用于前列腺癌的诊断、预后和评估治疗性/预防性治疗的材料和方法技术

检测前列腺癌的方法，其包括在杂交条件下将来自患者的前列腺细胞样品与可检测标记的探针组接触和确定前列腺肿瘤组织、PIN(上皮内瘤变)、组织学良性组织和良性前列腺增生(BPH)中染色体异常的存在；组合免疫荧光和FISH(IF‑FISH)以促进染色体异常的评估的方法；探针组；和包含用于诊断患者中的前列腺癌的探针组和说明书的试剂盒。

Materials and methods for the diagnosis, prognosis and evaluation of therapeutic/preventive treatment of prostate cancer

【技术实现步骤摘要】
用于前列腺癌的诊断、预后和评估治疗性/预防性治疗的材料和方法本申请是申请日为2012年12月20日，申请号为201280065389.7(PCT/US2012/070746)，专利技术名称为“用于前列腺癌的诊断、预后和评估治疗性/预防性治疗的材料和方法”的专利技术专利申请的分案申请。交叉引用相关申请本申请要求2011年12月30日提交的美国临时专利申请号61/582,212的优先权，所述申请的内容在此通过引用完整地并入。
本公开涉及癌症、特别是前列腺癌的诊断、预后和评估治疗性或预防性治疗，表型和基因型异常的检测，免疫荧光和原位杂交的方法，以及可用于此类方法中的探针组和试剂盒。背景前列腺癌是男性中最常见的恶性肿瘤，而且是肺癌之后男性中死亡的第二大原因。在2010年估计有217,730个新病例，导致32,050人死亡(www.cancer.gov)。大多数肿瘤局限于前列腺。其它在临床上位于前列腺区周围，但延伸通过前列腺囊，并可能涉及精囊。剩余肿瘤是转移性的。实现当局限于前列腺时肿瘤的早期和准确检测的可靠诊断标记物以及实现疾病进展的预测的预后标记物的缺乏是前列腺癌的管理中的一个基本问题。前列腺癌的早期检测和诊断目前依靠直肠指检(DRE)、前列腺特异性抗原(PSA)测量、经直肠超声检查(TRUS)和经直肠针吸活检(TRNB)。领先的诊断方法采用DRE和血清PSA测量的组合；然而，这种方法具有很大局限性。PSA水平的评估的检测比特异性的更灵敏(Thompson等人，NEJM350：2239-2246(2004))。因此，更多人由于PSA筛选而不必进行针吸活检，不幸的是，前列腺癌的病灶性质导致针吸活检取样误差，在诊断过程中的假阴性率为15-30%(Campos-Fernandes等人，Eur.Urol.55：600-609(2009))。每年在美国经历前列腺活检的约1.2百万患者中，70-80%接受阴性结果，但不能得到保证，因为癌症可能已经由于取样误差而错过(Nonn等人，Prostate69：1470-1479(2009))。因此，因为PSA水平连续升高，重复活检(第二次、第三次或第四次)是必要的(Campos-Fernandes等人(2009)，同上)。除了PSA，已经鉴定了其它标记物和方法。例如，已经公开了通过荧光原位杂交(FISH)测量HER-2/neu基因的扩增的水平是一种测定前列腺癌的严重性的方法(国际专利申请公开号WO1998/045479)。已经公开了确定扩增的8q24.1-24.2染色体带区段的存在是一种诊断前列腺癌进展的方法(美国专利号5,658,730)。已经公开了确定8p21-22基因座的丢失、8号染色体的增加和c-myc拷贝数相对于着丝粒拷贝数的额外增加是一种预测前列腺癌的方法(美国专利号6,613,510)。也已经公开了确定染色体探针组(包含针对8p基因座诸如8p21-22的探针和针对8q24基因座的探针)的杂交模式和将杂交模式与前列腺癌诊断相关联(美国专利申请公开号2003/0091994)。也已经描述了8q24(c-myc)的增加和8p21-22(LPL)(Bova等人，CancerRes.53：3869-3873(1993);Kagan等人，Oncogene11：2121-2126(1995);和Emmert-Buck等人，CancerRes.55：2959-2962(1995))以及10q23(PTEN)(Yoshimoto等人，Br.J.Cancer97(5)：678-685(Sept.3，2007;epubAug.14，2007)的杂合性丢失。已经公开了测试染色体1-22中的一个或多个上一个或多个基因座处杂合性丢失作为一种检测具有肿瘤或肿瘤前表型的细胞的方法(美国专利申请公开号2003/0165895)。已经公开了检测20P1F12/TMPRSS2基因的表达水平的增加作为一种鉴定前列腺癌的方法(美国专利号7,037,667)。已经公开了使用FISH检测SMRT基因座处人染色体12q24的序列中的断裂作为一种确定前列腺癌转移的可能性的方法(美国专利号7,425,414)。已经公开了确定组成诸如PTENRNA的水平作为用于评估前列腺癌的存在的方法(国际专利申请公开号WO2008/121132)。已经公开了检测ACSL3-ETS基因融合体作为一种诊断前列腺癌的方法(国际专利申请公开号WO2009/144460)。已经公开了检测具有来自TMPRSS2基因的转录调控区的5'部分和来自ERG、ETV1或ETV4基因的3'部分的基因融合体的存在作为一种鉴定前列腺癌(美国专利号7,718,369)以及预测复发、进展和转移潜能(国际专利申请公开号WO2010/056993)的方法。已经公开了检测PITX2的过表达作为一种诊断前列腺癌的存在或风险的方法(国际专利申请公开号WO2010/099577)。已经公开了鉴定选自OCT3/4、Nanog、Sox2、c-myc、If4、角蛋白8、和uPAR的核酸或多肽的增加水平作为一种鉴定前列腺癌的方法(国际专利申请公开号2011/037643)。除了上述以外，几个组已经研究了前列腺癌“场效应”。使用数字图像分析，研究人员已经鉴定了邻近前列腺癌的组织学良性组织中核形态的微妙变化(Qian等人，Hum.Pathol.28：143-148(1997);和Veltri等人，Clin.CancerRes.10：3465-3473(2004))。使用cDNA微阵列，报道了前列腺癌的邻近正常组织和从器官捐献者获得的正常组织之间基因表达概况的差异(Chandran等人，BMCCancer5(1)：45(2005);Yu等人，J.Clin.Oncol.22(14)：2790-2799(2004);和Rizzi等人，PLoSONE3(10)：e3617(2008))。使用免疫组织化学，在附近和远处正常和高级前列腺上皮内瘤变(HGPIN)腺体中注意到多种生物标记物的蛋白表达变化。这些标记物包括Mcm-2和Ki67(Ananthanarayanan等人，BMCCancer6：73(2006);Santinelli等人，Am.J.Clin.Pathol.128(4)：657-666(2007))，α-甲基酰基-CoA消旋酶(AMACR)(Santinelli等人(2007)，同上;和Ananthanarayanan等人，Prostate63(4)：341-346(2005))，和雄激素受体(AR)(Olapade-Olaopa等人，Clin.CancerRes.5(3)：569-576(1999))等。使用激光捕获显微解剖和定量甲基化特异性PCR，多个组还发现了前列腺致癌作用中通过高甲基化基因沉默的场效应(Mehrothra等人，Prostate68(2)：152-160(2008);和Aitchison等人，Prostate67(6)：638-644(2007))。这些基因包括GSTP1、APC、RASSF1A、HIN-1和RARb2。鉴于上述情况，在前列腺癌的管理中仍然需要更可靠且信息量大的诊断和预后方法。本公开寻求提供标记物组，以及使用方法和包含该标记物组的试本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测患者中的前列腺癌的方法，所述方法包括：在杂交条件下将来自所述患者的前列腺细胞样品与可检测标记的探针组接触，所述可检测标记的探针组包含针对MYC的基因座特异性探针、针对磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)的基因座特异性探针、针对8号染色体的着丝粒探针和针对7号染色体的着丝粒探针，和确定染色体异常的存在，其中来自所述患者前列腺的肿瘤目标区域(ROI)或良性ROI的前列腺细胞样品中大于35(范围为2至50)的MYC %增加(%增加是具有MYC > 2个信号的细胞的%)、大于33(范围为29至33)的PTEN %丢失(%丢失是具有< 2个信号的细胞的%)、大于34(范围为32至34)的8号染色体 %增加(%增加是具有> 2个信号的细胞的%)和大于28(范围为24至29)的7号染色体 %异常(%异常是具有> 2个或< 2个信号的细胞的%)表明所述患者具有前列腺癌，因此所述患者中的前列腺癌被检测。

【技术特征摘要】
2011.12.30 US 61/5822121.检测患者中的前列腺癌的方法，所述方法包括：在杂交条件下将来自所述患者的前列腺细胞样品与可检测标记的探针组接触，所述可检测标记的探针组包含针对MYC的基因座特异性探针、针对磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)的基因座特异性探针、针对8号染色体的着丝粒探针和针对7号染色体的着丝粒探针，和确定染色体异常的存在，其中来自所述患者前列腺的肿瘤目标区域(ROI)或良性ROI的前列腺细胞样品中大于35(范围为2至50)的MYC%增加(%增加是具有MYC>2个信号的细胞的%)、大于33(范围为29至33)的PTEN%丢失(%丢失是具有<2个信号的细胞的%)、大于34(范围为32至34)的8号染色体%增加(%增加是具有>2个信号的细胞的%)和大于28(范围为24至29)的7号染色体%异常(%异常是具有>2个或<2个信号的细胞的%)表明所述患者具有前列腺癌，因此所述患者中的前列腺癌被检测。2.权利要求1的方法，其中所述前列腺细胞样品是所述患者前列腺的切片。3.权利要求2的方法，其中将所述切片福尔马林固定并石蜡包埋，并放置在显微镜载玻片上。4.权利要求3的方法，其中，在确定染色体异常的存在之前，所述方法进一步包括形态学评估所述切片并鉴定至少一个肿瘤ROI、至少一个良性ROI、或至少一个肿瘤ROI和至少一个良性ROI。5.权利要求3的方法，其中，在确定染色体异常的存在之前，所述方法进一步包括通过免疫荧光评估所述切片并鉴定至少一个肿瘤ROI。6.权利要求5的方法，其中通过免疫荧光评估所述切片包括将所述切片与可检测标记的抗-α-甲基酰基辅酶A消旋酶(AMACR)抗体接触，并检测AMACR的过表达，其中所述切片区域中AMACR的过表达表明肿瘤ROI的存在。7.权利要求6的方法，其中，在通过免疫荧光评估所述切片之前，所述方法进一步包括用热诱导抗原决定簇修复处理所述切片。8.权利要求1的方法，其包括确定肿瘤ROI中的染色体异常。9.权利要求1的方法，其包括确定相同肿瘤样本的良性ROI中的染色体异常。10.探针组，其包含针对MYC的基因座特异性探针、针对磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)的基因座特异性探针、针对8号染色体的着丝粒探针和针对7号染色体的着丝粒探针，其中所述探针组任选进一步包含抗-α-甲基酰基辅酶A消旋酶(AMACR)抗体，其可以被可检测地标记。11.试剂盒，其包含：(a)能够诊断患者中的前列腺癌的探针组，其中所述探针组包含针对MYC的基因座特异性探针、针对磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)的基因座特异性探针、针对8号染色体的着丝粒探针和针对7号染色体的着丝粒探针，和(b)用于诊断患者中的前列腺癌的说明书，其中所述说明书包括确定获自所述患者的前列腺细胞样品中的染色体异常的存在，其中来自所述患者前列腺的肿瘤目标区域(ROI)或良性ROI的前列腺细胞样品中大于35(范围为2至50)的MYC%增加(%增加是具有MYC>2个信号的细胞的%)、大于33(范围为29至33)的PTEN%丢失(%丢失是具有<2个信号的细胞的%)、大于34(范围为32至34)的8号染色体%增加(%增加是具有>2个信号的细胞的%)和大于28(范围为24至29)的7号染色体%异常(%异常是具有>2个或<2个信号的细胞的%)表明所述患者具有前列腺癌。12.权利要求11的试剂盒，其进一步包含用于在确定染色体异常的存在之前形态学评估来自患者的前列腺的切片并鉴定至少一个肿瘤ROI、至少一个良性ROI、或至少一个肿瘤ROI和至少一个良性ROI的说明书。13.权利要求11的试剂盒，其进一步包含用于在确定染色体异常的存在之前通过免疫荧光评估来自患者的前列腺的切片并鉴定肿瘤ROI的存在的说明书。14.权利要求13的试剂盒，其进一步包含抗-α-甲基酰基辅酶A消旋酶(AMACR)抗体，所述抗体可以被可检测地标记，并且其中用于通过免疫荧光评估来自患者的前列腺的切片的说明书进一步包括将所述切片与可检测标记的抗-AMACR抗体接触，并检测AMACR的过表达，其中所述切片区域中AMACR的过表达表明肿瘤ROI的存在。15.权利要求13的试剂盒，其中所述说明书进一步包括在通过免疫荧光评估来自患者的前列腺的切片之前用热诱导抗原决定簇修复处理所述切片。16.权利要求14的试剂盒，其中所述说明书进一步包括在通过免疫荧光评估来自患者的前列腺的切片之前用热诱导抗原决定簇修复处理所述切片。17.权利要求11的试剂盒，其中所述说明书包括确定肿瘤ROI中的染色体异常。18.权利要求11的试剂盒，其中所述说明书包括确定与肿瘤ROI邻近的良性ROI中的染色体异常。19.检测患者中的前列腺癌的方法，所述方法包括：在杂交条件下将来自所述患者的前列腺细胞样品与可检测标记的探针组接触，所述可检测标记的探针组包含针对MYC的基因座特异性探针、针对脂蛋白脂肪酶(LPL)的基因座特异性探针、针对磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)的基因座特异性探针和针对8号染色体的着丝粒探针...

【专利技术属性】
技术研发人员：张颖，L莫里森，E佩斯托瓦，I索科洛瓦，
申请(专利权)人：雅培分子公司，
类型：发明
国别省市：美国,US