一种鉴定HLA‑DQB1第2外显子单倍型的方法技术

本发明专利技术涉及一种鉴定HLA‑DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：1)设计HLA‑DQB1第2外显子及其旁侧序列的PCR扩增引物和测序引物，所述PRC扩增引物包括上游扩增引物和下游扩增引物，所述测序引物包括通用测序引物和等位基因特异测序引物；所述测序引物为基于PCR产物进行Sanger法测序的测序引物；2)采用等位基因特异测序引物测序，用一对PCR扩增引物扩增HLA‑DQB1第2外显子及其旁侧序列片段，采用1个通用测序引物进行正向测序，再从5‑9条不同等位基因特异测序引物中选择1条进行反向测序，利用两个测序反应鉴定出单倍型。本发明专利技术具有简便、快速、精确鉴定HLA‑DQB1第2外显子单倍型的特点。可以对HLA‑DQB1基因进行等位基因分型。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，是一种等位基因特异测序引物引导的测序鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的技术。属于基因多态性检测及以测序为基础的基因分型
专利技术背景人类白细胞抗原II类(humanleukocyteantigenclassII,HLA-II)基因编码一种细胞表面的糖蛋白，在免疫反应中扮演一种很基础的角色：将抗原肽递呈给T辅助细胞(Thelpercell,THcell)，当TH细胞识别自身HLA-II类分子递呈的外来抗原，触发免疫级联反应，最终激活细胞毒T细胞和B细胞，分别杀死抗原递呈细胞和诱导抗体反应。主要行使抗原递呈功能的HLA-II类基因主要包括3个位点，分别是DR、DQ和DP，这三个分子均由A基因(编码α链)和B基因(编码β链)组成，形成异源二聚体发挥功能，A基因较保守，B基因则具有高度多态性，到目前为止已鉴定出1825个DRB1等位基因、876个DQB1等位基因和587个DPB1等位基因。由于个体间的HLA分子差异较大，在进行输血和器官移植前必须进行HLA配型，防止发生强烈的免疫排斥反应。输血及组织配型中需要匹配本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴定HLA‑DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：1)设计HLA‑DQB1第2外显子及其旁侧序列的PCR扩增引物和测序引物，所述PRC扩增引物包括上游扩增引物和下游扩增引物，所述测序引物包括通用测序引物和等位基因特异测序引物；所述测序引物为基于PCR产物进行Sanger法测序的测序引物；2)采用等位基因特异测序引物测序，用一对PCR扩增引物扩增HLA‑DQB1第2外显子及其旁侧序列片段，采用1个通用测序引物进行正向测序，再从5‑9条不同等位基因特异测序引物中选择1条进行反向测序，利用两个测序反应鉴定出单倍型。

【技术特征摘要】
1.一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：1)设计HLA-DQB1第2外显子及其旁侧序列的PCR扩增引物和测序引物，所述PRC扩增引物包括上游扩增引物和下游扩增引物，所述测序引物包括通用测序引物和等位基因特异测序引物；所述测序引物为基于PCR产物进行Sanger法测序的测序引物；2)采用等位基因特异测序引物测序，用一对PCR扩增引物扩增HLA-DQB1第2外显子及其旁侧序列片段，采用1个通用测序引物进行正向测序，再从5-9条不同等位基因特异测序引物中选择1条进行反向测序，利用两个测序反应鉴定出单倍型。2.根据权利要求1所述的一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：1)所述PRC扩增引物的上游扩增引物的3’端碱基序列包括：-aggaCTCGCAGAGGATTTCG-3’；所述PRC扩增引物的下游扩增引物的3’端碱基序列包括：-gttacCATACCAGTCAATGTGTCAG-3’；2)所述通用测序引物的3’端碱基序列包括：-CGCAGAGGATTTCGTG-3’，所述等位基因特异测序引物包括针对参考序列308位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列320位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列318位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列346位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列309位为G/C杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列361位为G/A杂合子的等位基因特异测序引物和针对参考序列360位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物。3.根据权利要求1或2所述的一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：所述针对参考序列308位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物的3’端碱基序列为-GCAGAGGGGCGACGC-3’，5’端碱基序列为-GCAGAGGGGCGACGC-3’所述针对参考序列320位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3’端碱基序列为-CAAGAATGGGCCTCGCA-3’，5’端碱基序列为-CAAGAATGGGCCTCGCA-3’；所述针对参考序列318位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3’端碱基序列为-AGAGTGGGCCTCGCAGC-3’，5’端碱基序列为-AGAGTGGGCCTCGCAGC-3’；所述针对参考序列346位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3’端碱基序列为-CTCCCAGCACAGAGACTAGA-3’，5’端碱基序列为-CTCCCAGCACAGAGACTAGA-3’所述针对参考序列309位为G/C杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3’端碱基序列为-CTCACGGAGGGTCAACC-3’，5’端碱基序列为-CTCACGGAGGGTCAACC-3’；所述针对参考序列361位为G/A杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3’端碱基序列为-CCCATCGCCCCTCCC-3’，5’端碱基序列为-CCCATCGCCCCTCCC-3’；所述针对参考序列360位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3’端碱基序列为-CCCTTCGTCCCTCCTG-3’，5’端碱基序列为-CCCTTCGTCCCTCCTG-3’。4.根据权利要求1或2所述的一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：所述上游扩增引物的序列为：3’端碱基序列包括-aggaCTCGCAGAGGATTTCG-3’；5’端碱基序列包括-aggaCTCGCAGAGGATTTCG-3’，所述下游扩增引物的序列为：3’端碱基序列包括-gttacCATACCAGTCAATGTGTCAG-3’，5’端碱基序列为-gttacCATACCAGTCAATGTGTCAG-3’。5.根据权利要求1或2所述的一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：所述通用测序引物的序列为：3’端碱基序列为-CGCAGAGGATTTCGTG-3’，5’端碱基序列为-CGCAGAGGATTTCGTG-3’。6.根据权利要求1或2所述的一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：所述HLA-DQB1第2外显子涉及的HLA-DQB1基因的参考序列，如序列表SQEIDNo：14-31所示；其中：序列表SEQIDNo：14-15给出的参考序列包括HLA-DQB1第2外显子上游30bp至HLA-DQB1第2外显子下游635bp的碱基序列；序列表SEQIDNo：16-23给出的参考序列包括HLA-DQB1第2外显子上游30bp至HLA-DQB1第2外显子下游638bp的碱基序列，序列表SEQIDNo：24-31给出的参考序列包括HLA-DQB1第2外显子上游30bp至HLA-DQB1第2外显子下游641bp的碱基序列，上述参考序列的31-300位碱基序列为HLA-DQB1的第2外显子。7.根据权利要求3所述的一种鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：针对参考序列308位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为C，与308位G等位基因特异互补；针对参考序列320位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为A，与320位T等位基因特异互补；针对参考序列318位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为C，与318位G等位基因特异互补；针对参考序列361位为G/A杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为C，与361位G等位基因特异互补；针对参考序列346位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为A，与346位T等位基因特异互补；针对参考序列309位为G/C杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为C，与309位G等位基因特异互补；针对参考序列360位为G/A杂合子的等位基因特异测序引物，3’末端碱基为G，与360位C等位基因特异互补。8.根据权利要求3所述的一种鉴定HLA-DQB1第2...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘本荣，熊玉娟，钟赟，田朝伟，刘彬，刘世明，熊龙根，叶珊，林绍鹏，
申请(专利权)人：广州医科大学附属第二医院，广东省中医院，
类型：发明
国别省市：广东;44