本发明专利技术属于基因工程技术领域，公开了一种用于微嵌合检测和个体识别的引物和探针组合、含有该引物和探针组合的试剂盒以及采用该引物和探针组合或试剂盒进行微嵌合检测和个体识别的方法。本发明专利技术基于最新的InDel位点数据库，以亚洲人群为基准，筛选出针对亚洲人群高个体识别率的15个InDel位点，并针对每一InDel位点，进一步设计特异性引物和探针组合。与现有技术相比，本发明专利技术方法具有多态性强、特异性好、灵敏度高和简便快捷的优点，为亚洲人群进行微嵌合检测和个体识别提供了非常重要的检测手段。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因工程
，具体涉及用于微嵌合检测和个体识别的引物、探针、试剂盒及方法。
技术介绍
现代遗传学家认为，基因是DNA(脱氧核糖核酸)分子上具有遗传效应的特定核苷酸序列的总称，是具有遗传效应的DNA分子片段。基因不仅可以通过复制把遗传信息传递给下一代，还可以使遗传信息得到表达。这种遗传信息蕴含在人的骨骼、毛发、血液等所有人体组织或器官中。通过人类基因组多态性位点的差异，进行基因检测来识别不同个体，目前已被广泛运用于法医和临床试验。近来已开发出多种遗传标记用于个体识别。其中，短串联重复序列(Short TandemRepeats，STR)由于检测方法简便、快速、准确性高、扩增片段大小适中，被认为是法医DNA鉴定中最标准、最权威的途径和方法，能够解决大多数的实际问题。但是，由于STR存在高突变率(一般为10-2～10-4)，检测的片段较长(100～400bp)，不易实现对降解检材的DNA分型，同时嵌合率检测灵敏度在5％左右，而临床上进行微移植或者微治疗的时候，一般嵌合率需要维持在1～2％以下，无法满足要求。嵌合体是指同一个体体内存在不同遗传性状的细胞嵌合现象，即含有两套或两套以上染色体组的状态。其中，微嵌合是指不同个体来源的细胞成分低于1％的现象。微嵌合检测要求更高灵敏度的检测方法。因此，STR不能进行微嵌合分析。随着基因组研究的进展，多态性位点相继受到了广泛的关注。其中，单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)具有相对较低的自发突变率(10-8)；而单个的SNP位点扩增产物可以控制在200bp以下，有利于降解检材的分型。然而SNP等位基因间差异只有一个碱基，因此难以设计高灵敏度的检测方案，检测灵敏度只能达到1％，仍然不适用于微嵌合 检测。而且SNP定量方法复杂，实验仪器昂贵，使用成本高，操作繁琐，通量小，并不适合在常规的法医学实验室推广。近年来新一代的多态性位点——插入或缺失多态性(Insertion or DeletionPolymorphisms,InDel或DIP)，即基因组中插入或缺失不同类型和大小的DNA片段(4～22bp)所形成的多态性遗传标记，在法医物证鉴定、亲子鉴定和其他医学检验方面有着广泛运用。从法医学物证检验的角度来看，InDel标记具有以下特点：(1)在人类基因组中含量丰富，数量仅次于SNP；(2)与SNP具有相近的自然突变率(～2.3×10-9)；(3)InDel扩增片段更短(低于160bp)，更适于检测高度降解和低拷贝的DNA模板，增加DNA降解检材分型的成功率；(4)InDel位点存在显著的人群和种族差异；(5)可通过荧光PCR扩增技术进行InDel检测，技术平台普遍适用性强；(6)基于InDel位点，使用双色荧光定量PCR方法，确定区分供者和受者的特异性位点后，进行定量PCR，最低嵌合率检测可以达到0.01～0.05％。因此，近些年来日渐引起国内外许多法医学者的关注。然而，截止到目前为止，基于InDel遗传标记的商业上比较成熟的用于微嵌合检测和个体识别的试剂盒还非常少见，只有荷兰的Investigator DIP试剂盒是比较成熟的商业化产品。同时，由于遗传标记存在人群和种族的差异，Investigator DIP试剂盒对于亚洲人群来说，适用性并不是特别强。因此，研发一套适用于亚洲人群的用于微嵌合检测和个体识别的InDel遗传标记试剂盒就显得非常必要。
技术实现思路
本专利技术针对现有技术中存在的上述缺陷，基于最新的InDel位点数据库，并以亚洲人群为基准，重新设计了用于微嵌合检测和个体识别的引物和探针以及检测方法。本专利技术的检测方法多态性强、特异性好、灵敏度高且简便快捷。为此，本专利技术一方面提供了一种用于微嵌合检测和个体识别的引物和探针组合，其由SEQ ID NO.1-75所示的引物和探针组成。在本专利技术优选的实施方案中，该引物和探针组合进一步由第1-15组引物和探针组成，其中第1组由SEQ ID NO.1-4所示的引物和SEQ ID NO.5所示的探针组成，第2组由SEQID NO.6-9所示的引物和SEQ ID NO.10 所示的探针组成，第3组由SEQ ID NO.11-14所示的引物和SEQ ID NO.15所示的探针组成，第4组由SEQ ID NO.16-19所示的引物和SEQ IDNO.20所示的探针组成，第5组由SEQ ID NO.21-24所示的引物和SEQ ID NO.25所示的探针组成，第6组由SEQ ID NO.26-29所示的引物和SEQ ID NO.30所示的探针组成，第7组由SEQID NO.31-34所示的引物和SEQ ID NO.35所示的探针组成，第8组由SEQ ID NO.36-39所示的引物和SEQ ID NO.40所示的探针组成，第9组由SEQ ID NO.41-44所示的引物和SEQ IDNO.45所示的探针组成，第10组由SEQ ID NO.46-49所示的引物和SEQ ID NO.50所示的探针组成，第11组由SEQ ID NO.51-54所示的引物和SEQ ID NO.55所示的探针组成，第12组由SEQ ID NO.56-59所示的引物和SEQ ID NO.60所示的探针组成，第13组由SEQ ID NO.61-64所示的引物和SEQ ID NO.65所示的探针组成，第14组由SEQ ID NO.66-69所示的引物和SEQID NO.70所示的探针组成，第15组由SEQ ID NO.71-74所示的引物和SEQ ID NO.75所示的探针组成。本专利技术基于最新的InDel位点数据库，以亚洲人群为基准，从中筛选出针对亚洲人群高个体识别率的15个InDel位点，它们分别为：N1-1(rs2308010)、N1-2(rs34855933)、N1-3(rs4646006)、N2-1(rs3042783)、N5-1(rs1610937)、N5-4(rs1610932)、N7-1(rs16458)、N9-1(rs2308112)、N11-1(rs2307696)、N11-2(rs140790)、N13-1(rs3038530)、N13-2(rs3049448)、N14-1(rs56024302)、N16-2(rs2067204)和N21-1(rs16663)，括号中的rs号表示该位点在dbSNP数据库的编号。本专利技术进一步针对上述每一个InDel位点，分别设计一条共用的上游引物(F)、下游引物(R)、插入特异性引物F(+)和缺失特异性引物F(-)，其中扩增片段长度(AmplifiedFragment Length，AFL)为该引物与对应的上游引物或下游引物配对所得到的扩增片段长度，例如F(+)与R用来特异性扩增插入片段，R(-)与F用来特异性扩增缺失片段，F与R用来扩增非特异性片段(其中：灰色底色代表插入/缺失的特异性碱基)。针对上述亚洲人群高个体识别率的15个InDel位点，本专利技术设计的具体引物和探针情况如表1所示。表1、本专利技术的引物和探针情况表本专利技术另一方面提供了一种用于微嵌合检测和个体识别的试剂盒，其包 含本专利技术所述的引物和探针组合。该试剂盒保存于-20℃，并由以下试剂组本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种用于微嵌合检测和个体识别的引物和探针组合，其由SEQ ID NO.1‑75所示的引物和探针组成。
【技术特征摘要】
1.一种用于微嵌合检测和个体识别的引物和探针组合，其由SEQ ID NO.1-75所示的引物和探针组成。2.根据权利要求1所述的引物和探针组合，其进一步由第1-15组引物和探针组成，其中第1组由SEQ ID NO.1-4所示的引物和SEQ ID NO.5所示的探针组成，第2组由SEQ ID NO.6-9所示的引物和SEQ ID NO.10所示的探针组成，第3组由SEQ ID NO.11-14所示的引物和SEQID NO.15所示的探针组成，第4组由SEQ ID NO.16-19所示的引物和SEQ ID NO.20所示的探针组成，第5组由SEQ ID NO.21-24所示的引物和SEQ ID NO.25所示的探针组成，第6组由SEQ ID NO.26-29所示的引物和SEQ ID NO.30所示的探针组成，第7组由SEQ ID NO.31-34所示的引物和SEQ ID NO.35所示的探针组成，第8组由SEQ ID NO.36-39所示的引物和SEQID NO.40所示的探针组成，第9组由SEQ ID NO.41-44所示的引物和SEQ ID NO.45所示的探针组成，第10组由SEQ ID NO.46-49所示的引物和SEQ ID NO.50所示的探针组成，第11组由SEQ ID NO.51-54所示的引物和SEQ ID NO.55所示的探针组成，第12组由SEQ ID NO.56-59所示的引物和SEQ ID NO.60所示的探针组成，第13组由S...
【专利技术属性】
技术研发人员：郑仲征，杜金伟，谢桂贞，翼丽军，潘捷，
申请(专利权)人：上海荻硕贝肯生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31
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