本发明专利技术公开了一种漏斗胸疾病关联基因，是GAL3ST4基因第1号外显子第31位核苷酸由G突变为A的突变基因。该关联基因是漏斗胸疾病相关的GAL3ST4基因的突变体。利用全外显子组测序技术发现一个漏斗胸相关基因GAL3ST4的突变基因，该突变基因的鉴定对发现漏斗胸及其相关疾病的易感人群和基因诊断有重要价值，对探索漏斗胸及其相关疾病的发病机制和开辟新的治疗途径有重要意义。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及漏斗胸疾病关联基因。
技术介绍
漏斗胸（pectus excavatum，PE）是儿童时期最为常见的胸壁畸形之一，其发病率国外报导在1~3‰之间，男孩约为女孩的5倍，国内尚无确切统计。表现为部分胸骨、肋软骨及肋骨向脊柱呈漏斗状凹陷的一种畸形，多自第3肋软骨开始到第7肋软骨，向内凹陷变形，一般在剑突的上方凹陷最深，有时胸骨偏向一侧。心脏受压移位，肺也因胸廓畸形而运动受限，影响患儿的心肺功能。患儿活动后心悸气促，常发上呼吸道和肺部感染，甚至发生心力衰竭。症状在3岁以后逐趋明显，凹胸、凸肚、消瘦、发育差。漏斗胸常是一种先天性并常常是家族性的疾病（Croitoru DP，Kelly RE Jr,Goretsky MJ,et al．The minimally invasive Nuss technique for recurrent or failed pectus excavatum repair in 50patients：J Pediatr Surg，2005.40：181-187．）。目前该病的研究主要限于病例报道，其分子学发病机制仍然不明，前面家系报道提示漏斗胸可能为单基因病，但是没有实际研究证明发生在哪个基因上的突变导致漏斗胸。由于寻找该病致病基因不仅对发现易感人群和基因诊断有重要价值，而且对探索其发病机制和开辟新的治疗途径也有意义，因此亟待寻找一种新的方法以发现该病的致病基因。最近，外显子组测序(exome sequencing)被成功地应用于发现稀有单基因疾病的致病基因，如Freeman-S heldon综合症的MYH3基因，Schinzel-Giedion综合症的SETBP1基因，以及严重大脑畸形的WDR62突变等(详见：Ng SB，Turner EH，Robertson PD，et al，Targeted capture and massively parallel sequencing of 12 human exomes.Nature 2009，461(7261)：272-276；A H，BW vB，C G，et al，De novo mutations of SETBP1 cause Schinzel-Giedion syndrome.D-9216904(-1546-1718(Electronic))；Bilguvar K，OzturkAK，Louvi A，et al，Whole-exome sequencing identifies recessive WDR62 mutations in severe brain malformations.Nature 2010，467(7312)：207-210.)。该外显子组测序方法已被证明为降低稀有单基因疾病候选基因甚至发现其致病基因的有力、有效手段。
技术实现思路
本专利技术提供一种新的漏斗胸疾病关联基因。本专利技术提供一种漏斗胸疾病关联基因，是GAL3ST4基因第1号外显子第31位核苷酸由G突变为A的突变基因。该关联基因是漏斗胸疾病相关的GAL3ST4基因的突变体。一种重组载体，包括载体及其携带的目的基因，所述目的基因是所述的关联基因。一种检测试剂盒，含有能够识别所述关联基因的试剂。本专利技术的有益效果是：利用外显子组测序发现一种漏斗胸相关基因GAL3ST4的突变基因，该突变基因的鉴定对发现漏斗胸及其相关疾病的易感人群和基因诊断有重要价值，对探索漏斗胸及其相关疾病的发病机制和开辟新的治疗途径有重要意义。附图说明图1是测序峰图，其表示漏斗胸家系中基因GAL3ST4第1号外显子上g.chr7:99764688G>A突变位点的检测和验证的结果，其中，箭头表示验证的结果及突变位点。具体实施方式下面通过具体实施方式结合附图对本专利技术作进一步详细说明。为了寻找漏斗胸的相关基因，本申请人将外显子组测序与生物信息学方法相结合，最终找到了漏斗胸的相关基因GAL3ST4(GenBank:79690)，由此完成了本专利技术。本专利技术涉及分离的漏斗胸疾病相关基因GAL3ST4的突变体，其是在GAL3ST4基因的第1号外显子第31位核苷酸，由鸟苷酸突变为腺苷酸(g.chr7:99764688G>A)。本申请人在一个中国汉族人四代家系中将该漏斗胸疾病的致病基因定位于7号染色体。并且在散发漏斗胸人群中验证了该结果。首先，申请人用Agilent SureSelect Human All Exon Kit结合Solexa高通量测序技术对该家系中的两名病例(II 4and III 8)和一名家系内正常人(II 7)的外显子组序列进行了测序，具体测序流程如下：1)将基因组DNA随机打断成150-200bp左右的片段，随后在片段两端分别连接上接头制备杂交文库(参见http://www.illumina.com/提供的Illumina/Solexa标准建库说明书)。2)文库经纯化后经过ligation-mediated PCR(LM-PCR)的线性扩增与SureSelect Biotiny lated RNA Libra ry(BAITS)进行杂交富集，再经过LM-PCR的线性扩增后进行上机测序。测序平台为Illumina Hiseq 2000，读取长度为90bp，每个样本的平均测序深度最少为50。3)测序后获得的原始数据由Illumina basecalling Software 1.7进行处理，经过过滤去污染、使用SOAPaligner 2.20(Li R，Li Y，Kristiansen K，et al，SOAP：short oligonucleotide alignment program.Bioinformati cs 2008，24(5)：713-714；Li R，Yu C，Li Y，ea al，SOAP2：an improved ultrafast tool for shortread alignment.Bioinformatics 2009，25(15)：1966-1967.)比对参考基因组，获得比对到基因组上的Unique mapped reads。靶区域的基因型由SOAPsnp(Li R，Li Y，Fang X，Yang H，et al，SNP detection f or massively parallel whole-genome resequencin g.Genome Res 2009，19(6)：1124-1132.)确定。然后对数据进行标<本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种漏斗胸疾病关联基因，其特征在于，是GAL3ST4基因第1号外显
子第31位核苷酸由G突变为A的突变基因。
2.一种重组载体，包括载体及...
【专利技术属性】
技术研发人员：吴松，孙小娟，黄毅，王大平，蔡志明，
申请(专利权)人：吴松，孙小娟，黄毅，
类型：发明
国别省市：
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