本发明专利技术涉及评估用特定临床方案或疗法治疗患者的诊断的概率的方法。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】利用关于基因组模型的数据集成的途径识别算法(PARADIGM)与其它申请的关系本申请涉及并要求2010年4月29日提交的美国临时专利申请序列号 61/343，575、题目为“利用关于基因组模型的数据集成的途径识别算法(PARADIGM) ”的优先权,其通过引用其整体被并入本文。本专利技术部分利用以下美国联邦机构的基金完成美国国家科学基金会杰出青年教授奖(NSF CAREER)0845783、美国国家癌症研究所的合同/授权号码5R21CA135937-02和 1U24CA143858-01 以及国立卫生培训研究院(Nationallnstitute of Health Training)授权号码T32GM070386-01。美国联邦政府对本专利技术具有一定的权利。专利
本专利技术涉及鉴定个体或对象中生物学途径的成分并确定所述个体或对象是否是临床方案或治疗的候选者的方法。本专利技术还涉及利用该方法诊断对象是否容易患有癌症、 自身免疫疾病、细胞周期病症或其它病症。背景现代癌症治疗的关键前提是患者诊断、预后、风险评估和治疗反应预测可以根据肿瘤的基因组、转录和外基因组特征和在诊断时搜集的相关临床信息(例如，患者病史、肿瘤组织学和阶段)以及随后的临床随访数据(例如，治疗方案和疾病复发事件)对癌症分层而被提高。虽然可以用若干高通量技术来探查癌症的分子详细情况，但根据该PARADIGM 仅实现了少数成功。例如，表现为ERBB2生长因子受体酪氨酸激酶的特定扩增或过表达的25%的乳癌患者现在可以用曲妥珠单抗(trastuzumab)治疗，所述曲妥珠单抗是革巴向受体的一种单克隆抗体(Vogel C，Cobleigh MA, Tripathy D, Gutheil JC, Harris LN，Fehrenbacher L，Slamon DJj Murphy Mj Novotny WFj Burchmore M，Shak Sj Stewart SJ. First-1ine，single-agent Herceptin (R) (trastuzumab)in metastatic breast cancer. A preliminary report. Eur.J.Cancer 2001Jan. ;37Suppll:25-29)。然而，即使该成功的情况被患有ERBB2-阳性乳癌的50%以下的患者实际上实现曲妥珠单抗的任何治疗益处的事实所遮盖，突出我们对该充分研究的癌途径以及ERBB2-阳性乳癌固有的许多治疗抵抗机制的不完全理解(Park Jff, Neve RM, Szollosi J, Benz CC. Unraveling the biologic and clinical complexities of HER2. Clin. Breast Cancer 20080ct. :8(5) :392-401)。这种完全不能将现代进步转到基础癌症生物学中部分归于我们不能全面认识和结合现在针对实际上任何类型的癌症在技术上可获得的所有omic特征。尽管有充分的证据表明组织学上类似的癌症事实上是许多分子亚型的复合物(composite)，每一亚型具有明显不同的临床表现，但该知识很少应用于实际中，这是因为缺乏与预后和治疗选项充分相关的有力特征。癌症是一种基因组疾病，其与导致细胞系统失调的异常变化有关。现在还不清楚的是基因组变化如何进入到构成癌症表型基础的遗传途径中。高通量功能基因组学研究在过去十年中已经取得巨大的进步(Alizadeh AAj Eisen MB, DavisREj Ma C，Lossos IS, Rosenwald A, Boldrick JCj Sabet H，Tran Tj Yu X，Powell JIj Yang Lj Marti GE，Moore T，Hudson J，Lu Lj Lewis DB，Tibshirani R，SHERLOCK G，Chan WCj Greiner TC,Weisenburger DDj Armitage JOj Warnke Rj Levy Rj Wilson W, Grever MR,Byrd JC，Botstein D，Brown PO，Staudt LM. Distinct types of diffuse largeB-cell lymphoma identified by gene expression profiling. Nature 2000Feb. ;403 (6769):503-511.； Golub TR，Slonim DKj Tamayo P，Huard C，Gaasenbeek Mj Mesirov JP，Coller H，Loh ML, Downing JR，Caligiuri MAj Bloomfield CD，Lander ES. Molecular classification of cancer:class discovery and class prediction by geneexpression monitoring. Science 19990ct. ;286 (5439):531-537. ；van de Vijver MJj HeYDj van t Veer LJj Dai Hj Hart AAMj Voskuil DW, Schreiber GJj PeterseJLj Roberts Cj Marton MJj Parrish M，Atsma Dj Witteveen A，Glas A, Delahaye Lj van der Velde T，Bartelink H，Rodenhuis S，Rutgers ET，Friend SH，Bernards R. A Gene-ExpressionSignature as a Predictor of Survival in Breast Cancer. N Engl J Med 2002Dec. ;347(25) :1999-2009)。然而，集成多个数据源来鉴定肿瘤发生和发展的可再生和可解释分子特征的挑战仍然令人困惑。最近，由TCGA和其它进行的实验性研究弄清楚了需要对基因组干扰的途径水平理解来理解在癌细胞中观察到的变化。这些发现表明，即使在患者具有基因组变化或不同基因的异常表达时，这些基因仍常常参与共同的途径。另外，甚至更引人注目的是，观察到的变化(例如，缺失对比扩增)常常改变相同方向中的途径输出信息(output)-或者都提高或者都降低途径激活。(参见，Parsons DWj Jones S，ZhangX，Lin JCHj Leary RJ，Angenendt P，Mankoo P，Carter H，Siu I，Gallia GLj Olivi A，McLendon R，Rasheed BA，Keir Sj Nikolskaya Tj Nikolsky Y，Busam DA，Tekleab Hj Diaz LA, Hartigan J，Smith DR，Strausberg RL，Marie SKNj Shinjo SMOj Yan H，Riggins GJ，Bigner DD，本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：C·J·瓦斯科，S·C·本茨，J·M·斯图尔特，D·豪斯勒，
申请(专利权)人：加利福尼亚大学董事会，
类型：
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