用于检测人乳头状瘤病毒(HPV)的测定制造技术

本公开内容涉及用于扩增且检测样品中的基因型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和/或68的人乳头状瘤病毒(HPV)的试剂盒和方法，其包含正向寡核苷酸引物、反向寡核苷酸引物和寡核苷酸探针的各种组合。酸引物和寡核苷酸探针的各种组合。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测人乳头状瘤病毒(HPV)的测定
[0001]对相关申请的交叉引用本专利申请要求于2018年12月18日提交的美国临时专利申请号62/781,230的权益，所述美国临时专利申请通过引用并入本文。
[0002]引入作为参考的以电子方式提交的材料以其整体通过引用并入本文的是与此同时提交并如下标识的计算机可读的核苷酸/氨基酸序列表：于2019年12月18日创建、命名为"37420
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601_ST25.TXT"的一个10,773字节ASCII(文本)文件。

技术介绍

[0003]乳头状瘤病毒是感染人和动物的皮肤和粘膜的DNA病毒。已鉴定了大约130个类型的人乳头状瘤病毒(HPV)，其中30
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40个类型通过性接触传播并感染肛门生殖器区。这些HPV类型中的一些导致生殖器疣，而其它类型并不导致任何明显的感染迹象。至少14种HPV基因型已与宫颈癌的高风险相关，即基因型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和68。因此，这些高风险类型的HPV的检测在宫颈癌的预防中是重要的。
[0004]所有HPV基因型的基因组都共享相似的组构，并且编码几种早期(E)和晚期(L)蛋白。E1和E2蛋白是DNA复制所需要的。E4和E5蛋白是上皮的上层中的病毒基因组复制所需要的。E6和E7蛋白是致癌的，并且协作以使细胞永生化并诱导基因组不稳定性。L1和L2蛋白形成病毒衣壳，并且在上皮的上层感染的后期表达。基因组的长控制区(LCR)含有病毒基因组的正确复制和病毒基因的表达所需的大部分调控DNA序列。
[0005]已开发了用于检测高风险类型的HPV的各种方法，其中许多方法依赖HPV基因组中的独特序列检测(参见例如，美国专利4,849,332；5,364,758；5,705,627；6,265,154；和9,090,948；以及Kleter，B.等人，Am. J. of Pathology，153(6): 1731
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39(1998))。然而，仍然需要HPV检测方法和系统，其：(i)能够在单个反应中检测多种HPV基因型，同时将某些特定基因型的检测与其它基因型的检测区别开(例如，部分基因分型)，(ii)以消除或减少贮存要求和PCR试剂浪费的形式提供，并且(iii)可以快速执行。本公开内容提供了此类方法和系统。

技术实现思路

[0006]本公开内容提供了用于扩增且检测样品中的基因型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和/或68的人乳头状瘤病毒(HPV)的寡核苷酸序列集合。该集合包含：(a)包含SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3和SEQ ID NO: 4的正向引物寡核苷酸序列；(b)包含SEQ ID NO: 5和SEQ ID NO: 6的反向引物寡核苷酸序列；(c)包含SEQ ID NO: 7或SEQ ID NO: 25的第一探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型16特异性杂交；(d)包含SEQ ID NO: 8的第二探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型18特异性杂交；(e)包含SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 26的第三探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型31特异性杂交；(f)包含SEQ ID NO: 10或SEQ ID NO: 27的第四探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型33特异性杂交；(g)包含
SEQ ID NO: 11的第五探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型45特异性杂交；(h)包含SEQ ID NO: 12或SEQ ID NO: 28的第六探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型52特异性杂交；(i)包含SEQ ID NO: 13或SEQ ID NO: 29的第七探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型58特异性杂交；(j)包含SEQ ID NO: 14的第八探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型35特异性杂交；(k)包含SEQ ID NO: 15或SEQ ID NO: 30的第九探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型39特异性杂交；(l)包含SEQ ID NO: 16或SEQ ID NO: 31的第十探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型51特异性杂交；(m)包含SEQ ID NO: 17或SEQ ID NO: 32的第十一探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型56特异性杂交；(n)包含SEQ ID NO: 18的第十二探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型59特异性杂交；(o)包含SEQ ID NO: 19的第十三探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型66特异性杂交；(p)包含SEQ ID NO: 20的第十四探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型68a特异性杂交；以及(q)包含SEQ ID NO: 21的第十五探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型68b特异性杂交，其中(c)
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(q)的探针寡核苷酸序列各自包含可检测标记。
[0007]本公开内容还提供了包含上述引物和探针集合的试剂盒，以及用于检测样品中的基因型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和/或68的HPV的方法。
具体实施方式
[0008]本公开内容至少部分地基于引物和探针寡核苷酸序列的集合的开发，所述集合可以在单一反应中快速检测十四种高风险HPV基因型。使用快速样品制备化学和快速PCR化学来实现快速周转时间。另外，与其它核酸测试不同，本文所述的测定与冻干相容，消除了冷冻贮存的需要。与冻干的相容性还允许以单位剂量形式的测定递送，使得用户可以运行应用所需的确切数目的测试，伴随减少的PCR试剂浪费。
[0009]本公开内容提供了用于扩增且检测样品中的人乳头状瘤病毒(HPV)的寡核苷酸集合。如本文使用的，术语“寡核苷酸”指包含约2至约100个核苷酸(例如，约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、99或100个核苷酸，或由任何前述值限定的范围)的短核酸序列。如本文使用的，术语“核酸”和“多核苷酸”指任何长度的核苷酸的聚合形式，或核糖核苷酸(RNA)或脱氧核糖核苷酸(DNA)。这些术语指分子的一级结构，并且因此包括双链和单链DNA、以及双链和单链RNA。该术语包括作为等价物的由核苷酸类似物和修饰的多核苷酸(例如甲基化和/或加帽的多核苷酸)制备的RNA或DNA的类似物。核酸通常经由磷酸酯键连接，以形成核酸序列或多核苷酸，尽管许多其它键合是本领域已知的(例如硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯(boranophosphate)等等)。
[0010]寡核苷酸可以是单链或双链的，或者可以含有双链和单链序列两者的部分。寡核苷酸可以是DNA、基因组和互补DNA (cDNA)两者、RNA或杂交体，其中核酸可以含有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的组合，以及碱基(包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、肌苷、黄嘌呤、次黄嘌呤、异胞嘧啶和异鸟嘌呤)的组合。寡核苷酸可以通过化学合成方法或重组方法获得。
[0011]引物和本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于扩增且检测样品中的基因型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和/或68的人乳头状瘤病毒(HPV)的寡核苷酸序列集合，其包含：(a)包含SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3和SEQ ID NO: 4的正向引物寡核苷酸序列；(b)包含SEQ ID NO: 5和SEQ ID NO: 6的反向引物寡核苷酸序列；(c)包含SEQ ID NO: 7或SEQ ID NO: 25的第一探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型16特异性杂交；(d)包含SEQ ID NO: 8的第二探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型18特异性杂交；(e)包含SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 26的第三探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型31特异性杂交；(f)包含SEQ ID NO: 10或SEQ ID NO: 27的第四探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型33特异性杂交；(g)包含SEQ ID NO: 11的第五探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型45特异性杂交；(h)包含SEQ ID NO: 12或SEQ ID NO: 28的第六探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型52特异性杂交；(i)包含SEQ ID NO: 13或SEQ ID NO: 29的第七探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型58特异性杂交；(j)包含SEQ ID NO: 14的第八探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型35特异性杂交；(k)包含SEQ ID NO: 15或SEQ ID NO: 30的第九探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型39特异性杂交；(l)包含SEQ ID NO: 16或SEQ ID NO: 31的第十探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型51特异性杂交；(m)包含SEQ ID NO: 17或SEQ ID NO: 32的第十一探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型56特异性杂交；(n)包含SEQ ID NO: 18的第十二探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型59特异性杂交；(o)包含SEQ ID NO: 19的第十三探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型66特异性杂交；(p)包含SEQ ID NO: 20的第十四探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型68a特异性杂交；(q)包含SEQ ID NO: 21的第十五探针寡核苷酸序列，其与HPV基因型68b特异性杂交，其中(c)
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(q)的探针寡核苷酸序列各自包含可检测标记。2.权...

【专利技术属性】
技术研发人员：W，
申请(专利权)人：雅培分子公司，
类型：发明
国别省市：