本发明专利技术提供了用于检测EGFR外显子21多态性的引物组及其应用。本发明专利技术提供了用于检测EGFR外显子21L858R中多态性的引物组。所述引物组具有P1寡核苷酸和P2寡核苷酸，并且可通过使用包括SEQ?ID?NO：1的第172792个碱基的区域进行扩增。作为与SEQ?ID?NO：1的第172792个碱基互补的碱基，P1寡核苷酸具有胞嘧啶，P2寡核苷酸具有腺嘌呤。P1寡核苷酸的解链温度高于P2寡核苷酸的解链温度，和/或P1寡核苷酸比P2寡核苷酸长一个或多个碱基。本发明专利技术还提供了多态性检测引物，使用所述引物组的多态性检测方法，使用所述引物组评价EGFR酪氨酸激酶抑制剂的方法，多态性检测方法中使用的引物和包括所述引物组的试剂盒。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及用于检测EGFR外显子21多态性的引物组以及所述引物组的应用。
技术介绍
已经认为表皮生长因子受体(EGFR)在肺癌中起重要作用。能够阻抑(suppress) EGFR功能的药物已被用于肺癌治疗的领域。被用于治疗非小细胞肺癌患者的EGFR酪氨酸激酶抑制剂(如吉非替尼(gefitinib)、埃罗替尼(erlotinib)等等)作为此类药物已知。 这些药物不仅被用于肺癌，也被尝试用于腺癌。然而，在一些患者组中，EGFR酪氨酸激酶抑制剂的效果有时似乎不够。另外，在另一组患者中，尽管EGFR酪氨酸激酶抑制剂在开始诱导反应，但是存在EGFR酪氨酸激酶抑制剂的效果逐渐降低的情况，这与预期相反。因为这些原因，已针对抑制剂的使用研究了预测EGFR酪氨酸激酶抑制剂效果的因素，并已发现EGFR基因突变是此类重要因素。已知的预测性因素的例子包括EGFR外显子在密码子 790 处的突变(T790M) (JP2008-529532, Cancer Research, Vol. 66，No. 16，2006， pp. 7854-7858)，外显子 18 在密码子 719 处的突变(G719X) (Cancer Research, Vol. 66， No.16，2006，pp.7854-7858)。EGFR外显子21在密码子858处由亮氨酸到精氨酸的突变(EGFR外显子21L858R) 已被明确地认为能增强吉非替尼的肿瘤减小效应。因为在高百分比(约45%)的肺癌中发现了 EGFR突变，所以EGFR突变作为在给药前要考虑的预测性因素来说是重要的。直接测序方法(J.Clin. Oncology, Vol 23，No 11 (April 10) ,2005 pp. 2513-2520)或 SMAP(SMart-Abplification Process)方法(Clin Cancer Res2007 ； Vol. 13 (17) September 1,2007 :pp. 4974-4983)已知是检测 EGFR 外显子 21L858R 的技术。同时，突变检测方法已知是容易、灵敏并且可靠的检测突变的方法，该方法包括， 通过在一个反应中既使用突变型又使用野生型(正常型)引物，来优先扩增具有突变的碱基的核酸序列(W0 2010/001969)。
技术实现思路
实际测试中使用的样品是来自血浆或血清的可溶的DNA。在此类DNA中检测突变需要高特异性。然而，在直接测序方法中，特异性通常被认为是约10%，这可能不足以检测可溶DNA中的突变。同时，尽管SMAP方法在灵敏度的角度来看可能是足够的，但是对材料 (例如引物)的设计可能不容易，实际的操作可能是复杂的。考虑这些情况进行了本专利技术。本专利技术涉及提供下述探针以及所述探针的应用，所述探针能够以高灵敏度容易地检测EGFR外显子21多态性的探针。本专利技术第一方面的一个示例性实施方式是用于检测EGFR外显子21中多态性的引物组，所述引物组包含Pl寡核苷酸和P2寡核苷酸，并且能够通过使用SEQ ID NO 1 中的区域作为模板进行扩增，所述区域包含SEQ ID NO 1的第172792个碱基，Pl寡核苷酸具有10个碱基到50个碱基的长度，并且具有胞嘧啶作为与SEQ IDNO 1的第172792个碱基互补的碱基，P2寡核苷酸具有10个碱基到50个碱基的长度，并且具有腺嘌呤作为与SEQ ID NO 1的第172792个碱基互补的碱基，和Pl寡核苷酸和P2寡核苷酸满足下述相关性中的至少一种P1寡核苷酸的解链温度高于P2寡核苷酸的解链温度；或Pl寡核苷酸比P2寡核苷酸长一个或多个碱基。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是 的引物组，其中Pl寡核苷酸或P2寡核苷酸中的至少一个在不同于与SEQ ID NO :1的第172792个碱基互补的碱基位置的位置包含至少一个与SEQ ID NO :1的碱基序列不互补的碱基。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是 或的引物组，其中Pl 寡核苷酸或P2寡核苷酸中的至少一个在不同于与SEQ ID NO :1的第172792个碱基互补的碱基位置的位置包含额外的序列，所述额外的序列由连续的2到10个与SEQ ID NO 1的碱基序列不互补的碱基形成，并且位于所述寡核苷酸链的5'末端。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是W] 到中任一项的引物组，其中Pl寡核苷酸或P2寡核苷酸中的至少一个在不同于与SEQID NO 1的第172792个碱基互补的碱基位置的位置包含错配碱基或包含与SEQ ID NO :1的碱基序列不互补的2到 20个错配碱基的序列，所述位置。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是 到中任一项的引物组，其中Pl寡核苷酸或P2寡核苷酸中的至少一个在从其3'末端起的第1位到第3位中的一处包含与SEQ ID NO 1的第172792个碱基互补的碱基。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是W] 到中任一项的引物组，其中，Pl寡核苷酸的解链温度比P2寡核苷酸的解链温度高0. 1°C到20°C。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是 到W]中任一项的引物组，其还包含与下述序列同源的引物，所述序列处于SEQ ID NO :1碱基序列中较模板核酸序列更靠5'末端侧的区域中，其中所述模板核酸序列与Pl寡核苷酸或P2寡核苷酸互补。本专利技术的第一方面的另一个示例性实施方式是 到中任一项的引物组，其包含SEQ ID NO :2到SEQ ID NO :11的寡核苷酸中的至少一个作为Pl寡核苷酸，和 SEQ ID NO 12到SEQ ID NO 21的寡核苷酸中的至少一个作为P2寡核苷酸。本专利技术的第二方面的一个示例性实施方式是用于检测EGFR外显子21中多态性的引物，所述引物能够通过使用SEQ ID NO :1中的区域作为模板进行扩增，所述区域包含SEQ ID NO 1的第172792个碱基，并且所述引物是下述寡核苷酸，所述寡核苷酸具有10 个碱基到50个碱基的长度，并且具有胞嘧啶作为与SEQ ID NO 1的第172792个碱基互补的碱基。本专利技术的第二方面的另一个示例性实施方式是 的引物，其在不同于与 SEQ ID NO 1的第172792个碱基互补的碱基位置的位置包含至少一个与SEQ ID NO 1的碱基序列不互补的碱基。本专利技术的第二方面的另一个示例性实施方式是 或的引物，其在不同于与SEQ ID NO 1的第172792个碱基互补的碱基位置的位置包含一个或多个与SEQ ID NO 1的碱基序列不互补的碱基，其中所述一个或多个不互补的碱基选自下组，所述组由额外的序列，其由连续的2到10个碱基形成，并且位于所述引物5'末端；错配碱基；和2到20个错配碱基的序列组成。本专利技术的第二方面的另一个示例性实施方式是 到的引物，其在从其3'末端起的第1位到第3位中的一处包含与SEQ ID NO 1的第172792个碱基互补的碱基。本专利技术的第三方面的一个示例性实施方式是检测EGFR基因中多态性的方法，所述方法包括(I)通过使到中任一项的引物组与包含核酸的核酸样品接触并使用所述核酸作为模板，来进行扩增；(II)通过使单链核酸与探针接触，获得由所述单链核酸和探针形成的杂交体，所述单链核酸通过本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
...
【专利技术属性】
技术研发人员：井口亚希，
申请(专利权)人：爱科来株式会社，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。