本发明专利技术涉及用于实施多重扩增反应的系统和方法。特别地，本发明专利技术涉及多重甲基化-特异性扩增系统和方法。DNA甲基化为可被遗传并随后去除而不改变DNA序列的一种DNA化学修饰。因此，其为表观遗传密码的一部分(Jaenisch&Bird. (2003)Nature Genetics,33,245，通过引用以其整体结合到本文中)。DNA甲基化涉及向DNA核碱基添加甲基。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利说明】 本申请要求于2013年3月14日提交的临时专利申请序列号61/782, 370的优先 权，该临时专利申请通过引用以其整体结合到本文中。 专利
本专利技术涉及用于实施多重扩增反应的系统和方法。特别地，本专利技术涉及多重甲基 化-特异性扩增系统和方法。 背景 DNA甲基化为可被遗传并随后去除而不改变DNA序列的一种DNA化学修饰。因此，其为 表观遗传密码的一部分（Jaenisch & Bird. (2003) Nature Genetics, 33，245,通过引用 以其整体结合到本文中）。DNA甲基化涉及向DNA核碱基添加甲基。在最常见的例子中，将 甲基添加到胞嘧啶嘧啶环的第5个碳。胞嘧啶甲基化通常具有减少基因表达的作用。 甲基化为所有病毒自我/非自我识别的常见能力。所检查的每种脊椎动物中均已 发现胞嘧啶5位置的DNA甲基化。在成年体细胞组织中，DNA甲基化通常发生在CpG二核 苷酸背景下；非-CpG甲基化在胚胎干细胞中普遍存在（Dodge等（2002) Gene 289 (1-2): 41-48·，Haines 等（2001) Developmental Biology 240 (2): 585 - 598·，通过引用以 其整体结合到本文中）。在植物中，胞嘧啶对称（CpG或CpNpG)和不对称（CpNpNp)地甲基 化。人的长期记忆存储可通过DNA甲基化调节（Miller & Sweatt. (2007-03-15) Neuron 53 (6): 857 - 869·，Powell & Devin. (2008) New Scientist·,通过引用以其整体结合 到本文中）。 在哺乳动物中，DNA甲基化是正常发育所必不可少的并且与包括印记、X-染色 体失活、重复元件和致癌作用的抑制在内的许多关键过程有关。哺乳动物中所有CpG的 60-90%为甲基化的（Tucker. (2001) Neuron. 30(3): 649-52.，通过引用以其整体结合 到本文中）。CpG被分为称作"CpG岛"的簇，其存在于许多基因的5'调节区域。在许多疾 病过程例如癌症中，基因启动子CpG岛获得异常的超甲基化，这导致可遗传的转录沉默。 用于改善甲基化检测测定的灵敏度和鲁棒性（robustness)的方法是需要的。 专利技术概述 本专利技术涉及用于实施多重扩增反应的系统和方法。特别地，本专利技术涉及多重甲基 化-特异性扩增系统和方法。 例如，在一些实施方案中，本专利技术提供一种方法，包括：a)用甲基化-特异性检测 试剂处理靶核酸；b)同时扩增靶核酸内的多个（例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、20、25、30、2-30、2-20、3-20、3-15、4-20、5-20、6-20、8-20、10-20 等）核酸片段以产 生多个扩增子；和c)检测所述多个扩增子。在一些实施方案中，所述靶包含CpG岛。在一 些实施方案中，所述靶为基因的启动子区域。在一些实施方案中，所述甲基化特异性试剂 为亚硫酸氢盐。在一些实施方案中，所述同时扩增在单个反应容器（例如，孔、管等）中进 行。在一些实施方案中，所述核酸靶富含GC。在一些实施方案中，亚硫酸氢盐与未甲基化的 胞嘧啶残基反应，将其转化为尿嘧啶残基，并且不与甲基化的胞嘧啶残基反应，使其保持为 5-甲基胞嘧啶。在一些实施方案中，所述扩增为PCR。在一些实施方案中，所述检测包括使 扩增子与多个核酸探针接触。在一些实施方案中，所述核酸探针包含可检测的标记。在一 些实施方案中，所有探针包含相同的标记。在一些实施方案中，所述标记为荧光标记，尽管 考虑其它标记。在一些实施方案中，所述扩增和检测包括实时PCR扩增和检测。在一些实 施方案中，所述检测包括选自，例如，质谱分析、测序或杂交的核酸检测技术。 本专利技术进一步的实施方案提供一种方法，包括：a)用甲基化-特异性检测试剂处 理靶核酸；b)同时扩增靶核酸内的至少5个核酸片段以产生多个扩增子；和c)检测所述 多个扩增子。 本专利技术额外的实施方案提供一种方法，包括：a)用甲基化-特异性检测试剂处理 靶核酸；b)同时扩增靶核酸内的至少10个核酸片段以产生多个扩增子；和c)检测所述多 个扩增子。 在一些实施方案中，本专利技术提供扩增核酸的方法，包括：a)同时扩增已经用甲基 化-特异性检测试剂处理的靶核酸内的多个核酸片段以产生多个扩增子；和b)检测所述 扩增子。 在进一步的实施方案中，本专利技术提供一种方法，包括：a)用甲基化-特异性检测 试剂处理启动子核酸；b)同时扩增靶核酸内的多个（例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、20、25、30、2-30、2-20、3-20、3-15、4-20、5-20、6-20、8-20、10-20 等）核酸片段以 产生多个扩增子；和c)检测所述多个扩增子。 在又其它的实施方案中，本专利技术提供一种方法，包括：a)用亚硫酸氢盐试剂处理 靶核酸；b)同时扩增靶核酸内的多个（例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、 25、30、2-30、2-20、3-20、3-15、4-20、5-20、6-20、8-20、10-20 等）核酸片段以产生多个扩增 子；和c)检测所述多个扩增子。 在更进一步的实施方案中，本专利技术提供一种方法，包括：a)用甲基化-特异性检 测试剂处理靶核酸；b)同时PCR扩增靶核酸内的多个（例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、20、25、30、2-30、2-20、3-20、3-15、4-20、5-20、6-20、8-20、10-20 等）核酸片段以 产生多个扩增子；和c)检测所述多个扩增子。 在一些实施方案中，本专利技术提供一种方法，包括：a)用甲基化-特异性检测试剂 处理靶核酸；b)同时扩增靶核酸内的多个（例如，2，3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、20、25、30、2-30、2-20、3-20、3-15、4-20、5-20、6-20、8-20、10-20 等）核酸片段以产生多 个扩增子；和c)使用包含相同标记的多个核酸探针检测所述多个扩增子。 在一些实施方案中，本专利技术提供包含实施甲基化-特异性多重扩增反应中所必需 的、足够的或有用的试剂（例如，引物、探针、亚硫酸氢盐、缓冲液等）的系统、组合物或试剂 盒。 基于本文所包含的教导，额外的实施方案将对相关领域技术人员显而易见。 专利技术详述 本专利技术涉及用于实施多重扩增反应的系统和方法。特别地，本专利技术涉及多重甲基 化-特异性扩增系统和方法。 定义 为了便于理解本技术，下文定义了多个术语和短语。额外的定义贯穿整个详述而说明。 如本文所使用的，"一个"或"一种"或"所述"可意指一个或一个以上。例如，"一 个"物件可意指一个物件或多个物件。 如本文所使用的术语"标记"是指可用于提供可检测（优选可定量）效果并且可 连接至核酸或蛋白质的任何原子或分子。标记包括但不限于染料、放射性标记例如 32P、结 合部分例如生物素、半抗原例如地高辛、发光、发磷光或发荧光的部分以及单独或与可抑制 或改变荧光共振能本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种方法，包括：a) 用甲基化‑特异性检测试剂处理靶核酸；b) 同时扩增所述靶核酸内的多个核酸片段以产生多个扩增子；和c) 检测所述多个扩增子。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：E格拉纳多斯，
申请(专利权)人：雅培分子公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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