本发明专利技术公开了一种基因突变序列，与表1中的任意一个突变所在的基因序列相比，该基因突变序列包括存在该任意一个突变的基因序列。本发明专利技术还公开一种包含能够检测出所列基因突变序列的试剂的试剂盒和一种鉴定膀胱癌干细胞的方法。利用本发明专利技术的基因突变序列能够将膀胱癌干细胞从膀胱癌细胞和膀胱组织细胞中准确的区分出来。
Gene mutation sequence and its application in the identification of bladder cancer stem cells
The present invention discloses a gene mutation sequence, in contrast to a gene sequence in any of the mutations in Table 1, wherein the gene mutation sequence includes a sequence of any of the mutations. The present invention also discloses a kit comprising a reagent capable of detecting a sequence of gene mutations, and a method for identifying bladder cancer stem cells. Using the gene mutation sequence of the invention, the bladder cancer stem cells can be accurately distinguished from bladder cancer cells and bladder tissue cells.
【技术实现步骤摘要】
基因突变序列及其在鉴定膀胱癌干细胞中的应用
本专利技术涉及生物医学领域，具体的，本专利技术涉及一种基因突变序列、基因突变序列的用途、一种试剂盒、试剂盒的用途和一种鉴定膀胱癌干细胞的方法。
技术介绍
世界范围内，膀胱癌每年有430,000个病例新增和150,300个死亡病例(Chavanetal.,2014)。膀胱癌干细胞最早在2008年被分选鉴定(Ningetal.,2009；Sheetal.,2008)，当初所采用的方法是侧群细胞分选法(Side-Population,SP)。随着研究的深入，科学家们陆续使用CD44v6(YangandChang,2008)，67LR(Heetal.,2009)，CD44(Chanetal.,2009)，ALDH1A1(Suetal.,2010)和CD90/CK14(Volkmeretal.,2012)等分离并鉴定了膀胱癌干细胞。膀胱癌干细胞具有干性维持能力和肿瘤起始的能力，负责膀胱癌的复发和耐药(Hoetal.,2012；Tranetal.,2010)。根据先前的报道，人的膀胱癌干细胞可能起源于正常膀胱粘膜中表达CK5和CK17的基底层细胞(Heetal.,2009)。随后连续两篇文章利用BBN诱导的方法获得了小鼠膀胱癌模型，并发现了小鼠原位膀胱癌和浸润型膀胱癌起源于正常膀胱粘膜中表达CK5和分泌蛋白shh的基底层细胞(Shinetal.,2014；VanBataviaetal.,2014)；另外，VanBatavia等人还证明了乳头状膀胱癌起源于正常膀胱粘膜中表达CK2的中间层细胞，而鳞状细胞膀胱癌的祖先是表达CK5的基底层干细胞(VanBataviaetal.,2014)。
技术实现思路
依据本专利技术的第一方面，本专利技术提供一种基因突变序列，与表1中的任意一个突变所在的基因序列相比，所述基因突变序列包括存在所述突变的所述基因序列。所称的基因突变序列可以为一条序列，也可以是多条序列的组合，例如，所称的基因突变序列为存在chr1:27093001G>A的ARID1A基因序列，再例如，所称的基因突变序列包括存在chr1:27093001G>A的ARID1A基因序列和存在chr11:108186754C>A的ATM基因序列。表1基因核酸突变(基因组HG19)ARID1Achr1:27093001G>AATMchr11:108186754C>ACREBBPchr16:3790519C>AERCC2chr19:45867687T>CETS1chr11:128333418A>GFAT4chr4:126329890T>CGPRC5Achr12:13061979T>GLRP2chr2:170096229G>AMAP3K6chr1:27687466G>TMKL1chr22:40807506G>AMLL2chr12:49420183C>GPAWRchr12:79990409G>TPITX2chr4:111542524C>GRNF213chr17:78293189A>TSIN3Achr15:75664469C>TSTAG2chrX:123220567C>GTP53chr17:7577100T>CUSP24chr1:55638075G>AZBTB17chr1:16270382G>T表1所示的19个基因对应的19个突变是未报道过的单核苷酸突变，且是经专利技术人鉴定过的膀胱癌干细胞特有的。表1中的任意一个或者多个都能够用于判定细胞是否是膀胱癌干细胞，待测细胞中的核酸序列上存在表1中的任意一个基因突变，能够判定该细胞为膀胱癌干细胞。表1所示的19个膀胱癌特有突变，是专利技术人利用单细胞测序方法，对来自三个膀胱癌患者的四类59个单细胞进行了单细胞测序、数据分析获得的，并且经过其它单细胞样本的验证。来自膀胱组织或者膀胱癌组织的细胞，一般可能为分化的膀胱细胞、分化的膀胱癌细胞、膀胱干细胞或者膀胱癌干细胞。需要说明的是，表1中的SNP突变的表示方式是根据HGVS命名法标注该位点在参考基因组DNA(gDNA，HG19版本)上的位置来显示的，本领域技术人员能够知道，一个SNP位点还可以有其它表示方式，例如以GenBankSNP数据库的命名方法——以rs加7位阿拉伯数字来表示一个SNP，例如以该SNP在参考cDNA上的位置来标注指代与表1一样的SNP位点或SNP组合，都仍旧是本专利技术公开的表1中的SNP，属于本专利技术范围，比如表1中MKL1基因序列上的基因组序列上的突变chr22:40807506G>A，与其cDNA上的c.C2684T，属于同一突变，都能致使发生多肽突变p.S895L。还需要说明的是，一个细胞中存在所称的基因突变序列是判断该细胞是膀胱癌干细胞的必要非充分条件，即待测细胞中存在表1中的任意一个突变序列，则判定该细胞为膀胱癌干细胞，而不能推定膀胱癌干细胞一定具有表1中的任意一个或者表1中的至少一个突变。依据本专利技术的第二方面，本专利技术提供一种基因突变序列，与ARID1A基因序列相比，所述基因突变序列包括存在chr1:27093001G>A的ARID1A基因序列。该基因突变序列可以是一条序列——存在chr1:27093001G>A的ARID1A基因序列，也可以为序列组合，即除了存在chr1:27093001G>A的ARID1A基因序列还包括其它序列。存在chr1:27093001G>A突变的ARID1A基因序列是新发现的未报道过的突变序列，该突变序列是膀胱癌干细胞特有的，可以用来鉴定一个细胞是否为膀胱癌干细胞。特别是对来自膀胱/膀胱癌组织的细胞，通过检测其ARID1A基因序列上是否存在chr1:27093001G>A突变，能准确判断该细胞是否为膀胱癌干细胞。需要说明的是，该SNP突变的表示方式是根据HGVS命名法标注该位点在参考基因组DNA(gDNA，HG19版本)上的位置来显示的，本领域技术人员能够知道，一个SNP位点还可以有其它表示方式，例如以GenBankSNP数据库的命名方法——以rs加7位阿拉伯数字来表示一个SNP，例如以该SNP在参考cDNA上的位置来标注指代一样的SNP位点或SNP组合，仍属于本专利技术公开的范围，基因组ARID1A基因序列上的chr1:27093001G>突变，与其cDNA上的c.G2932A突变，为同一突变，都能致使发生多肽突变p.A978T。还需要说明的是，一个细胞中存在所称的基因突变序列是判断该细胞是膀胱癌干细胞的必要非充分条件，即待测细胞的核酸序列上存在该突变序列，则判定该细胞为膀胱癌干细胞，反之，不能推定膀胱癌干细胞一定存在该突变序列。依据本专利技术的第三方面，本专利技术提供一种基因突变序列，与ATM基因序列相比，所述基因突变序列包括存在chr11:108186754C>A的ATM基因序列。该基因突变序列可以是一条序列——存在chr11:108186754C>A的ATM基因序列，也可以为序列组合，即除了存在chr11:108186754C>A的ATM基因序列还包括其它序列。存在chr1本文档来自技高网...
【技术保护点】
基因突变序列，其特征在于，与表1中的任意一个突变所在的基因序列相比，所述基因突变序列包括存在所述突变的所述基因序列。
【技术特征摘要】
1.基因突变序列，其特征在于，与表1中的任意一个突变所在的基因序列相比，所述基因突变序列包括存在所述突变的所述基因序列。2.权利要求1的基因突变序列，其特征在于，与ARID1A基因序列相比，所述基因突变序列包括存在chr1:27093001G>A的ARID1A基因序列。3.权利要求2的基因突变序列，其特征在于，与表1中的chr1:27093001G>A以外的任意一个突变所在的基因序列相比，所述基因突变序列包括存在所述任意一个突变的所述基因序列。4.权利要求2的基因突变序列，其特征在于，分别与表1中的chr1:...
【专利技术属性】
技术研发人员：吴松，蔡志明，杨昭，
申请(专利权)人：深圳市第二人民医院，
类型：发明
国别省市：广东,44
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