癌症对通过PD‑1阻断实现的免疫疗法响应的决定因素制造技术

描述了癌症对免疫疗法的响应的分子决定因素，以及用于鉴定和/或表征可能响应免疫疗法的癌症的系统和工具。

Through the PD 1 of cancer immunotherapy blocked the response to achieve the decision factors

Describes the molecular determinants of cancer response to immunotherapy, as well as systems and tools for identification and / or characterization of cancers that may respond to immunotherapy.

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】癌症对通过PD-1阻断实现的免疫疗法响应的决定因素
技术介绍
癌症免疫疗法涉及患者免疫系统对癌细胞的攻击。T淋巴细胞的调节和激活取决于由T细胞受体以及递送阳性或阴性信号以激活的共信号传导受体进行的信号传导。T细胞的免疫响应由称为免疫检查点的共刺激和抑制信号的平衡控制。用免疫检查点抑制剂进行免疫疗法是革命性的癌症疗法。例如，在某些黑素瘤患者中，抗CTLA4和抗PD1抗体为转移情形(metastaticsetting)中的长期疾病控制提供了极好的机会。
技术实现思路
本专利技术涵盖可以预测对癌症免疫疗法有良好响应的可能性的发现。本专利技术特别地包括以下发现：对于某些癌症，突变负荷可以与对特定疗法的响应性相关。此外，本专利技术提供了以下发现，某些癌细胞可能具有产生可被患者免疫系统识别为非自身的新表位(neoepitope)的体细胞突变，并且这样的新表位的存在和/或特性可能与对特定疗法的响应性相关。如本文所述鉴定癌症样品中的多个突变可用于确定哪些癌症患者可能有利地响应免疫疗法，特别是用免疫检查点调节剂治疗。本公开定义了特定肿瘤细胞的某些特征，可对其进行检测以预测对免疫疗法的响应性，特别是对使用免疫检查本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种组合物，其包含免疫原性剂，所述免疫原性剂是或包含能够由人患者的免疫系统识别为非自身的新表位，其中所述患者患有特征在于表达所述新表位的一种或多种肿瘤的癌症。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.11.21 US 62/083,088;2015.03.12 US 62/132,3811.一种组合物，其包含免疫原性剂，所述免疫原性剂是或包含能够由人患者的免疫系统识别为非自身的新表位，其中所述患者患有特征在于表达所述新表位的一种或多种肿瘤的癌症。2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位与感染物共享共有序列。3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位是或包括九聚物新表位。4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位示出对I类MHC分子增加的结合亲和力或由细胞毒性T细胞改善的识别。5.根据权利要求1所述的组合物，其中与不是与所述一种或多种肿瘤特异性相关的新表位的相应野生型表位相比，所述新表位对主要组织相容性复合物(MHC)分子具有较高的结合亲和力。6.根据权利要求1所述的组合物，其中所述免疫原性剂是或包括肽。7.根据权利要求1或权利要求6所述的组合物，其中所述免疫原性剂具有适于MHC呈递的长度。8.根据权利要求7所述的组合物，其中所述长度适于由I类MHC呈递。9.根据权利要求8所述的组合物，其中所述长度为8-11个氨基酸。10.根据权利要求7所述的组合物，其中所述长度适于由II类MHC呈递。11.根据权利要求1所述的组合物，其中所述新表位具有选自表1所提出的那些氨基酸序列的氨基酸序列。12.根据权利要求1所述的组合物，其中所述癌症是或包括选自包括以下的组的癌症：癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。13.根据权利要求12所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。14.根据权利要求13所述的组合物，其中所述癌症是或包括肺癌。15.一种组合物，其包含核酸，所述核酸的序列含有能够由人患者的免疫系统识别为非自身的新表位的编码序列，其中所述患者患有特征在于表达所述新表位的一种或多种肿瘤的癌症。16.根据权利要求15所述的组合物，其中所述新表位与感染物共享共有序列。17.根据权利要求15所述的组合物，其中所述新表位是或包括九聚物新表位。18.根据权利要求15所述的组合物，其中所述新表位示出对I类MHC分子增加的结合亲和力或由细胞毒性T细胞改善的识别。19.根据权利要求15所述的组合物，其中与不是与所述一种或多种肿瘤特异性相关的新表位的相应野生型表位相比，所述新表位对主要组织相容性复合物(MHC)分子具有较高的结合亲和力。20.根据权利要求15所述的组合物，其中所述新表位具有适于MHC呈递的长度。21.根据权利要求20所述的组合物，其中所述长度适于由I类MHC呈递。22.根据权利要求21所述的组合物，其中所述长度为8-11个氨基酸。23.根据权利要求20所述的组合物，其中所述长度适于由II类MHC呈递。24.根据权利要求15所述的组合物，其中所述新表位具有选自表1提出的那些氨基酸序列的氨基酸序列。25.根据权利要求15所述的组合物，其中所述癌症是或包括选自包括以下的组的癌症：癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。26.根据权利要求25所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。27.根据权利要求15所述的组合物，其中所述癌症是或包括肺癌。28.一种组合物，其包含核酸，所述核酸与编码能够由人患者的免疫系统识别为非自身的新表位的核酸杂交，其中所述患者患有特征在于表达所述新表位的一种或多种肿瘤的癌症。29.根据权利要求15或权利要求28所述的组合物，其中所述核酸能够在核酸水平上检测所述新表位或其表达。30.根据权利要求28所述的组合物，其中所述新表位与感染物共享共有序列。31.根据权利要求28所述的组合物，其中所述新表位是或包括九聚物新表位。32.根据权利要求28所述的组合物，其中所述新表位示出对I类MHC分子增加的结合亲和力或由细胞毒性T细胞改善的识别。33.根据权利要求28所述的组合物，其中与不是与所述一种或多种肿瘤特异性相关的新表位的相应其它相同表位相比，所述新表位对主要组织相容性复合物(MHC)分子具有较高的结合亲和力。34.根据权利要求28所述的组合物，其中所述新表位具有适于MHC呈递的长度。35.根据权利要求28所述的组合物，其中所述长度适于由I类MHC呈递。36.根据权利要求35所述的组合物，其中所述长度为8-11个氨基酸。37.根据权利要求28所述的组合物，其中所述长度适于由II类MHC呈递。38.根据权利要求28所述的组合物，其中所述新表位具有选自表1提出的那些氨基酸序列的氨基酸序列。39.根据权利要求28所述的组合物，其中所述癌症是或包括选自包括以下的组的癌症：癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。40.根据权利要求39所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。41.根据权利要求28所述的组合物，其中所述癌症是或包括肺癌。42.一种组合物，其包含试剂，所述试剂特异性地检测能够由人患者的免疫系统识别为非自身的新表位，其中所述患者患有特征在于表达所述新表位的一种或多种肿瘤的癌症。43.根据权利要求42所述的组合物，其中所述试剂在蛋白质水平上特异性地检测所述新表位。44.根据权利要求42所述的组合物，其中所述试剂在核酸水平上特异性地检测所述新表位。45.根据权利要求42所述的组合物，其中所述新表位与感染物共享共有序列。46.根据权利要求42所述的组合物，其中所述新表位是或包括九聚物新表位。47.根据权利要求42所述的组合物，其中所述新表位示出对I类MHC分子增加的结合亲和力或由细胞毒性T细胞改善的识别。48.根据权利要求42所述的组合物，其中与不是与所述一种或多种肿瘤特异性相关的新表位的相应其它相同表位相比，所述新表位对主要组织相容性复合物(MHC)分子具有较高的结合亲和力。49.根据权利要求42所述的组合物，其中所述新表位具有适于MHC呈递的长度。50.根据权利要求49所述的组合物，其中所述长度适于由I类MHC呈递。51.根据权利要求50所述的组合物，其中所述长度为8-11个氨基酸。52.根据权利要求49所述的组合物，其中所述长度适于由II类MHC呈递。53.根据权利要求42所述的组合物，其中所述新表位具有选自表1提出的那些氨基酸序列的氨基酸序列。54.根据权利要求42所述的组合物，其中所述癌症是或包括选自包括以下的组的癌症：癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。55.根据权利要求54所述的组合物，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。56.根据权利要求42所述的组合物，其中所述癌症是或包括肺癌。57.一种治疗癌症的方法，其包括以下步骤：向被确定为患有特征在于表达一种或多种九聚物新表位的肿瘤的癌症的受试者施用增强新抗原特异性效应T细胞响应的疗法。58.根据权利要求57所述的方法，其中所述受试者正在接受或将接受使用免疫检查点调节剂的疗法。59.根据权利要求57所述的方法，其中所述受试者具有确定的肿瘤。60.根据权利要求57所述的方法，其中所述癌症是或包括选自包括以下的组的癌症：癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病或淋巴瘤。61.根据权利要求60所述的方法，其中所述癌症选自包括以下的组：肺癌、黑素瘤、肾癌、膀胱癌、小细胞癌和头颈癌。62.根据权利要求57所述的方法，其中所述癌症是或包括肺癌。63.根据权利要求57所述的方法，其中所述疗法是或包括免疫检查点调节剂。64.一种方法，其包括以下步骤：检测来自受试者的癌症样品中的高突变标志物；和鉴定所述受试者为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。65.根据权利要求64所述的方法，其中所述检测步骤包括对来自所述癌症样品的一个或多个外显子组进行测序。66.根据权利要求64所述的方法，其中所述突变数目将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。67.根据权利要求66所述的方法，其中高突变数目将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。68.根据权利要求67所述的方法，其中高非同义突变数目将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。69.根据权利要求64所述的方法，其中转换突变与颠换突变的比率将所述受试者鉴定为用免疫检查点调节剂治疗的候选者。70.根据权利要求69所述的方法，其中所述比率包括分子吸烟标记。71.根据权利要求64所述的方法，其中所述体细胞突变包括由T细胞识别的新表位。72.根据权利要求71所述的方法，其中所述新表位数目将所述受试者鉴定为用免...

【专利技术属性】
技术研发人员：T·A·陈，N·A·里兹维，M·D·赫尔曼，
申请(专利权)人：纪念斯隆凯特琳癌症中心，
类型：发明
国别省市：美国,US