本发明专利技术通过对RT-PCR检测基因进行数据预处理、层次聚类分析、差异基因筛选等生物信息学分析，形成一套用于RT-PCR检测基因的分析方法，其基本流程如下：步骤一：基因检测及原始数据的获取；步骤二：层次聚类分析；步骤三：对原始数据的预处理和均一化；步骤四：差异表达基因的筛选；步骤五：差异表达基因的pathway通路分析。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物
，涉及RT-PCR检测基因的处理与分析。
技术介绍
本专利技术是一种关于RT-PCR检测基因的处理分析方法。适用于RT-PCR检测基因相关的生物医学研究或基础生物学研究。RT-PCR是将RNA的反转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。首先经反转录酶的作用从RNA合成cDNA，再以cDNA为模板，扩增合成目的片段。RT-PCR技术灵敏而且用途广泛，可用于检测细胞中基因表达水平，细胞中RNA病毒的含量和直接克隆特定基因的cDNA序列。作为模板的RNA可以是总RNA、mRNA或体外转录的RNA产物。无 论使用何种RNA，关键是确保RNA中无RNA酶和基因组DNA的污染。用于反转录的引物可视实验的具体情况选择随机引物、Oligo dT及基因特异性引物中的一种。对于短的不具有发卡结构的真核细胞mRNA，三种都可。由一条RNA单链转录为互补DNA (cDNA)称作“逆转录”，由依赖RNA的DNA聚合酶(逆转录酶)来完成。随后，DNA的另一条链通过脱氧核苷酸引物和依赖DNA的DNA聚合酶完成，随每个循环倍增，即通常的PCR。原先的RNA模板被RNA酶H降解，留下互补DNA。RT-PCR的指数扩增是一种很灵敏的技术，可以检测很低拷贝数的RNA。RT-PCR广泛应用于遗传病的诊断，并且可以用于定量监测某种RNA的含量。RT-PCR的关键步骤在是RNA的反转录，要求RNA模版为完整的且不含DNA、蛋白质等杂质。常用的反转录酶有两种，即鸟类成髓细胞性白细胞病毒(avian myeloblastosisvirus, AMV)反转录酶和莫罗尼鼠类白血病病毒(moloney murine leukemia vrius, MMLV)反转录酶。RT-PCR有时候也会指代实时PCR (real-time PCR)。为了与逆转录PCR相区别，通常被写作“定量 PCR”(quantitative PCR)或者 RTQ-PCR (real-time quantitative PCR)。本专利技术找到了一种RT-PCR检测基因的分析的生物信息学方法，可直接针对RT-PCR检测基因进行生物信息学分析，以便于进一步的深入挖掘其生物信息学意义。
技术实现思路
本专利技术通过对RT-PCR检测基因进行数据预处理、层次聚类分析、差异基因筛选等生物信息学分析，形成一套用于RT-PCR检测基因的分析方法，其基本流程如下步骤一基因检测及原始数据的获取；步骤二 层次聚类分析；步骤三对原始数据的预处理和均一化；步骤四差异表达基因的筛选；步骤五差异表达基因的pathway通路分析。附图说明图I 一种RT-PCR检测基因分析的流程图。具体实施例方式本专利技术将以小鼠纯合子、杂合子、野生型样品为实例，介绍本专利技术的具体实施步骤。步骤一基因检测及原始数据的获取。小鼠样品，分纯合子、杂合子，野生型三个组，每组8个样品，用RT-PCR检测三组样品kIT信号相关的32个基因的表达，每个基因3次重复。第一个基因(Actb)是内参。获得原始数据。步骤二 层次聚类分析。所有的基因表达值换算为2-ACt，作为层次聚类算法的输入。其中距离(distance)米用 Euclidean distance,连接(linkage)米用 average。 步骤三对原始数据的预处理和均一化。软件使用BioConductor(http://www.bioconductor.org/)。Actb作为对照,计算ACt。每个基因3次重复取平均值。最后基因相对表达量(fold change)换算为2-Δ ACt0步骤四差异表达基因的筛选。对于所有基因，利用ANOVA分析，筛选在组间有差异，组内平行性良好的基因。筛选标准P<0.01。差异表达基因5个。步骤五差异表达基因的pathway通路分析。建立信号通路和生物功能网络，将差异基因与相关的信号通路进行比较、整合，找出基因之间的相互关系。信号通路数据取自KEGG pathway数据库(http://www.genome, jp/keg/pathway, html)。一共涉及 7 个 pathway。以上是对本专利技术的描述而非限定，基于本专利技术思想的其它实施方式，均在本专利技术的保护范围之中。权利要求1.本专利技术找到了一种RT-PCR检测基因的分析的生物信息学方法，可直接针对RT-PCR检测基因进行生物信息学分析，以便于进一步的深入挖掘其生物信息学意义。通过对RT-PCR检测基因进行数据预处理、层次聚类分析、差异基因筛选等生物信息学分析，形成一套用于RT-PCR检测基因的分析方法，其基本流程如下 步骤一基因检测及原始数据的获取。步骤二 层次聚类分析。步骤三对原始数据的预处理和均一化。步骤四差异表达基因的筛选。步骤五差异表达基因的pathway通路分析。全文摘要本专利技术通过对RT-PCR检测基因进行数据预处理、层次聚类分析、差异基因筛选等生物信息学分析，形成一套用于RT-PCR检测基因的分析方法，其基本流程如下步骤一基因检测及原始数据的获取；步骤二层次聚类分析；步骤三对原始数据的预处理和均一化；步骤四差异表达基因的筛选；步骤五差异表达基因的pathway通路分析。文档编号G06F19/18GK102796809SQ20111013563公开日2012年11月28日 申请日期2011年5月24日 优先权日2011年5月24日专利技术者曾华宗 申请人:上海聚类生物科技有限公司本文档来自技高网...
【技术保护点】
本专利技术找到了一种RT？PCR检测基因的分析的生物信息学方法，可直接针对RT？PCR检测基因进行生物信息学分析，以便于进一步的深入挖掘其生物信息学意义。通过对RT？PCR检测基因进行数据预处理、层次聚类分析、差异基因筛选等生物信息学分析，形成一套用于RT？PCR检测基因的分析方法，其基本流程如下：步骤一：基因检测及原始数据的获取。步骤二：层次聚类分析。步骤三：对原始数据的预处理和均一化。步骤四：差异表达基因的筛选。步骤五：差异表达基因的pathway通路分析。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：曾华宗，
申请(专利权)人：上海聚类生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。