一种检测TTLL12基因新转录本的引物和方法技术

本发明专利技术属于生物检测技术领域，尤其涉及一种检测TTLL12基因新转录本的引物和方法。本发明专利技术提供的检测TTLL12基因新转录本的引物，包括针对TTLL12基因的两对特异性PCR引物。本发明专利技术提供的引物可以用于准确的检测TTLL12基因新转录本的基因序列，引物的特异性好，准确性好，提高了检测效率。

【技术实现步骤摘要】
一种检测TTLL12基因新转录本的引物和方法
本专利技术属于生物检测
，尤其涉及一种检测TTLL12基因新转录本的引物和方法。
技术介绍
微管蛋白酪氨酸连接酶样(TubulinTyrosineLigaseLikeprotein,TTLL)蛋白家族有14个成员，均含有TTL结构域，具有微管蛋白的翻译后修饰功能，如酪氨酸化修饰、甘氨酸化修饰(TTLL3、TTLL8、TTLL10)、谷氨酰胺化修饰(TTLL1、TTLL2、TTLL4、TTLL5、TTLL6、TTLL7、TTLL9、TTLL11、TTLL13)，进而影响微管的稳定性。在多种癌细胞中，TTLL蛋白对微管蛋白的修饰功能会被抑制，如在肺癌及乳腺癌细胞中，只能发现丰度很低的谷氨酰胺化微管蛋白。TTLL12是一个十分特别的TTLL蛋白家族成员，它的TTL结构域与其他成员有明显的差异，特异性TTL结构域的N端序列缺少结合ATP和镁离子的12个核苷酸序列，还缺少7个保守的结构域中的3个，国内外的最新的研究都表明它的TTL结构域不具备微管蛋白修饰酶的催化功能，其影响微管蛋白修饰的机制还不明确。一个基因在不同的发育阶段、分化细胞和生理状态下，可以通过不同的剪切方式得到不同的mRNA和翻译产物。每个转录本可能发挥着独特的功能。因此，研究和开发基因的新转录本的方法对该基因功能的分析具有重要的作用。CLOCK基因存在2个不同的转录本，有研究发现，CLOCK基因与不孕不育、肥胖及脂肪代谢异常、糖尿病、肿瘤、高血压疾病、急性心肌梗塞(AMI)等病理过程高度相关而且其对沙门氏菌感染抗性中发挥着重要作用。专利文献CN103436607B公开了鸡CLOCK基因不同转录本的扩增方法及其引物，该扩增方法是对每个转录本序列，设计了转录本特异引物，通过反转录PCR技术可以扩增出特定的转录本，对不同转录本功能的分析研究奠定基础，更有利于CLOCK基因功能的研究，提高CLOCK基因引起的疾病的诊断准确性。目前，尚未见有对TTLL12基因的新转录本的报道，不利于TTLL12基因功能的研究和发现。
技术实现思路
为弥补现有技术中存在的缺陷，本专利技术提供一种检测TTLL12基因新转录本的引物和方法，该引物具有特异性好、灵敏度高等优点，用于准确的确定TTLL12基因一种新转录本的基因序列，对TTLL12基因的功能分析和研究具有重要的作用。本专利技术提供一种检测TTLL12基因新转录本的引物，包括针对TTLL12基因两对特异性PCR引物：所述针对TTLL12基因第一对特异性PCR引物的正向引物为：5'-GAAGATGCCGGTGTGGTATA-3'(SEQIDNO.1)，反向引物为：5'-CACGTCCGTGTAGACCTTGA-3'(SEQIDNO.2)；所述针对TTLL12基因第二对特异性PCR引物的正向引物为：5'-GAGACTTTGCCTACGGAGAGA-3'(SEQIDNO.3)，反向引物为：5'-GCTGAGTTTCCTGTAGTCCTTGA-3'(SEQIDNO.4)。进一步地，所述TTLL12基因两对特异性PCR引物的浓度比为1:1。进一步地，所述TTLL12基因两对特异性PCR引物的正向引物与反向引物的浓度比为1:1。另外，本专利技术还提供了一种检测TTLL12基因新转录本的方法，包括以下步骤：S1收集培养中的A549、PC-9、SPCA-1和SK-MES-1等细胞株，提取RNA，逆转录成cDNA模板；S2以步骤S1的cDNA为模板，采用权利要求1所述的TTLL12基因两对特异性的PCR引物进行PCR扩增；S3将所得的PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳。进一步地，所述步骤S2的PCR扩增条件包括：阶段1：94℃2min；阶段2：94℃，15s；58℃，15s；72℃，30s，30个循环；阶段3：72℃，5min；阶段4：12℃，保温。此外，本专利技术还提供了所述的检测TTLL12基因新转录本的引物在制备检测TTLL12基因新转录本试剂盒中的用途。与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：本专利技术提供了一种检测TTLL12基因新转录本的引物，该引物的特异性好，准确性好，提高了检测效率。此外，本专利技术还提供了一种检测TTLL12基因新转录本的方法，通过使用特异性的引物，具有特异性好、灵敏度高、准确性好等优点，用于准确的检测TTLL12基因新转录本的基因序列，促进TTLL12基因的功能分析和研究。附图说明图1和图2：肺癌细胞株A549、PC-9、SPCA-1、SK-MES-1和其他细胞株中检测TTLL12基因的新转录本电泳图；图3：PCR产物与TTLL12新、旧转录本序列比对的结果图。具体实施方式以上内容是结合具体的优选实施方式对本专利技术所作的进一步详细说明，不能认定本专利技术的具体实施只局限于这些说明。对于本专利技术所属
的普通技术人员来说，在不脱离本专利技术构思的前提下，还可以做出若干简单推演或替换，都应当视为属于本专利技术的保护范围。实施例1、引物专利技术人针对TTLL12基因特异性PCR引物设计了大量引物，通过引物反应条件的优化和比较，筛选出了特异性好的引物。表1本专利技术提供的引物实施例2、检测TTLL12基因新转录本的方法S1收集培养中的A549、PC-9、SPCA-1和SK-MES-1等细胞株，提取RNA，逆转录成cDNA模板；所述肺癌细胞株A549、PC-9、SPCA-1、SK-MES-1和其他癌细胞株购买自中国科学院典型培养物保藏委员会细胞库；S2以步骤S1的cDNA为模板，采用实施例1所述的TTLL12基因两对特异性的PCR引物进行PCR扩增；所述PCR扩增条件包括：阶段1：94℃，2min；阶段2：94℃，15s；58℃，15s；72℃，30s，30个循环；阶段3：72℃，5min；阶段4：12℃，保温，PCR扩增体系如表2所示，配置50μl反应体系。表2PCR扩增体系所述引物混合物为实施例1的TTLL12基因两对特异性的PCR引物中的其中一对。S3将所得的PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，结果如图1和图2所示。图1和图2中，第一泳道和最后一个泳道为核酸marker，用于确定目的条带的大小；中间的泳道为不同细胞株的PCR产物电泳的条带。图1和图2结果表明，两对TTLL12基因的引物都能特异性地获得扩增该基因的目的条带，目的条带中，靠上一点的条带是TTLL12基因新转录本的扩增带，靠下一点的是野生型TTLL12基因的扩增带。实施例3、PCR产物比对试验采用检测TTLL12基因新转录本的方法进行TTLL12基因扩增，将PCR产物与TTLL12新、旧转录本序列比对，结果如图3所示，其中，A为PCR产物序列与TTLL12部分CDS序列比对的结果；B为PCR产物序列与36AA+型TTLL12部分CDS序列比对的结果。A和B图中“Query”右边的线条表示输入的36AA+型TTLL12部分CDS序列，共900多bp；左下方线条代表比对的结果：粗的那部分表示能够完全比对上的序列，细的那部分表示不能对比上的序列。B图表示：PCR产物序列与36AA+型TTLL12基因的CDS序列相比，完全一致；A图表示：PCR产物与TTLL12基因的CDS序列相比，有一段序列(细线条)不能比对上，而这段序列正是新转录本特有的108bp。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测TTLL12基因新转录本的引物，其特征在于，包括针对TTLL12基因的两对特异性PCR引物：所述针对TTLL12基因第一对特异性PCR引物的正向引物为：5'‑GAAGATGCCGGTGTGGTATA‑3'，反向引物为：5'‑CACGTCCGTGTAGACCTTGA‑3'；所述针对TTLL12基因第二对特异性PCR引物的正向引物为：5'‑GAGACTTTGCCTACGGAGAGA‑3'，反向引物为：5'‑GCTGAGTTTCCTGTAGTCCTTGA‑3'。

【技术特征摘要】
1.一种检测TTLL12基因新转录本的引物，其特征在于，包括针对TTLL12基因的两对特异性PCR引物：所述针对TTLL12基因第一对特异性PCR引物的正向引物为：5'-GAAGATGCCGGTGTGGTATA-3'，反向引物为：5'-CACGTCCGTGTAGACCTTGA-3'；所述针对TTLL12基因第二对特异性PCR引物的正向引物为：5'-GAGACTTTGCCTACGGAGAGA-3'，反向引物为：5'-GCTGAGTTTCCTGTAGTCCTTGA-3'。2.如权利要求1所述的检测TTLL12基因新转录本的引物，其特征在于，所述TTLL12基因两对特异性PCR引物的浓度比为1:1。3.如权利要求1所述的检测TTLL12基因新转录本的引物，其特征在于，所述TTLL12基因两对特异性PCR引物的正向引...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖莹莹，文锐玲，陈白雪，
申请(专利权)人：广州金域医学检验中心有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44