鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物及方法技术

本发明专利技术公开一种鉴别鲶鱼的分子特异性引物及方法。该用于鉴别鲶鱼的分子特异性引物的上游引物NYF：如SEQ ID NO.1所示：下游引物NYR：如SEQ ID NO.2所示。本发明专利技术利用分子特异性标记引物NYF/NYR，通过常规PCR方法对鲶鱼进行快速的分子鉴定，方法简单，采用PCR技术进行检测，时间短，半日即可完成，是形态特征辨别鲶鱼的有效辅助。

Molecular specific marker primers and methods for identifying catfish

The present invention discloses a molecular specific primer and method for identifying catfish. The upstream primer NYF primers for specific molecular identification of catfish: such as SEQ ID NO.1 shown: primer NYR: SEQ ID NO.2 shown. The molecular marker NYF/NYR is used for rapid molecular identification of catfish by conventional PCR method. The method is simple, and PCR technology is used for detection. The time is short and half a day can be completed. It is an effective auxiliary for morphological identification of catfish.

【技术实现步骤摘要】
鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物及方法
本专利技术涉及一种鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物，以及一种利用该特异引物对鲶鱼标本快速鉴别的方法。
技术介绍
鲶鱼(学名：Silurusasotus)鲶鱼，动物界-脊索动物门-脊索动物亚门-辐鳍鱼纲-鲶形目-鲶科-鲶属-鲶鱼种。鲶鱼同类几乎是分布在全世界，多数种类是生活在池塘或河川等的淡水中，但部分种类生活在海洋里。普遍的体上没有鳞，有扁平的头和大口，口的周围有数条长须，利用此须能辨别出味道，这是它的特征。目前，对鲶鱼的物种识别仅局限于形态学鉴定，而且专业鉴定人员很少。由于长江上游水坝修筑导致产卵地遭到破坏；加之外来物种的入侵及水体污染导致鲶鱼的生存环境遭受严重破坏，所以鲶鱼的种群数量日益下降。因此，对鲶鱼地方特有种进行有效鉴定以及物种保护已经刻不容缓。DNA条形码技术(DNAbarcoding)是指用基因组内一段标准的、短的DNA片段来鉴定物种的一项分子鉴定新技术，可以快速、准确的进行物种鉴定。目前在动物中最常见的分子标记是线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(cytochromecoxidaseI,COI)基因的部分序列。DNA条形码具有广泛的应用前景，在物种鉴定、分子进化、种群遗传、濒危物种保护等研究领域具有一定的发展潜力。DNA条形码不同于以往的传统鉴别方法，对研究人员的专业技能并无较高要求，上至生物学家，下至普通生物爱好者，都可在短时间内掌握该技术。DNA条形码技术摆脱了传统形态鉴定方法依赖长期经验的障碍，可实现快速准确的鉴定，是分子鉴定方法学上的创新，操作简单、效率高、应用广等特点无疑将改变整个物种鉴定领域的发展方向。运用DNA条形码技术，可以很好的对鲶鱼进行快速、有效的鉴定。物种鉴定一直是分类学乃至几乎所有生物领域上的研究至关重要的基础步骤。因此，准确的对物种鉴定，特别是对那些稀有物种和具有保护意义的种类，分类鉴定工作就显得尤其重要。自从2003年，加拿大科学家Hebert提出以COI基因做为DNA条形码以来，越来越多的研究表明DNA条形码在物种分类上具有高效可行性。大量的研究结果显示以COI基因为标记的DNA条形码能够准确的对各类动物进行物种鉴定，可以选用COI基因作为各种动物条形码数据库的标准条形码。该方法与传统的分类学方法互为佐证，不仅可以解决鉴定中标本残缺不全无法准确鉴定等问题，而且有利于快速鉴定。目前已有专门的鱼类数据库，其中包括1.5万多种鱼类的条形码数据。但是我国许多鱼类由于其特有性，没有足够的相关数据。也没有鲶鱼的相关基因序列。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是针对现有技术的不足，提供了一种用于鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物及其应用。本专利技术的另一目的在于提供一种鉴别鲶鱼的方法。本专利技术的目的可以通过以下技术方案实现：用于鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物，该引物的核苷酸序列如下：上游引物NYF:5’-TTGCCCACGCAGGAGCT-3’；下游引物NYR:5’-CTGTAATTAGTACGGCTCAT-3’。该对分子特异性引物是采用普通PCR技术，经过对鲶鱼标本的核糖体ITS区序列的克隆序列，然后通过NCBI的序列比对设计的，上述引物具有极高的专一性，用此对引物进行PCR扩增，可以获得170bp左右的特异性片段。本专利技术还涉及上述的分子特异性标记引物(NYF/NYR)在鉴别鲶鱼中的应用。本专利技术还涉及上述的分子特异性标记引物在制备用于鉴别鲶鱼的试剂盒中的应用。一种用于鉴别鲶鱼的试剂盒，该试剂盒中包含上述的分子特异性标记引物。该试剂盒中还包含PCR常用试剂。一种快速鉴别鲶鱼的方法，以待测样本的基因组DNA为模板，以上述的分子特异性标记引物(NYF/NYR)作为扩增引物进行PCR扩增，对扩增产物进行电泳检测：如果电泳结果出现DNA目的条带，则待测样本为鲶鱼。上述的DNA目的条带为170±10bp的DNA目的条带。上述PCR扩增的反应程序为：94℃变性5min；94℃、30s，56℃、30s，72℃、1min，35个循环；72℃延伸10min。上述方法中扩增的选择、基因组DNA提取、PCR反应体系及反应条件确定，以及电泳检测，这些步骤均可按照本领域常规方法进行。需要说明的是，本专利技术分子特异性标记引物和检测方法仅适用于鲶鱼的形态学特征初步的判断，再将判断为鲶鱼的标本运用本专利技术方法鉴别。对本专利技术所述鉴别鲶鱼方法进行验证的具体步骤如下：(1)从浸泡标本中剪取形态学特征初步判断为鲶鱼的部分肌肉组织，保存在95％酒精中于-20℃冰箱中存放。(2)生物公司试剂盒方法提取样品中的基因组DNA，于-20℃保存备用。(3)以步骤(2)提取的基因组DNA为模板，以所述分子特异性标记引物(NYF/NYR)作为扩增引物，进行PCR扩增：PCR反应体系(总体积为25μL)组成为：PCR反应程序为：94℃预变性5min；35个循环(94℃、30s，56℃、30s，72℃、1min)；72℃条件下延伸10min。取2μLPCR产物，用1.5％琼脂糖凝胶电泳(120V，200mA，25min)，genegreen染料染色。凝胶成像系统检测，电泳图谱如图1所示，检出大小约为170±10bp的条带，可初步判定待测样本可能是鲶鱼。本专利技术的有益效果主要体现在：本专利技术的分子特异性标记引物(NYF/NYR)可对鲶鱼进行快速的分子鉴定，方法简单、准确、灵敏度高，是形态特征辨别鲶鱼的有效辅助手段。附图说明图1是采用本专利技术的分子特异性标记引物对鲶鱼进行PCR扩增的电泳图。其中，M：DNA标准分子量标；1,2为空白；3,4为目的片段；5,6为阴性对照。具体实施方式本专利技术可以从分子水平上较为客观准确的鉴别鲶鱼。下面结合具体实施例对本专利技术进行进一步说明。实施例1(1)待测鲶鱼基因组DNA的提取取鲶鱼组织样品，剪碎后使用基因组DNA提取试剂盒进行提取，利用1.5％琼脂糖胶对所得DNA进行电泳检测，并用紫外分光光度计检测DNA浓度，于-20℃冰箱存放备用。(2)设计合成特异性PCR扩增引物设计合成基于鲶鱼的特异性引物，上游引物NYF：5’-TTGCCCACGCAGGAGCT-3’和下游引物NYR：5’-CTGTAATTAGTACGGCTCAT-3’，由技术人员设计，并由引物设计公司合成。(3)分子特异性标记引物(NYF/NYR)的PCR扩增PCR反应体系25μL：10×PCRBuffer2.5μL，dNTPS0.5μL，Taq(5U/μl)0.2μL，MgCl21.5μL，NYF引物(10μM)1μL，NYR引物(10μM)1μL，DNA模板(约10ng/μl)1μL，ddH2O17.3μL。PCR反应程序为：94℃预变性5min；35个循环(94℃、30s，56℃、30s，72℃、1min)；72℃条件下延伸10min。(4)电泳检测：取2μLPCR产物，用1.5％琼脂糖凝胶电泳(120V，200mA，25min)，genegreen染料染色。凝胶成像系统检测，电泳图谱如图1所示。M：DNA标准分子量标；1,2为空白；3,4为目的片段；5,6为阴性对照。由图1可见，扩增出分子量约为170bp左右的特异性DNA条带。实施例2用实施例1的方法进行鲶鱼、黄颡鱼、鲢鱼三种冰冻鱼块检测，取样人根据具体信息做好品种记录并编号，本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物，其特征在于：该引物的核苷酸序列如下：上游引物NYF:5’‑TTGCCCACGCAGGAGCT‑3’；下游引物NYR:5’‑CTGTAATTAGTACGGCTCAT‑3’。

【技术特征摘要】
1.用于鉴别鲶鱼的分子特异性标记引物，其特征在于：该引物的核苷酸序列如下：上游引物NYF:5’-TTGCCCACGCAGGAGCT-3’；下游引物NYR:5’-CTGTAATTAGTACGGCTCAT-3’。2.如权利要求1所述的分子特异性标记引物在鉴别鲶鱼中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：以待测样本的基因组DNA为模板，以权利要求1所述的分子特异性标记引物作为扩增引物进行PCR扩增，对扩增产物进行电泳检测：如果电泳结果出现DNA目的条带，则待测样本为鲶鱼。4.如权利要求1所述的分子特异性标记引物在制备用于鉴别鲶鱼的试剂盒中的应用。5.一种用于鉴别鲶鱼的试剂盒，其特征在于该试剂盒中包含...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔海月，张继敏，蒋寿佳，游欣欣，石琼，马兴宇，
申请(专利权)人：镇江华大检测有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32