本发明专利技术涉及一种放射性肺炎相关基因ＡＴＭ和Ｐ５３及其多态性位点及其应用。本发明专利技术的ＡＴＭ基因启动子区－１１１Ｇ→Ａ单核苷酸多态位点ｒｓ１８９０３７以及Ｐ５３基因编码区Ａｒｇ７２Ｐｒｏ的功能性单核苷酸多态ｒｓ１０４２５２２单独或者协同作用时，与放射治疗后放射性肺炎的发生相关。因此，对肺癌患者的ＡＴＭ和Ｐ５３基因多态性位点基因分型后，可以鉴别放疗后放射性肺炎易感的个体，从而可以应用于预防放射性肺炎的发生。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物技术的基因领域，具体地说，本专利技术涉及一种与 放射性肺炎相关的基因ATM和P53及其多态位点和应用。
技术介绍
在我国，肺癌是一种十分常见的恶性肿瘤。放射治疗是一种已被 广泛应用的有效的肺癌治疗手段。以三维适形放疗和调强放疗为代表 的图形制导技术已经大大提高了肺癌的控制效果，同时降低了其毒 性。虽然如此，放射野内肿瘤邻近或周围的正常肺组织由于辐射受到 损伤，从而导致放射性肺炎的发生。在放射性肺炎患者中，轻者无症 状，炎症可自行消散；重者肺脏发生广泛纤维化，导致呼吸功能损害， 甚至呼吸衰竭。回顾性研究表明，放射性肺炎发生率高达15-36%。 因此，确定导致;改射性肺炎的病因，建立有效的防治方法，以成为临 床急需解决的重要课题。研究表明，包括肺剂量、肺接收容积>20Gy和化疗等在内的众 多临床因素与放射性肺炎的发生相关。然而，即使两个临床治疗完全 相同的肺癌患者，其放射性肺炎发生情况并不相同。这提示我们，个 体内在的遗传因素通过影响个体放射敏感性从而影响了疾病的发生。 辐射可诱发细胞的DNA损伤，与此相对应，细胞内存在修复这种损 伤DNA的损伤修复系统。其中，DNA双链断裂修复被认为是参与修 复辐射诱发的DNA损伤最重要的通路。ATM和P53蛋白是该通路中 的重要功能分子。单核苷酸多态(SNP)，属于DNA多态性的一种,指DNA序列 中发生频率大于1%的单碱基变异，包括单碱基转换、颠换、插入或 缺失等变化。由于在人类基因组中，三、四等位基因(allele)形式的 SNP非常罕见，因此SNP也简单指双等位基因，其两个不同等位基 因的组合称为基因型(genotype )。 SNP数目众多，在人类基因组中可能每1000 bp就存在一个，具有高密度、高遗传稳定性和易于自动化 检测等优点，成为继第一代限制性片段长度多态性标记和第二代微卫 星标记后的第三代基因遗传标记。SNP作为一种常见的遗传变异，可 导致个体表型的差异以及不同个体对疾病，特别是复杂疾病的易感 性，以及对环境因素和药物及治疗反应的差异。根据在基因中所处位 置的不同，SNP可以分为编码区SNP和非编码区SNP。前者又分为 两种， 一种为同义cSNP,它所导致的碱基改变并不影响蛋白质的氨 基酸序列；另一种为非同义cSNP,指碱基序列的改变可导致氨基酸 序列的改变，从而影响蛋白质的功能。在非编码区SNP中，如果SNP 存在于基因的调控区，并引起基因表达水平的改变或者mRNA的稳 定性及翻译过程的变化，可能导致表型的改变甚至疾病的发生。ATM基因的-111G — A单核苷酸多态位于基因的启动子区，可能 影响mRNA的转录以及相应蛋白质的表达。P53基因编码区中 Arg72Pro的功能性单核苷酸多态，可导致细胞的凋亡水平和DNA修 复能力的不同。由于单核苷酸多态引起的上述两基因的表达或功能异 常导致不同个体间DNA修复能力的差别，并与包括肺癌在内的多种 肿瘤密切相关。因此，对以上两个SNP的分析可能有助于放射性肺炎 发生的预测。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题在于，克服上述现有技术的缺陷而提 供一种放射性肺炎相关基因ATM和P53及其多态性位点和应用。为实现上述目的，本专利技术采取以下设计方案一种检测ATM基因的单核苷酸多态性的方法，包括以下步骤确定在ATM基因的SEQ ID No: 1所示序列的第302位SNP rsl89037的核苷酸；检测在所述位点是否存在单核苷酸多态性，即在 第302位的基因型为GA或AA。优选地，确定在P53基因的SEQ ID No: 2所示序列的第301位 SNP rsl042522的核苷酸；检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性，即在第301位的基因型为Arg/Arg。本专利技术还涉及一种分离核酸，其具有SEQ ID No: l所示的序列， 且第302位的基因型为GA或AA,优选地，具有SEQ ID No: 2所示 序列，且第301位的基因型为Arg/Arg。另夕卜，本专利技术还涉及一种检测放射性肺炎易感性的试剂盒，包括 检测ATM基因SEQ ID No: 1中第302位SNP的特异性引物，以及 检测该SNP位点的限制性内切酶。优选地，包括检测P53基因SEQ ID No: 2中第301位SNP的特异性引物，以及冲全测该SNP位点的限制 性内切酶。其中，所述限制性内切酶为(7>42/或5^//或 或5血/。所述的引物选自表1或表2中的任意一组序列。所述引物针对图 中所示的SNP位点而^L计，长度为18-24个核苷酸。优选地，针对 ATM基因单核苷酸多态位点，所述引物选自表l中的一组；针对P53 基因单核苷酸多态位点，所述引物选自表2中的一组。在表1和表2中，列举了本专利技术引物的一些组合，引物的解链温 度(Tm)以及这些组合的产物大小。本领域的技术人员能够理解， 本专利技术的引物不限于这些列出的引物及其组合。表l<table>table see original document page 5</column></row><table><table>table see original document page 6</column></row><table><table>table see original document page 7</column></row><table>本专利技术的优点是由于本专利技术的ATM基因启动子区-111G —A单 核苷酸多态位点rsl89037以及P53基因编码区Arg72Pro的功能性单 核苷酸多态rsl042522单独或者协同作用时，与方文射治疗后^L射性肺 炎的发生相关，从而可以有效防止放射性肺炎的发生。附图说明图1中示出本专利技术ATM基因的SNP位点(R)所在的ATM基因 区域的核苷酸序列；图2中示出本专利技术P53基因的SNP位点(S)所在的P53基因区域 的核苷酸序列；图3为ATM和P53基因单核苷酸多态疾病风险预测才莫型示意图。具体实施方式以下结合具体实施例，以进一步说明本专利技术。应理解，以下实施 例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围。实施例1:;险测试剂盒1) DNA模板的提取用常规方法提取人外周血2ml,利用标准的酚-氯仿抽提法提取 基因组DNA, DNA浓度校正至50ng/ji1。 2 )PCR反应制备^r测ATM和P53基因单核苷酸多态位点的PCR产物，其中， 含有下列可以扩增出-lllG —A以及P53基因Arg72Pro单核香酸多态 位点的两对引物对有义引物5' — CTTGGCGTTGCTTCTTCCTC — 3' ( SEQ ID NO:16)反义引物5' - CGCAGATCCCGACTCCTCT - 3' ( SEQ ID NO:17)和有义引物5' — TTGCCGTCCCAAGCAATGGAT — 3' ( SEQ ID NO: 19)反义引物5' - TCTGGGAAGGGACAGAAGAT - 3' ( SEQ ID NO: 29)PCR反应条件为95。C 2分钟，进行35个循环的94。C 30秒本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种检测ＡＴＭ基因的单核苷酸多态性的方法，其特征在于：包括以下步骤： ａ、确定在ＡＴＭ基因的ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ：１所示序列的第３０２位ＳＮＰｒｓ１８９０３７的核苷酸； ｂ、检测在所述位点是否存在单核苷酸多态性，即在第３０２位的基 因型为ＧＡ或ＡＡ。
【技术特征摘要】
1、一种检测ATM基因的单核苷酸多态性的方法，其特征在于包括以下步骤a、确定在ATM基因的SEQ ID No1所示序列的第302位SNPrs189037的核苷酸；b、检测在所述位点是否存在单核苷酸多态性，即在第302位的基因型为GA或AA。2、 根据权利要求1所述的检测ATM基因单核苷酸多态性的方法， 其特征在于还包括以下步骤a、 确定在P53基因的SEQ ID No: 2所示序列的第301位SNP rsl042522的核苷酸；b、 检测在所述位点是否存在单核普酸多态性，即在第301位的基 因型为Arg/Arg。3、 一种分离核酸，其特征在于具有SEQ ID No: 1所示的序列， 且第302位的基因型为GA或AA。4、 根据权利要求3所述的分离核酸，其特征在于具有...
【专利技术属性】
技术研发人员：林东昕，王绿化，杨明，张莉，谭文，
申请(专利权)人：中国医学科学院肿瘤研究所，
类型：发明
国别省市：11[中国|北京]
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。