本发明专利技术涉及使用膀胱癌特异性标记基因的用于诊断膀胱癌的试剂盒和核酸芯片。具体涉及用于诊断膀胱癌的试剂盒和核酸芯片，其可检测膀胱癌特异性基因的启动子甲基化，该启动子或其外显子区在膀胱癌的转化细胞中被特异性甲基化。本发明专利技术的诊断试剂盒或者核酸芯片的使用能够在转化的早期诊断膀胱癌，由此能够早期诊断膀胱癌，并且与常规方法相比可以更精确迅速的方式诊断膀胱癌。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及使用膀胱癌特异性标记基因的用于诊断膀胱癌的试剂盒和核酸芯片，具体涉及用于诊断膀胱癌的试剂盒和核酸芯片，其可检测膀胱癌特异性基因的启动子甲基化，该启动子区在膀胱癌的转化细胞中被特异性甲基化。
技术介绍
膀胱癌是泌尿系统最常见的癌症，并由许多因素引起。已知膀胱癌主要由吸烟或者各种化学物质(皮革染料、空气污染、人造增甜剂、硝酸盐以及类似物)引起，这些化学物质在体内吸收后作为尿液排泄出来的同时刺激膀胱壁。作为诊断膀胱癌的常规方法，使用发现尿液中的异常细胞的方法，但是准确率很低。而且，包括将导管插入到膀胱中并从膀胱中收集可疑组织的细胞检查是具有相当高的精确率的侵入方法(invasive method)。一般说来，当膀胱癌在早期被诊断时，膀胱癌患者的存活率增加，但在早期诊断膀胱癌是不容易的。作为用于诊断膀胱癌的方法，目前使用的是切除身体部分，但其在早期诊断膀胱癌分类是有难度的。根据浸润到膀胱的肌肉层，膀胱癌被分为浅表性癌和浸润性癌。一般说来，在膀胱癌诊断时大约30%的患者是浸润型膀胱癌患者。因此，为了增加患者的存活时间，当膀胱癌病变很小时在早期诊断膀胱癌是最佳方法。因此，迫切需要开发比各种用于膀胱癌的现有诊断方法更为有效的诊断方法，也就是说，允许早期诊断膀胱癌的膀胱癌特异性生物标记物可处理大量的样品并具有高度的灵敏性和特异性。近年来，通过DNA甲基化测定诊断癌症的方法已经被提出。DNA甲基化主要出现在特定基因的启动子区中的CpG岛的胞嘧啶上以干扰转录因子的结合，由此使基因表达沉默。因此，检测肿瘤抑制基因的启动子中的CpG岛的甲基化极大地有助于癌症研究。近年来，已经尝试通过诸如甲基化特异性PCR(这里称为MSP)或者自动DNA测序来确定启动子的甲基化来诊断并筛查癌症。尽管关于启动子CpG岛的甲基化是否直接诱导癌症形成或者在癌症形成之后引起次级变化存在争议，但业已发现在许多癌症中肿瘤抑制基因、DNA修复基因、细胞循环调节基因以及家系(line)是超甲基化的，因此这些基因的表达被沉默。特别是，已知特定基因的启动子区域的超甲基化在癌症形成的早期阶段出现。因此，肿瘤相关基因的启动子甲基化的甲基化是癌症的重要指标，并可在许多应用中使用，包括癌症的诊断和早期诊断，癌症发展的预测，癌症的预后预测，治疗后的进度检查(follow-up examination)以及对抗癌治疗响应的预测。近年来,检查血液、痰、唾液、粪便中肿瘤相关基因的启动子甲基化并使用检查结果诊断和治疗癌症的实际尝试已经CN 102912019 A书明说2/18 页活跃地进行(Esteller, M.等人，Cancer Res. , 59:67,1999 ；Sanchez-Cespedez, Μ.等人，Cancer Res. , 60:892, 2000 ；Ahlquist, D. A 等人，Gastroenterol. ,119:1219, 2000)。因此，本专利技术的专利技术人付出了极大的努力来开发能够有效诊断膀胱癌的诊断试剂盒，结果发现膀胱癌可通过使用在膀胱癌细胞中特异性表达的甲基化相关基因的启动子的生物标记物来测定甲基化程度进行诊断，由此完成了本专利技术。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供用于诊断膀胱癌的试剂盒，其包括甲基化的膀胱癌标记物基因的启动子或者外显子区域。本专利技术的另一目的在于提供用于诊断膀胱癌的核酸芯片，其包括能够与含有膀胱癌特异性标记物基因的CpG岛的片段杂交的探针。本专利技术的还一目的在于提供测定来自诊断样品的基因的启动子或外显子的甲基化的方法。·为了实现上述目的，本专利技术提供了用于诊断膀胱癌的试剂盒，其包括选自下组的甲基化的膀胱癌标记物基因的启动子或者外显子，所述组由(1)CDX2(NM_001265)-尾同源异型盒转录因子2 ;(2)0￥ 181(匪_000104)-细胞色素？450，家族1，亚科B，多肽I ;(3)VSX1(NM_199425)_视觉系统同源异型盒I同系物(homoIog)，CHXlO-状(斑马鱼)；(4)H0XA11(NM_005523)-同源异型盒All； (5)T(NM_003181)-T,鼠短尾突变体表型同系物(brachyury homolog)(小鼠)；(6) TBX5 (NM_080717)-T-盒 5 ； (7)PENK(NM_006211)-脑啡月太原(proenkephalin) ; (8) PAQR9 (NM_198504)-黄体酮(progestin)和 adipoQ 受体家族成员IV ;(9)LHX2(NM_004789)-UM同源异型盒2 ;以及(10) SM2 (U80456)-单意同源物2 (single-minded homolog) 2 (果蚬)所组成。本专利技术还提供了用于诊断膀胱癌的核酸芯片，其包括能够与含有选自下组的膀胱癌标记物基因的启动子或者外显子的CpG岛的片段杂交的探针，该组由(I)CDX2 (NM_001265)-尾同源异型盒转录因子 2; (2) CYPlBl (NM_000104)-细胞色素 P450，家族1，亚科B，多肽I ;(3)VSX1(NM_199425)_视觉系统同源异型盒I同系物(homoIog)，CHXlO-状(斑马鱼)；(4)H0XA11(NM_005523)-同源异型盒 All ;(5)T(NM_003181)-T，鼠短尾突变体表型同系物(brachyury homolog)(小鼠);(6) TBX5 (NM_080717)-T-盒5 ； (7)PENK(NM_006211)-脑啡肽原(proenkephalin) ; (8) PAQR9 (NM_198504)-黄体酮(progestin)和 adipoQ 受体家族成员 IV ; (9) LHX2 (NM_004789)-UM 同源异型盒 2 ;以及(10)SIM2 (U80456)-单意同源物 2 (single-minded homog 2)(果蚬)所组成。本专利技术还涉及测定选自下组的来自诊断样品的基因的启动子或外显子的甲基化的方法，该组由CDX2、CYPlBl、VSXl、H0XA11、T、TBX5、PENK, PAQR9、LHX2 和 SM2 所组成。通过下列详细描述和随附的权利要求书，本专利技术的其他特征和实施方式将更加容易想到。附图说明图I是通过CpG微阵列分析来自正常人和膀胱癌患者的尿液细胞中的用于膀胱癌诊断的甲基化生物标记物的过程的示意图。4图2定量显示了通过膀胱癌细胞系中的10种甲基化生物标记物的焦磷酸测序(Pyrosequencing)得到的甲基化程度。图3显示了在临床样品中10种生物标记物基因的甲基化指数的测定结果。图3显示了在正常人、膀胱炎患者、血尿症患者和膀胱癌患者尿液细胞中10种生物标记物的甲基化程度的测定结果。图4显示了测定用于膀胱癌诊断的10种甲基化生物标记物中每种的灵敏性和特异性的受试者操作特征(ROC)曲线分析的结果。图5显示了正常人和膀胱癌患者尿液细胞中的甲基化频率。图6显示了用于膀胱癌诊断的使用逻辑回归分析(logistic regressionanalysis)从10种生物标记物中选择的6种生物标记物基因的最佳组(optimal panel)的甲基化图示，并显示了本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种诊断膀胱癌的试剂盒，其包括能够扩增含有膀胱癌标记物基因PENK(NM_006211)？脑啡肽原的CpG岛的片段的引物。
【技术特征摘要】
...
【专利技术属性】
技术研发人员：安成焕，文英豪，吴泰正，
申请(专利权)人：基因特力株式会社，
类型：发明
国别省市：
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