一种与绵羊尾型相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了检测绵羊尾型的SNP分子标记，位于第13号染色体第49051930处，其SNP分子标记的多态性为C/G；位于第13号染色体49132297处；其SNP分子标记的多态性为A/G。上述SNP分子标记可用于鉴定绵羊尾型和选育瘦尾型绵羊。

A SNP molecular marker related to sheep tail type and its application

The present invention provides a SNP molecular marker for detecting sheep tail type, which is located at 49051930th chromosome thirteenth, and the polymorphism of SNP molecular marker is C/G. It is located at 49132297 of chromosome thirteenth, and the polymorphism of SNP molecular marker is A/G. The above SNP molecular markers can be used to identify the sheep tail type and select thin tail sheep.

【技术实现步骤摘要】
一种与绵羊尾型相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术属于遗传生物学领域，具体涉及一种与绵羊尾型相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
在绵羊中，尾巴的形态分为脂尾和瘦尾。脂尾大且内部包含大量脂肪，瘦尾小而含脂肪量少。尾脂是绵羊特有的储能方式，在春秋季节，草原草木丰盛，绵羊通过大量进食，将能量转化成脂肪储存在尾巴上，形成尾脂，等到冬季来临，草原草木枯竭，这时利用尾中的储存脂肪提供能量，以度过寒冷的冬天，生存下来。然而随着人们对羊肉的需求量越来越大，对尾脂的需求越来越少，尾脂又占有了大量机能，造成了大量的能源浪费，限制着集约化养殖，不利于肉羊产业的发展。而我国绵羊系全是尾脂系，要想改变该性状，唯一的方法是找到该性状功能基因，通过分子育种技术改变该性状，因此，应用遗传学方法寻找该性状的功能基因。虽然脂尾和瘦尾是极其显著明显的性状，但是控制其尾脂沉积的基因仍知之甚少，因此随后研究人员为了寻找控制脂尾和瘦尾的基因，做了大量工作。2012年，Moradi等（MoradiMH,NejatijavaremiA,MoradishahrbabakM,etal.Genomicscanofselectivesweepsinthinandfattailsheepbreedsforidentifyingofcandidateregionsassociatedwithfatdeposition.BMCGenetics,2012,13(1):1-15.）利用50K高密度芯片对伊朗脂尾和瘦尾型绵羊的研究表明，在2、3、5、7和X染色体上的部分区域有大量SNP在脂尾型绵羊和瘦尾型绵羊之间存在明显差异。随后在我国的地方绵羊中检测了Moradi报道的位点，发现绵羊X染色体60149273位点（甘尚权,沈敏,李欢,etal.X染色体60149273位点在脂尾(臀)和瘦尾绵羊品种中的多态性及其基因定位.中国农业科学,2013,46(22):4791-4799.）、59383635位点（甘尚权,张伟,沈敏,等.绵羊X染色体59383635位点多态性与脂尾性状的相关性分析.遗传,2013,35(10):1209-1216.）、59257971位点（甘尚权,张伟,宋天增,等.X染色体一处新发现的SNP位点在脂尾(臀)、瘦尾绵羊群体中的多态检测及分析.西南农业学报,2013,26(5):2066-2070.）、59571364位点和59912586位点（张伟,沈敏,李欢,等.绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾、瘦尾绵羊群体中的多态性检测及分析.遗传,2013,35(12):1384-1390.）、7号染色体上46843356位点（张伟,蒋曙光,沈敏,等.绵羊7号染色体46843356位点多态性与尾脂沉积相关性研究.畜牧与兽医,2014,46(4):25-29.），在脂尾和瘦尾羊中基因型频率存在显著性差异。杜立新（WeiCH,WangHH,LiuG,etal.Genome-wideanalysisrevealspopulationstructureandselectioninChineseindigenoussheepbreeds.BMCGenomics,2015,16.）通过50K芯片对中国的脂尾羊和瘦尾藏羊进行研究发现了PDGFD基因受到强烈的选择，可能影响了脂尾的脂肪代谢。但目前无关于脂尾/瘦尾在同一种群中的SNP关联分析，也无关于脂尾瘦尾直接相关的SNP分子标记报道。
技术实现思路
针对缺乏关于脂尾/瘦尾直接相关的SNP分子标记等问题，本专利技术提供一种检测绵羊尾脂的SNP分子标记。本专利技术的另一目的是提供一种检测绵羊尾型SNP分子标记的特异引物。本专利技术的再一目的是提供一种SNP分子标记在绵羊尾型鉴定中的应用及鉴定方法。本专利技术还有一目的是提供一种SNP分子标记在绵羊育种中的应用。为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案。一种检测绵羊尾型的SNP分子标记，位于第13号染色体第49051930处（Chr13-49051930）；其SNP分子标记的多态性为C/G。一种上述检测绵羊尾型的SNP分子标记的特异性引物，正向引物的序列如SEQNo.1所示，反向引物序列如SEQNo.2所示。一种检测绵羊尾型的SNP分子标记，位于第13号染色体49132297处（Chr13-49132297）；其SNP分子标记的多态性为A/G。一种上述检测绵羊尾型的SNP分子标记的特异性引物，正向引物的序列如SEQNo.3所示，反向引物序列如SEQNo.4所示。一种上述SNP分子标记在鉴定绵羊尾型中的应用。一种利用上述两个SNP分子标记鉴定绵羊尾型的方法，包括以下步骤：（1）提取待测绵羊的DNA；（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；（3）对PCR产物进行测序，分析基因型；（4）结果判断：根据基因型不同判断绵羊属于大脂尾型、中脂尾型或瘦尾型。绵羊大脂尾型外观宽大、厚实饱满，内部包含大量脂肪；中脂尾型外观上宽下细，较厚实，内部包含脂肪，但脂肪量明显变少；瘦尾型外观上下宽度差别较小，鞭形，内部基本不含脂肪。所述步骤（4）中判定标准为：第13号染色体49051930处基因为CC，第13号染色体49132297处基因为AA时，尾型表现为大脂尾型；第13号染色体49051930处基因为CG，第13号染色体49132297处基因为AG时，尾型表现为中脂尾型；第13号染色体49051930处或第13号染色体49132297处基因为GG，尾型表现为瘦尾型。优选地，绵羊的DNA从血液中提取。优选地，PCR扩增的退火温度为61℃。一种上述两个SNP分子标记在选育瘦尾型绵羊中的应用。一种利用上述两个SNP分子标记选育瘦尾型绵羊中的方法，包括以下步骤：不断选择并保留上述两个SNP分子标记为GG基因型的子代。本专利技术具有以下优点：本专利技术所提供的SNP分子标记，不受绵羊品种、年龄等限制，可用于尾型性状的早期选育，刚出生即可进行筛选，有效鉴定绵羊的尾型并进行分子育种，高效地获得瘦尾纯合子，维持瘦尾性状的稳定，获得瘦尾新品系。附图说明图1为实施例1中PCR产物凝胶电泳图；图2为实施例1中基因分型图；图3为实施例1中典型绵羊尾型图；图4为为实施例2中PCR产物凝胶电泳图；图5为实施例2中基因分型图。具体实施方式下面结合实施例和附图对本专利技术做进一步说明，但本专利技术不受下述实施例的限制。实施例1利用SNP分子标记Chr13-49051930鉴定绵羊尾型。试验对象为小尾寒羊与杜泊羊杂交绵羊（100只）、乌珠穆沁与澳洲美利奴杂交绵羊（100只）、鲁西黑头绵羊（100只）、小尾寒羊（100只）、滩羊绵羊（50只）、乌珠穆沁绵羊（50只）、湖羊（50只）、苏尼特羊（50只）、策勒黑羊（50只）、巴音布鲁克绵羊（50只），一月龄。SNP分子标记的特异性引物为：正向引物：5’-TACGACCCTTTCATTGGGGG-3’反向引物：5’-ACAGTCACAGGTGGTGCAAT-3’（1）采集绵羊的前腔静脉血5mL，通过酚氯仿法提取DNA；（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，扩增体系如表1所示，扩增程序如本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测绵羊尾型的SNP分子标记，位于第13号染色体第49051930处；其SNP分子标记的多态性为C/G。

【技术特征摘要】
1.一种检测绵羊尾型的SNP分子标记，位于第13号染色体第49051930处；其SNP分子标记的多态性为C/G。2.一种如权利要求1所述的SNP分子标记的特异性引物，其特征在于，正向引物的序列如SEQNo.1所示，反向引物序列如SEQNo.2所示。3.一种检测绵羊尾型的SNP分子标记，位于第13号染色体49132297处；其SNP分子标记的多态性为A/G。4.一种如权利要求3所述的SNP分子标记的特异性引物，其特征在于，正向引物的序列如SEQNo.3所示，反向引物序列如SEQNo.4所示。5.一种如权利要求1或3任一所述的SNP分子标记在鉴定绵羊尾型中的应用。6.一种如权利要求1或3任一所述的SNP分子标记鉴定绵羊尾型的方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）提取待测绵羊的DNA；（2）以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；（...

【专利技术属性】
技术研发人员：潘章源，吕慎金，李富宽，储明星，王慧，
申请(专利权)人：临沂大学，
类型：发明
国别省市：山东,37