本发明专利技术提供一种has-miR-373抑制剂筛选的方法，属于生物技术领域，涉及药物设计方面。本发明专利技术主要包括如下流程：步骤1，has-miR-373前体序列三维结构模型的构建及优化；步骤2，小分子化合物的获得；步骤3，分子对接；步骤4，过滤非特异性结合化合物。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物
，涉及药物设计方面。
技术介绍
has-miR-373是一种长度为18 25核苷酸单链的内源性非编码性小RNA。它主要通过与靶标基因3'非翻译区的完全或不完全配对，抑制其翻译，从而参与调控个体发育、细胞凋亡、增殖及分化等生命活动。在病理条件下，microRNA可通过调控其靶标基因及其参与的信号通路，影响肿瘤的发生和发展，发挥着类似于癌基因或抑癌基因的功能。实验表明在很多肿瘤中，一些类型的microRNA是高表达的，这些高表达的microRNA与肿瘤的侵入性、转移性等有一定的相关性。这些microRNA为肿瘤诊断和治疗提供了新的策略。目前抑制microRNA功能的普遍方法是采用反义抑制的原理。实验证明，与成熟体microRNA完全互补或与前体microRNA —些区域互补的经过修饰的RNA可以有效的抑制microRNA功能。一些体内实验证明，这种抑制RNA通过体内注射也有效果。因此具有一定的临床应用价值。然而，反义抑制方法存在体内给药困难的问题。目前的各种向体内运送RNA方法，包括化学转染试剂以及病毒载体等，都存在效率和安全性问题，因此一直无法达到临床应用的要求。而传统的小分子化合物药物则在给药方面存在明显的优势，或注射或口服，简单有效。因此我们认为小分子化合物抑制剂将比传统的反义抑制RNA更有潜力成为靶向microRNA的药物。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种筛选抑制has-miR-373活性的小分子化合物的方法。适用于由has-miR-373高表达引发的诸如恶性肿瘤，糖尿病等疾病的药物设计。本专利技术是这样实现的，主要包括如下流程:步骤1，has-miR-373前体序列三维结构模型的构建及优化；步骤2，小分子化合物三维结构的获得；步骤3，分子对接；步骤4，过滤非特异性结合化合物。该专利技术的优点在于:利用计算机进行虚拟筛选，相比于传统方法，省时省力；基于结构筛选的has-miR-373抑制剂可以保证抑制剂的特异性，抑制剂只对单一的has-miR-373起抑制作用，而不影响其他的microRNA。开发的小分子药物在给药过程中无须转染试剂，注射或口服均可，简单有效。附图说明图1是本专利技术所述的has-miR-373抑制剂筛选的方法的流程图。具体实施例方式参图1所示，本专利技术所述的方法中，主要流程为:步骤1，microRNA前体序列三维结构模型的构建及优化；步骤2，小分子化合物的获得；步骤3，分子对接；步骤4，过滤非特异性结合化合物下面做具体的说明:步骤 1.首先从 Sanger 数据库(http: //microrna.sanger.ac.uk/sequences/)获得has-miR-373前体的序列，序列三级结构模型由MC-SYM软件(http: //www.major, iric.ca/MC-Pioeline/)获得，并对获得的三维结构模型使用TINKER软件包(http://dasher,wustl.edu/tinker/): 今亍倉步骤2.小分子化合物的获得。通过筛选NCI数据库(http://dtp.nc1.nih.gov),筛选出2000个具有成药潜能的化合物，并获得这2000个小分子化合物数据的三维结构模型。步骤3.分子对接。利用 AutoGrid4 和 AutoDock4(http://autodock.scripps.edu/)软件执行microRNA前体与小分子化合物的分子对接。步骤4.过滤非特异结合化合物。考虑到有的化合物可能对双链核糖核酸具有非特异的结合，需要将这部分化合物从结果中剔除。方法是随机产生一段双链核糖核酸序列，重复步骤1-3，将得到的化合物从结果中剔除。本方法的特征: 该方法采用构建三维结构模型的方法来筛选能够与目标microRNA has-miR-373结合的小分子化合物，相比于常规方法中采用大规模，盲目的筛选，具有更加方便，经济，高效的特点。另外，本方法针对特定的microRNA has-miR-373,可以找到特异的小分子化合物，从而为后续的靶向药物设计提供了准确的依据。下面做进一步的说明has-miR-373 前体序列由 http: //microrna.sanger.ac.uk/sequences/ 获得。前体序列为:UGUCGGGUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACUGUUGAAUCU CAUGGCAACACCAGUCGAUGGGCUGUCUGACA选取has-miR-373前体序列环状部分用于构建三级结构并进行能量优化。2000个小分子化合物的三维结果均从NCI数据库(http://dtp.nc1.nih.gov)中获得。注:ID为小分子在数据库里的随机编号；deltaG为分子对接结合自由能，单位为kcal/mol ；IC 为 Estimated Inhibition Constant ；NSC# 为小分子的 NSC 编号。以上是对本专利技术的描述而非限定，基于本专利技术思想的其它实施方式，均在本专利技术的保护范围之中。权利要求1.has-miR-373抑制剂筛选的方法，其特征在于该方法包括有如下步骤:步骤I, microRNA前体序列三维结构模型的构建及优化；步骤2，小分子化合物的获得；步骤3，分子对接；步骤4，过滤非特异性结合化合物。全文摘要本专利技术提供一种has-miR-373抑制剂筛选的方法，属于生物
，涉及药物设计方面。本专利技术主要包括如下流程步骤1，has-miR-373前体序列三维结构模型的构建及优化；步骤2，小分子化合物的获得；步骤3，分子对接；步骤4，过滤非特异性结合化合物。文档编号G06F19/12GK103177195SQ20111043558公开日2013年6月26日 申请日期2011年12月22日 优先权日2011年12月22日专利技术者曾华宗 申请人:上海聚类生物科技有限公司本文档来自技高网...
【技术保护点】
has?miR?373抑制剂筛选的方法，其特征在于该方法包括有如下步骤：步骤1，microRNA前体序列三维结构模型的构建及优化；步骤2，小分子化合物的获得；步骤3，分子对接；步骤4，过滤非特异性结合化合物。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：曾华宗，
申请(专利权)人：上海聚类生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。