本发明专利技术属于生物技术的基因领域，具体涉及一种与前列腺癌易感性相关的单核苷酸多态性位点及其应用。本发明专利技术提供与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31.2上的部分基因序列，其核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示；还提供遗传区域9q31.2上的单核苷多态性位点rs817826；rs817826碱基为C的个体为前列腺癌易感人群，rs817826碱基为Ｔ的个体为非易感人群；rs817826的SNP序列如SEQ.ID.NO.2所示。还提供检测单核苷酸多态性位点的特异性核酸引物：SEQ.ID.NO.3、SEQ.ID.NO.4、SEQ.ID.NO.5，其特异性地扩增出单核苷酸多态性位点的扩增产物。
【技术实现步骤摘要】
一种与前列腺癌易感性相关的单核苷酸多态性位点及其应用
本专利技术属于生物技术的基因领域，具体涉及一个与前列腺癌易感性相关的单核苷酸多态性位点及其应用。
技术介绍
前列腺癌(Prostate cancer, PCa)是男性中第二大常见肿瘤，在癌症相关死因中位于第六位，全球每年预计新发病例91. 4万人，病死例数约25. 8万人(Jemal A, Bray F， Center MMj Ferlay J， Ward E， Forman D. Global cancer statistics. CA Cancer J Clin 2011 ;61, 69-90 .)。前列腺癌的病因大多不是很清楚，目前的研究结果表明， 除了年龄和种族，家族史是前列腺癌发病另一主要的高危险因素(Gronberg H. Prostate cancer epidemiology. Lancet. 2003 ; 361 (9360) : 859-64.)。这种家族聚集性在很大程度上提示了遗传因素对前列腺癌发生风险的影响。在一项双胞胎研究中发现，遗传因素能解释 42% 前列腺癌的发病风险(Lichtenstein P, Holm NV, Verkasalo PK, Iliadou A, Kaprio J, Koskenvuo M et al. Environmental and heritable factors in the causation of cancer—analyses of cohorts of twins from Sweden, Denmark, and Finland. N Engl J Med. 2000 ; 343, 78-85.)。造成差异的遗传物质基础之一就包括SNP (单核苷酸多态性XSNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500 1000个碱基对中就有I个，估计其总数可达300万个甚 至更多(Collins F. S. , Brooks L. D. , Chakravarti A. A DNA polymorphism discovery resource for research on human genetic variation. Genome Res. 1998,8 (12)，1229-31.)。目前，SNP是研究人类常见疾病遗传变异的重要依据。而全基因组关联研究是系统找出疾病SNP遗传变异的、具有良好前景的分子遗传学研究方法。本专利技术通过全基因组关联研究，选择9q31. 2区域作为所研究的基因，同时选择 9q31. 2区域上的SNP位点作为所研究的方向。经对国内外文献检索，至今未见有9q31. 2遗传区域与前列腺癌相关联的报道，也没有9q31. 2区域上多态性位点与前列腺癌的相关性报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31. 2部分基因序列，通过rs817826单核苷酸多态性位点的遗传研究，提出一个可作为判定前列腺癌高危人群的易感SNP位点，以利于前列腺癌高危人群的筛查，以利于预防和治疗。本专利技术研究表明，遗传区域9q31. 2与前列腺癌的易感性相关。本专利技术首先提供与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31. 2上的部分基因序列，该基因序列的核苷酸序列如 SEQ.1D. NO.1 所示，其第 501 位为 T/C。本专利技术还提供与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31. 2上的一单核苷多态性位点，rs817826 :rs817826 位于 RAD23B 和 KLF4 基因之间；rs817826 碱基为 T/C ；rs817826 的 SNP序列通过http: //genome, uses, edu/数据库获得，其序列如SEQ.1D. NO. 2所不。本专利技术还提供检测一单核苷酸多态性位点的特异性核酸引物SEQ.1D. NO. 3、SEQ.1D. NO. 4、SEQ.1D. NO. 5，且特异性地扩增出单核苷酸多态性位点的扩增产物。本专利技术关于与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31. 2基因序列，其获得 rs817826序列的具体步骤如下通过http://genome, uses, edu/数据库，在遗传区域9q31. 2上选择单核苷酸多态性位点rs817826 ;依据相应的碱基序列合成引物ACGTTGGATGCACTTTATCCTCCTAGTGAA (SEQ.1D. NO. 3), ACGTTGGATGACCGTTGAGACTTAGTGTAG (SEQ.1D. NO. 4)以及 UEP 引物 cccctCTACAGAGGCCCTAGTAAA (SEQ.1D. NO. 5);进行 PCR 扩增，获取 SNP rs817826 分型数据。PCR 扩增中，PCR 反应体系 5ul :0. 625ul 10 X TaqBuffer, O.1 25mM dNTP, O. 12ul IOnM PCR 引物 Mix，O. 325 25nM MgCl2, 0.1ul 5U/ML Hotstar 酶，用 ddH20 补足 5ul ； PCR 反应条件95°C 2min ；95°C 0. 5min,96°C 0. 5min,72°C lmin，45 个循环；72°C 5min, 25 °C ⑴ min ;SAP 纯化反应体系 2ul :0. 17ul 10 X SAPBuffer, 0. 3 lU/ul SAP 酶，用 ddH20补足2ul ;SAP纯化反应条件37°C 40min,85°C 5min，25 °C ^ min ;单碱基延伸反应体系 2ul:0. 2 IOXiPlexBuffer, 0. 2 iPlex Termination, 0. 33 IOOuM 终止引物 Mix,0.041 iPlex Enzyme,用 ddH20 补足 2ul ;单喊基延伸反应条件94°C 30s ；94°C 5s,92°C 5s-80°C 5s，内部循环5次，外部循环40次；72°C 180s ；25°C ^ s ;将反应产物共15nL，经树脂纯化后，SpectroCHIP 芯片上样；通过 MassARRAY MALD1-TOF Mass Spectrometry 进行质谱检测，并获取SNP rs817826分型数据。本专利技术还提供所述的与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31. 2的应用，通过提取受试者基因组DNA进行单核 苷酸多态性位点rs817826的基因分型，其中rs817826碱基为C的个体为前列腺癌易感人群。rs817826碱基为T的个体为前列腺癌非易感人群。具体实施方式以下结合具体实施例，以进一步说明本专利技术。应理解，以下实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。实施例1通过提取受试者基因组DNA进行单核苷酸多态性rs817826的基因分型，其中rs817826 碱基为C的个体为前列腺癌的易感人群。具体做法是1.基因组DNA的提取受试者均由外周静脉血抽取2-3ml，采用QIAamp Blood Mini Kit250 (QIAGEN，德国) 试本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与前列腺癌易感性相关的遗传区域9q31.2上的基因序列，其特征在于，核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示，其第501位为T/C。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：孙颖浩，徐剑锋，莫曾南，许传亮，任善成，高旭，
申请(专利权)人：上海长海医院，复旦大学，
类型：发明
国别省市：
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