本发明专利技术提供能够简便并且可靠性优良地判别c-kit基因的不同多态性的探针(P1)～(P4)。(P1)寡核苷酸，由4～50碱基长、与含有序列编号1的碱基编号105～108的碱基序列互补的碱基序列构成，在3’末端区域具有与所述碱基编号105的碱基互补的碱基；(P2)寡核苷酸，由7～50碱基长、含有序列编号1的碱基编号102～108的碱基序列构成，在5’末端区域具有所述碱基编号102的碱基；(P3)寡核苷酸，由8～50碱基长、与含有序列编号1的碱基编号127～134的碱基序列互补的碱基序列构成，在5’末端区域具有与所述碱基编号134的碱基互补的碱基；(P4)寡核苷酸，由5～50碱基长、含有序列编号1的碱基编号123～127的碱基序列构成，在5’末端区域具有所述碱基编号123的碱基。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本专利技术涉及用于检测C-kit基因的多态性的探针及其用途。
技术介绍
c-kit受体为细胞表面的受体型酪氨酸激酶，与干细胞因子结合。编码c-kit受体的c-kit基因位于人的第4染色体。已知c-kit基因例如在序列编号I所示的c-kit基因的部分序列中，碱基编号108的碱基(W)的腺嘌呤(a)突变成胸腺嘧啶(t)、碱基编号127的碱基(d)的胸腺嘧啶(t)突变成鸟嘌呤(g)或腺嘌呤(a)等(非专利文献I等)。c-kit受体中，通过碱基编号108的碱基的突变，第816位的天冬氨酸(D)突变成缬氨酸(V)，通过碱基编号127的碱基的突变，第822位的天门冬酰胺(N)突变成赖氨酸(K)。报告了这样的 突变例如与急性骨髓白血病、胃肠道间质瘤(GIST)等癌症疾病有关，与所述癌症疾病的预后不良有关等(非专利文献I等)。因此，c-kit基因中的这些突变的有无即多态性的检测例如在疾病的诊断、选择更有效的疾病的治疗方法等方面是极其重要的。另一方面，检测基因的多态性的方法报告了各种方法，例如可以举出PCR(聚合酶链式反应，Polymerase Chain Reaction)-RFLP(限制片段长度多态性，RestrictionFragment Length Polymorphism)法等。所述PCR-RFLP法是对试样的靶标DNA，用PCR扩增检测目标的区域，用限制性内切酶处理其扩增产物，通过southern杂交对由与多态性而产生的限制片段长度的变化进行分型的方法。由于当基因中存在目标突变时，限制性内切酶的识别位点消失，因此能够通过有无切断、即限制片段长度的变化来检测突变的有无。然而，所述PCR-RFLP法例如需要在PCR之后，用各种限制性内切酶处理所得到的扩增物并分析，花费工夫。另外，对所得的扩增物的限制性内切酶处理需要临时提取扩增物来进行。因此，有可能造成第一次的反应所得的扩增物飞散，混入第二次的其他的反应中。由于这样的问题，难以进行多态性的检测的自动化。由于这样的问题，近年来，作为多态性的检测方法，Tm (Melting Temperature,熔解温度)分析受到关注。所述Tm分析也称熔解曲线分析。这种方法为如下方法。首先，使用与含有检测目标的多态性的区域互补的探针，使待测核酸与所述探针的杂交体(双链核酸)形成。然后，对所得到的杂交体实施加热处理，通过吸光度等的信号测定来检测伴随温度上升的杂交体向单链核酸的解离(熔解)。基于该检测结果来确定Tm值，由此判断多态性。杂交体中两条单链核酸的互补性越高，则Tm值越高，互补性越低，则Tm值越低。因此，在检测对象位点的多态性为X或Y的情况下，对于含有目标多态性(例如Y)的核酸和与其100%互补的探针的杂交体，预先求得Tm值(评价基准值)。接着，测定所述待测核酸和所述探针的Tm值(测定值)。并且，如果该测定值与所述评价基准值相同，则可以判断为所述待测核酸与所述探针完全匹配，即，所述待测核酸的检测对象位点为目标多态性(Y)。另一方面，如果所述测定值低于所述评价基准值，则可以判断为所述待测核酸和所述探针为错配，即，所述待测核酸的检测对象位点为另一种多态性(X)。通过这样的方法，例如仅通过对添加了所述探针的PCR反应液实施温度处理，进行信号测定，即可检测多态性。因此，可以实现检测装置的自动化。但是，利用了这样的Tm分析的检测方法，例如必须通过Tm值来判断单一碱基的差异。另外，在基因具有多种多态性的情况下，分析一个样品也需要花费大量的劳动力。因此，在分析多个样品时也存在不实用的问题。因此，尤其需要在野生型的多态性和多个突变型的多态性混合存在时等，也能够正确地检测突变的有无。现有技术文献非专利文献 非专利文献I J Clin Oncol.，2006 年 8 月 20 日，Vol. 24，No. 24，p. 3904-3911
技术实现思路
专利技术要解决的问题由于这些理由，c-kit基因的多态性的检测例如在所述疾病的诊断和治疗方法的选择中非常重要。因此，本专利技术的目的在于提供一种能够简便并且可靠性优良地针对c-kit基因判别多态性的多态性检测用探针及其用途。用于解决问题的手段为了达到所述目的，本专利技术的多态性检测用探针为c-kit基因的多态性检测用探针，其特征在于，含有下述(pi) (P4)和(pr ) (P4’)中的至少一种寡核苷酸。(Pl)寡核苷酸，其由为碱基长4 50碱基长、与含有序列编号I中的碱基编号105 108的碱基序列互补的碱基序列构成，在3’末端区域具有与所述碱基编号105的碱基互补的喊基；(pr )寡核苷酸，其由与所述(pi)寡核苷酸互补的碱基序列构成；(P2)寡核苷酸，其由碱基长为7 50碱基长、含有序列编号I中的碱基编号102 108的喊基序列构成，在5’末端区域具有所述喊基编号102的喊基；(P2’ )寡核苷酸，其由与所述(P2)寡核苷酸互补的碱基序列构成；(P3)寡核苷酸，其由碱基长为8 50碱基长、与含有序列编号I中的碱基编号127 134的碱基序列互补的碱基序列构成，在5’末端区域具有与所述碱基编号134的碱基互补的喊基；(P3’ )寡核苷酸，其由与所述(P3)寡核苷酸互补的碱基序列构成；(P4)寡核苷酸，其由碱基长为5 50碱基长、含有序列编号I中的碱基编号123 127的喊基序列构成，在5’末端区域具有所述喊基编号123的喊基；(P4’ )寡核苷酸，其由与所述(P4)寡核苷酸互补的碱基序列构成。本专利技术的多态性检测方法为c-kit基因的多态性检测方法，其特征在于，包括使用本专利技术的多态性检测用探针来检测c-kit基因的多态性的步骤。本专利技术的多态性检测用试剂为用于检测c-kit基因的多态性的试剂，其特征在于，含有本专利技术的多态性检测用探针。专利技术的效果通过本专利技术的多态性检测用探针，例如能够通过Tm分析简便并且可靠性优良地判别c-kit基因的多态性。具体而言，例如，即使在试样中目标的多态性为野生型的c-kit基因和目标的多态性为突变型的c-kit基因共存的情况下，也能够通过进行使用了本专利技术的多态性检测用探针的Tm分析，来简便并且可靠性优良地检测多态性的种类和突变的有无。因此，本专利技术例如对于含有野生型的c-kit基因和突变型的c-kit基因两者的试样特别有用。如此，由于通过本专利技术，能够简便并且可靠性优良地判别c-kit基因的多态性，因此例如能够将检测结果反映到前述那样的疾病的诊断和治疗方法的选择等中。因此，可以说本专利技术在医疗领域等中是极其有用的。附图说明图I是示出本专利技术的实施例I中的、含有野生型和突变型质粒的反应液的Tm分析的结果的图2是示出本专利技术的实施例2中的、含有野生型和突变型质粒的反应液的Tm分析的结果的图3是示出本专利技术的实施例3中的、含有野生型和突变型质粒的反应液的Tm分析的结果的图。具体实施方式本专利技术中，c-kit基因的检测目标的多态性例如为序列编号I所示的c-kit基因的部分序列中碱基编号108的碱基(w)和碱基编号127的碱基(d)的多态性。碱基编号108的碱基(《)中，野生型为腺嘌呤(a)，这种情况下，c-kit受体的第816位的氨基酸为天冬氨酸(D) (D816)。突变型为胸腺嘧啶(t)，这种情况下，c-kit受体的第816位的氨基酸为缬氨酸(V) (D本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：小森真理子，井口亚希，
申请(专利权)人：爱科来株式会社，
类型：发明
国别省市：
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