一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法技术

本发明专利技术涉及一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，包括以下步骤：(1)读入蛋白质和小分子配体文件数据；(2)判断蛋白质和小分子配体中的原子类型；(3)随机初始化小分子配体的位置和角度；(4)运行SearchProtein算法，优化小分子配体的坐标和角度，Chemscore公式作为评价函数；(5)达到最大迭代次数后终止计算；(6)分析结果，RMSD、对接自由能ΔG和对接位点的坐标，输出结果。与现有技术相比，本发明专利技术具有做到对污染物与生物大分子之间时候有作用作出迅速判断等优点。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种计算毒理学领域，尤其是涉及。
技术介绍
随着人类社会的日益发展，人类所面对的环境问题愈发严重。各种各样的工、农业废水、废气、废渣排放入人类所居住的公共环境，这些“三废”中往往含有许多对人体有害的化合物。目前，世界上已经有许多国家和地区对“三废”的排放进行了限制和禁止，对环境中污染物的含量做出了严格的限定，制定出相关的法律规范以保护人体免受其伤害。污染物对人体造成损害的过程，是污染物进入体内，与人体中某些重要蛋白结合的过程。这些被结合的蛋白，往往是在人的生命过程中占有重要地位的蛋白。污染物分子与蛋白结合后，有两种行为，其一，使蛋白质的结构发生改变，结构的改变往往引起蛋白质功能改变，使其丧失或改变原有的功能。在通常情况下，污染物的存在会影响蛋白质的二级结构含量的变化；其二，蛋白质的活性位点被污染物占据，一些功能性的分子无法结合，从而导致一些对人体健康有关键作用的物质无法被合成或转化，人体最终将因缺乏这些应该被合成的重要物质而受到损害。污染物与蛋白质相互作用研究的重要性尤为突出。研究的重点在于首先从宏观的层面，污染物对蛋白质造成了何种影响，这种影响如何损害人体的健康。其本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)读入蛋白质和小分子配体文件数据；(2)判断蛋白质和小分子配体中的原子类型；(3)随机初始化小分子配体的位置和角度；(4)运行SearchProtein算法，优化小分子配体的坐标和角度，Chemscore公式作为评价函数；(5)达到最大迭代次数后终止计算；(6)分析结果，RMSD、对接自由能ΔG和对接位点的坐标，输出结果。

【技术特征摘要】
1.一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，包括以下步骤(1)读入蛋白质和小分子配体文件数据；(2)判断蛋白质和小分子配体中的原子类型；(3)随机初始化小分子配体的位置和角度；(4)运行SearchProtein算法,优化小分子配体的坐标和角度，Chemscore公式作为评价函数；(5)达到最大迭代次数后终止计算；(6)分析结果，RMSD、对接自由能AG和对接位点的坐标，输出结果。2.根据权利要求1所述的一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，所述的配体文件包括原子的类型、坐标以及键的类型信息。3.根据权利要求1所述的一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，所述的随机初始化小分子配体的位置和角度具体为小分子配体的位置和角度在活性中心周围ιοΑχ ιοΑχ ιοΑ的范围内随机产生，并通过 Presearch算法进行搜索和对接计算。4.根据权利要求3所述的一种处理小分子和蛋白质相互作用的计算方法，其特征在于，所述的Presearch算法为将蛋白质的原配体与蛋白质对接，找到活性位点并得到原始对接自由能，读...

【专利技术属性】
技术研发人员：管翀，赵国华，曹同成，黄晓峰，张莹莹，
申请(专利权)人：同济大学，
类型：发明
国别省市：