作为生物标记物的小ncRNA制造技术

本发明专利技术提供了作为生物标记物的小ncRNA，其用于对个体的健康状况进行分类。本发明专利技术还提供了鉴定ncRNA生物标记物的筛选方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】作为生物标记物的小ncRNA
本专利技术提供了作为生物标记物的小ncRNA，其用于对个体的健康状况进行分类。本专利技术还提供了鉴定ncRNA生物标记物的筛选方法。
技术介绍
人类基因组编码大量的小非编码蛋白质的RNA(ncRNA)转录物。已经描述了多种ncRNA类型，包括高丰度转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小核仁RNA(snoRNA)、微小RNA(miRNA)、小干扰RNA(siRNA)、小核RNA(snRNA)及与piwi相互作用的RNA(piRNA)(Amaraletal.,2008；Martens-Uzunovaetal.,2013)。miRNA通过与靶mRNA结合而起到翻译阻遏物的作用，其中，miRNA在有足够的序列互补性的位点与靶mRNA结合(Ameresetal.,2007)，而高度丰富的细胞质YRNA通过影响Ro蛋白的亚细胞定位而在RNA质量控制中起作用(Simetal.,2009)。除了在确定的亚细胞定位处沉默逆转录转座子的piRNA外，其它类型的ncRNA(包括siRNA和内源siRNA(endo-siRNA))都有成熟miRNA对mRNA翻译的抑制活性(Chuma和Pillai,2009)。miRNA活性依赖于在细胞质中的足够的丰度水平，以及与位于核内体膜(endosomalmembrane)的RNA诱导的沉默复合物(RISC)的相互作用(Gibbingsetal.,2009；Leeetal.,2009a)，而低丰度的miRNA对翻译抑制的影响较小。因此，某一miRNA水平的细微变化可能已经影响了细胞过程，而强烈的扰动可以引起疾病。除丰度外，与(RISC)蛋白质和RNA伴侣的相互作用及正确的亚细胞定位也是控制miRNA生理机能的相关因素(Mullokandovetal.,2012；Weeetal.,2012)。miRNA是一类小的、22～25个核苷酸的非编码调节RNA，其以高度特异性的方式控制翻译后基因调节和功能的关键方面。由于miRNA起特异性基因调节因子的作用，并且因为它们的表达在癌症发展中经常受到干扰，所以对其作为生物标记物的用途进行了研究。某一miRNA(oncomir)的过表达(例如miR-21)或表达缺乏(例如miR200家族)似乎与临床上的侵袭性或转移性疾病结果相关。在慢性淋巴细胞性白血病(CLL)中，循环的miRNA已用于疾病归类及对治疗性干预响应的预测。然而，虽然对miRNA的图谱分析是相对标准的技术，但由于相互矛盾的数据，循环的miRNA在临床上的广泛实施受到了限制。故需要能更好地预测个体健康状况的ncRNA生物标记物。
技术实现思路
本专利技术的一个方面提供了用于鉴定小非编码RNA(ncRNA)生物标记物对的方法，所述方法包括：-对于ncRNA，确定在第一体液样品中和在第二体液样品中的所述ncRNA的两个不同种类的比例，所述第一体液样品获得自第一个体参照，所述第二体液样品获得自第二个体参照，其中，所述第一个体参照相对第二个体参照具有改变的健康状况，-比较所述第一体液样品的比例和所述第二体液样品的比例，以及-当比例在所述第一体液样品与所述第二体液样品之间发生改变时，鉴定所述ncRNA的两个不同种类为生物标记物对，其中，第一种类选自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，并且第二种类是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，以及其中，当所述ncRNA是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA、在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地在5'或3'末端剪切，并且所述第二种类选自在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地在5'或3'末端剪切。或者说，其中，第一种类选自典型的ncRNA、在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，该具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA任选是在5'或3'末端剪切的；其中，第二种类选自在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，该具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA任选是在5'或3'末端剪切的；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，并且第二种类是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA。优选的，所述第一种类和所述第二种类选自典型的ncRNA；在5'或3'末端剪切的和/或在5'或3'末端延伸的ncRNA；和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地在5'或3'末端剪切或者在5'或3'末端延伸；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，并且第二种类是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA。优选的，所述方法包括确定在第一体液样品中的所述ncRNA的两个不同种类的量，并且确定在第二体液样品中的所述ncRNA的两个不同种类的量。优选的，第一个体参照来自一个或多个健康个体，并且所述第二个体参照来自一个或多个具有病症的个体，其中，所述病症优选优选为前列腺癌。优选的，第一个体参照来自具有病症的个体，并且所述第二个体参照来自治疗所述病症后的同一个体。在本文公开的方法的优选方面中，通过对各样品中的两个不同种类进行定量并确定两个量之间的关系，来确定生物标记物对的比例。优选的，使用深度测序(RNA-seq)对上述种类进行定量。本专利技术的另一方面提供了一种收集数据的方法，用于使用小非编码RNA(ncRNA)生物标记物对对个体的健康状况进行分类。该方法包括确定来自个体的体液样本中的生物标记物对的比例，将该比例与来自参照样品(例如上文所述的第二个体参照)的体液中的生物标记物对的比例进行比较，其中，所述个体的比例和参照样品的比例之间是否存在差异有助于对所述个体的健康状况进行分类，其中，所述生物标记物对由ncRNA的两个不同种类组成，其中，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，第二种类是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，以及其中，当所述ncRNA是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA、在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地在5'或3'末端剪切，所述第二种类选自在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地在5'或3'末端剪切。或者说，其中，第一种类选自典型的ncRNA、在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，该具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA任选是在5'或3'末端剪切的；其中，第二种类选自在5'或3'末端剪切的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，该具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA任选是在5'或3'末端剪切的；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，第二种类是具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA。优选的，所述第一种类和所述第二种类选自典型的ncRNA；在5'或3'末端剪切和/或在5'或3'末端延伸的ncRNA；和具有3'非模板核苷酸添加本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴定小非编码RNA(ncRNA)生物标记物对的方法，所述方法包括：确定在第一体液样品中和在第二体液样品中的所述ncRNA的两个不同种类的量，所述第一体液样品获得自第一个体参照，所述第二体液样品获得自第二个体参照，其中，所述第一个体参照相对第二个体参照具有改变的健康状况，确定在所述第一体液样品中所述两个不同种类的比例，确定在所述第二体液样品中所述两个不同种类的比例，将来自所述第一体液样品的比例和来自所述第二体液样品的比例进行比较，以及当所述比例在所述第一体液样品与所述第二体液样品之间发生改变时，鉴定所述ncRNA的两个不同种类为生物标记物对，其中，第一种类和第二种类选自：典型的ncRNA；在5’末端或3’末端剪切的和/或在5’末端或3’末端延伸的ncRNA；和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地，在5’末端或3’末端剪切或在5’末端或3’末端延伸；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA，并且所述第二种类是具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.05.01 EP 14166802.01.一种鉴定小非编码RNA(ncRNA)生物标记物对的方法，所述方法包括：确定在第一体液样品中和在第二体液样品中的所述ncRNA的两个不同种类的量，所述第一体液样品获得自第一个体参照，所述第二体液样品获得自第二个体参照，其中，所述第一个体参照相对第二个体参照具有改变的健康状况，确定在所述第一体液样品中所述两个不同种类的比例，确定在所述第二体液样品中所述两个不同种类的比例，将来自所述第一体液样品的比例和来自所述第二体液样品的比例进行比较，以及当所述比例在所述第一体液样品与所述第二体液样品之间发生改变时，鉴定所述ncRNA的两个不同种类为生物标记物对，其中，第一种类和第二种类选自：典型的ncRNA；在5’末端或3’末端剪切的和/或在5’末端或3’末端延伸的ncRNA；和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地，在5’末端或3’末端剪切或在5’末端或3’末端延伸；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA，并且所述第二种类是具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA。2.权利要求1所述的方法，其中，所述第一个体参照来自一位或多位健康个体，并且所述第二个体参照来自一位或多位具有病症的个体，其中，所述病症优选为前列腺癌。3.权利要求1所述的方法，其中，所述第一个体参照来自具有病症的个体，并且所述第二个体参照来自治疗所述病症后的同一个体。4.一种使用小非编码RNA(ncRNA)生物标记物对，来对个体的健康状况分类的方法，所述方法包括：确定来自所述个体的体液样品中的所述生物标记物对的量；确定所述体液样品中的所述生物标记物对的比例；以及，将上述比例与来自参照样品的体液中的生物标记物对的比例进行比较，其中，根据上述比例在所述个体和所述参照样品之间是否存在差异来对所述个体的健康状况分类，其中，所述生物标记物对由ncRNA的两个不同种类组成，其中，第一种类和第二种类选自：典型的ncRNA；在5’末端或3’末端剪切的和/或在5’末端或3’末端延伸的ncRNA；和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地，在5’末端或3’末端剪切或在5’末端或3’末端延伸；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA，并且所述第二种类是具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA。5.一种使用小非编码RNA(ncRNA)生物标记物对收集个体健康状况的数据的方法，所述方法包括：确定来自所述个体的体液样品中的所述生物标记物对的量，以及确定所述体液样品中的所述生物标记物对的比例，其中，所述生物标记物对由ncRNA的两个不同种类组成，其中，第一种类和第二种类选自：典型的ncRNA；在5’末端或3’末端剪切的和/或在5’末端或3’末端延伸的ncRNA；和具有3'非模板核苷酸添加的ncRNA，任选地，在5’末端或3’末端剪切或在5’末端或3’末端延伸；其中，当所述ncRNA不是miRNA时，所述第一种类选自典型的ncRNA和具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA，并且所述第二种类是具有3’非模板核苷酸添加的ncRNA。6.根据权利要求4或5所述的方法，其中，所述参照样品来自一位或多位健康个体。7.根据权利要求4或5所述的方法，其中，所述参照样品来自一位或多位具有病症的个体。8.根据权利要求4或5所述的方法，其中，所述参照样品来自一位或多位对病症治疗有良好响应的个体。9.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述ncRNA选自转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、snoRNA、微小RNA(miRNA)、siRNA、小核(snRNA)、YRNA、穹窿体RNA、反义RNA和piwiRNA(piRNA)，其中，所述ncRNA优选选自miRNA。10.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述两个不同种类选自：典型的和3'NTA-A；典型的和3'NTA-G；典型的和3'NTA-C；典型的和3'NTA-U；3'NTA-G和3'NTA-C；3'NTA-G和3'NTA-U；3'NTA-G和3'NTA-A；3'NTA-C和3'NTA-U；3'NTA-C和3'NTA-A；及3'NTA-U和3'NTA-A；典型的和5'剪切的；典型的和3'剪切的；5'剪切的和3'NTA...

【专利技术属性】
技术研发人员：迪尔克·米希尔·帕格特尔，达尼耶拉·柯柏斯·拉利奇，汤姆·武丁格尔，伊琳娜·白努斯多罗普，迈克尔·哈肯贝格，
申请(专利权)人：阿姆斯特丹自由大学医学中心基金会，格拉纳达大学，
类型：发明
国别省市：荷兰,NL