苷酸序列和所述固体支持物表面上的所述位置之间的相对距离生成对所述靶核酸聚合物的核苷酸序列表征。95.根据权利要求94所述的方法，其中所述插入物还包含切割位点。96.根据权利要求95所述的方法，其中所述在(b)中生成所述片段包括在所述切割位点切割所述插入物。97.根据权利要求94所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面。98.根据权利要求97所述的方法，其中所述插入物包括结合至所述固体支持物表面上的受体的配体。99.根据权利要求94所述的方法，其中(a)和(b)在与所述固体支持物表面接触的容器中进行。100.根据权利要求94所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的所述片段之前将包括所述被修饰的核酸聚合物的流体递送至包括所述固体支持物表面的容器。101.根据权利要求94所述的方法，其中所述固体支持物表面包括流动池的内表面。102.根据权利要求94所述的方法，其中由所述被修饰的核酸聚合物生成的所述片段被动扩散至所述固体支持物表面上的所述位置。103.根据权利要求94所述的方法，其中由所述被修饰的核酸聚合物生成的所述片段被主动运输至所述固体支持物表面上的所述位置。104.根据权利要求94所述的方法，其中所述引物的所述延伸包括聚合酶催化的至少一个核苷酸的添加。105.根据权利要求94所述的方法，其中所述引物的所述延伸包括连接酶催化的至少一个寡核苷酸的添加。106.根据权利要求94所述的方法，其中所述插入物通过转座酶被添加至所述靶核酸聚合物中。107.根据权利要求106述的方法，其中所述插入物中的每个包括第一转座子元件以及与所述第一转座子元件邻接的第二转座子元件。108.根据权利要求107述的方法，其中(a)包括形成转座体，每个转座体包括与所述第一转座子元件和所述第二转座子元件相关联的转座酶。109.根据权利要求107述的方法，其中所述第一转座子元件的5'末端通过接头被连接至所述第二转座子的5'末端。110.根据权利要求109所述的方法，其中所述接头包括核酸。111.根据权利要求109所述的方法，其中所述接头在所述第一转座子元件和所述第二转座子元件之间包括非核酸键合。112.根据权利要求107所述的方法，其中所述第一转座子元件和所述第二转座子元件每个包括叉形衔接物。113.根据权利要求106所述的方法，其中所述转座酶包括配体，并且所述表面包括结合至所述配体的受体，以在所述生成所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述表面。114.根据权利要求106所述的方法，其中(b)包括在所述生成所述片段之前将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面。115.根据权利要求114所述的方法，其中在将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面之前将所述转座酶从所述被修饰的核酸聚合物去除。116.根据权利要求114所述的方法，其中在将所述被修饰的核酸聚合物附着至所述固体支持物表面之后将所述转座酶从所述被修饰的核酸聚合物去除。117.根据权利要求116所述的方法，其中所述被修饰的核酸聚合物通过将至少一个转座酶结合至所述表面而被附着至所述固体支持物表面。118.根据权利要求106所述的方法，其中所述插入物通过单侧转座被添加至所述靶核酸聚合物中。119.根据权利要求106所述的方法，其中所述插入物通过被附着至珠的转座酶被添加至所述靶核酸聚合物中。120.根据权利要求119所述的方法，还包括在将所述插入物添加至所述靶核酸聚合物中之后使所述珠与所述固体支持物接触。121.根据权利要求119所述的方法，还包括在所述生成所述被修饰的核酸聚合物的所述片段之前使所述珠附着至所述固体支持物。122.根据权利要求94所述的方法，还包括在所述位置处扩增所述片段以生成被扩增的片段，其中(d)包括通过检测所述位置处的所述被扩增的片段确定来自所述片段的核苷酸序列。123.根据权利要求122所述的方法，其中所述扩增包括延伸被附着至所述位置的至少一个引物种类，以通过所述引物种类生成被附着至所述位置的所述被扩增的片段。124.根据权利要求123所述的方法，其中所述扩增包括以桥式扩增技术延伸至少两个引物种类。125.根据权利要求94所述的方法，还包括为在由所述被修饰的核酸聚合物释放的不同的片段的所述核苷酸序列中出现的的多态性确定单体型相位。126.根据权利要求94所述的方法，还包括将为所述固体支持物表面上的邻近位置确定的互补序列进行比较以识别序列差错。127.根据权利要求94所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：杰弗里·S·费舍尔，弗兰克·J·斯蒂莫斯，萨桑·阿米尼，凯文·L·冈德森，
申请(专利权)人：ILLUMINA公司，
类型：发明
国别省市：美国;US